(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử phục vụ chọn tạo giống bí đỏ (Cucurbita spp.) có hàm lượng chất khô cao

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM TRẦN THỊ HUỆ HƯƠNG NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN TẠO GIỐNG BÍ ĐỎ (CUCURBITA spp.) CĨ HÀM LƯỢNG CHẤT KHÔ CAO LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM TRẦN THỊ HUỆ HƯƠNG NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN TẠO GIỐNG BÍ ĐỎ (CUCURBITA spp.) CĨ HÀM LƯỢNG CHẤT KHƠ CAO LUẬN ÁN TIẾN SĨ NƠNG NGHIỆP Chun ngành: Cơng nghệ sinh học Mã số: 9420201 Người hướng dẫn khoa học: Hà Nội - 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan, cơng trình nghiên cứu tơi hướng dẫn khoa học PGS.TS Lã Tuấn Nghĩa, số liệu kết nghiên cứu luận án trung thực chưa cơng bố cơng trình khác Tôi xin cam đoan rằng, giúp đỡ, hợp tác cho việc thực luận án cảm ơn thơng tin trích dẫn luận án dẫn rõ nguồn gốc Tác giả luận án NCS Trần Thị Huệ Hương ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, nghiên cứu sinh nhận quan tâm giúp đỡ nhiệt tình Thầy, Cơ giáo, tập thể, cá nhân bạn bè đồng nghiệp gia đình Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Lã Tuấn Nghĩa – Giám đốc Trung tâm Tài nguyên thực vật người thầy vô tâm huyết, động viên, bảo để nghiên cứu sinh thực luận án cách tốt nhất, cảm ơn TS Hồng Thị Huệ, Trưởng mơn Cơng nghệ sinh học, Trung tâm tài nguyên thực vật TS Lê Thị Thu Trang nhóm tác giả đề tài ln tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài và hồn thành luận án Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo Trung tâm Tài nguyên thực vật, bạn bè, đồng nghiệp nơi sinh hoạt chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi cho tơi q trình học tập thực đề tài Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn Thầy, Cô giáo giảng dạy học phần tiến sĩ, Thầy, Cô thành viên Hội đồng đánh giá luận án cấp, đặc biệt hai phản biện độc lập có góp ý quý báu cho luận án; xin cảm ơn lãnh đạo anh, chị em Ban Thông tin Đào tạo, cán Ban VAAS ln động viên, tận tình giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Đặc biệt xin cảm ơn phản biện độc lập có nhận xét chi tiết, giúp nghiên cứu sinh chỉnh sửa, hồn thiện luận án tốt Cuối cùng, tơi vơ biết ơn Ba, Mẹ, thành viên gia đình ln bên cạnh, động viên khích lệ, tiếp thêm sức mạnh nghị lực để tơi hồn thiện cơng trình nghiên cứu Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 21 tháng 12 năm 2021 Tác giả NCS Trần Thị Huệ Hương iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC BẢNG ……………………………………………………… ix DANH MỤC HÌNH ……………………………………………………… x MỞ ĐẦU I Tính cấp thiết đề tài nghiên cứu Mục tiêu đề tài 3.1 Ý nghĩa khoa học 3.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tượng phạm vi nghiên cứu 4.1 Đối tượng nghiên cứu 4.2 Phạm vi, thời gian nghiên cứu Những đóng góp luận án CHƯƠNG I TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 1.1 Cơ sở khoa học đề tài 1.2 Tổng quan tình hình nghiên cứu bí đỏ 1.2.1 Nguồn gốc phân loại nguồn gen bí đỏ 1.2.2 Đặc điểm thực vật đặc điểm sinh sản bí đỏ 1.2.3 Yêu cầu điều kiện sinh thái 10 1.3 Vai trị, giá trị sử dụng bí đỏ 11 1.3.1 Giá trị dinh dưỡng sử dụng bí đỏ 11 1.3.2 Hàm lượng chất khơ bí đỏ 14 1.4 Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ giới Việt Nam 17 1.4.1 Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ giới 17 iv 1.4.2 Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ Việt Nam 18 1.5 Nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen bí đỏ 19 1.5.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền bí đỏ thị hình thái 20 1.5.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền bí đỏ thị phân tử ADN 23 1.6 Nghiên cứu đồ di truyền phân tử nguồn gen bí đỏ 30 1.7 Một số nhận xét rút từ tổng quan tài liệu 33 CHƯƠNG II VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU …………………………………………………………………………… 36 2.1 Vật liệu nghiên cứu 36 2.1.1 Các mẫu giống bí đỏ sử dụng làm vật liệu 36 2.1.2 Chỉ thị phân tử SSR 36 2.2 Nội dung nghiên cứu 37 2.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 37 2.4 Phương pháp nghiên cứu 38 2.4.1 Phương pháp mô tả, đánh giá đặc điểm nơng sinh học mẫu giống bí đỏ 39 2.4.2 Phương pháp phân tích tiêu hóa sinh liên quan đến chất lượng 42 2.4.3 Phương pháp xác định mẫu giống bí đỏ triển vọng 45 2.4.4 Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền mẫu giống bí đỏ sử dụng thị phân tử SSR 46 2.4.5 Phương pháp xác định thị liên kết với tính trạng hàm lượng chất khơ 48 2.4.6 Phương pháp xử lý số liệu phân tích kết 49 CHƯƠNG III KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 50 3.1 Kết đánh giá đặc điểm nơng sinh học mẫu giống bí đỏ nghiên cứu 50 3.1.1 Khả sinh trưởng phát triển mẫu giống bí đỏ 50 v 3.1.2 Đánh giá suất yếu tố cấu thành suất 59 3.1.3 Đánh giá số tiêu chất lượng mẫu giống bí đỏ 62 3.1.4 Xác định số mẫu giống bí đỏ triển vọng sử dụng làm vật liệu chọn tạo giống giới thiệu sản xuất theo hướng hàm lượng chất khô, suất cao 66 3.2 Kết đánh giá đa dạng di truyền mẫu giống bí đỏ sử dụng thị phân tử 70 3.2.1 Kết tách chiết tinh ADN tổng số 70 3.2.2 Đánh giá đa hình thị SSR với tập đồn bí đỏ nghiên cứu 71 3.2.3 Quan hệ di truyền mẫu giống bí đỏ tập đoàn 71 3.3 Xác định thị phân tử liên kết hàm lượng chất khô cao phục vụ chọn tạo giống bí đỏ chất lượng 82 3.3.1 Lựa chọn bố mẹ lai tạo, đánh giá, chọn lọc tổ hợp lai F1 thích hợp cho nghiên cứu 82 3.3.2 Đánh giá hàm lượng chất khô quần thể lai F2 90 3.3.3 Đánh giá kiểu gen giống bố mẹ quần thể F2 93 3.3.4 Xây dựng đồ liên kết di truyền bí đỏ xác ̣nh chỉ thi ̣ liên kế t với tính trạng hàm lượng chấ t khô 95 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 101 Kết luận 101 Đề nghị 102 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN TỚI LUẬN ÁN 103 TÀI LIỆU THAM KHẢO 104 DANH MỤC CÁC PHỤ LỤC 119 vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Diễn giải ADN Axít Deoxyribonucleic (Deoxyribonucleic acid) AFLP Đa hình chiều dài đoạn nhân (Amplified Fragment Length Polymorphism) AVRDC Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Rau Châu Á; Trung tâm Rau Thế giới (Asian Vegetable Research and Development Centre; now changed to World Vegetable Center) Bp Cặp bazơ (Base pairs) RCB Khối Ngẫu nhiên đủ (Randomized Completely Block) CTAB Dung dịch đệm Cetyl trimethylammonium bromide dNTP Deoxynucleotide triphosphates HLCK Hàm lượng chất khô IPGRI Viện Tài nguyên di truyền thực vật Quốc tế; Viện Đa dạng sinh học Quốc tế (International Plant Genetic Resources Institute, now changed to Bioversity International) ISSR Đoạn lặp trình tự đơn (Inter - Simple Sequence Repeat) KL Khối lượng KLTB Khối lượng trung bình Locus Locut (Vị trí gen nhiễm sắc thể) Maker Chỉ thị Locus Locut (Vị trí gen nhiễm sắc thể) NHG Ngân hàng gen NSLT Năng suất lý thuyết NSTT Năng suất thực thu RAPD ADN đa hình nhân ngẫu nhiên (Random Amplified Polymorphic DNAs) vii PCR Phản ứng chuỗi Polymerase (Polymerase Chain Reaction) PIC Hệ số Thông tin đa hình (Polymorphism Information Content) Ppm Phần triệu (Parts per million) SĐK Số đăng ký SNP Đa hình Nucleotide đơn (Single Nucleotide Polymorphism) TGST Thời gian sinh trưởng TNTV Tài nguyên thực vật UPOV Hiệp hội bảo hộ giống trồng (Union for the Protection of New Varieties of Plants) WHO Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organization) viii DANH MỤC BẢNG TT Nội dung Trang 1.1 Các nhóm lồi phân bố Chi Cucurbita ……………………… 1.2 Thành phần dinh dưỡng bí đỏ ………………………………… 12 1.3 Thành phần hóa học dinh dưỡng bí đỏ ………………… 14 1.4 Diện tích, suất sản lượng số rau họ bầu bí giới năm 2019, 17 1.5 Diện tích, suất sản lượng bí đỏ Việt Nam năm 2020 … 19 3.1 Phân nhóm mẫu giống bí đỏ nghiên cứu theo đặc điểm hình thái thân, 52 3.2 Phân nhóm mẫu giống bí đỏ theo đặc điểm hình thái 56 3.3 Phân nhóm mẫu giống bí đỏ nghiên cứu theo yếu tố cấu thành suất 60 3.4 Một số tiêu chất lượng mẫu giống bí đỏ nghiên cứu 63 3.5 Kết chọn lọc 14 mẫu giống bí đỏ có triển vọng theo chương trình chọn dòng (Selection Index) 67 3.6 Thông tin 14 mẫu giống bí đỏ địa phương tuyển chọn 69 3.7 Đa hình locut SSR mẫu giống bí đỏ 77 3.8 Các mẫu giống bí đỏ sử dụng làm vật liệu lai tạo 83 Bảng 3.9 Các tổ hợp lai bí đỏ tạo quần thể lai theo hướng 84 hàm lượng chất khô cao 84 3.10 Kết phát triển thu hoạch tổng số hoa lai tổ hợp lai bí đỏ theo hướng có hàm lượng chất khơ cao 85 3.11 Kết lai ta ̣o quần thể F1 bí đỏ theo hướng hàm lượng chất khô 88 3.12 Thông tin đặc điểm nơng học chất lượng dịng bố mẹ lai tạo quần thể xác định thị liên kết hàm lượng chất khơ cao bí đỏ 89 3.14 Hàm lượng chất khô 120 dòng F3 bí đỏ 91 156 Phụ lục Kết chạy phần mềm Mapmaker/Exp v.3.0b ************************************************************** ********** * Output from: Wed Nov 20 20:27:55 2019 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************** ********** data from 'CKBD.TXT' are loaded F2 intercross data (120 individuals, 69 loci) 'photo' is on: file is 'CKBD-MAP.OUT' 3> CENT kos centimorgan function: Kosambi 4> seq all sequence #1= all 5> group 0.5 20 Linkage Groups at LOD 0.50, max Distance 20.0 group1= 13 14 28 30 47 67 group2= 37 38 40 52 63 group3= 17 26 39 51 53 56 70 group4= 25 32 36 42 55 64 65 group5= 10 24 45 54 57 group6= 11 31 43 44 46 50 62 group7= 12 21 29 58 61 68 group8= 15 16 18 23 27 group9= 19 35 41 69 71 group10= 22 33 34 48 49 59 60 6> seq {group1} sequence #2= {group1} 157 7> compare Best 20 orders: 1: 47 30 13 14 67 28 Like: 0.00 2: 47 30 13 28 67 14 Like: -0.02 3: 47 13 30 14 67 28 Like: -0.25 4: 47 13 30 14 67 28 Like: -0.98 5: 47 30 13 28 14 67 Like: -2.34 6: 47 30 13 14 28 67 Like: -2.82 7: 47 13 30 28 67 14 Like: -2.97 8: 47 13 30 14 28 67 Like: -3.07 9: 13 30 47 14 67 28 Like: -3.18 10: 47 13 30 28 67 14 Like: -3.69 11: 47 13 30 14 28 67 Like: -3.80 12: 47 30 13 67 14 28 Like: -3.80 13: 47 30 13 67 28 14 Like: -4.05 14: 47 30 13 14 67 28 Like: -4.26 15: 47 30 13 28 67 14 Like: -4.27 16: 47 28 67 14 30 13 Like: -4.43 17: 13 30 47 28 67 14 Like: -4.80 18: 14 30 13 47 67 28 Like: -4.92 19: 13 47 30 14 67 28 Like: -4.95 20: 28 13 30 47 67 14 Like: -5.08 order1 is set 8> 8> make chromosome c1 chromosomes defined: c1 9> seq order1 sequence #3= order1 10> attach c1 - attached to c1 47 - attached to c1 30 - attached to c1 13 - attached to c1 14 - attached to c1 - attached to c1 67 - attached to c1 28 - attached to c1 ok 11> frame c1 setting framework for chromosome c1 ======================================================= 158 ======================== c1 framework: Markers Distance CMTp210 13.6 cM 47 CMTm224 11.2 cM 30 CMTm158 8.5 cM 13 CMTp208 14.8 cM 14 PU026252 11.2 cM CMTp133 11.0 cM 67 CMTm157 13.3 cM 28 comp9873 -83.5 cM markers log-likelihood= -264.78 ======================================================= ======================== 12> seq {group2} sequence #4= {group2} 13> compare Best 20 orders: 1: 38 37 52 63 40 Like: 0.00 2: 38 52 63 40 37 Like: -0.17 3: 52 63 40 37 38 Like: -0.85 4: 37 52 63 40 38 Like: -1.57 5: 38 52 37 40 63 Like: -2.06 6: 38 37 52 63 40 Like: -2.31 7: 38 52 37 40 63 Like: -2.76 8: 37 38 52 63 40 Like: -3.02 9: 52 63 40 37 38 Like: -3.23 10: 38 52 37 40 63 Like: -3.33 11: 38 52 37 63 40 Like: -3.51 12: 38 52 37 40 63 Like: -3.77 13: 38 37 52 63 40 Like: -3.81 14: 52 38 37 40 63 Like: -3.83 15: 38 52 37 40 63 Like: -4.23 16: 37 52 38 40 63 Like: -4.24 17: 52 63 40 37 38 Like: -4.63 18: 38 52 63 40 37 Like: -4.67 19: 38 52 37 63 40 Like: -4.69 20: 37 38 52 63 40 Like: -4.70 order1 is set 14> make chromosome c2 chromosomes defined: c1 c2 159 15> seq order1 sequence #5= order1 16> attach c2 38 - attached to c2 - attached to c2 37 - attached to c2 52 - attached to c2 63 - attached to c2 40 - attached to c2 ok 17> frame c2 setting framework for chromosome c2 ======================================================= ======================== c2 framework: Markers Distance 38 CMTm202 19.7 cM CMTmC62 14.4 cM 37 CMTmC60 14.0 cM 52 CMTm14 15.5 cM 63 CMTm253 14.6 cM 40 CMTm120 -78.3 cM markers log-likelihood= -230.62 ======================================================= ======================== 18> seq {group3} sequence #6= {group3} 19> compare Best 20 orders: 1: 39 53 51 17 56 70 26 Like: 0.00 2: 17 56 70 26 53 51 39 Like: -0.44 3: 53 51 39 17 56 70 26 Like: -0.59 4: 39 51 53 17 56 70 26 Like: -1.09 5: 17 51 53 39 56 70 26 Like: -1.51 6: 39 56 70 26 53 51 17 Like: -1.63 7: 39 17 51 53 56 70 26 Like: -1.88 8: 53 51 17 39 56 70 26 Like: -2.06 9: 17 39 51 53 56 70 26 Like: -2.38 10: 51 17 56 70 26 53 39 Like: -2.63 11: 17 53 51 39 56 70 26 Like: -2.69 12: 17 56 70 53 26 51 39 Like: -2.82 160 13: 26 51 17 56 70 53 39 Like: -2.94 14: 39 56 70 26 17 51 53 Like: -2.98 15: 39 56 17 51 53 70 26 Like: -3.14 16: 39 51 17 56 70 26 53 Like: -3.18 17: 51 39 17 56 70 26 53 Like: -3.24 18: 53 51 17 56 70 26 39 Like: -3.31 19: 53 51 39 56 70 26 17 Like: -3.40 20: 17 56 70 26 53 39 51 Like: -3.45 order1 is set 20> make chromosome c3 chromosomes defined: c1 c2 c3 21> seq order1 sequence #7= order1 22> attach c3 39 - attached to c3 53 - attached to c3 51 - attached to c3 - attached to c3 17 - attached to c3 56 - attached to c3 70 - attached to c3 - attached to c3 26 - attached to c3 ok 23> frame c3 setting framework for chromosome c3 ======================================================= ======================== c3 framework: Markers Distance 39 CMTm217 23.6 cM 53 CMTm192 20.1 cM 51 CMTp37 14.5 cM CMTp231 18.5 cM 17 CMTmC38 19.1 cM 56 CMTm222 13.1 cM 70 CMTp107 14.3 cM CMTp26 17.7 cM 26 CMTm39 -140.9 cM markers log-likelihood= -357.80 ======================================================= 161 ======================== 24> seq {group4] error in sequence: mismatched ']' 25> seq {group4} sequence #8= {group4} 26> compare Best 20 orders: 1: 42 64 25 55 32 36 65 Like: 0.00 2: 42 64 25 55 32 65 36 Like: -0.46 3: 42 64 25 55 32 65 36 Like: -1.05 4: 42 64 25 65 36 32 55 Like: -1.51 5: 42 64 25 55 32 36 65 Like: -1.66 6: 42 64 25 55 32 36 65 Like: -1.80 7: 42 64 25 55 32 36 65 Like: -1.92 8: 42 64 25 55 32 36 65 Like: -2.01 9: 64 25 55 32 36 65 42 Like: -2.30 10: 55 25 64 42 65 36 32 Like: -2.32 11: 42 64 25 55 36 65 32 Like: -2.47 12: 25 64 42 65 36 32 55 Like: -2.68 13: 42 64 25 55 32 65 36 Like: -2.71 14: 42 64 25 55 32 36 65 Like: -2.72 15: 42 64 25 55 32 65 36 Like: -2.97 16: 42 64 65 36 32 55 25 Like: -2.98 17: 42 64 25 55 32 65 36 Like: -3.07 18: 25 64 42 65 36 32 55 Like: -3.15 19: 42 64 25 36 65 32 55 Like: -3.20 20: 25 64 42 65 36 32 55 Like: -3.35 order1 is set 27> make chromosome c4 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 28> seq order1 sequence #9= order1 29> attach c4 42 - attached to c4 64 - attached to c4 25 - attached to c4 - attached to c4 - attached to c4 55 - attached to c4 32 - attached to c4 36 - attached to c4 162 65 - attached to c4 ok 30> frame c4 setting framework for chromosome c4 ======================================================= ======================== c4 framework: Markers Distance 42 CMTmC15 16.4 cM 64 CMTm96 15.3 cM 25 CMTm188 15.2 cM CMTm83 18.0 cM CMTm233 19.7 cM 55 CMTm207 17.3 cM 32 CMTmC61 16.7 cM 36 CMTm230 14.7 cM 65 CMTm236 -133.3 cM markers log-likelihood= -339.08 ======================================================= ======================== 31> seq {group5} sequence #10= {group5} 32> compare Best 20 orders: 1: 24 54 10 45 57 Like: 0.00 2: 54 24 57 45 10 Like: -0.72 3: 24 54 57 45 10 Like: -1.01 4: 54 24 10 45 57 Like: -1.18 5: 54 24 10 45 57 Like: -1.65 6: 24 54 10 45 57 Like: -1.81 7: 54 24 57 10 45 Like: -1.86 8: 24 54 57 10 45 Like: -2.37 9: 54 24 57 45 10 Like: -3.01 10: 24 54 10 45 57 Like: -3.42 11: 45 10 54 24 57 Like: -3.50 12: 24 54 45 10 57 Like: -3.79 13: 45 10 24 54 57 Like: -3.92 14: 54 24 10 57 45 Like: -4.11 15: 54 24 57 10 45 Like: -4.23 16: 45 10 54 24 57 Like: -4.27 163 17: 54 24 57 10 45 Like: -4.37 18: 24 54 10 57 45 Like: -4.51 19: 54 10 45 57 24 Like: -4.57 20: 24 54 10 57 45 Like: -4.74 order1 is set 33> make chromosome c5 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 34> seq order1 sequence #11= order1 35> attach c5 24 - attached to c5 54 - attached to c5 10 - attached to c5 45 - attached to c5 57 - attached to c5 - attached to c5 ok 36> frame c5 setting framework for chromosome c5 ======================================================= ======================== c5 framework: Markers Distance 24 CMTm10 13.9 cM 54 CMTp182 17.8 cM 10 CMTm261 14.9 cM 45 CMTm47 16.7 cM 57 CMTmC16 18.6 cM CMTp39 -81.9 cM markers log-likelihood= -230.39 ======================================================= ======================== 37> seq {group6} sequence #12= {group6} 38> compare Best 20 orders: 1: 46 11 44 50 31 62 43 Like: 0.00 2: 31 50 44 11 62 43 46 Like: -0.15 3: 46 11 44 50 31 62 43 Like: -0.50 4: 31 50 44 11 46 62 43 Like: -1.12 164 5: 31 50 44 11 46 43 62 Like: -1.63 6: 46 11 50 44 31 62 43 Like: -1.78 7: 31 50 44 46 11 62 43 Like: -1.86 8: 46 11 44 31 50 62 43 Like: -2.36 9: 31 44 11 50 62 43 46 Like: -2.49 10: 44 50 11 46 43 62 31 Like: -2.75 11: 46 11 44 50 62 43 31 Like: -2.97 12: 31 50 11 44 62 43 46 Like: -3.02 13: 50 44 11 46 43 62 31 Like: -3.14 14: 31 11 44 50 62 43 46 Like: -3.28 15: 31 50 62 43 46 11 44 Like: -3.29 16: 44 11 50 31 62 43 46 Like: -3.49 17: 46 11 50 31 44 62 43 Like: -3.62 18: 46 11 44 50 43 62 31 Like: -3.70 19: 44 31 50 11 62 43 46 Like: -3.74 20: 31 44 11 46 50 62 43 Like: -3.78 order1 is set 39> make chromosome c6 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 40> seq order1 sequence #13= order1 41> attach c6 46 - attached to c6 11 - attached to c6 44 - attached to c6 50 - attached to c6 - attached to c6 31 - attached to c6 62 - attached to c6 43 - attached to c6 ok 42> frame c6 setting framework for chromosome c6 ======================================================= ======================== c6 framework: Markers Distance 46 CMTmC22 17.6 cM 11 CMTp188 16.3 cM 44 CMTm214 17.3 cM 50 CMTmC40 15.6 cM 165 CMTmC21 18.6 cM 31 CMTm49 21.9 cM 62 CMTp177 18.0 cM 43 CMTp18 -125.3 cM markers log-likelihood= -315.58 ======================================================= ======================== 43> seq {group7} sequence #14= {group7} 44> compare Best 20 orders: 1: 12 21 61 68 29 58 Like: 0.00 2: 21 61 68 29 58 12 Like: -0.69 3: 58 21 61 68 29 12 Like: -1.67 4: 21 61 68 58 29 12 Like: -2.70 5: 12 29 58 21 61 68 Like: -3.07 6: 21 61 68 29 12 58 Like: -3.20 7: 12 58 21 61 68 29 Like: -3.28 8: 12 21 61 68 58 29 Like: -3.63 9: 58 29 12 21 61 68 Like: -3.88 10: 58 12 21 61 68 29 Like: -3.96 11: 21 61 68 12 29 58 Like: -5.02 12: 12 58 29 21 61 68 Like: -5.10 13: 29 58 21 61 68 12 Like: -5.18 14: 58 61 21 68 29 12 Like: -5.34 15: 29 58 12 21 61 68 Like: -5.39 16: 61 21 68 29 58 12 Like: -5.59 17: 58 29 21 61 68 12 Like: -5.62 18: 12 61 21 68 29 58 Like: -5.62 19: 12 29 21 61 68 58 Like: -5.67 20: 29 12 21 61 68 58 Like: -5.91 order1 is set 45> make chromosome c7 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 46> seq order1 sequence #15= order1 47> attach c7 12 - attached to c7 21 - attached to c7 61 - attached to c7 166 68 - attached to c7 29 - attached to c7 58 - attached to c7 ok 48> frame c7 setting framework for chromosome c7 ======================================================= ======================== c7 framework: Markers Distance 12 CMTp224 20.3 cM 21 CMTm88 7.8 cM CMTp264 10.4 cM 68 CMTm130 15.4 cM 29 CMTm204 16.4 cM 58 CMTm164 -70.3 cM markers log-likelihood= -215.45 ======================================================= ======================== 49> seq {group8} sequence #16= {group8} 50> compare Best 20 orders: 1: 15 23 16 27 18 Like: 0.00 2: 15 23 27 16 18 Like: -1.07 3: 18 23 16 27 15 Like: -1.50 4: 18 15 23 16 27 Like: -2.02 5: 15 23 16 18 27 Like: -2.10 6: 15 18 23 16 27 Like: -2.15 7: 15 23 18 16 27 Like: -2.78 8: 18 16 23 15 27 Like: -3.22 9: 18 16 23 27 15 Like: -3.64 10: 15 16 23 27 18 Like: -3.92 11: 15 16 23 18 27 Like: -4.01 12: 15 18 16 23 27 Like: -4.18 13: 18 23 15 16 27 Like: -4.52 14: 18 16 15 23 27 Like: -4.74 15: 18 23 27 16 15 Like: -4.78 16: 18 23 16 15 27 Like: -5.05 17: 15 23 18 27 16 Like: -5.49 18: 23 16 27 18 15 Like: -5.72 167 19: 18 15 23 27 16 Like: -5.73 20: 16 23 15 27 18 Like: -5.90 order1 is set 51> make chromosome c8 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 52> seq order1 sequence #17= order1 53> attach c8 15 - attached to c8 23 - attached to c8 16 - attached to c8 27 - attached to c8 18 - attached to c8 ok 54> frame c8 setting framework for chromosome c8 ======================================================= ======================== c8 framework: Markers Distance 15 CMTmC31 8.7 cM 23 CMTm48 6.4 cM 16 CMTp252 8.8 cM 27 comp7228 11.2 cM 18 CMTm209 -35.2 cM markers log-likelihood= -153.65 ======================================================= ======================== 55> seq {group9} sequence #18= {group9} 56> compare Best 20 orders: 1: 41 19 69 71 35 Like: 0.00 2: 69 71 35 41 19 Like: -1.01 3: 69 19 41 35 71 Like: -2.51 4: 19 69 71 35 41 Like: -2.77 5: 41 19 69 35 71 Like: -3.05 6: 35 41 19 69 71 Like: -3.37 7: 69 35 71 19 41 Like: -4.48 8: 19 41 69 71 35 Like: -4.88 168 9: 69 71 35 19 41 Like: -4.90 10: 19 41 35 69 71 Like: -5.29 11: 69 71 19 41 35 Like: -5.46 12: 69 19 71 35 41 Like: -5.61 13: 69 19 41 71 35 Like: -5.92 14: 35 69 71 19 41 Like: -6.42 15: 69 41 19 71 35 Like: -7.13 16: 69 35 71 41 19 Like: -7.47 17: 19 41 69 35 71 Like: -7.87 18: 69 35 41 19 71 Like: -8.70 19: 41 69 19 71 35 Like: -8.85 20: 19 69 35 71 41 Like: -9.09 order1 is set 57> make chromosome c9 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 58> seq order1 sequence #19= order1 59> attach c9 41 - attached to c9 19 - attached to c9 69 - attached to c9 71 - attached to c9 35 - attached to c9 ok 60> frame c9 setting framework for chromosome c9 ======================================================= ======================== c9 framework: Markers Distance 41 CMTm219 13.5 cM 19 CMTmC33 14.5 cM 69 CMTmC3 13.2 cM 71 CMTp97 12.4 cM 35 CMTp84 -53.6 cM markers log-likelihood= -184.30 ======================================================= ======================== 61> seq {group10} sequence #20= {group10} 169 62> compare Best 20 orders: 1: 22 48 33 59 60 34 49 Like: 0.00 2: 22 48 33 59 49 34 60 Like: -1.32 3: 22 48 33 59 60 49 34 Like: -1.65 4: 22 48 59 33 49 34 60 Like: -2.75 5: 59 22 48 33 49 34 60 Like: -3.16 6: 33 48 22 59 60 34 49 Like: -3.26 7: 49 34 22 48 33 59 60 Like: -3.51 8: 48 22 59 33 49 34 60 Like: -3.70 9: 22 59 33 48 60 34 49 Like: -3.75 10: 33 59 22 48 60 34 49 Like: -3.95 11: 34 49 33 48 22 59 60 Like: -4.07 12: 59 33 48 22 34 49 60 Like: -4.08 13: 33 48 22 59 49 34 60 Like: -4.47 14: 33 48 22 59 60 49 34 Like: -4.84 15: 22 48 33 59 34 49 60 Like: -5.00 16: 34 49 33 59 22 48 60 Like: -5.12 17: 22 59 33 48 60 49 34 Like: -5.50 18: 59 33 48 22 60 34 49 Like: -5.59 19: 49 34 33 48 22 59 60 Like: -5.68 20: 33 59 22 48 60 49 34 Like: -5.70 order1 is set 63> make chromosome c10 chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 64> seq order1 sequence #21= order1 65> attach c10 22 - attached to c10 48 - attached to c10 33 - attached to c10 59 - attached to c10 60 - attached to c10 34 - attached to c10 49 - attached to c10 ok 66> frame c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================= ======================== c10 framework: 170 Markers Distance 22 CMTp127 11.7 cM 48 CMTm206 11.6 cM 33 CMTp33 12.1 cM 59 CMTm255 19.6 cM 60 CMTm235 17.7 cM 34 CMTm65 12.9 cM 49 CMTp176 -85.6 cM markers log-likelihood= -252.28 ======================================================= ======================== 67> save data saving genotype data in file 'CKBD.DAT' ok saving map data in file 'CKBD.MAP' ok saving two-point data in file 'CKBD.2PT' ok 68> quit save data before quitting? [yes] y saving map data in file 'CKBD.MAP' ok goodbye