Đồ án tốt nghiệp phân lập và định danh vùng gen its của nấm men nhiễm bệnh trên da chó nuôi tại tp hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH o H hi C h in M ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ity C PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH VÙNG GEN ITS CỦA NẤM MEN NHIỄM BỆNH TRÊN DA CHĨ NI TẠI TP HỒ CHÍ MINH ve ni U rs Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC- THỰC PHẨM- MÔI TRƯỜNG ity Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC of Te Ngô Đức Duy MSSV: 1051110154 Lớp: 10DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2014 gy Huỳnh Long Thủ lo Sinh viên thực hiện: no ch Giảng viên hướng dẫn: Ts Hồng Quốc Khánh LỜI CAM ĐOAN o H Tơi tên Huỳnh Long Thủ, sinh viên đại học chuyên ngành Cơng Nghệ Sinh Học, khóa 2010, trường Đại học Cơng Nghệ TP Hồ Chí Minh Tơi xin cam đoan: hi C ✓ Cơng trình nghiên cứu thực ✓ Các số liệu luận văn hồn tồn trung thực chưa cơng bố h in M nghiên cứu khác hay phương tiện truyền thông Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm kết nghiên cứu Luận văn tốt ity C nghiệp ve ni U SINH VIÊN Huỳnh Long Thủ ity rs of gy lo no ch Te Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC MỤC LỤC i o H DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH v hi C MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU M 1.1 Tình hình ni chó h in 1.1.1 Thống kê số lượng chó giới 1.1.2 Tình hình ni chó Việt Nam ity C 1.2 Tổng quan bệnh da 1.2.1 Bệnh ngồi da chó 1.2.2 Bệnh da người U ni 1.3 Các tác nhân gây bệnh ve 1.3.1 Vi khuẩn 1.3.1.1 Một số nhóm vi khuẩn gây bệnh da thường gặp rs 1.3.1.2 Các biểu nhóm vi khuẩn gây ity 1.3.1.3 Khả lây lan sang người of 1.3.2 Nấm men 1.3.2.1 Các loài nấm men thường gây bệnh da chó Te 1.3.2.2 Các biểu bệnh nhóm nấm men gây ch 1.3.2.3 Khả lây lan sang người 1.3.3 Nấm sợi no 1.3.3.1 Một số nhóm nấm mốc gây bệnh thường gặp lo 1.3.3.2 Bệnh biểu bệnh nhóm nấm mốc gây gy 1.4 Tổng quan nấm men 10 1.4.1 Hình thái tế bào nấm men 10 1.4.2 Dinh dưỡng sinh trưởng nấm men 10 i Đồ án tốt nghiệp 1.4.3 Sinh sản nấm men 11 1.4.4 Nấm men gây bệnh 12 o H 1.5 Những nghiên cứu giới nấm men gây bệnh 12 1.6 Định danh nấm men 13 hi C 1.6.1 Định danh nấm men phương pháp truyền thống 14 1.6.1.1 Quan sát đặc điểm hình thái 14 M 1.6.1.2 Khảo sát đặc tính sinh lí, sinh thái 14 h in 1.6.2 Định danh nấm men sinh học phân tử 15 1.6.2.1 Đoạn gen rDNA 15 C 1.6.2.2 Nhân gen Kỹ thuật giải trình tự định danh lồi 17 ity CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 19 2.1 Vật liệu thiết bị 19 U 2.1.1 Dụng cụ 19 ni 2.1.2 Thiết bị 19 ve 2.1.3 Vật liệu 19 rs 2.1.3.1 Nguồn phân lập 19 ity 2.1.3.2 Hóa chất 20 2.2 Phương pháp nghiên cứu 21 of 2.2.1 Phân lập nấm men gây bệnh 21 Te 2.2.2 Quan sát hình thái nấm men 22 ch 2.2.2.1 Quan sát tế bào nấm men 22 2.2.2.2 Quan sát khuẩn ty thật khuẩn ty giả 23 no 2.2.3 Sử dụng sinh học phân tử định danh nấm men 24 lo 2.2.3.1 Tách chiết DNA 24 gy 2.2.3.2 Điện di 24 2.2.3.3 Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) 25 2.2.3.4 Giải trình tự định danh mẫu nấm men 29 ii Đồ án tốt nghiệp CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 33 3.1 Kết hình thái học nấm men 33 o H 3.1.1 Kết khuẩn lạc 33 3.1.2 Kết hình ảnh tế bào sinh dưỡng 34 hi C 3.1.3 Kết quan sát tế bào sinh sản 35 3.1.4 Kết quan sát khuẩn ty 35 M 3.2 Kết li trích, thu nhận nhân đoạn gen ITS rDNA nấm men 36 h in 3.2.1 Kết ly trích thu nhận gen nấm men 36 3.2.2 Kết nhân đoạn gen bảo tồn ITS rDNA nấm men 36 ity C 3.3 Kết so sánh vùng gen bảo tồn ITS rDNA nấm men ngân hàng gen NCBI thiết lập phân loài 37 3.3.1 Kết Giải trình tự vùng gen ITS rDNA mẫu nấm men 37 U ni 3.3.2 Kết so sánh trình tự ITS rDNA ngân hàng gen NCBI xây dựng phân loài 39 ve CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 43 rs 4.1 Kết luận 43 ity 4.2 Đề nghị 43 Tài liệu tham khảo 45 of gy lo no ch Te iii Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT o H Bp Base Pair hi C DNA Deoxyribonucleotide Acid EDTA Ethylene- diamine-Tetraacetic-Acid PDA Potato Dextrose Agar Tris-Acetic acid- Ethylenediamine- Tetraacetae ity TE Polymerase Chain Reatio C TAE h in M PCR Tris- Ethylenediamine- Tetraacet ity rs ve ni U of gy lo no ch Te iv Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH o H Bảng Bảng 1.1 Phát nấm men gây bệnh từ năm 1989 đến 1993………… ……… 13 hi C Bảng 1.2 Internal transcribed spacer region (ITS region, including the 5.8S gene)… 17 M Bảng 3.1 Hình ảnh kết hình thái khuẩn lạc ………………………………………33 h in Bảng 3.2 Hình ảnh tế bào sinh dưỡng…………………………………………………34 Bảng 3.3 Hình ảnh tế bào sinh sản nấm men…………………………………… 35 Hình ảnh ity C Bảng 3.4 Hình ảnh quan sát khuẩn ty ………………………… …………… …… 35 U ve ni Hình 1.1 Bảng đồ primer ITS…………………………………………… ………… 17 Hình 3.1 Kết kiểm tra ly trích gen mẫu nấm men……… …………… 36 rs Hình 3.2 Kết sản phẩm PCR ……………………………………….…………….37 ity Hình 3.3 Kết sản phẩm PCR M23-2 …………………………………… ………37 of Hình 3.4 Cây phát sinh lồi dựa so sánh trình tự vùng gen ITS rDNA Te chủng nấm men phân lập( M9-1, M9-5, M11-1, M23-2) loài nấm men ngân hàng ch gen…………………………………………………………………………………… 39 gy lo no v Đồ án tốt nghiệp o H MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài hi C Chó người bạn thân thiết người, người tiếp xúc với chó gần M lúc, dù trực tiếp hay gián tiếp Chính mà việc lây nhiễm h in bệnh nguy hiểm chó sang người vấn đề đáng quan tâm Hiện nay, nhu cầu sở hữu chó làm thú cưng người ngày cao, đa dạng, chủng C loài số lượng ngày nhiều, với điều kiện ni đa dạng có nhiều ity bệnh xuất chó có khả lây lan sang người U Trong bệnh dễ lây lan sang người bệnh ngồi da chó ni bệnh dễ cơng sang người Vì cần thơng qua tiếp xúc trực tiếp hay ve gián tiếp, điều kiện thích hợp người bị lây nhiễm rs Có nhiều tác nhân gây bệnh ngồi da chó, nấm men ity tác nhân quan trọng gây nên hậu nghiêm trọng cho chó người Vì để xác định lồi nấm men khóa luận tiến of hành phân lập bước đầu định danh kỹ thuật sinh học phân tử vùng gen ITS Te rDNA nhằm xác định số chủng nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh ch Mục đích nghiên cứu no ✓ Cung cấp thơng tin xác số chủng nấm men nhiễm bệnh da lo chó khả lây lan chúng sang người, nhằm tăng khả gy điều trị phòng ngừa lây lan chó bị nhiễm loại nấm men Đồ án tốt nghiệp ✓ Tạo nguồn giống nấm men cho nghiên cứu chuyên sâu bệnh học loài nấm men định danh o H Nhiệm vụ nghiên cứu hi C ✓ Phân lập số nấm men nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh M ✓ Định danh nấm men phương pháp sinh học phân tử dựa việc giải trình h in tự đoạn gen ITS rDNA nấm men ✓ Bước đầu xác định khả gây bệnh loài nấm men định danh dựa ity C nghiên cứu giới Phương pháp nghiên cứu U ✓ Sử dụng phương pháp sinh học phân tử giải trình tự đoạn gen bảo tồn ITS rDNA ni nấm men để định danh nấm men ve ✓ Các tài liệu phục vụ nghiên cứu tham khảo từ nghiên cứu, báo rs khoa học, luận văn khoa học sưu tầm internet ity ✓ Đề tài có sử dụng phần mềm: BioEdit 7.2.5.0, MEGA5 5.0.1.120, seaview4 4.32.0.0 of ✓ Ngân hàng gen http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Te Các kết đạt ch Sau trình nghiên cứu đề tài phân lập định danh loài nấm men, dựa gy Kết cấu đề tài lo khả gây bệnh nguy hiểm chó người no nghiên cứu giới bước đầu nhận định lồi nấm men có Đề tài gồm chương Đồ án tốt nghiệp Chương 1: Tổng quan tài liệu o H Trình bày thơng tin liên quan đến chó, nấm men thơng tin phương pháp sinh học phân tử sử dụng định danh nấm men hi C Chương 2: Vật liệu phương pháp nghiên cứu Trình bày tồn nguyên vật liệu, địa điểm, máy móc thiết bị phục vụ nghiên M cứu toàn quy trình, thao tác thực phương pháp nghiên cứu h in Chương 3: Kết biện luận C Trình bày kết chi tiết tồn trình thực nhiên cứu ity Chương 4: Kết luận đề nghị U ity rs ve nhằm hoàn thiện đề tài ni Tổng kết lại kết nghiên cứu đạt đưa đề nghị liên quan of gy lo no ch Te Đồ án tốt nghiệp CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ o H 4.1 Kết luận Sau tiến hành phân lập định danh vùng gen ITS mẫu nấm men hi C nhiễm bệnh da chó ni thành phố Hồ Chí Minh cho số kết luận sau Mẫu M9-1 phân lập từ giống chó Rock ni quận Thủ Đức có khả loài h in M Rhodotorula mucilaginosa với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 100% Mẫu M9-5 phân lập từ giống chó Rock ni quận Thủ Đức có khả lồi ity C Trichosporon asahii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 99% Mẫu M11-1 phân lập từ giống chó xù Bắc Hà ni quận Thủ Đức có khả U loài Meyerozyma guilliermondii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA ve ni 99% Mẫu M23-2 phân lập từ giống chó Pug ni quận Thủ Đức có khả lồi rs Pichia guilliermondii với mức tương đồng vùng gen ITS rDNA 79% ity Dựa thông tin từ nghiên cứu giới chủng nấm men of điều có khả gây bệnh cho người chó với mức độ khác nhau, đặc biệt với Te người bị suy giảm miễn dịch Trong đó, lồi Meyerozyma guilliermondii phát ca viêm da toàn thân lại có khả kháng ch thuốc kháng nấm Các chủng lại điều phát tác nhân gây nên no thương tổn nặng nề không da mà quan nội tạng khác gy lo 4.2 Đề nghị Qua trình nghiên cứu tìm hiểu thơng tin từ nghiên cứu giới loài nấm men định danh nấm men gây bệnh chó lây lan sang người Đặc biệt với người suy giảm miễn dịch Vì người điều trị ung thư, bị nhiễm HIV bệnh có liên quan đến hệ 43 Đồ án tốt nghiệp miễn dịch làm suy giảm miễn dịch khơng nên tiếp xúc với chó hay vật nuôi khác o H Do thời gian điều kiện thực luận văn có hạn nên có nhiều phần khơng thể thực nên chúng tơi có số đề nghị: hi C ✓ Khảo sát khả gây bệnh chủng nấm men phân lập h in M ✓ Khảo sát nhạy cảm chủng thuốc kháng nấm ity C ity rs ve ni U of gy lo no ch Te 44 Đồ án tốt nghiệp Tài liệu tham khảo o H ❖ Tài liệu tiếng Việt [3] Lý Thị Liên Khai Huỳnh Trần Phúc Hậu Khảo sát lưu hành số nấm hi C gây bệnh da, lơng chó tỉnh Sóc Trăng thử nghiệm thuốc điều trị Trường Đại học Cần Thơ Tạp chí Khoa học 2012:22c 47-56 M h in [6] Nguyễn Lân Dũng, Đào Thị Lương Nấm Men 11/07/2006 ❖ Tài liệu tiếng Anh C ity [1] The world wide population of dogs is astonishingly large.Published on September 19, 2012 by Stanley Coren, Ph.D., F.R.S.C in Canine Corner ni dandruff)? U [2] Ernest E Ward, Jr., DVM 2014 What causes “seborrhea” (dog dandruff and cat ve [4] Walker K, Skelton H, Smith K (2002) "Cutaneous lesions showing giant yeast ity rs forms of Blastomyces dermatitidis" Journal of Cutaneous Pathology (10): 616–618 [5] Kurtzman CP, Fell JW (2006) "Yeast Systematics and Phylogeny—Implications of Molecular Identification Methods for Studies in Ecology" Biodiversity and of Ecophysiology of Yeasts, The Yeast Handbook Te [7] Suh SO, McHugh JV, Pollock DD, Blackwell M (2005)."The beetle gut: a ch hyperdiverse source of novel yeasts" Mycological Research 109 (3): 261–265 no [8] Barnett JA (1975) "The entry of D-ribose into some yeasts of the gy lo genus Pichia" Journal of General Microbiology 90 (1): 1–12 [9] Arthur H, Watson K (1976) "Thermal adaptation in yeast: growth temperatures, membrane lipid, and cytochrome composition of psychrophilic, mesophilic, and thermophilic yeasts" Journal of Bacteriology 128: 56–68 45 Đồ án tốt nghiệp [10] Balasubramanian MK, Bi E, Glotzer M (2004) "Comparative analysis of cytokinesis in budding yeast, fission yeast and animal cells" Current Biology 14: o H R806–818 hi C [11] Yeong FM (2005) "Severing all ties between mother and daughter: cell separation in budding yeast" Molecular Microbiology 55 (5): 1325–1331 Cogliati M [12] M (2013) "Global gattii: h in neoformans and Cryptococcus molecular An epidemiology atlas of ofCryptococcus the molecular types" Scientifica 2013: 675213 C [13] O' Meara TR, Alspaugh JA (2012) "The Cryptococcus neoformans capsule: A ity sword and a shield" Clinical Microbiology Reviews 25 (3): 387–408 U [14] Ainsworth, G C 1986 History of medical and veterinary mycology, p.43–47 ni Cambridge University Press, Cambridge ve [15] G C Ainsworth, History of medical and veterinary mycology, p 1986 43–47 ity rs Cambridge University Press, Cambridge [16] M.G Rinaldi,BiologyandpathogenicityofCandidaspecies,p.1–20 In G P Bodey of (ed.), Candidiasis: pathogenesis, diagnosis and treatment Raven Press, New Te York.1993 ch [17] Rinaldi,M.G.1993.Biology and pathogeni city of Candida species, p.1–20.In G P no Bodey (ed.), Candidiasis: pathogenesis, diagnosis and treatment Raven Press, New York lo and new challenges Infect Dis Clin North Am 3:867–882 46 gy [18] Anaissie, E., and G P Bodey 1989 Nosocomial fungal infections: old problems Đồ án tốt nghiệp [19] Anaissie, E., G P Bodey, H Kantarjian, J Ro, S E Vartivarian, R Hopfer, J.Hoy, and K.Rolston 1989 New spectrum of fungal infections in patients with cancer o H Rev Infect Dis 11:369–378 hi C [20] Samonis,G.,andD.Bafaloukos.1992.Fungal infections in cancer patients: an escalating problem In Vivo 6:183–194 M [21] Beck-Sague´, C M., W R Jarvis, and the National Nosocomial Infections h in Surveillance System 1993 Secular trends in the epidemiology of nosoco-mial fungal infections in the United States, 1980–1990 J Infect Dis 167: 1247–1251 C [22] Borg von-Zepelin, M., H Eiffert, M Kann, and R Ruăchel 1993 Changes in the ity spectrum of fungal isolates: results from clinical specimens gathered in 1987/1988 ve ni Mycoses 36:247–253 U compared with those in 1991/1992 in the University Hospital, Goăttingen, Germany [23] Y Van de Peer, J Jansen, P De Rijk, and R De Wachter 1996 Database on the rs structure of small ribosomal subunit RNA Nucleic Acids Res Jan 1, 1997; 25(1): 111– ity 116 [24] White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J., 1989 Amplification and direct sequencing of of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics In: Innis M, Gelfand DH, Sninsky JJ, ch California: Academic Press Inc p 315–322 Te White TJ, eds PCR protocols: a guide to methods and applications San Diego, lo no [25] Bruns TD, Szaro TM., 1992 Rate and mode differences between nuclear and mitochondrial small-subunit rRNA genes in mushrooms Mol Biol Evol 9: 836 -855 [26] David Ellis ,The University of Adelaide,“Rhodotorula rubra”, Mycology Online, gy 2014 47 Đồ án tốt nghiệp [27] McPartland JM, Goff JP (1991) "Neotypification of Trichosporon beigelii: morphological, pathological and taxonomic considerations".Mycotaxon 41: 173–178 o H [28] David Ellis 2005 Trichosporon beigelii The University of Adelaide Australia hi C [29] Cuenca-Estrella, M., L Rodero, G Garcia-Effron, and J L Rodriguez Tudela 2002 Antifungal susceptibilities of Candida spp isolated from blood in Spain M and Argentina, 1996-1999 J Antimicrob Chemother h in [34] Pavlov, A R.; Pavlova, N V.; Kozyavkin, S A.; Slesarev, A I (2004) "Recent C developments in the optimization of thermostable DNA polymerases for efficient ity applications☆" Trends in Biotechnology 22 (5): 253–260 U [35] Chien A, Edgar DB, Trela JM (1976) "Deoxyribonucleic acid polymerase from ve ni the extreme thermophile Thermus aquaticus" J Bacteriol 127 (3): 1550–1557 [36] Sharkey, D J.; Scalice, E R.; Christy, K G.; Atwood, S M.; Daiss, J L (1994) rs "Antibodies as Thermolabile Switches: High Temperature Triggering for the ity Polymerase Chain Reaction" Bio/Technology 12 (5): 506–509 of ❖ Tài liệu mạng Te [30]http://vietsciences.free.fr/khaocuu/nguyenlandung/phanloaivisinhbangsinhhocphan tu.htm ch no [31] http://www.vsmmb.com/data/upload_file/File/PCR%20book%201/PCR_basic.pdf tin-khong-82093.aspx [33] http://www.virbac.vnn.vn/thong-tin-ki-thuat/890/benh-viem-da-co-mu 48 gy lo [32]http://danluat.thuvienphapluat.vn/nuoi-cho-phai-dang-ky-va-duoc-cap-so-ban-co- Đồ án tốt nghiệp o H hi C h in M ity C ity rs ve ni U of gy lo no ch Te 49 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục o H A Hình ảnh trang thiết bị phục vụ nghiên cứu hi C B Kết so sánh trình tự ITS rDNA mẫu nấm men với ngân hàng gen NCBI M Kết so sánh M9-1 với Rhodotorula mucilaginosa KDLYL10 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA h in Kết so sánh M9-5 với Trichosporon asahii trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA ity C Kết so sánh M11-1 với Meyerozyma guilliermondii KAML05 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Kết so sánh M23-2 với Pichia guilliermondii WM 02.91trên trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA ity rs ve ni U of gy lo no ch Te i Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC A Hình ảnh trang thiết bị phục vụ nghiên cứu o H hi C h in M Hộp đèn soi UV Uvintec ity C Máy li tâm lạnh MIKRO 220R ity rs ve ni U Nguồn EC105 Bể điện di IBI QS- 710 Máy PCR sprint thermo Cycler of BioRad UV CCD Camera gy lo no ch Te Kính hiển vi Nikon eclipse 80i Đồ án tốt nghiệp o H B Kết so sánh trình tự ITS rDNA mẫu nấm men với ngân hàng gen NCBI Kết so sánh M9-1 với Rhodotorula mucilaginosa KDLYL10 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA hi C Score M 1114 bits(603) Expect Identities Gaps Strand 0.0 603/603(100%) 0/603(0%) Plus/Plus h in CGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAATATAGGACGTCCAACTTAACTTGGAGT C Query 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ity CGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAATATAGGACGTCCAACTTAACTTGGAGT 64 Query 61 CCGAACTCTCACTTTCTAACCCTGTGCACTTGTTTGGGATAGTAACTCTCGCAAGAGAGC 120 U Sbjct |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ni 65 CCGAACTCTCACTTTCTAACCCTGTGCACTTGTTTGGGATAGTAACTCTCGCAAGAGAGC Query 121 GAACTCCTATTCACTTATAAACACAAAGTCTATGAATGTATTAAATTTTATAACAAAATA ve Sbjct 124 180 rs |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 125 GAACTCCTATTCACTTATAAACACAAAGTCTATGAATGTATTAAATTTTATAACAAAATA Query 181 AAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT ity Sbjct 184 240 of |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 185 AAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT Query 241 AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC 244 Te Sbjct 300 AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC 304 Query 301 ATGGTATTCCGTGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAATACTTCAACCCTCCTCTTTCT 360 Sbjct 305 ATGGTATTCCGTGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAATACTTCAACCCTCCTCTTTCT 364 Query 361 TAATGATTGAAGAGGTGTTTGGTTTCTGAGCGCTGCTGGCCTTTACGGTCTAGCTCGTTC 420 Sbjct 365 TAATGATTGAAGAGGTGTTTGGTTTCTGAGCGCTGCTGGCCTTTACGGTCTAGCTCGTTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 424 gy 245 lo Sbjct no ch |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Đồ án tốt nghiệp Query 421 GTAATGCATTAGCATCCGCAATCGAACTTCGGATTGACTTGGCGTAATAGACTATTCGCT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| o H Sbjct 425 GTAATGCATTAGCATCCGCAATCGAACTTCGGATTGACTTGGCGTAATAGACTATTCGCT 484 Query 481 GAGGAATTCTAGTCTTCGGACTAGAGCCGGGTTGGGTTAAAGGAAGCTTCTAATCAGAAT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| hi C Sbjct 485 GAGGAATTCTAGTCTTCGGACTAGAGCCGGGTTGGGTTAAAGGAAGCTTCTAATCAGAAT 544 Query 541 GTCTACATTTTAAGATTAGATCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATAT 600 M 545 Query 601 GTCTACATTTTAAGATTAGATCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATAT 604 h in Sbjct |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CAA 603 ||| 605 CAA C Sbjct 607 ity 1005 bits(544) 0.0 15 Gaps Strand 560/567(99%) 4/567(0%) Plus/Plus ity Query Identities rs Expect ve Score ni U Kết so sánh M9-5 với Trichosporon asahii trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA GGAAGTAAAAGTCGTAACATTCGTTTTCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAT ||||||||||||||||||| 74 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| of GGAAGTAAAAGTCGTAACA-AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAT Query 75 TGCCTTTATAGGCTTATAACTATATCCACTTACACCTGTGAACTGTTCTACTACTTGACG Te Sbjct 59 134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 60 TGCCTTTATAGGCTTATAACTATATCCACTTACACCTGTGAACTGTTCTACTACTTGACG ch 119 Query 135 CAAGTCGAGTATTTTTACAAACAATGTGTAATGAACGTCGTTTTATTATAACAAAATAAA 194 no Sbjct |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 120 CAAGTCGAGTATTTTTACAAACAATGTGTAATGAACGTCGTTTTATTATAACAAAATAAA 179 Query 195 ACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA 254 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 ACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA 239 gy lo Sbjct Đồ án tốt nghiệp Query 255 GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAGCTTGCGCTCTCT 314 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| o H Sbjct 240 GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAGCTTGCGCTCTCT 299 Query 315 GGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTCAGTGTCATGAAATCTCAACCACTAGGGTTTCCTA 374 hi C |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 300 GGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTCAGTGTCATGAAATCTCAACCACTAGGGTTTCCTA 359 Query 375 ATGGATTGGATTTGGGCGTCTGCGATTTCTGATCGCTCGCCTTAAAAGAGTTAGCAAGTT 434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| h in M Sbjct Sbjct 360 ATGGATTGGATTTGGGCGTCTGCGATTTCTGATCGCTCGCCTTAAAAGAGTTAGCAAGTT 419 Query 435 TGACATTAATGTCTGGTGTAATAAGTTTCACTGGGTCCATTGTGTTGAAGCGTGCTTCTA 494 C |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ity 420 TGACATTAATGTCTGGTGTAATAAGTTTCACTGGGTCCATTGTGTTGAAGCGTGCTTCTA 479 Query 495 ATCGTCCGCAAGGACAATTACTTTGACTCTGGCCT-AAATCAGGTAGGACTACCCGCTGA 553 U Sbjct ni ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 480 ATCGTCCGCAAGGACAATTACTTTGACTCTGGCCTGAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGA Query 554 ACTTAAGCATATCAA-AAGTCGGAGGA ACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA 565 ity 540 579 rs ||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 539 ve Sbjct of Kết so sánh M11-1 với Meyerozyma guilliermondii KAML05 trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA Te Expect Identities Gaps 1149 bits(622) 0.0 633/638(99%) 2/638(0%) Plus/Plus no Query Strand ch Score TTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC Sbjct 47 TTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC 106 Query 64 AGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACCTTACACACAGTGTCTTTTTG 123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gy lo |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 63 Đồ án tốt nghiệp Sbjct 107 AGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACCTTACACACAGTGTCTTTTTG 166 Query 124 ATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTTAACAAAAC 183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| o H 167 ATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTTAACAAAAC 226 Query 184 ACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAACTTTTGAATTAATCTTCAAAACTTTCAACAA 243 hi C Sbjct 227 ACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAAATTTTGAATTAATCTTCAAAACTTTCAACAA 286 M Sbjct ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| CGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATATGAAT 303 Query 244 h in |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 287 CGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATATGAAT Query 304 TGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCAGA ity C Sbjct 346 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 347 TGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCAGA Query 364 GGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGTATTGAGTGATA ni U Sbjct 406 423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ve 407 GGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGTATTGAGTGATA Query 424 CTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTACTGGATAGTGC rs Sbjct 466 483 ity |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 467 CTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTACTGGATAGTGC Query 484 TGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCGTTGAATGGTGTGGCGGGATATTTC of Sbjct 526 543 Te |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCGTTGAATGGTGTGGCGGGATATTTC 586 Query 544 TGGTATTGTTGGCCCGGCCTTACAACAACCAAACAAGTTTGACCTCAAATCAGGTA-GAA 602 Sbjct 587 TGGTATTGTTGGCCCGGCCTTACAACAACCAAACAAGTTTGACCTCAAATCAGGTAGGAA 646 Query 603 TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAAGGCCGGAGGAA lo 527 ch Sbjct no |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| Sbjct 647 TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC-GGAGGAA 683 gy 640 Đồ án tốt nghiệp Kết so sánh M23-2 với Pichia guilliermondii WM 02.91trên trình tự đoạn gen ITS 5.8S rDNA o H Expect Identities Gaps Strand 342 bits(185) 3e-90 416/527(79%) 17/527(3%) Plus/Plus hi C Score Query 24 M 15 Query 83 ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| CATTACAGAAGTTTTTAGCCAGCCATTAACTGCGCGGCGAAAAACCCCGACTTCACTGAG |||||||| | | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || C CATTACAGTATTCTTTTGCCAGCGCTTAACTGCGCGGCGAAAAACC-TTAC-ACACAGTG Query 143 TCGTAATGA-CCATTCCTCTTGCTTTGGTACGGCCTAGAGATAGGTTGGCCCACAGGTTT ity 75 || ||||||||||||| 133 TCTTTTTGATACAGAACTCTTGCTTTGGTTTGGCCTAGAGATAGGTTGGGCCAGAGGTTT Query 202 AACAAAACACAATTTAATTATTTTTACAGAAA-TAAAATGAACAACTT-TCTTCAAGA-T ve ni Sbjct ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| || | rs AACAAAACACAATTTAATTATTTTTACAGTTAGTCAAATTTTGAATTAATCTTCAAAACT Query 259 ATCAACAACTGGATCCAAGGGTTCT-GCTCCGA-GAAGAAAGCAGGGAAAACGCAAATAA ity 193 ||| |||||| |||| |||| of |||||| || TTCAACAAC-GGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAAT-GCGA-TAA Query 317 AATTTGCCCCGCAGATTTTAC-GAATCATGGAAGATTC-ATCGTAGCCGGCGCCCTCT || 192 258 | || | 252 316 309 372 ||||||||| 310 GTAATATGAATTGCAGATTTTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCT 369 Query 373 GGTATTCCGGCGGGCATTCCCCTTTGAGCGTCATTTCCCCATCAAACCCCCGGGTTTGGT 432 ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 370 GGTATTCCAGAGGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCTCTCTCAAACCCCCGGGTTTGGT 429 Query 433 AATGAGGGATAGTCTTAGTCGGACTAGTCGTTTGCC-GAAAAGTATCGGCGACGTTAGTT 491 | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| | |||| gy lo |||||||| | |||||| || no Sbjct ch ||||||| ||| Te 253 ||||||||| 201 || | ||| Sbjct ||| || 132 ||||||| | | Sbjct |||||||| ||||| 142 |||||||||||||||||| ||| |||||| U ||| 74 ||| | | Sbjct || | 82 | |||||||| GTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT h in Sbjct GTCATCTAGAGAAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTT-CCGTAGGTGAACAAGGGGAAGGAT Đồ án tốt nghiệp Sbjct 430 ATTGAGTGATACTCTTAGTCGGACTAGGCGTTTGCTTGAAAAGTATTGGCATGGGTAGTA Query 492 TTGGATAGGAAGGTCGATCTGTAAATGTATTAGGTTTATCCAATTCG | ||||| o H Sbjct 490 489 538 ||||| || | |||||||||||||||||||| ||| CTAGATAGTGCTGTCGACCTCTCAATGTATTAGGTTTATCCAACTCG 536 hi C h in M ity C ity rs ve ni U of gy lo no ch Te