Xây dựng bộ sưu tập các chủng vi khuẩn bacillus spp pseudomonas spp có khả năng đối kháng nấm colletotrichum spp gây bệnh thán thư trên cây ớt

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ TP HCM TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP HCM CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ: “XÂY DỰNG BỘ SƯU TẬP CÁC CHỦNG VI KHUẨN Bacillus spp., Pseudomonas spp CÓ KHẢ NĂNG ĐỐI KHÁNG NẤM Colletotrichum spp GÂY BỆNH THÁN THƯ TRÊN CÂY ỚT” Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ Sinh học TP HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: ThS Trần Thùy Trang Thành phố Hồ Chí Minh - 2020 ỦY BAN NHÂN DÂN SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TP HCM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP HCM SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ XÂY DỰNG BỘ SƯU TẬP CÁC CHỦNG VI KHUẨN BACILLUS SPP., PSEUDOMONAS SPP CÓ KHẢ NĂNG ĐỐI KHÁNG NẤM COLLETOTRICHUM SPP GÂY BỆNH THÁN THƯ TRÊN CÂY ỚT (Đã chỉnh sửa theo kết luận Hội đồng nghiệm thu ngày 17/11/2020) Chủ nhiệm nhiệm vụ: (ký tên) Trần Thùy Trang Cơ quan chủ trì nhiệm vụ (ký tên đóng dấu) Thành phố Hồ Chí Minh – 2020 SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc TP Hồ Chí Minh, ngày 23 tháng 11 năm 2020 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Xây dựng sưu tập chủng vi khuẩn Bacillus spp., Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt Thuộc chương trình: Thu thập, thành lập bảo quản quỹ gen chủng vi sinh vật tỉnh phía Nam ứng dụng nông nghiệp, thủy sản, môi trường, dược phẩm Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Trần Thùy Trang Ngày, tháng, năm sinh: 21/03/1990 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Thạc sĩ Chức danh khoa học: Chức vụ Điện thoại: Tổ chức: 02837153792 Nhà riêng: Mobile: 0973.496.388 Fax: 02838916997 E-mail: tranthuytrang213@gmail.com Tên tổ chức công tác: Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 2374 quốc lộ 1, khu phố 2, phường Trung Mỹ Tây, Quận 12, TP HCM Địa nhà riêng: 141 Lê Thị Nho, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, TP HCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm công nghệ sinh học TP.HCM Điện thoại: 02837153792 Fax: 02838916997 E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: www.hcmbiotech.com.vn Địa chỉ: 2374 quốc lộ 1, khu phố 2, phường Trung Mỹ Tây, Q12, Tp.HCM Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS Dương Hoa Xô Số tài khoản: 3713.0.1007645 Tại kho bạc Nhà nước TP HCM i II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: 24 tháng từ tháng 11 năm 2018 đến tháng 11 năm 2020 - Thực tế thực hiện: từ tháng 11 năm 2018 đến tháng 11 năm 2020 Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 1.278.000.000, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 1.278.000.000 + Kinh phí từ nguồn khác: b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) Tháng 11 năm 639 2019 Tháng 11 năm 639 2020 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) Tháng 11 năm 639 2019 Tháng 11 năm 639 2020 Ghi (Số đề nghị toán) c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Nguyên, vật liệu, lượng Công lao động (khoa học, phổ thơng) Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng Theo kế hoạch Tổng NSKH Thực tế đạt Nguồn khác Tổng 232.255,6 232.255,6 707.070 727.450 338.674,4 1.278.000 1.278.000 NSK H Nguồn khác 318.294,4 - Lý thay đổi (nếu có): Phần kinh phí phần th dịch vụ bên ngồi thấp so với dự tốn Phần kinh phí chênh lệch chuyển qua phần cơng thực thêm nội dung so với đề cương kinh phí in ấn, phơ tơ tài liệu (Cơng văn 2137/SKHCN-QLKH ngày 25/8/2020 Sở Khoa học Công nghệ việc trả lời công văn số 517/CNSH ngày 27/7/2020 Trung tâm Công nghệ Sinh học, định số 216/QĐ/CNSH việc thay đổi kinh phí chi tiết cho nhiệm vụ “Xây dựng sưu tập chủng vi khuẩn Bacillus spp., Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt”) ii Đối với dự án: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ cơng nghệ Chi phí lao động Nguyên vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng Theo kế hoạch Tổng NSKH Nguồn khác Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban Tên văn Ghi TT hành văn Quyết định việc thành lập hội đồng tư Số 215/QĐ-SKHCN vấn, giao trực tiếp tổ chức, cá nhân chủ trì ngày 23 tháng thực nhiệm vụ khoa học công năm 2018 nghệ Số 1125/QĐQuyết định việc phê duyệt nhiệm vụ SKHCN ngày 19 nghiên cứu khoa học công nghệ tháng 10 năm 2018 Số 21/2018/HĐHợp đồng thực nhiệm vụ nghiên cứu QKHCN Ngày khoa học công nghệ 29/11/2018 Quyết định việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ: “Xây dựng Số 133/QĐbộ sưu tập chủng vi khuẩn Bacillus SKHCN Ngày spp., Pseudomonas spp có khả đối 6/3/2019 kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt” Số 487/TB-CNSH Thông báo việc thay đổi thành viên ngày 15 tháng tham gia nhiệm vụ “Xây dựng sưu tập năm 2019 chủng vi khuẩn Bacillus spp., iii Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt” Phê duyệt thay đổi kinh phí chi tiết cho nhiệm vụ “Xây dựng sưu tập chủng ngày vi khuẩn Bacillus spp., Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt” 517/CNSH 27/7/2020 2137/SKHCNQLKH ngày 25/8/2020 Sở Khoa học Công nghệ Quyết định việc thay đổi kinh phí chi tiết cho nhiệm vụ “Xây dựng sưu tập Số 216/QĐ/CNSH chủng vi khuẩn Bacillus spp., ngày 27/8/2020 Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt” Quyết định bổ sung nội dung công việc, thành viên tham gia, ngày cơng nhóm nghiên cứu cho nhiệm vụ “Xây dựng Số 218/QĐ/CNSH sưu tập chủng vi khuẩn Bacillus spp., ngày 27/8/2020 Pseudomonas spp có khả đối kháng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt” 10 11 Công văn Sở Khoa học Công nghệ việc trả lời công văn số 517/CNSH ngày 27/7/2020 Trung tâm Công nghệ Sinh học Quyết định việc thành lập hội đồng Số 255/QĐ-CNSH nghiệm thu cấp sở nhiệm vụ nghiên ngày 17/9/2020 cứu khoa học công nghệ Báo cáo thực công văn số Số 700/CNSH ngày 2137/SKHCN ngày 25/8/2020 Sở 13/10/2020 KHCN TP.HCM Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, khơng 10 người kể chủ nhiệm) iv Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Tên cá nhân tham gia thực Nội dung tham gia Trần Trần Thùy Thùy Trang Trang Lê Thị Lê Thị Mai Nội dung Mai Châm 1, Châm Nguyễn Nguyễn Thị Nội dung Thị Ánh Ánh Nguyệt 1, 2, Nguyệt Nguyễn Nguyễn Thị Thị Thùy Nội dung Thùy Dương 1, 2, Dương Sản phẩm chủ yếu đạt - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi khuẩn có khả đối kháng với tác nhân gây bệnh thán thư ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi khuẩn có khả đối kháng với tác nhân gây bệnh thán thư ớt - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi khuẩn có khả đối kháng với tác nhân gây bệnh thán thư ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi khuẩn có khả đối kháng với tác Nội dung 1, 2, v Ghi chú* nhân gây bệnh thán thư ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Đặng Đặng Hoàng Hoàng Quyên Quyên Nội dung Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật gây bệnh thán thư ớt Thùy Đinh Anh Nội dung Hịa 1, 2, Ngơ Trâm Đạo Nữ Đặng Hoàng Nội dung Diệu Quyên 1, Hồng Võ Thị Thu Trần Thị Nội dung Oanh Phấn Trần Chí Nội dung Hiếu 1, 2, - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi khuẩn có khả đối kháng với tác nhân gây bệnh thán thư ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Đánh giá khả phòng trừ bệnh thán thư ớt điều kiện in vivo chủng vi khuẩn sàng lọc - Xây dựng sưu tập chủng vi sinh vật bao gồm tác nhân gây bệnh thán thư chủng vi khuẩn vùng rễ ớt - Chọn lựa chủng vi vi khuẩn có khả đối kháng với tác nhân gây bệnh thán thư ớt - Đăng ký trình tự gen chủng vi sinh vật vào ngân hàng gen Xây dựng lưu giữ sở liệu chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật Bảo quản chủng vi sinh vật Bộ sưu tập giống vi sinh vật - Lý thay đổi (nếu có): Do nhân đề cương duyệt luân chuyển công tác thay đổi số nội dung đề tài sau báo cáo giám định Tình hình hợp tác quốc tế: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa TT điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa TT điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, công việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngồi) Số TT Các nội dung, cơng việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Thời gian (Bắt đầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế đạt hoạch - Lý thay đổi (nếu có): vii Người, quan thực III SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ Sản phẩm KH&CN tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm tiêu chất lượng chủ yếu Bộ chủng nấm Colletotrichum spp gây bệnh thán thư ớt Bộ chủng vi khuẩn thuộc chi Pseudomonas Bacillus đất vùng rễ ớt Đơn vị đo Theo kế hoạch Thực tế đạt Đánh giá Chủng 20 47 Đạt Chủng 20 31 Đạt - Lý thay đổi (nếu có): b) Sản phẩm Dạng II: Số TT Yêu cầu khoa học cần đạt Theo kế hoạch Thực tế đạt Tên sản phẩm Ghi - Lý thay đổi (nếu có): c) Sản phẩm Dạng III: Số TT Tên sản phẩm Bài báo khoa học Yêu cầu khoa học cần đạt Theo Thực tế kế hoạch đạt Số lượng, nơi cơng bố (Tạp chí, nhà xuất bản) - Tạp chí Di truyền học ứng dụng tháng 12 năm 2019 - Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh số 15(6) 2020 - Lý thay đổi (nếu có): d) Kết đào tạo: Số TT Cấp đào tạo, Chuyên ngành đào tạo Thạc sỹ Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt viii Ghi (Thời gian kết thúc) Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 Bảng Đặc điểm vi thể, đại thể chủng vi khuẩn phân lập STT Chủng vi khuẩn BHCM1 BHCM2 BHCM3 BHCM4.1 BHCM4.2 BHCM5.1 Khuẩn lạc Tế bào Bào tử 75 76 Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 STT Chủng vi khuẩn BHCM5.2 BHCM5.3 BHCM6.1 10 BHCM6.2 11 BHCM7.1 12 BHCM7.2 13 BHCM7.3 Khuẩn lạc Tế bào Bào tử Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 STT Chủng vi khuẩn 14 BHCM8.1 15 BHCM8.2 16 BHCM8.3 17 BHCM9.1 18 BHCM9.2 19 BHCM9.3 Khuẩn lạc Tế bào Bào tử 77 78 Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 STT Chủng vi khuẩn 20 BHCM10.1 21 BHCM10.2 22 BHCM10.3 Khuẩn lạc Tế bào Bào tử Nguồn: Kết phân tích liệu nhóm nghiên cứu Sàng lọc chủng vi khuẩn Bacillus spp có khả đối kháng mạnh với chủng nấm Colletotrichum scovillei đĩa Petri Bảng Hiệu đối kháng với chủng nấm Colletotrichum scovillei chủng vi khuẩn Bacillus spp phân lập TP HCM Phần trăm đối kháng (%) STT Tên chủng 11 ngày 15 ngày Trung bình BHCM1 11,93e 63,91b 72,04b 79,67c 56,89 BHCM2 7,04h 62,68cd 70,49de 78,28ef 54,62 BHCM3 6,98h 51,89j 61,2m 71,62j 47,92 BHCM4.1 1,40lm 35,92o 48,8r 64,23m 38,14 BHCM4.2 0,63n 39,82n 51,95p 66,25l 39,74 BHCM5.1 1,79kl 57,88h 66,97j 76,42g 48,72 BHCM5.2 6,89h 48,61l 57,76o 68,35k 47,07 BHCM5.3 1,03mn 56,25i 65,33l 75,01i 49,41 BHCM6.1 12,63d 63,06bc 71,08c 78,54def 56,33 Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 79 STT Tên chủng 11 ngày 15 ngày Trung bình 10 BHCM6.2 2,03k 59,94g 68h 76,74g 51,68 11 BHCM7.1 8,47g 60,84fg 70,19ef 79,12cd 54,66 12 BHCM7.2 0,69n 61,91de 69,98f 78,77de 52,84 13 BHCM7.3 16,36b 67,71a 73,62a 80,69b 59,60 14 BHCM8.1 9,35f 62,33cd 70,8cd 78,06f 55,14 15 BHCM8.2 17,72a 63,13bc 70,8cd 78,79de 57,61 16 BHCM8.3 17,52a 68,45a 73,39a 81,58a 60,24 17 BHCM9.1 15,09c 61,52ef 70,29ef 79,02d 56,48 18 BHCM9.2 4,07j 57,83h 67,49i 76,98g 51,59 19 BHCM9.3 1,03mn 44,61m 49,52q 58,11n 40,82 20 BHCM10.1 4,13j 50,43k 60,08n 71,71j 46,59 21 BHCM10.2 2,12k 56,99hi 65,35l 75,39hi 49,96 22 BHCM10.3 5,13i 57,87h 66,32k 75,77h 51,27 Trung bình 7,00 56,98 65,52 75,28 P < 0,001 < 0,001 < 0,001 < 0,001 CV (%) 4,90 1,07 0,35 0,45 Trong cột, giá trị trung bình có kí tự theo sau giống khơng có khác biệt mặt thống kê (P < 0.05) Nguồn: Kết xử lý từ liệu điều tra Dựa vào kết đối kháng Bảng cho thấy, tất 22 chủng vi khuẩn Bacillus spp phân lập Thành phố Hồ Chí Minh có khả ức chế phát triển nấm bệnh Phần trăm đối kháng nấm chủng vi khuẩn tăng dần theo thời gian mức độ đối kháng khác chủng (sự khác biệt nghiệm thức có ý nghĩa mặt thống kê) Sau ngày đồng nuôi cấy, khả đối kháng nấm bệnh nghiệm thức đạt từ 0,63-17,52% Trong đó, chủng có hiệu đối kháng cao BHCM8.2 (17,72%), BHCM8.3 (17,52%) Sau ngày, khả đối kháng tăng mạnh, đạt từ 35,92-68,45%, với BHCM7.3 (67,71%) BHCM8.3 (68,45%) cho hiệu ức chế cao Đến ngày thứ 11, khả ức chế tăng chậm, đạt từ 48,873,62% Trong đó, hai chủng mạnh BHCM7.3 (73,62%) BHCM8.3 (73,39%), chủng BHCM4.1 đối kháng thấp (48,8%) Ở ngày thứ 15, khuẩn lạc nấm nghiệm thức đối chứng phát triển kín đĩa Petri nghiệm thức khác, khuẩn lạc nấm bị biến dạng rõ rệt (Hình 4), phần trăm đối kháng đạt từ 58,11-81,58% Trong đó, chủng BHCM8.3 có hiệu đối kháng cao (81,58%) thấp chủng BHCM9.3 (58,11%) Như vậy, 22 chủng phân lập chủng BHCM8.3 chủng có khả đối kháng tốt với nấm Colletotrichum scovillei (phân hạng thống kê cao thời gian khảo sát) 80 Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 Hình Khả đối kháng chủng BHCM8.3 nghiệm thức đối chứng sau thời gian khảo sát Định danh vi khuẩn BHCM8.3 sinh học phân tử Sau tách DNA tổng số chủng vi khuẩn, tiến hành phản ứng PCR với cặp mồi 20F, 1500R Sản phẩm PCR sau tinh Isolate II PCR Gel Kit (Bioline) tiến hành giải trình tự Sau xử lý phần mềm ATGC BLAST so sánh với ngân hàng gen NCBI thu kết Bảng Bảng Kết BLAST vùng gen 16S rDNA chủng vi khuẩn BHCM8.3 Tên chủng Mã số chủng so sánh Mức độ tương đồng Độ phủ Tên loài BHCM8.3 MH017383.1 100 100 Bacillus subtilis Nguồn: Kết xử lý từ liệu điều tra Kết cho thấy trình tự chủng BHCM8.3 có độ tương đồng với vi khuẩn B subtilis (100%) Kết vẽ phát sinh loài chủng vi khuẩn BHCM8.3 với loài tham khảo phần mềm MEGA8, cho thấy chủng BHCM8.3 gần với vi khuẩn B subtilis, tương tự kết BLAST NCBI Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 81 KF475836.1 Bacillus subtilis strain IHB B 1516 16S ribosomal RNA gene partial sequence BHCM8.3 AB021198.1 Bacillus vallismortis gene for 16S ribosomal RNA AF302118.1 Bacillus sonorensis strain NRRL B-23154 16S ribosomal RNA gene partial sequence X68416.1 B.licheniformis gene for 16S rRNA AY456263.1 Bacillus pumilus strain DSMZ27 16S ribosomal RNA gene partial sequence AF483624.1 Bacillus marisflavi strain TF-11 16S ribosomal RNA gene partial sequence AF483625.1 Bacillus aquaemaris strain TF-12 16S ribosomal RNA gene partial sequence AF013121.1 Bacillus pseudomycoides 16S ribosomal RNA gene complete sequence AJ419629.1 Bacillus luciferensis partial 16S rRNA gene strain LMG 18422 X76447.1 Bacillus halmapalus DSM 8723 16S rRNA gene X60615.1 B.fastidiosus 16S ribosomal RNA NR 024570.1 Escherichia coli strain U 5/41 16S ribosomal RNA partial sequence Hình Cây phát sinh lồi chủng BHCM8.3 với nhóm vi khuẩn có quan hệ họ hàng gần dựa phân tích trình tự 16S rDNA Kết luận Từ 10 mẫu đất TP HCM, nhóm nghiên cứu phân lập 22 chủng vi khuẩn thuộc nhóm B subtilis (BHCM5.1; BHCM5.2; BHCM5.3; BHCM6.1; BHCM6.2; BHCM7.1; BHCM7.2; BHCM7.3; BHCM8.1; BHCM8.2; BHCM8.3; BHCM9.1; BHCM9.2; BHCM9.3; BHCM10.1; BHCM10.2; BHCM10.3) Sau đó, tiến hành thực đối kháng 22 chủng vi khuẩn với nấm Colletotrichum scovillei đĩa Petri Kết cho thấy chủng BHCM8.3 có khả đối kháng tốt (sau 15 ngày hiệu đối kháng 81,58%) Chủng vi khuẩn BHCM8.3 sau định danh sinh học phân tử có trình tự tương đồng với B subtilis (100%) Tài liệu tham khảo Ashwini, N., & Srividya, S (2014) Potentiality of Bacillus subtilis as biocontrol agent for management of anthracnose disease of chilli caused by Colletotrichum gloeosporioides OGC1 Biotech, 4(2), 127-136 doi:10.1007/s13205-013-0134-4 Baliarda, A., Faure, D., & Urdaci, M C (2002) Development and application of a nested PCR to monitor brood stock salmonid ovarian fluid and spleen for detection of the fish pathogen 82 Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 Flavobacterium psychrophilum J Appl Microbiol, 92(3), 510-516 doi:10.1046/j.13652672.2002.01554.x Claus, D., & Berkeley, R C W (1986) The genus Bacillus In P H A Sneath, N S Mair, M E Sharpe, & J G Holt (Eds.), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (pp 1105-1139) Baltimore, MD: Williams & Wilkins Dworkin, M., Falkow, S., Rosenberg, E., Schleifer, K H., & Stackebrandt, E (2007) The Prokaryotes: Volume 4: Bacteria: Firmicutes, Cyanobacteria New York, NY: Springer Etesami, H., Mirsyed, H., & Alikhani, H A (2014) In planta selection of plant growth promoting endophytic bacteria for rice (Oryza sativa L.) Journal of Soil Science and Plant Nutrition, 14, 491-503 doi:10.4067/S0718-95162014005000039 Gisi, U., Chet, I., & Gullino, M L (2009) Recent Developments in Management of Plant Diseases Dordrecht, Holland: Springer Holt, J G., Krieg, N R., Sneath, P H., Staley, J T., & Williams, S T (1994) Bergey's Manual of Determinative Bacteriology Baltimore, MD: Williams & Wilkins Isaac, S (1992) Fungal Plant Interactions London, UK: Chapman and Hall Press Kim, P I., & Chung, K C (2004) Production of an antifungal protein for control of Colletotrichum lagenarium by Bacillus amyloliquefaciens MET0908 FEMS Microbiol Lett, 234(1), 177-183 doi:10.1016/j.femsle.2004.03.032 Lamsal, K., Kim, S W., Kim, Y S., & Lee, Y S (2012) Application of rhizobacteria for plant growth promotion effect and biocontrol of anthracnose caused by colletotrichum acutatum on pepper Mycobiology, 40(4), 244-251 doi:10.5941/MYCO.2012.40.4.244 Melo, J., Carolino, M., Carvalho, L., Correia, P., Tenreiro, R., Chaves, S., …Ramos, A C (2016) Crop management as a driving force of plant growth promoting rhizobacteria physiology SpringerPlus, 5(1), 1574 doi:10.1186/s40064-016-3232-z Nguyen, L D., Phan, H T., & Nguyen, T A (2003) Thí nghiệm công nghệ sinh học, tập [Biotechnology experiment, episode 2] Ho Chi Minh, Vietnam: NXB Đại Học Quốc Gia TP Hồ Chí Minh Nguyen, L T., Nguyen, N Y., Tran, M T X M., & Nguyen, P T (2016) Phân lập tuyển chọn vi khuẩn từ đất vùng rễ ớt có khả đối kháng với nấm Colletotrichum sp gây bệnh thán thư ớt [Isolation and selection of bacteria from potential chilli root soil antagonism to the fungus Colletotrichum sp causing anthracnose on chili peppers] Tạp Chí Đại Học Cần Thơ, 47, 16-23 doi:10.22144/ctu.jvn.2016.581 Poonpolgul, S., & Kumphai, S (2007) Chilli pepper anthracnose in Thailand Country Report In D G Oh, K T Kim (Eds.), Abstracts of the first international symposium on chilli anthracnose, p 23 Republic of Korea: National Horticultural Research Institute, Rural Development of Administration Sun, P., Cui, J., Jia, X., & Wang, W (2017) Isolation and characterization of bacillus amyloliquefaciens l-1 for biocontrol of Pear Ring Rot Horticultural Plant Journal, 3(5), 183-189 doi:10.1016/j.hpj.2017.10.004 Tran, M D., & Nguyen, N T (2018) Đặc điểm sinh học nấm thán thư Colletotrichum hại ớt Củ Chi, Thành phố Hồ Chí Minh [Biological characteristics of the anthracnose fungus Trần Thùy Trang et al Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, 15(7), 69-83 83 Colletotrichum harmful to chilli in Cu Chi, Ho Chi Minh City] Tạp Chí Khoa Học Và Cơng Nghệ Đại học Nguyễn Tất Thành, 4, 50-56 Wattiau, P., Renard, M E., Ledent, P., Debois, V., Blackman, G., & Agathos, S N (2001) A PCR test to identify bacillus subtilis and closely related species and its application to the monitoring of wastewater biotreatment Appl Microbiol Biotechnol, 56(5-6), 816-819 doi:10.1007/s002530100691 Živković, S., Stojanović, S., Ivanović, Ž., Veljko, G., Popović, T., & Balaž, J (2010) Screening of antagonistic activity of microorganisms against Colletotrichum acutatum and Colletotrichum gloeosporioides Archives of Biological Sciences, 62 doi:10.2298/ABS1003611Z 165 Di truy'in t,d Ll'ng dttng, Chu.tAn san Niim vd C6ng ngh€ Sinh hoc Genetir:s and Appli.cations, Special Issue: Mushroont and Bioteclmology Colletotrichum spp CAUSING ANTHRACNOSE ON Caps icum frutescens IN LAM DONG, CU CHI AND TIEN GIANG Dang Hoang Quyjn', Nguyen chi Ngoc', Nguyen Le Anh Hao2, v, Thuy Duongl, Tran Thuy Trang,, Le Thi Mai Cham:, rham liguyen Duc Hoanl ,, n"o"g rrr;;;r- ,Institute of Fungi and Biotechnology ,Ho Chi Minh City University of Agriculture and Forestry ,Biotechnology Center Of Ho Chi Minh City *Corresponding author: Tel: +84 g50; 9g4 090 Email: dhqu),endl@gmail.com ABSTRACT Colletotrichum is afungus that causes anthracnose on many crops, causing great losses in yield and postharvest quality In chili plants, anthracnose can cantse 70o16 damige ii the rainy*siason Curentiy, according to the announcement in the world as well as in Vietnam, the identifiiation of Co[letotichum has a great variation Therefore, this research on isolation of pathogenic Colletotichum strains on chili in dffirent areas: Lam Dong Province' Cu Chi District and Tien Giang Province They are the Capsicum yruiscens growing areas in southern Vietnam As q result, 47 strains of Colletotrichum spp were isolated Using IiS ,"qi"n es, the palhogens of complexes were identified including: 'acutatim, 'gigasporum', 'bon'inense,, ,truncatum,, 'gloeosporioides' In parlicular, the complex 'boninepi'and 'gigasporum' with strains DL43 t and CC j5l (high similarity to strains of C karstii and C gigasporum) *er" fiiireiognized as a pathogenic fungi on Capsicum frutescens in Vietnam Keywords: colletotrichum, capsicum frutescens, Da Lat, cu chi, Ticn Giang INTRODUCTION Fungal phlopathogens are one of the causes of serious damage in agriculture Anthracnose is the major source of crop loss with a vanety of fruits and vegetables including chili, tomato, strawberry, complex was shown of 38 closely related species (Marin-Felix et al., 2017) t5l with nine species identified to cause anthracnose on chili (Mongkolporn and Taylor, 2013) 16l Through this method, C siamense was first reported to cause mango, banana and pepper In Vietnam, chili is a plant with high economic value which is popularly grown in the southern region Anthracnose caused by Colletotrichum is recorded in most chili growing areas, especially in the rainy season Colletotrichum anthracnose on chili in Indonesia and Sri Lanka, and C fructicola was reported to cause anthracnose in Taiwan and Thailand and C plurivorum in Malaysia and Thailand (Silva et a1.,2019) [71 fungi are capable of causing damage on many parts of the tree such as stems, leaves, fruits and seeds species: C boninense s str., C hippeastri, C karstii, C annellatum, C beeveri, C brassicicola, C brasiliense, C colombiense, C constrictum, C cymbidiicola, C dacrycarpi, C novae-zelandiae, C oncidii, C parsonsiae and C torulosum (Damn et Mass rot causes severe productivity losses, the yield loses up to 70Yo sometimes to 100% Accoiiling to Don et al., (2007) [1] and Ngo Bich Hao (1992) l2l, the species of Colletotrichum catstng disease on chilli were C qcutatum, C capsici, C gloeosporioides, and C nigrum which were recorded According to Nguyen Duy Hung et al., (2018) [3], species of C truncdtum, C fructicola, C gloeosporioldes sensu stricto and C siq.mense cause anthracnose on chili in the Red River Delta and other provinces According to Phoulivong (2010) [4], Colletotrichum'acttatrlm' complex includes species: C simmondsii, C fioriniae, C lupiniiand C simmondsii Co lletotrichurz' gloeosporioides' complex comprises C asianum, C fructicola, C horii, C hymenocallidis, C kahawqe, C gloeosporioides and C siamerse However, wittr the implementation of multigene phylogenetic analyses, acutatum complex composed of 34 species (Marin- Felix et a1.,,2017) l5l, with seven species identified as causing anthracnose on chili (Mongkolporn and Taylor, 2018) t6l Similarly, gloeosporioides Collatotrichum'boninense, comprises lg dl., 2012) t8l Colletotrichum gigasporum, comprises some species such as C arxii, C magnisporum, C pseudomajus, C radicis and C vietnamense C thailandicum also belonged to this group before, recently it is a synonynous name with C gigasporum (Liu et a1.,2014) l9l In a study of Silva et aL (2017) [10], 45 strains causing anthracnose on chili were identified in Australia To identiff species of the 'acutatum' complex, the sequences of genome regions ITS, GAPDH, ACT, CHS-L, TW2 and HIS3 were used, for the complex 'gloeosporioides' need using ITS, TUB2, ApMat and GS sequence group Thereby identiflring a new species is C cairnsense sp nov This study also recorded for fhe first time the strains of C queenslandicum, C simmondsii and C siamense that cause anthracnose on chili in Auskalia, and also recorded the domestic species in South Asia, C scovillei, which does not appear in Australia h 2019, Silva et al [7] published their r66 Di truyin vd (/ng dq.ng, Chuy€n san Nlim vd C6ng nghQ Sinh hqc Genetics and Applications, Special Issue: Mushroom and Biotechnologt pad and washed by sterilized water Mycelia was kept at -20oC for genomic DNA exfaction Mycelia of fungi which was homogenized in 50 pl of CTAB 2X, 450 pl of CTAB 2X was added and the tubes were inepbated for about 60 minutes at 65" C After incubation, it spin down the mixture and an equal volume of CIA was added to every research on anthracnose fungi on chilli in Indonesia, Thailand, Taiwan, Sri Lanka, Malaysia using ITS, GAPDH, CHS-I, ACT, TUB2, HIS3, APMat, GS sequences The results showed that C siamense was first reported to cause anthracnose in Indonesia and Sri Lanka This is also the first report on C fructicola causing antltacnose in Taiwan and Thailand and C plurivorum in tube The samples were centrifuged for minutes at 15000 rpm and 300 pl of the supernatant was Malaysia and Thailand Until recently, reports showed changes in the identity and appearance of new species Therefore, this study was conducted to assess the situation of anthracnose fungi in southern of Vietnam hansferred to PDA media, and spreaded out the sample by glass spreader After or days, a single colony was transferred on PDA plate to obtain the pure culture Healthy chili fruits on the hees planted in glass house, were surfaced sterilized with 10o/o ethanol and inoculated with 20 pL of conidial spore (1 x 106 conidia/ml) suspension using wounding method Three replicates were carried out for each heatment solution was transferred control fruits were treated with 20 pL of sterilized water After days, the wounds of chili fi:uits were observed and recorded all symptoms To fulfill the Koch's postulates, the symptoms developed on the inoculated fruits were compared with original synptoms and the fungi wert reisolated from inoculated fruits following the above All mention procedure Morphological analysis The isolates were cultured on PDA media and incubated at room temperature (25 + 2'C) After days, colony characters were recorded such, as color, shape Conidia and appressoria were produced using a slide culture A Petri dish with moist cotton, lame and lamelle were sterilized Then, a small piece of PDA (7x7 mm) was placed on lame and inocullum four points of each isolate at four corners of PDA piece and immediately covered by a lamelle, incubated at room temperature ((25 r 2'C) After days, the cover slip (lamelle) was removed and mounted in a drop of lacto phenol on another lame, observing by DIC microcope Recording the size and shape of conidia and appressoria for each isolate Genomic DNA extraction The isolates were cultured on PDB at 28oC, 200 rpm After 48h, mycelia of isolates was collected by sterilized gauze another tube Then, 300 minutes Then, the tubes were centrifuged pl of for minutes at 15000 rpffi, 4oC Decanting the supematant without disturbing the pellet and MATERIALS AND METHODS Isolation of Colletotrichum spp from infected chili fruits The collections were from three provinces of Vietnam: Tien Giang, Lam Dong and Ho Chi Minh city The chili fruits showing the typical disease slrntomps were collected in different chili orchards Disease fruits were surface sterilized by ethanol 70o, by washes with sterilized distilled water and dried on sterilized tissue paper Small fragments (5 - 10 mm) from disease fruits were mixed in sterilized water and this solution was diluted Diluted spore to isopropanol was added and inculated at -20'C for 30 washing the pellet with 500 pl of 70% ethanol After that, the tubes were centrifuged for minutes at 15000 rpm, 4oC, the ancohol was removed and the pellets were vacuum dried The step was repeated 23 times and added 40 pl of TE to dissolved DNA The DNA samples were stored at -20oC for future use ' PCR DNA amplification and sequencing were accomplished by PCR To confirm morphological identification, the internal transcribed spacer (ITS) rDNA regions were amplified using the fungal specific primers ITS4/5 respectively Condition for amplification were an initial denaturing step of at 94"C, followed by 35 cycles of 30 sec at 94oC, 45 sec at 56oC and at 72oC, and a final denaturing step of 10 {o- at72oC Sequence treating and phylogenetic tree building' The sequences data obtained were compared with all fungal sequences and submitted in NCBI GenBank database Phylogenetic analyses were performed using MEGA7 Maximum Likelihood (ML) trees which were built by bootstrap analysis with 1000 replicates itre minimum evolution (ME) also created and evaluated with trees were 1,000 bootstrap replicates RESULTS, DISCUSSION AND CONCLUSION Samples of fruit rot of chili orchards in Lam Dong Province, Tien Giang Provine and Cu Chi District were collected The fruit rots varied from brown to black spots, and dark sunken lesions to light brown sunken areas 58 strains of fungi were isolated (Table 1) After observing the macroscopic and microscopic morphology of isolates, especially through conidia and apressoria morphology, there were 47 strains with Colletotrichum characteristics (Table 2) Koch's postulate was performed inoculating healthy chili fruits with spore suspension of the pathogen On inoculation, the pathogen produced similar symptoms was observed and reisolated The results showed that the morphology of re-isolated colony liked primary colony Thus, strains of genus Colletotrichurz isolated from Tien Giang have 18 "strains, Da LaI has 13 strains, Cu Chi has 16 strains The morphology of 47 strains of fungi is divided into main groups: 'acutatum' (straight conidia, gray-white mycelium, orange-yellow bottom),'tuuncatum' (falcate conidia, t61 Di tnltAn tti Liry tlung, Chtryen.san |{int vd Cthry ngh€ Sinh hoc Genetics and Applications, Speciol Isstte: Mushroont and Biotechnobgl, u'hite mycelium, orange-yellow bottom with black spots, 'gloeosporioides' (straight conidia, fiizzy black mycelium, black or gray-white bottom) The Thailand (Sharma et al., 2005; Ranathunge et al., 2012; Diao et a1., 2015); C actrtatum from almost all chili growing countries, including China, India, fungal Korea, New Zealand, Sri Lanka, Thailand, the in Table Morphological United States and lndonesia (Simmonds, 196g; Harp characters of species ri'ith straight conidia, especially et al., 2008; Coal et al., 2008; Damm et a1.,2012) those in the acutatum and gloeosporioides However, the identification of species in the compleres cannot differentiate, and thus multigene Colletotricltwtt complex is not really accurate phr''logenetic analyses are required for identificating without using moderrr molecular tools For example, these species' strains previously identified as C aclttatum are According to Silva et al (2017) ll0l, reports of currently identified as C scovillei (Thailand) and C the firngus Colletotrichu;'z causing chili diseases n.vmphaeae (Indonesia) (Damm et al., 2012); or such as C fructicola and C siamense in India complex C gloeosporioides has been shown to tSharma and Shenoy, 2014); C gloeosporioides in contain C siamensi, C .fiucticola and C asianum Korea (Kim et al., 1999), Thailand (Than et a1., which have been reported in Thailand and India 1008), C truncatum in Australia, China, India and (Phoulivong eta1.,2012; Sharma and Sharoy, 2014) tnacroscopic and microscopic images of some strains are shown Table Chili orchards information and number of isolated strain from each chili orchard No Orchard TG1 TG2 _1 l TG4 TG5 TG6 CC1 1.0961N 06.4113 E 1.0773 N 06.4891E 1.0470 N 06.4979 E 1.0223 N 06.5013 E 1.7497 N 08.5369 E 1.7604 N 08.5237 E 1.7697 N 08.5351 E 1.7625 N 08.47418 1.7s75 N 08.4180 E TG3 10 11 DL1 12 DL2 13 DL3 t1 DL4 15 DL5 N N N N N N Samples sign sample /orchard 0.3187 0.3165 0.3127 0.3150 0.3314 0.3207 CC2 CC3 CC4 Number of GPS 06.5041 06.5049 06.5168 06.5040 06.5014 Number of isolated stoain TGIl -TG15 TG21 -TG25 TG31, TG32, TG34, TG35 TG42-TG45 J TG54 TG61, TG63 E E E E E I 06.4911E 4 CCl1 CC2I -CC25 CC31 - CC15 CC4I - CC35 CC45 I DLl1-DL13 DLZI -DL25 DL31 DL43 5 - - DL35 -DIA5 J DL51 'otal 'a Table Conidia and 58 characteristics of isolated strains Conidia Position Tien Giane Province fam Dong Province Cu Chi District Apressoria Straight conidia Falcate conidia Other types Available Not available t6 2 18 13 6 l3 l6 13 J t6 10 J Isolated strain Total Table The macroscopic and microscopic morphology of isotates Microscopic morphology Complex Strain Macroscopic morphology Apressoria Conidia complex 18 47 168 Di tru,in rti o'hg dr.Lng, ChlLy€n san Nant t,ri Cing nghd Sitth hoc Genetics antl Applications, Special lssue: Mttshroont and Biotechnologt, I ffiqffi H,$$,ffiffi comp,ex reM#W#'+i*ilr*ffi,,}:t*, w Groeosporio ides DL2l t ffiffis:,.,*.'; ;:.'l ffi;;::., :jii:,,;.,,.,,:j,l ,,,ifii:{$;ffijtffi " Sfr'ririr ffi'i-1.:: ,.",HliH- DL43r ffiffi : :: glsi a- ,,,, :i::, xI #i' *r&;*4 a ::l:i::::::li:i:::::!r:,:a:;:!3S:a:i;:: *,*#sBYd' ]il::]::]]:ri;li$:i:ailiia:::l:.;:::: "}!?;"ha ffi4*""Y "t *#{1' m M@i*&*ffi 89 1011L2L3L415 3000 bp 1000 bp 500 bp ,*t** ** ***{}*fi[**f Fig.1 Electrophoresis of PCR products with ITS4-5 primers (LJadder; 1-15 PCR products with ITS4-5 primers) The fungal specific primers ITS4/5 (was) used to amplifi the internal transcribed spacer were (ITS) rDNA regions The electrophoresis results of PCR products are shown in the figure t69 Di u'uyin vd []ng clung, ChLn,in san Nint vd Cr)ng nghA Sinh hoc Genetic.s and Application,s, Spec'ictl Lssue; Mu.ghroont antl Biotechnolog., tcis4224: coretotrichum acuratum I Lc1s422E l coretotrichum acutatum I I H:ffi;;111T""1,T"""T: ou=, -n*, |t"-"' rG434 I | ff: | ,o.r, rc315 I I X: I _;;;; l rorn rG152 I | ]H I ",,, I o.ou, | ::iil I :ff] I o.ru., otz+z I D1231 I I ff;] | *u, cc441 I | I After sequencing, the sequ;nces were toeated with ATGC and blasted in NCBI and built the evolutionarv tree using MEGA7 Follow Figure 2, Cu Chi recorded groups (acutatum, truncafum, gigasporum and Da Lat recorded groups (acutatum, boninense and gloeosporioides), gloeosporioides) and Tien Giang recorded groups (acutafum and truncatum) Results from phylogenetic trees showed that most of the strains isolated from Tien Giang (except and TG612), strains isotated from Cu Chi, strains isolated from Lam Dong (except DL43l strain) were TG6ll in the group 'acutatum', which is highly similar to C scovillei DL43 strain belongs to the goup 'boninense', which is similar to C karstii Strains DL342, DL32l, DL2ll, CCl42 belong to the goup of lZZi I The pfOdUCtS haVe a size Of 600- 700 bp Suitable With the prediCtion 'gloeosporioides, The ".ro, l:X] strains cclll.ccl2l.cct3l,cc32l, CC442, TG611, TG6l2 have high 1.",o, cc123 similarity with C truncqtum The I AJ301964.1 cotteiotrichumacuratum wre'lu'[nunumacuratum CC351'strain F i^1 is highly similar the f ; '"" C gigasporum slratn M+TTTo4;.lcoretotrichumkarsti MG602054.1 corerotrchum karsri DL431 MH3212131 coretotrichum siamense Follow to Silva et al (2017), C gloeosporioides complex were analysed with four gene sequences: sroeosporioides ITS, TLIB2, ApMat and GS [10], and in MKe68a18.i coretotichum siamense the study of Liu et al (2015) [13], KC512125.1 corretotrichum tropicare ApMat sequence was used to identify MHe3042o corretotrichum sloeosporioides 2g species in this complex So, four MHe3o418.1 coiletotrichum D1211 cc142 strains (DL342, DL321, DL2ll, NrKe55388 coiletotrichum D1342 Jp31a12.1coiletotrichum KUs34eB3.i ,0, :-] siamense ," sroeosporio des coretorrichumsroeosporioides "" , MH8636e8'1 corretotrichum sisasporum I v^ijoo24 cor,erorrclur q rsasporum cclT1 cct21 ::];l cu42 rG611 rc6i2 MHo8s102.1 colretotrichum truncatL,m KY799045.1 Co letotrichum truncatum Ks6o3os , coretotrichum AB2T442al truncatum Masnapofrhesrsea CCl42) can not be identrfied by using only IITS l5 sequence Up to the rgsearch of Nguyen Duy Hung et al (2018), in Vietnam, there were recorded species of Colletotrichuz causing anthiacnose on chili including: C auiatum, C capsici, C gloeo,sporioides, C nigrum, C fucticola, C siamense, C truncatum, C aeschynomenes Blast results in gene banks showed that the presence of strain DL43 I is similar to C karstii C karstii strain has been repofied to cause anthracnosg on ,rB; ot,ltjlXjftT !?lffi ?,1i (2012) [14], a"few species such as C karstii, C siamense and C truncaiumhave a wide host range Since coffee is also an industriai crops commonly grown in Lam Dong, which may have had the infection pathogens from coffee to chili Besides, in Cu Chi, shain CC351 has' a high similadty with C gigasporum Thus, two skains DL43l and CC35l (C karstii and C gigasporum) are first reported as the strains to cause anthracnose on chili in Vietnam 170 Di truyin vd tJng dung, Chuy|n san Ndm vd C6ng nghQ Sinh h7c Genetics and Applications, Special Issue: Mushroom and Biotechnologt Figure Evolutionary tree using Maximum likelyhood method The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Tamura-Nei model (Tamura and Nei, 1993) [ 1] The tree (Figure 2) wLth the highest log likelihood (-1239.8215) is shown The percentage of trees in which the associated taxa clustered together is shown next to the branches Initial tree(s) for the heuristic search were obtained automatically by applying Neighbor-Join and BioNJ algorithms to a matrix of pairwise distances estimated using the Maximum Composite Likeliho6d (MCL) approach, and then selecting the topology with superior log likelihood value The tree is drawn to scale, with branch lengths measured in the number of substitutions per site The analysis involved 69 nucleotide sequences Codon positions included were 1st*2nd+3rd+Noncoding All positions containing gaps and missing data were eliminated There were a total of 424 positions in the final dataset Evolutionary analyses were conducted in MEGAT (Kumar er al., 2015) ll2l In conclusion,4T strains of Colletotrichum spp.were pathogenicity, Plant Patholog,t, 67, 1255-1263 isolated from chili orchards in three area includings (2018) Lam Dong Province, Tien Giang Province and Cu Ul Silva D D de, Johannes Z Groenewald, Pedro W Crous, Peter K Ades, Andi Nasruddin, Chi District Five complexes are recorded and two species which are first reported to cause anthracnose Orarul Mongkolporn and Paul W J Taylor, on chili in Vietnam are C karstii and C gigasporum Identification, prevalence andpathogenicity of Colletotrichum speciescausing anthracnose of Capsicum annuum in Asia IMA Fungus, 10, ACKNOWLEDGEMENTS (2019) https:i/doi.org/10.1186/s43008-019-0001-y U Damm, P.F Cannon, J.H.C The study was funded by the Departnent of Science I8] and Technology of Ho Chi Minh City Experiments Woudenberg, P.R Johnston, B.S Weir, Y.P Tan, are carried out at Division of Microbial " R.G Shivas, and P.W Crous, The Colletotrichum boninense species complex, StudieS in Mycology, Biotechnology of Biotechnology Center of Ho Chi 73, t-36 (2012) Minh City REF'ERENCES t9l F Liu, L Cail, P.W Crous, U Damm, 2014, The Colletotrichum gigasporum species Phuong Vy & T.T Van, T.T L.D Don, complex, Persoonia 33: 83-97 P.T.M Kieu, Colletotrichum spp Attacking on Silva D D De, Ades P K., Crous P W Chilli Pepper Growing in Vietnam Country Report [0] and Taylor P W J., Colletotrichum species In: Oh D.G., Kim K.T (Eds.), Abstracts of the First associated with chili anthracnose in Australia Plant International Symposium on Chilli Anthracnose Pathology, 66, 254)67 (2017) National Horticultural Research Institute, Rural Development of Administration, Republic of Korea, llll Tamura K and Nei M., Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control p.2a Q007) mitochondrial DNA in humans and region of T4p thu hpi ot, Hno BQnh than Ng6 Bich chimpanzees Molecular Biology and Evolution, 10, chi 86o vQ thUc yaL 124,4, 15-17 (1992) st2-s26 (1993) Nguy6n Duy Hmg, He ViCt Cudng, Hodng Kumar S., Stecher G., and Tamura K., Chung Lim, Ph6t HiQn C5c Lodi Colletotrichum MEGAT: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Giy B-6nh Th6n Thu Ot eang Phan Ung Chu6i version 7.0 for bigger datasets.Molecular Biology Polymerase T4p chi Khoa hgc N6ng nghiQp-.ViQt and Evolution (submitted) (20 5) Nam 16(12): 1025-1038, (2018) t131 Liu F., Weir 8.5., Damm U., Crous P.W., t4l S Phoulivong, Lei Cai, Hang Chen, Eric H t1l l2l t3l ll2l C "'d{cKenzie, Kamel Abdelsalam, Ekachai Wang Y., Liu B & Cai L., Unravelling Chukeatirote, Kevin D Hyde, Colletotrichum Colletotrichum species associated with Camellia: employing ApMat and GS loci to resolve species in gloeosporioides is not a common pathogen on the C gloeosporioides complex Persoonia: tropical fruits, Fungal Diversity, 44,3343, (2010) Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, 35, 63 t5] Marin-Felix Y, Groenewald IZ, Cai L, Chen Q, Marincowitz S, Genera of Studies in Mycology,86,99-216(2011) t6l Mongkolporn O, Taylor PWJ, Chili phyopathogenic fungr: GOPHY anthracnose: Colletotrichum taxonomy and (2015) t141 Cannon PF, Damm U, Johnston PR, Weir BS, Colletotrichum - culrent stdtus and future directions Studies in Mycologt,73, 181-213 (2012)