nhóm 8 thứ 3 ca 3 báo cáo thực tập

Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO Trang 2 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNHSINH TIN HỌCNhóm sinh viên thực hiệnMã s

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Giảng viên hướng dẫn : PGS TS Nguyễn Bảo Quốc Nhóm sinh viên thực hiện : Nhóm 8 - Thứ 3 ca 3

Niên khóa : 2021 – 2025

TP Thủ Đức, 06/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Ngô Hoàng Mai 21126405

Phan Hoàng Yến Nhi 21126141

Nguyễn Thị Mỹ Ngọc 21126425

TP Thủ Đức, 06/2024

MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

THIẾT KẾ PRIMER CHUYÊN BIỆT PHÁT HIỆN SERRATIA PLYMUTHICA 1

1 Quy trình thiết kế primer chuyên biệt phát hiện Serratia plymuthica 1

1.1 Primer 1- protein WP_004944605.1 1

1.2 Primer 2 - WP_020438744.1 9

1.3 Primer 3 – protein WP_020439968.1 16

2 Kết quả 25

2.1 Primer 1- protein WP_004944605.1 25

2.2 Primer 2 - protein WP_020438744.1 26

2.3 Primer 3 - protein WP_020439968.1 27

i

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Trang

Hình 1.1 Giao diện trên NCBI 1

Hình 1.2 Bảng thông tin được lọc theo dạng hypothetical protein 2

Hình 1.3 Giao diện sau khi chọn vào hypothetical protein JK_11140 2

Hình 1.4 Chọn vào Blast để lọc kết quả 3

Hình 1.5 Kết quả BLAST protein WP_004944605.1 cho thấy tính chuyên biệt của protein đối với loài Serratia plymuthica 3

Hình 1.6 Thông tin dòng WP_004944605.1 của Serratia plymuthica 4

Hình1.7 Chọn vào một trong 5 chủng Serratia plymuthica mã hóa cho Accession Number (WP_004944605.1) này 4

Hình 1.8 Trình tự gen của loài Serratia plymuthica 4Rx13 5

Hình 1.9 Giao diện Primer3Plus khi tiến hành sao chép trình tự gen 6

Hình 1.10 Kết quả chọn cặp primer đầu tiên 6

Hình 1.11 Giao diện trên In silico PCR amplification 7

Hình 1.12 Cặp Primer được chọn để kiểm tra trên In silico 7

Hình 1.13 Kết quả sau khi khuếch đại PCR giả định 8

Hình 1.14 Giao diện trên Primer-BLAST 8

Hình 1.15 Giao diện trên NCBI 9

Hình 1.16 Chọn run BLAST 10

Hình 1.17 Chọn BLAST 10

Hình 1.18 Thông tin dòng WP_020438744.1 của Serratia plymuthica 11

Hình 1.19 Chọn vào một trong các chủng Serratia plymuthica mã hóa cho Accession Number (WP_020438744.1) 11

Hình 1.20 Chọn FASTA sau đó chọn Identical Proteins 12

Hình 1.21 Copy đoạn đoạn trình tự 12

Hình 1.22 Giao diện Primer3Plus khi tiến hành sao chép trình tự gen 13

Hình 1.23 Kết quả chọn cặp primer đầu tiên 14

Hình 1.24 Giao diện trên In silico PCR amplification 14

Hình 1.25 Thao tác trên trang In silico 15