Báo cáo thực tập tốt nghiệp bệnh viện từ dũ

Báo cáo thực tập tốt nghiệp bệnh viện từ dũ

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

MỤC LỤC

DANH MỤC HÌNH……… 3

CHỮ VIẾT TẮT………6

LỜI MỞ ÐẦU………7

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU……… 8

1.1.Giới thiệu về khoa xét nghiệm di truyền y học bệnh viện Từ Dũ……….8

1.2.Tổng quan về các phương pháp……… 11

1.2.1.Karyotype……….11

1.2.2.Sinh học phân tử……… 14

CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP……… 22

2.1 Karyotype.……… 22

2.1.1.Vật liệu……….22

2.1.2 Dụng cụ và thiết bị……… 22

2.1.3.Hóa chất………22

2.1.4.Quy trình……… 22

2.2.Sinh học phân tử………29

2.2.1.QF-PCR……… 29

2.2.2.FISH………32

2.2.3.Real time PCR………35

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN………38

3.1 Karyotype……… 38

3.2.Sinh học phân tử……… 40

3.2.1 QF PCR……… 40

3.2.2 FISH………43

3.2.3.Realtime PCR chẩn đoán HPV……….44

CHƯƠNG 4 KẾT LUẬN……… 46

TÀI LIỆU THAM KHẢO……… 47

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 2 LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

DANH MỤC HÌNH

Hình 1 Các giai đoạn của 1 phản ứng PCR………17Hình 2 Đường cong khuếch đại Tín hiệu huỳnh quang được trình bày đã trừđường nền……… 20Hình 3 FISH chẩn đoán nhanh hội chứng Down, Patau, Edward, Turner,Kleinerfelter trong chẩn đoán trước sinh Thai nhi mắc hội chúng Patau (trisomy 13)

……… 23

Hình 4 Lấy máu ngoại vi ở người lớn……….24

Hình 5 Lấy máu ngoại vi ở trẻ………24

Hình 6 Cấy máu……… 25

Hình 7 Dung dịch Demecolcine……… 26

Hình 8 Ly tâm 1800 rpm trong 8 phút……….26

Hình 9 Nhỏ KCl vào mẫu trong ống ly tâm……… 26

Hình 10 Nhỏ axit acetic vào mẫu đã được ly tâm………27

Hình 11 Sau khi cho dung dịch carnoy vào lần 2………27

Hình 12 Dung dịch có màu trắng khi nhỏ dung dịch Carnoy lần 3……….27

Hình 13 Nhỏ lame (kiểu nhỏ ngang)……… 28

Hình 14 Nhỏ lame cao (kiểu nhỏ cao)……….28

Hình 15 Nhuộm lame bằng Giemsa: buffer……….28

Hình 16 Quan sát NST dưới kính hiển vi………29

Hình 17 Ống type được đánh số theo mã số của ống chứa dịch ối……….31

Hình 18 Mẫu được lắc ủ 990C 800rpm trong 10 phút……….31

Hình 19 Màng lọc cuả ống type có màng lọc……….31

Hình 20 Nhỏ dung dịch wash buffer type 6……… 31

Hình 21 Máy PCR……… …….32

Hình 22 Điện di mao quản sản phẩm……… 33

Hình 23 Cho vào máy lai PCR………35

Hình 24 Gỡ keo sau lai………35

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 4 LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

Hình 25 Đánh mã số cho mẫu……… 36

Hình 26 Bật tia UV trong tủ cấy an toàn sinh học cấp 2……….37

Hình 27 Máy trích ly DNA tự động……….38

Hình 28 Nhỏ mẫu vào Plate……… 38

Hình 29 Plate đựng mẫu và dung dịch AW1……… 38

Hình 30 Kết quả NST trên màn hình vi tính chưa sắp xếp……….39

Hình 31 Kết quả NST trên màn hình vi tính sau khi sắp xếp……….39

Hình 32 Kết quả NST in trên giấy……… 40

Hình 33 Kết quả Trisomy XXX……… 41

Hình 34 Kết quả bị hội chứng Turner……… 41

Hình 35 Kết quả bị hội chứng Klinefelte……… 41

Hình 36 Kết quả Trisomy 21( hội chứng down)……… ……….42

Hình 37 Kết quả Trisomy 13 (hội chứng Patau)……… 42

Hình 38 Kết quả Trisomy 18 (hội chứng Edward)……… 42

Hình 39 Kết quả FISH NST 21 và NST 13 bình thường……….………43

Hình 40 Kết quả FISH 3 NST 21 hội chứng down….……….43

Hình 41 Kết quả FISH NST XX và NST 18 bình thường…….……… 43

Hình 42 Kết quả FISH NST XY và NST 18 bình thường………….………… 43

Hình 43 Kết quả âm tính……….…….45

Hình 44 Kết quả dương tính……… 45

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

LỜI MỞ ÐẦU

Trong sự phát triển của mỗi quốc gia hiện nay, ngành Y nắm một vai trò vô cùngquan trọng Không những đóng góp to lớn cho nền kinh tế mà ngành Y còn góp phầncủng cố mặt đời sống nhân sinh cho quốc gia đó Với một quốc gia khỏe mạnh về thểchất người lao động, quốc gia đó mới có chỗ dựa vững chắc để phát triển mạnh mẽ nềnkinh tế của mình

Cùng với sự tiến triển của khoa học, bệnh di truyền ngày càng được mọi ngườichú ý Theo thống kê của nhi khoa, gần 20 năm nay, tỉ lệ trẻ em chết vì bệnh di truyền

đã giảm mạnh, cò tỉ lệ trẻ phát bệnh và tỷ lệ tử vong do dị tật bẩm sinh và bệnh ditruyền dần dần tăng cao

Trong quá trình phát triển tự nhiên của nhân loại, do ảnh hưởng của các nhân tố,làm cho chất di truyền trong cơ thể biến đổi Trong những biến đổi này có một loại

biến đổi về con số và kết cấu của nhiễm sắc thể nhân tế bào được gọi là dị dạng nhiễmsắc thể, một loại khác là đột biến gen Vì vậy tất cả bệnh do nhiễm sắc thể và gen trongnhân tế bào biến dạng gây cản trở cho sự thay thế, gây ra sự thiếu hụt dung môi có liênquan dẫn đến cơ thể di truyền sang đời sau, tạo nên sự hỗn hợp về sinh lý nhân thể, cơnăng sinh hóa, gây cản trở quá trình thay thế, loại bệnh này uy hiếp sức khỏe của conngười Vì thế việc xét nghiệm sớm trước sinh là việc rất quan trọng nhằm ngăn chặnviệc sinh con bị tật gây nên gánh nặng cho gia đình và xã hội.

Với nội dụng thực tập tốt nghiệp: “một số kỹ thuật xét nghiệm chẩn đoán cácbệnh” tại khoa xét nghiệm di truyền y học bệnh viện Từ Dũ TpHCM Chúng em đãhiểu rõ hơn các kỹ thuật xét nghiệm một số bệnh và quan trọng hơn là đã trải nghiệmthực tế nâng cao tay nghề hơn biết được sự khác nhau giữa lý thuyết và thực tế

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1.Giới thiệu về khoa xét nghiệm di truyền y học bệnh viện Từ Dũ

Bệnh viện Từ Dũ là bệnh viện đầu ngành về sản phụ khoa của cả nước, đồng thời

là trung tâm sản phụ khoa lớn nhất khu vực phía Nam tọa lạc tại 284 Cống Quỳnh,

phường Phạm Ngũ Lão, quận 1, Tp.HCM

Trong đó khoa xét nghiệm di truyền y học tự hào là đơn vị đi đầu cả nước về ditruyền người và chẩn đoán trước sinh Di truyền và sinh học phân tử là chuyên khoamũi nhọn của bệnh viện Từ Dũ, là lĩnh vực tiên phong trong xu hướng phát triển y họccủa thế giới Khoa có đội ngũ cán bộ y tế trẻ giỏi, có đầy đủ các thiết bị xét nghiệmsàng lọc và chẩn đoán gen hiện đại Khoa xét nghiệm di truyền y học được thành lậpngày 8/10/2010 từ tiền thân là buồng di truyền thuộc khoa giải phẫu bệnh - tế bào - ditruyền, gồm 2 bộ phận chính:

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 8 LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

-Xét nghiệm sàng lọc: sàng lọc trước sinh (double test và combined test, tripletest) và sàng lọc sơ sinh (thiếu G6PD, suy giáp bẩm sinh, tăng sản tuyến thượng thậnbẩm sinh)

-Xét nghiệm gen và nhiễm sắc thể: karryotube, QF-PCR, FISH, đột biến genThalassemia, loạn dưỡng cơ Duchenne, Digeorge, AZF, SRY, Hemophilia, nhận dạnggen người, đột biến gen sẩy thai, HPV, Rubella PCR, CMV PCR, Toxoplasma PCR vànhiều bệnh khác (nguồn: http://tudu.com.vn/vn/gioi-thieu/cac-chuyen-khoa/khoa-can-lam-sang/khoa-xet-nghiem-di-truyen-y-hoc/)

Sơ đồ quy trình xét nghiệm của khoa

- Sơ đồ quy trình xét nghiệm karyotube

+Lấy mẫu: Tiếp nhận bệnh nhân, ghi thông tin, lấy mẫu hoặc nhận mẫu lừcác nơi gửi đến, và ký nhận

+Kiểm tra: Kiểm tra mẫu máu lấy có đạt yêu cầu thực hiện xét nghiệmkhông

+Nhập liệu: Nhập thông tin bệnh nhân và bệnh phẩm, ghi nhận chất lượngmẫu

+Thực hiện xét nghiệm: Thực hiện xét nghiệm theo quy trình kỹ thuật xétnghiệm nhiễm sắc thể đồ máu gồm các bước nuôi cấy 72 giờ, thu hoạch và chuẩn

bị lam 2 ngày, đọc và phân tích

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 9 LẠI ĐÌNH BIÊN

+Ra kết quả xét nghiệm.

+Kiểm tra kết quả, nếu không đạt thì lấy mẫu lại

+Nhập kết quả xét nghiệm và in phiếu trả kết quả qua phần mềm nhiễm sắcthể đồ máu cho bệnh nhân

+Tư vấn về mặt di truyền cho bệnh nhân: Tranh ảnh, tài liệu tư vấn

+Chuyển bệnh nhân về lại nơi chỉ định xét nghiệm hoặc nơi có điều trịchuyên khoa phù hợp

+Lưu hồ sơ

-Sơ đồ quy trình xét nghiệm sinh học phân tử

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 10

Kết thúc

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

+Nhận mẫu: Nhận mẫu dịch ối, mẫu máu, gai nhau từ các khoa khác tạibệnh viện

+Kiểm tra thông tin: Thông tin trên ống chứa mẫu với thông tin trên giấy,nếu không khớp thì báo lại

+Nhập liệu: Nhập thông tin bệnh nhân và bệnh phẩm, ghi nhận chất lượngmẫu

+Ly trích DNA: Dùng các bộ kit để thu được DNA

+Chạy PCR: Cho DNA vào máy chạy PCR

Trả kết quả bệnh nhânChạy điện di

Ra kết quả và phân tích

+Điện di: Tùy xét nghiệm mà chạy điện di gel hoặc điện di mao quản từ sảnphẩm PCR

+Ra kết quả và phân tích: Nếu đạt yêu cầu in trả kết quả bệnh nhân, nếu kếtquả bị nghi ngờ là sai thì chạy mẫu lại

1.2.Tổng quan về các phương pháp

1.2.1.Karyotype

Xét nghiệm karyotube hay Lập bộ nhiễm sắc thể là xét nghiệm khảo sát bộ nhiễmsắc thể trong 1 tế bào Xét nghiệm được thực hiện bằng cách nuôi cấy tế bào trong môitrường đặc biệt Sau thời gian thích hợp tế bào được thu hoạch và được nhuộm đặctrưng Kỹ thuật nhuộm hiện nay là GTG (Giemsa trypsin G-banding)

Người bình thường có 46 nhiễm sắc thể, chia thành 22 cặp thường và 1 cặp giớitính Mỗi cặp có kích thước, hình dạng và cấu trúc đặc trưng

Sau khi nhuộm, số lượng và cấu trúc của các cặp nhiễm sắc thể được khảo sátbằng kính hiển vi ở độ phóng đại 1000 lần và được phân tích, xếp thành bộ hoàn chỉnhbằng phần mềm chuyên dụng

Loại mẫu có thể sử dụng cho kỹ thuật này gồm: máu, dịch ối, gai nhau, dây rốn,máu dây rốn

Karyotube được chỉ định xét nghiệm cho tất cả các đối tượng nghi ngờ bị rốiloạn di truyền, dị tật bẩm sinh, chậm phát triển tâm thần, vô sinh – hiếm muộn, sẩythai liên tiếp…

Tiêu chuẩn để xếp loại nhiễm sắc thể trong lập karyotube

Lúc đầu người ta chỉ căn cứ vào chiều dài của NST để căn cứ và đặt tên chochúng từ 1 đến 23 theo thứ tự từ dài đến ngắn (công ước Denver 1960), nhưng ngaysau đó cũng năm 1960 Patau không đồng ý và đề xuất thêm tiêu chuẩn vị trí phần tâm,sau này được quốc tế chính thức chấp nhận

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 12

LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

Phân loại nhiễm sắc thể

Ở người bộ NST 2n = 46 trong đó có 22 cặp NST thường (autochromosome) và 1cặp NST giới tính (sex chromosome) Dựa vào đặc điểm hình thái như độ dài, vị trítâm động người ta sắp xếp các NST thành từng nhóm 46 NST người được chia thành

7 nhóm, kí hiệu là A, B, C, D, E, F và G trên nguyên tắc dài trước ngắn sau, nếu cácNST bằng nhau thì tâm giữa đặt trước, tâm lệch đặt sau:

-Nhóm A có 3 cặp NST có kích thước lớn nhất, gọi tên từ số 1 đến 3, cặp số 1tâm giữa, cặp số 2 tâm lệch, cặp số 3 tâm giữa

- Nhóm B có 2 cặp NST số 4 và 5 Các NST này có kích thước lớn và đều có tâmlệch

-Nhóm C có 7 cặp từ số 6 đến 12 có chiều dài trung bình NST X cũng được xếpvào nhóm này Tất cả đều tâm gần giữa và khó phân biệt

-Nhóm D có 3 cặp từ số 13 đến 15 gồm các NST có nhánh ngắn rất ngắn, gầnnhư không đáng kể gọi là các NST tâm đầu (acrocentric) Tất cả 3 cặp NST này đều có

Các rối loạn về bộ nhiễm sắc thể người

Rối loạn số lượng

-Đa bội thể: là hiện tượng tăng chẵn hoặc tăng lẻ cả bộ NST Ví dụ: ở người 3n =

69 NST là thể tam bội (3n) thuộc dạng thể đa bội lẻ, 4n = 96 NST = thể tứ bội (4n)thuộc dạng thể đa bội chẵn Ở người, các trường hợp đa bội phần lớn phôi thai chết ở

giai đoạn trước sinh, một vài trường hợp sống đến khi sinh hoặc sau sinh nhưng hầuhết là các sơ sinh bị dị tật.

-Lệch bội: là hiện tượng số lượng NST của tế bào tăng lên hoặc giảm đi một hoặcvài NST so với bộ NST lưỡng bội

Rối loạn cấu trúc nhiễm sắc thể

-Mất đoạn (deletion): là hiện tượng NST bị đứt rời ra một hoặc nhiều đoạn, đoạn

bị đứt rời ra không có tâm sẽ tiêu biến đi hoặc gắn sang NST khác, phần còn lại mangtâm trở lên ngắn hơn bình thường Mất đoạn gồm các dạng: mất đoạn cuối đơn, mấtđoạn cuối kép, mất đoạn giữa

-Chuyển đoạn (Translocation) Chuyển đoạn là hiện tượng trao đổi các đoạn củaNST Chuyển đoạn NST đã được xác định là hay gặp nhất trong rối loạn cấu trúc củaNST [63] Có hai kiểu chuyển đoạn là chuyển đoạn tương hỗ (reciprocal translocation)

và chuyển đoạn hòa hợp tâm (Robertsonian translocation)

-Lặp đoạn (duplication) là hiện tượng một đoạn nào đó của NST được nhân đôilên Lặp đoạn xảy ra khi 2 NST tương đồng ghép đôi với nhau không tương xứngtrong kỳ đầu của phân bào giảm phân, có sự đứt của 2 NST và trao đổi đoạn giữa 2đoạn khác nhau của 2 NST trong cặp tương đồng Trong trường hợp này có 2 NST bịthay đổi cấu trúc, nhưng không mất đi hoặc tăng thêm vật liệu di truyền trong tế bào.Khi các NST trong cặp tương đồng này phân ly nhau trong giảm phân sẽ tạo ra hợp tửmang NST lặp đoạn (trisomi từng phần) hoặc NST thiếu một đoạn có liên quan(monosomi từng phần)…

-Đảo đoạn (invertion) là sự bất thường cấu trúc do NST bị đứt ở hai điểm, đoạngiữa hai điểm đứt quay ngược 1800 rồi nối lại, do đó một số gen bị đảo ngược thứ tự

so với đoạn ban đầu Có ba kiểu đảo đoạn: đảo đoạn ngoài tâm, đảo đoạn quanh tâmđối xứng, đảo đoạn quanh tâm không đối xứng

+Đảo đoạn ngoài tâm: hai chỗ đứt ở cùng một nhánh của NST và đoạn đảokhông chứa tâm, NST không thay đổi hình thái

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 14

LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

+Đảo đoạn quanh tâm đối xứng: hai chỗ đứt ở hai nhánh và cách đều tâm, NSTkhông thay đổi hình thái

+ Đảo đoạn quanh tâm không đối xứng: hai chỗ đứt ở hai nhánh, khoảng cáchtâm không đều nhau, NST có cấu trúc lại và thay đổi hình thái

1.2.2.Sinh học phân tử

1.2.2.1.QF-PCR

QF-PCR là PCR huỳnh quang định lượng (Quantitative Fluorescence PCR) Đây

là một kỹ thuật PCR dùng để khuếch đại các đoạn DNA ngắn lặp lại đặc hiệu (STR),đánh dấu bằng tín hiệu huỳnh quang và định lượng bằng điện di mao quản

QF-PCR được dùng để kiểm tra liều gen, ví dụ: số lượng bản sao của gen trong 1mẫu khảo sát, số lượng của các đoạn nhiễm sắc thể Các nhiễm sắc thể thường đượckhảo sát bằng QF-PCR là nhiễm sắc thể (NST) 13, 18, 21, X, Y

Mỗi NST sẽ được khảo sát tại nhiều đoạn STR khác nhau Do các locus STRthường được chọn có đặc tính đa hình cao nên ít khi xảy ra trường hợp trisomy cho kếtquả dạng đồng hợp tử ở tất cả các đoạn STR không thể kết luận được Prenatal Lab sửdụng QF-PCR khảo sát 32 đoạn STR khác nhau trên các NST 13, 18, 21, X và Y Hiện nay QF-PCR thường được chỉ định trong chẩn đoán nhanh trước sinh rốiloạn nhiễm sắc thể cho các trường hợp thai nguy cơ cao bị Hội chứng Down, Hộichứng Edwards, Hội chứng Turner, Hội chứng Klinefelter…

Loại mẫu có thể sử dụng cho kỹ thuật này gồm: máu, dịch ối, gai nhau, dây rốn,máu dây rốn, mô thai sảy…

-Nguyên tắc của phương pháp PCR:

Tất cả các DNA polymerase khi hoạt động tổng hợp một mạch DNA mới từmạch khuôn đều cần sự hiện diện của những mồi chuyên biệt Mồi là những đoạnDNA ngắn, có khả năng bắt cặp bổ sung với một đầu của mạch khuôn, và DNApolymerase sẽ nối dài mồi để hình thành mạch mới Phương pháp PCR đã được hình

thành dựa vào đặc tính đó của các DNA polymerase Thật vậy, nếu ta cung cấp hai mồichuyên biệt bắt cặp bổ sung với 2 đầu của 1 trình tự DNA, ta sẽ chỉ tổng hợp đoạnDNA nằm giữa 2 mồi Điều đó có nghĩa là để khuếch đại 1 trình tự DNA xác định, taphải có thông tin tối thiểu về trình tự đó đủ để tạo các mồi bổ sung chuyên biệt; cácmồi này gồm một mồi xuôi (sens primer) và mồi ngược (antisens primer)

-Thực nghiệm:

Phản ứng PCR là một chuỗi nhiều chu kỳ nối tiếp nhau Mỗi chu kỳ gồm 3 bước:Bước 1: Trong một dung dịch phản ứng bao gồm các thành phần cần thiết cho sựsao chép, phân tử DNA được biến tính ở nhiệt độ cao hơn Tm của phân tử, thường là94-950C trong vòng 30 giây – 1 phút Đây là giai đoạn biến tính

Bước 2: Nhiệt độ được hạ thấp (thấp hơn Tm của các mồi) cho phép các mồi bắtcặp với khuôn Các mồi được thiết kế sao cho đầu 3’ định hướng đoạn trình tự cầnnhân nên quá trình tổng hợp ADN sẽ diễn ra trên cả hai mạch, qua suốt vùng trình tựđó; trong thực nghiệm, nhiệt độ này dao động trong khoảng 400C – 700C, tuỳ thuộc

Tm của các mồi sử dụng và kéo dài từ 30 giây – đến 1 phút Đây là giai đoạn lai

Bước 3: Nhiệt độ được tăng lên đến 720C giúp cho DNA polymerase sử dụngvốn là polymerase chịu nhiệt hoạt động tổng hợp tốt nhất ADN polymerase gắn vàođầu 3’ tự do của mồi và sử dụng dNTP để tổng hợp các mạch mới theo chiều 5’ – 3’.Thời gian tùy thuộc độ dài của trình tự DNA cần khuếch đại, thường kéo dài từ 30giây đến nhiều phút Đây là giai đoạn tổng hợp hay kéo dài

Một chu kỳ bao gồm 3 bước trên sẽ được lặp lại nhiều lần, và mỗi lần lại tănggấp đôi lượng mẫu của lần trước Đây là kỹ thuật khuếch đại theo cấp số nhân; theotính toán sau 30 chu kỳ sự khuếch đại sẽ là 106 so với số lượng bản mẫu ban đầu(Nguồn: Hồ Huỳnh Thùy Dương (1998), Sinh học phân tử, NXB Giáo Dục)

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 16

LẠI ĐÌNH BIÊN

Hình 1 Các giai đoạn của 1phản ứng PCR (Nguồn:

http://www.sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?t=9925

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

-Các điều kiện của phản ứng PCR

Muốn tiến hành phản ứng PCR cần có các thành phần sau: ADN khuôn, mồi,DNA polymerase, các deoxyribonucleotit triphosphat (dNTP), dung dịch đệm (buffer).-Điện di mao quản:

+Nguyên tắc của sự tách

Dựa trên cơ sở tính chất điện di của các phần tử chất phân tích trong mao quản(ɸ:25-100mm) trên nền của dung dịch chất điện giải và có chất đệm pH thích hợp,dưới tác dụng của một từ trường điện E nhất định được cung cấp bởi một nguồn thếcao một chiều (V: 10-30kV) đặt vào hai đầu mao quản Nghĩa là CE là kỹ thuật táchđược thực hiện trong mao quản nhờ lực từ trường điện E điều khiển sự tách của cácchất Việc dùng cột mao quản có nhiều ưu việt, như tốn ít mẫu và các hoá chất khácphục vụ cho sự tách, số đĩa hiệu dụng Nef lớn, sự tách các chất xẩy ra nhanh và hiệuquả cao

+Cơ chế điện di: Dưới tác dụng của lực điện trường E (Electric Field Force: EFF)

và dòng điện di thẩm thấu (Electro-Osmotic Flow: EOF), các phân tử chất tan sẽ dichuyển với tốc độ khác nhau và tách ra khỏi nhau vì điện tích, kích thước và độ linhđộng của chúng khác nhau

1.2.2.2.Real time PCR (xét nghiệm HPV)

Siêu vi sinh dục papilom ở người (Human Papillomavirus) còn gọi là siêu viHPV, là siêu vi thông thường gây nhiễm trùng tế bào da Thông thường, cơ thể sẽ tự

Hình 1 Các giai đoạn của 1phản ứng PCR (Nguồn:

http://www.sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?t=9925

chống lại siêu vi HPV trước khi chúng có thể gây ra những vấn đề sức khỏe Vì lý donày, hầu hết những người bị nhiễm siêu vi HPV không có triệu chứng và không biếtmình đã bị nhiễm bệnh Nhưng đôi khi cơ thể không tự chống lại siêu vi HPV Trongnhững trường hợp này, siêu vi HPV có thể gây ra các vấn đề cho sức khỏe, như: Mụncóc sinh dục ở đàn ông và phụ nữ; ung thư cổ tử cung ở phụ nữ; những loại ung thư ítphổ biến khác ở đàn ông và phụ nữ, như ung thư hậu môn

Siêu vi HPV làm cho những tế bào bình thường trong cơ thể trở nên bất thường.Người ta không thể nhìn thấy hay cảm thấy những tế bào bất thường này Hầu hết cáctrường hợp, cơ thể sẽ tự chống lại siêu vi HPV và các tế bào sẽ trở lại bình thường.Nhưng nếu không thì siêu vi HPV có thể biến tế bào thành ung thư theo thời gian Saunhiều năm thì ung thư mới phát triển ở một người bị nhiễm siêu vi HPV (Nguồn:Marina D.M Limaa, b, Paulo Henrique Braz-Silvaa, c, Sônia M Pereirad, CatalinaRierae, Ariane C Coelhof, Marina Gallottinia 2014, “Oral and cervical HPV infection

in HIV-positive and HIV-negative women attending a sexual health clinic in SãoPaulo, Brazil”)

Giới thiệu chung

Trong PCR truyền thống, sản phẩm khuếch đại được phát hiện nhờ sự phân tíchđầu cuối (end-point) bằng cách chạy điện di DNA trên agarose gel sau khi phản ứngkết thúc Ngược lại, phương pháp real-time PCR cho phép phát hiện và định lượng sảnphẩm khuếch đại khi tiến trình phản ứng đang diễn ra dựa trên cơ sở phản ứng huỳnhquang, trong đó sự tăng lên về số lượng DNA tương ứng với sự tăng lên của tín hiệuhuỳnh quang Trong real-time PCR, người ta thường sử dụng các loại thuốc nhuộmliên kết DNA sợi đôi (SYBR Green) để phát huỳnh quang, và các probe hoặc primerđặc hiệu chuỗi (trình tự) được đánh dấu huỳnh quang (TaqMan PCR) Thiết bị ổn nhiệtchu kỳ (máy PCR) đặc biệt được gắn với một module phát hiện tín hiệu huỳnh quang

để theo dõi tiến trình phản ứng khi sự khuếch đại xảy ra Tín hiệu huỳnh quang đođược phản ánh số lượng sản phẩm được khuếch đại trong mỗi chu kỳ Real-time PCR

có ưu điểm chính so với PCR truyền thống là cho phép chúng ta định lượng số copy

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 18

LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

khởi đầu của khuôn mẫu với độ chính xác và độ nhạy cao trên một phạm vi động họclớn Các kết quả của real-time PCR có thể là chất lượng (sự có mặt hoặc không củatrình tự đích) hoặc định lượng (số bản copy của DNA) Real-time PCR định lượng cònđược biết như là qPCR Số liệu của real-time PCR có thể đánh giá mà không cần điện

di gel, thời gian thí nghiệm được rút ngắn và số lượng nguyên liệu đưa vào quá trìnhđược tăng lên Cuối cùng, do các phản ứng được chạy và số liệu được đánh giá trongmột hệ thống tube đóng kín, nên các cơ hội nhiễm bẩn được giảm thiểu và sự cần thiếtcủa các thao tác hậu khuếch đại được loại bỏ

Phân tích tổng quát một phản ứng Real-time PCR

Để hiểu được real-time PCR như thế nào, chúng ta bắt đầu bằng một đường congkhuếch đại mẫu Trong hình này, số chu kỳ PCR được trình bày trên trục x, và tín hiệuhuỳnh quang từ phản ứng khuếch đại, tỷ lệ với số lượng sản phẩm được khuếch đạitrong tube, được trình bày trong trục y

Đường cong khuếch đại có 2 pha, 1 pha hàm mũ được tiếp theo bởi một pha ổnđịnh Trong suốt pha hàm mũ, số lượng PCR xấp xỉ gấp đôi trong mỗi chu kỳ Tuynhiên, khi phản ứng diễn ra thành phần phản ứng sẽ bị tiêu hao, cuối cùng làm cho mộthoặc nhiều thành phần bị hạn chế Ở điểm nàu phản ứng chậm lại và đi vào pha ổnđịnh (các chu kỳ 28-29)

Đầu tiên tín hiệu huỳnh quang duy trì ở mức độ nền, và việc tăng tín hiệu huỳnhquang là không thể phát hiện được (các chu kỳ 1-18) cho dù sản phẩm tích lũy theohàm mũ Sau đó, sản phẩm khuếch đại tích lũy đủ để đạt tới một hiệu suất cho phépphát hiện được tín hiệu huỳnh quang Số chu kỳ để đạt được hiệu suất này gọi là chu

kỳ ngưỡng (CT) Do đó giá trị CT được đo trong pha hàm mũ khi các tác nhân phản ứngkhông bị hạn chế, nên real-time PCR có thể được sử dụng để tính toán chính xác và tincậy số lượng khởi đầu của khuôn mẫu hiện diện trong phản ứng

CT được xác định chủ yếu bởi số lượng của khuôn mẫu hiện diện ở lúc bắt đầuphản ứng khuếch đại Khi lượng khuôn mẫu nhiều thì chỉ cần một vài chu kỳ khuếchđại để tích lũy sản phẩm đủ cho một tín hiệu huỳnh quang ở trên background Vì vậy,phản ứng sẽ có CT thấp hơn hoặc sớm Ngược lại, nếu lượng khuôn mẫu lúc bắt đầuphản ứng quá ít, thì số chu kỳ khuếch đại cần nhiều hơn để tín hiệu huỳnh quang tăngtrên background Vì vậy phản ứng sẽ có CT cao hoặc muộn Các dạng quan hệ này là

cơ sở cho hướng định lượng của real-time PCR

1.2.2.3.Kỹ thuật lai huỳnh quang tại chỗ (FISH):

FISH (Fluorescent insitu hybridization) là kỹ thuật trung gian giữa di truyền tế

bào và di truyền phân tử, sử dụng một đoạn mồi đặc hiệu (probe) gắn tín hiệu huỳnh

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 20

LẠI ĐÌNH BIÊN

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

quang, để phát hiện sự có mặt hoặc vắng mặt của một đoạn gen nào đó trên nhiễm sắcthể, với ưu điểm nhanh, đặc hiệu và chính xác FISH đặc biệt có hiệu quả trong việc

phát hiện những mất đoạn gen nhỏ (microdeletion), hoặc để khẳng định nguồn gốc của

các loại chuyển đoạn đặc biệt

Ngoài ra interphase FISH (FISH nhanh) còn được sử dụng rộng rãi trong chẩn

đoán trước sinh, để phát hiện những bất thường số lượng của một số nhiễm sắc thểthường gặp (13,18,21,X,Y)

Kỹ thuật FISH được chỉ định trong các trường hợp sau: Chẩn đoán trước sinh cácbất thường số lượng NST ở thai nhi, phát hiện các mất đoạn nhỏ ở một số hội chứng ditruyền, xác định các đoạn nhiễm sắc thể chưa rõ nguồn gốc, phát hiện các bất thườngnhiễm sắc thể đặc hiệu trong ung thư

Kỹ thuật FISH trong chẩn đoán trước sinh:

Kỹ thuật interphase FISH (FISH nhanh) được sử dụng để sàng lọc một số hội chứng di truyền thường gặp: hội chứng Down (trisomy 21), hội chứng Patau (trisomy 13), hội chứng Edward (trisomy 18), hội chứng Turner (monosomy X), hội chứng Kleinerfelter (XXY)… với ưu điểm:

-Nhanh: Thời gian xét nghiệm trong vòng 48h kể từ khi nhận mẫu dịch ối Hoànthành các thủ tục quản lý chất lượng xét nghiệm sau 4 ngày Chú ý: Các quyết địnhđình chỉ thai nghén không nên chỉ dựa vào một mình kết quả FISH

-Độ chính xác cao

-Yêu cầu chỉ 10-20ml dịch ối

-Có thể thực hiện trên mẫu bệnh phẩm gai nhau

GVHD: NGUYỄN KHẮC HÂN HOAN Trang 22

LẠI ĐÌNH BIÊN

Hình 3 FISH chẩn đoán nhanh hội chứng Down, Patau, Edward, Turner, Kleinerfelter trong chẩn đoán trước sinh Thai nhi mắc hội chúng Patau (trisomy

13)

BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP BỆNH VIỆN TỪ DŨ

CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

2.1 Karyotype:

2.1.1.Vật liệu: Mẫu máu từ các cặp vợ chồng, đứa trẻ có nghi ngờ đột biến

nhiễm sắc thể, dịch ối từ các bà mẹ mang thai

2.1.2 Dụng cụ và thiết bị:

Kính hiển vi, lam kính, máy ly tâm, ống chứa máu chân không, kim tiêm, bể cáchthủy có lắc, tủ lạnh, Pipetman, đầu côn, cồn tuyệt đối, máy sấy lam, tủ ấm, máy in, tủcấy an toàn sinh học cấp 2

2.1.3.Hóa chất:

Trypsin, PBS, Buffer, Giemsa, KCl 7,5%, Demecolcine, Acid acetic 5%,Methanol, Carnoy (3 methanol : 1 acid acetic nguyên chất), dầu soi kính

2.1.4.Quy trình:

- Bước 1: Lấy mẫu

Tiếp nhận bệnh nhân, ghi thông tin, lấy mẫu hoặc nhận mẫu lừ các nơi gửiđến, và ký nhận

Xác định chổ cần lấy máu, dùng kim tiêm đâm vào mạch máu ở tay lấy máungoại vi, lấy gần 2/3 ống máu, lắc đều Tốt nhất lấy máu và cấy máu trong ngày.Trong trường hợp ở xa máu khi đã tách lớp phải được bảo quản lạnh ở 40C cóchất chống đông heparin

-Bước 2: Kiểm tra

Kiểm tra mẫu máu lấy có đạt yêu cầu thực hiện xét nghiệm không

-Bước 3: Nhập liệu

Nhập thông tin bệnh nhân và bệnh phẩm, ghi nhận chất lượng mẫu

-Bước 4: Thực hiện xét nghiệm:

Cấy mẫu -> Thu hoạch -> Nhỏ lam -> Nướng lam -> Nhuộm lam -> đọclam, phân tích kết quả