Khảo sát tính đa kháng thuốc của các kiểu huyết thanh salmonella trên bệnh nhân tiêu chảy và thịt heo tại một số tỉnh khu vực phía nam, việt nam từ năm 2012 2019

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỐ CHÍ MINH NGUYỄN QUANG TRƯỜNG KHẢO SÁT TÍNH ĐA KHÁNG THUỐC CỦA CÁC KIỂU HUYẾT THANH SALMONELLA TRÊN BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY VÀ THỊT HEO TẠI MỘT SỐ TỈNH – KHU VỰC PHÍA NAM, VIỆT NAM TỪ NĂM 2012-2019 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP Hồ Chí Minh, Năm 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỐ CHÍ MINH NGUYỄN QUANG TRƯỜNG KHẢO SÁT TÍNH ĐA KHÁNG THUỐC CỦA CÁC KIỂU HUYẾT THANH SALMONELLA TRÊN BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY VÀ THỊT HEO TẠI MỘT SỐ TỈNH – KHU VỰC PHÍA NAM, VIỆT NAM TỪ NĂM 2012-2019 Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học Mã số chuyên ngành: 8420201 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khóa học: TS Hồng Q́c Cường PGS TS Lê Huyền Ái Thúy TP Hồ Chí Minh, Năm 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “Khảo sát tính đa kháng thuốc kiểu huyết Salmonella bệnh nhân tiêu chảy thịt heo số tỉnh – khu vực phía nam, Việt Nam từ năm 2012-2019” là bài nghiên cứu tơi Ngoại trừ tài liệu tham khảo trích dẫn luận văn này, tơi cam đoan tồn phần hay phần nhỏ luận văn này chưa công bố sử dụng để nhận cấp nơi khác Khơng có sản phẩm/nghiên cứu người khác sử dụng luận văn này mà khơng trích dẫn qui định Luận văn này chưa nộp để nhận cấp trường đại học sở đào tạo khác Thành phớ Hồ Chí Minh, năm 2021 Nguyễn Quang Trường ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn này, trước tiên xin cảm ơn PGS TS Lê Huyền Ái Thúy, trưởng khoa Công Nghệ Sinh Học, trường Đại học Mở TP Hồ Chí Minh TS Hồng Q́c Cường, Phó viện trưởng, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh đã trực tiếp hướng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu trình học tập, TS Lao Đức Thuận, trường Đại học Mở TP Hồ Chí Minh hướng dẫn thủ tục hình thức trình luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Đốc Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh, phụ trách Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Phịng kế hoạch tổng hợp đã giúp đỡ tơi hồn thành thủ tục cần thiết trình học tập Tôi xin chân thành cảm ơn ThS Nguyễn Hoàng Vũ, phụ trách Phòng Vi khuẩn Đường ruột, khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur Tp.HCM đã tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu Viện Cảm ơn đồng nghiệp đã đóng góp, giúp đỡ tơi hồn thiện luận văn Ći cùng, tơi xin cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người bạn thân thiết đã bên cạnh, động viên giúp đỡ tơi q trình học tập Nguyễn Quang Trường iii TÓM TẮT Nhiễm khuẩn Salmonella bệnh phổ biến đứng thứ số bệnh lây truyền từ động vật sang người Các chủng Salmonella đa kháng thuốc phân lập người, động vật thực phẩm ngày càng gia tăng với kháng sinh fluoroquinolones, β-lactam colistin (kháng sinh cuối khuyến cáo điều trị) Trong nghiên cứu này, đã phục hồi 189 chủng Salmonella (86 chủng người bệnh 103 chủng thịt heo) lưu trữ Viện Pasteur thành phớ Hồ Chí Minh S Typhimurium kiểu huyết phổ biến người bệnh, 46,5% (40/86) có tỷ lệ đa kháng cao 53,4% (39/73), S Stanley 9,3% (8/86); 8,2% (6/73) S Enteritidis 5,8% (5/86); 11% (8/73) S Give kiểu huyết phổ biến thịt heo 12,6% (13/103) có tỷ lệ đa kháng cao 17,3% (13/75), S Anatum 7,8% (8/103); 8% (6/75), S Corvalis 6,8% (7/103); 9,3% (7/75), riêng với S Typhimurium, S Lexington có tỷ lệ 4,9% (5/103) Nhìn chung, kiểu huyết Salmonella có tỷ lệ kháng cáo với TE (67%), PEF (54%), AMP (47%), C (47%), SXT(42%), NA (38%), CIP (21%), CN (15%), nhạy cảm với kháng sinh AK, CAZ, CRO Tuy nhiên, chủng Salmonella người bệnh đề kháng cao so với chủng thịt heo: AMP (58%; 38%), TE (67%; 67%), PEF (56%; 52%), C (57%; 38%), NA (41%; 35%), SXT (44%; 41%), CIP (33%, 12%), CRO30 (13%; 1%), CAZ30 (5%, 0%) Điều đáng lưu ý, chủng Salmonella hai nhóm kháng với ciprofloxacin (loại kháng sinh khuyến cáo điều trị) Tỷ lệ kháng từ loại kháng sinh trở lên 59,7% (113/189), loài kháng sinh trở lên 40% (68/189) loại kháng sinh trở lên 1,6% (3/189) Chỉ có chủng Salmonella người bệnh tiết men ESBL chủng Salmonella tiết men carbapenemase Tỷ lệ kháng thuốc vi khuẩn đường ruột tiếp tục gia tăng, đặc biệt vi khuẩn Salmonella đa kháng phát thịt heo Đây nguồn lấy truyền chủng kháng thuốc cho người Cần tiếp tục giám sát nhạy cảm kháng sinh Salmonella người, thực phẩm gia súc gia cầm iv ABSTRACT Salmonella infection has been the second most common zoonotic disease Multidrugresistant Salmonella isolated in humans, animals, and food are becoming increasingly resistant to fluoroquinolones, β-lactams, and even colistin is an antibiotic considered as a last resort for treatment of invasive infection We recovered 189 strains of Salmonella (86 strains in patients and 103 strains in pork) stored at the Pasteur Institute in Ho Chi Minh City As for the patient isolates, S Typhimurium was the most common serovar 46, 5% (40/86), and had the highest rate of multidrug resistance 53.4% (39/73), followed by S Stanley 9.3% (8/86); 8.2% (6/73) and S Enteritidis 5.8% (5/86); 11% (8/73) As for pork isolates, S Give was the most common serovar 12.6% (13/103) and had the highest multi-resistant rate 17.3% (13/75), followed by S Anatum 7.8% (8/103); 8% (6/75), S Corvalis 6.8% (7/103); 9,3% (7/75), only with S Typhimurium, S Lexington has the same rate of 4.9% (5/103) Overall, the serovars in both groups had a high rate for TE (67%), PEF (54%), AMP (47%), C (47%), SXT (42%), NA (38%), CIP (21%), CN (15%), and sensitive to antibiotics (AK, CAZ, CRO) However, Salmonella isolates in patients has the higher resistance than those in pork: AMP (58%; 38%), TE (67%; 67%), PEF (56%; 52%), C (57%; 38%), NA (41%; 35%), SXT (44%; 41%), CIP (33%, 12%), CRO30 (13%; 1%), CAZ30 (5%, 0%) It is worth noting, the isolates in both groups were resistant to ciprofloxacin (as an antibiotic recommended for treatment) In terms of multi-resistance, the results showed that the rate of multi-resistance from antibiotics or more accounted for 59.7% (113/189), antibiotics or more 40% (68/189), and antibiotics or more 1.6% (3/189) Only patient Salmonella isolates secreted ESBL, and no Salmonella strains secrete carbapenemase According to current reports, the rate of antibiotic resistance of intestinal bacteria is still increasing, especially multi-resistant Salmonella bacteria detected in pork They may be the source of transmission of drug-resistant strains to humans Therefore, monitoring for antibiotic susceptibility of Salmonella in humans, food, and livestock need to maintain v MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN .ii TÓM TẮT iii DANH MỤC HÌNH VÀ BIỂU ĐỒ viii DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC VIẾT TẮT x Chương GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.2.1 Mục tiêu tổng quát: 1.2.2 Mục tiêu cụ thể: 1.3 Câu hỏi nghiên cứu 1.4 Phạm vi và đối tượng nghiên cứu 1.5 Phương pháp nghiên cứu 1.6 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài Chương CƠ SỞ TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 2.1 Tổng quan vi khuẩn Salmonella 2.2 Tỷ lệ lưu hành Salmonella động vật và người 2.3 Kháng kháng sinh chủng Salmonella spp 13 2.4 Các loại kháng sinh 18 2.4.1 Kháng sinh Quinolones 18 2.4.2 Kháng sinh β-lactam 21 2.4.3 Kháng sinh colistin 26 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 29 vi 3.1 Trang thiết bị sinh phẩm hóa chất 29 3.2 Nội dung thực 30 3.2.1 Địa điểm nghiên cứu: Viện Pasteur Thành Phồ Chí Minh 30 3.2.2 Thời gian nghiên cứu: 01- 09/2021 30 3.2.3 Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu cắt ngang 30 3.2.4 Cỡ mẫu dự kiến: 189 chủng 30 3.2.5 Cách chọn mẫu: 30 3.2.6 Quy trình nghiên cứu 30 3.2.7 Các kỹ thuật sử dụng nghiên cứu 30 3.3 Phân tích sớ liệu theo phương pháp thống kê 37 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 38 4.1 Phục hồi và định danh serotype Salmonella 38 4.1.1 Kết phục hồi chủng Salmonella 38 4.1.2 Kết định danh kiểu huyết chủng Salmonella 39 4.2 Đặc điểm kháng kháng sinh chủng Salmonella 46 4.2.1 Mức độ kháng kháng sinh chủng Salmonella 47 4.2.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng theo nguồn phân lập 48 4.2.3 Tỷ lệ kháng kháng sinh kiểu huyết Salmonella 50 4.2.4 Tỷ lệ kháng kháng sinh kiểu huyết phân lập từ thịt heo 54 4.2.5 Tỷ lệ kháng kháng sinh kiểu huyết từ người bệnh 54 4.3 Kiểu hình kháng kháng sinh chủng Salmonella 56 4.3.1 Kiểu hình kháng fluoroquinolones 56 4.3.2 Kiểu hình kháng kháng sinh β-lactam 56 vii 4.3.3 Kiểu hình đa kháng thuốc 57 Chương KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 60 5.1 Kết luận 60 5.2 Đề nghị 62 TÀI LIỆU THAM KHẢO 63 PHỤ LỤC A: QUY TRÌNH THỰC HIỆN THÍ NGHIỆM 70 viii DANH MỤC HÌNH Hình 4.1 : chủng vi khuẩn Salmonella môi trường chọn lọc chuyên biệt Hek (A) và môi trường dinh dưỡng TSA (B) 38 Hình 4.2: Đại diện kết ngưng kết kháng huyết kháng nguyên O nghiên cứu 40 Hình 4.3: Hình ảnh kháng sinh đồ đại diện cho chủng Salmonella thực nghiên cứu 46 Hình 4.4: Hình ảnh xác định nồng độ ức chế tối thiểu kháng sinh Ciprofloxacin chủng Salmonella 47 DANH MỤC HÌNH VÀ BIỂU ĐỒ Biểu đồ 2.1: Sự phân bố kiểu huyết Salmonella Non-thyphoid người, heo thịt heo Châu Âu từ 2014-2016………………………………………… Biểu đồ 2.2: Tỷ lệ lưu hành kiểu huyết Salmonella Châu Âu từ năm 2014-2016 12 Biểu đồ 4.1: Tỷ lệ kiểu huyết Salmonella nghiên cứu 40 Biểu đồ 4.2: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng Salmonella .48 Biểu đồ 4.3: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập từ thịt heo và người bệnh .49 - Dùng que cấy vô trùng lấy đĩa kháng sinh MEM ngâm ống và đĩa MEM khô, đặt lên đĩa MHA đã chuẩn bị, ủ 35-37oC /ít 6h Ngày 2: Đọc kết - Chủng có Carbapenemase : đĩa MEM khơng vịng vô khuẩn (do kháng sinh bị phá hủy vi khuẩn) - Chủng khơng có Carbapenemase : đĩa MEM có vịng vơ khuẩn (do kháng sinh khơng bị phá hủy vi khuẩn) ❖ Kiểm tra kiểu hình chủng kháng quinolone (Skov et al., 2015; Veeraraghavan et al., 2016) Kết hợp kết nhạy cảm kháng sinh NA, PEF nồng dộ ức chế tối thiểu CIP - Gen kháng quinolone plasmid (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-lbcr) : NA: nhạy - MIC-CIP: 0.12- 0.1 µg/mL Gen kháng quinolone nhiễm sắc thể (gyrA, gyrB): NA: kháng - Gen kháng quinolone nhiễm sắc thể (gyrA): NA: kháng - MIC-CIP: ≥ µg/mL MIC-CIP: 0.12- 0.1 µg/mL Gen kháng quinolone (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-lbcr; gyrA, gyrB ) PEF: kháng Tài liệu tham khảo - Veeraraghavan, B., S Anandan, D P Sethuvel, and N K Ragupathi 2016 'Pefloxacin as a Surrogate Marker for Fluoroquinolone Susceptibility for Salmonella typhi: Problems and Prospects', J Clin Diagn Res, 10: DL01-2 - Skov, R., E Matuschek, M Sjolund-Karlsson, J Ahman, A Petersen, M Stegger, M Torpdahl, and G Kahlmeter 2015 'Development of a Pefloxacin Disk Diffusion Method for Detection of Fluoroquinolone-Resistant Salmonella enterica', J Clin Microbiol, 53: 3411-7 - Kim van der Zwaluw*, Angela de Haan, Gerlinde N Pluister, Hester J Bootsma, Albert, J de Neeling, and Leo M Schouls 2015 'The Carbapenem Inactivation Method (CIM), a Simple and Low-Cost Alternative for the Carba NP Test to Assess Phenotypic Carbapenemase Activity in Gram-Negative QUY TRÌNH XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (PHƯƠNG PHÁP VI PHA LỖNG) Mục đích Mơ tả quy trình xác định nồng độ ức chế tới thiểu kháng sinh ức chế phát triển vi khuẩn gây bệnh theo phương pháp vi pha loãng Trách nhiệm ▪ Nhân viên phòng xét nghiệm: chịu trách nhiệm thực theo bước định danh phân lập theo qui trình ▪ Trưởng phòng xét nghiệm: chịu trách nhiệm theo dõi và khẳng định kết Nguyên tắc: ▪ Kháng sinh cố định trực tiếp giếng công nghệ đông khô Mỗi giếng chứa nồng độ kháng sinh định Dãy nồng độ kháng sinh giếng giảm dần theo hệ sớ pha lỗng 1/2 ▪ Khi cho lượng vi khuẩn định vào giếng có chứa kháng sinh, quan sát nồng độ thấp mà vi khuẩn khơng mọc An tồn sinh học ❖ Thao tác lấy mẫu: • Mang găng, trang tiến hành lấy thực • Khư trùng dụng cụ trước thực ❖ Thao tác q trình xét nghiệm: • Thực tủ an tồn sinh học • Khi thao tác với đèn cồn thận trọng găng tay dễ bắt lửa gây cháy Chuẩn bị • Dụng cụ - Đèn cồn, Que cấy - Đầu tuýp 200uL, 1000uL, Pipet - MIC.MDADS (Minium Inhibitory Concentration Micro Dilution Assay Dry Strip) - Ống nghiệm 10 ml - máy đo độ đục • Vật liệu / hóa chất - Nước ḿi sinh lý 0.9% - Môi trường Muller Hinton Broth - Các chủng vi khuẩn thự • Thiết bị - Tủ an tồn sinh học - Tủ ấm 35oC – 37oC Quy trình thực hiện: Ngày 1: - Chuẩn bị chủng vi khuẩn đã phục hồi môi trường TSA (Tryptose soy agar) - Pha huyền dịch vi khuẩn môi trường MHB (Miller Hinton borth) tương đương 108 CFU/mL (OD= 0.01, bước sóng 600nm) - Pha lỗng huyền dịch vi khuẩn từ 108 CFU/mL xuống 106 CFU/mL - Hút 100uL dịch vi khuẩn 106 CFU/mL vào giếng hàng khay nhựa 96 giếng có chứa kháng sinh đông khô theo sơ đồ sau 16.0 - 8.0 4.0 2.0 1.0 Đậy nắp ủ 35-370C / 24 Ngày 2: 0.5 0.25 0.12 0.06 0.03 0.015 Chứng dương - Đọc kết xác định nồng độ tối thiếu ức chế vi khuẩn: ▪ Giếng trong: vi khuẩn bị ức chế ▪ Giếng đục: vi khuẩn phát triển - Xác nhận MIC nồng độ thấp mà vi khuẩn bị ức chế - Ghi nhận kết vả so kết với chuẩn CLSI 2019 để xác định mức độ nhạy kháng Tài liệu tham khảo - Clinical laboratory standard institute 2017 (CLSI 2017) 10 Biểu mẫu: - HDVK-KTS-BM-03 -20 Trang 87 Người thực hiện: Ngày thực hiện: / / Nồng độ MIC- (µg/mL) Mã số chủng E A B C D E F G H 16 0.5 0.25 0.12 0.06 0.03 0.015 C+ MIC TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHẬN XÉT LUẬN VĂN THẠC SĨ CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC (Nhận xét Phản biện) Học viên: Nguyễn Quang Trường Lớp: MBIO019 Tên đề tài: Khảo sát tính đa kháng thuốc kiểu huyết Salmonella phân lập từ bệnh nhân tiêu chảy thịt heo số tỉnh - khu vực phía nam, Việt Nam từ năm 2012 - 2019 Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Lê Huyền Ái Thúy TS Hoàng Quốc Cường Người nhận xét: PGS.TS Ngô Thị Hoa NỘI DUNG NHẬN XÉT I PHẦN NHẬN XÉT: Về tính cấp thiết, ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài: Nhiễm trùng tiêu hoá qua đường thực phẩm phổ biến, bệnh Salmonella có tỉ lệ tương đối phổ biến Việt Nam Khảo sát lưu hành chủng kháng thuốc để cập nhật thực quan trọng việc tham khảo để định điều trị thuốc kháng sinh (theo kinh nghiệm) Về độ tin cậy phù hợp đề tài (trong nêu rõ khơng trùng lặp đề tài, phù hợp tên đề tài với nội dung, nội dung với chuyên ngành đào tạo;độ tin cậy tính đại phương pháp nghiên cứu…) Phương pháp nc phù hợp nội dung nghiên cứu có độ tin cậy định Tên đề tài phù hợp nội dung chuyên ngành đào tạo Ưu điểm nhược điểm nội dung, kết cấu hình thức luận văn 3.1 Ưu điểm Trình bày tổng quan vừa đủ có tính tập trung định; cho thấy trình độ phù hợp định HVCH Phương pháp rỏ ràng; Bảng biểu phần kết rỏ ràng dễ theo dõi, để đọc 3.2 Hạn chế Lỗi tả: typhoid; et al; Lỗi Ngữ pháp: • Trang 2: Theo báo cáo hoạt động 2019 viện Pasteur khu vực phía Nam VN số ca mắc tiêu chảy khoảng 60.256 ca (????) • Trang 3: Trong đó, số chủng NTS có khả xâm lấn nhiễm trùng huyết vào quan khác ước tính năm có khồng 3.4 triệu ca nhiễm 681.346 ca tử vong, chiếm 57% (ref…) (???) trang 4: kiểu hình nhạy cảm… khg xem kháng… • TLTK: cần dùng TLTK (Van Beckel et al, 2015); HVCH dùng nhiều TKTK thứ cấp (EFSA: tổ chức an tồn thực phẩm Châu Âu) • Tại “kháng thuốc kháng sinh xem … gây ảnh hưởng tiêu cực đến hiệu can thiệp y tế cộng đồng”? • Giải thích câu này: “Thông qua việc xác định tỷ lệ chủng Salmonella phản ảnh việc thực hành chăn ni việc khơng có biện pháp kiểm sốt “??? (tỷ lệ gì, thực hành chăn ni sao? Và biện pháp kiểm sốt đâu?) • Bạn nhắc đến thất bại điều trị sốt thương hàn với kháng sinh xác định nhạy cảm từ kết phịng xét nghiệm …điều có liên quan ntn đến đề tài cao học bạn? (Salmonella gây bệnh tiêu chảy vs sốt thương hàn) Các kết trình bày mang tính mơ tả có mục tiêu nghiên cứu cần khảo sát trả lời: Tính đa kháng-kháng sinh serovar; kháng colistin? Đề nghị: cần thực WGS? II PHẦN CẦU HỎI (Nếu có) • Tại bạn muốn khảo sát chủng Salmonella spp phân lập từ người bệnh tiêu chảy từ thịt động vật (Chúng có mối tương quan này?- mục tiêu nc tổng quát tập trung vào kháng kháng sinh); phải xác định serovar Salmonella? • Tại dùng môi trường đặc hiệu mà phải định danh lại sinh hố • Giải thích làm xác định kiểu hình kháng trang 56 Bảng 4.9: Số lượng chủng Salmonella có kiểu hình kháng fluoroquinolones (bảng ghi kiểu gen) (trong PP khg thấy pp khúêch đại DNA_ PCR???) • Tại khơng thấy khảo sát kháng thuốc với Colistin (biểu đồ 4.3; trang 59) • Tổng hợp trình bày kết MDR theo kiểu hình kháng chủng phân lập từ người thịt heo nhằm mục đích gì? (bảng 4.10 trang 57) III KẾT LUẬN (cần khẳng định mức độ đáp ứng yêu cầu luận văn cao học) Luận văn đạt yêu cầu luận văn cao học Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 30 tháng 10 năm 2021 NGƯỜI NHẬN XÉT (ký ghi rõ họ tên) PGS TS Ngô Thị Hoa TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHẬN XÉT LUẬN VĂN THẠC SĨ CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC (Nhận xét Phản biện) Học viên: Nguyễn Quang Trường Lớp: MBIO019 Tên đề tài: Khảo sát tính đa kháng thuốc kiểu huyết Salmonella phân lập từ bệnh nhân tiêu chảy thịt heo số tỉnh - khu vực phía nam, Việt Nam từ năm 2012 - 2019 Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Lê Huyền Ái Thúy TS Hoàng Quốc Cường Người nhận xét: TS TRẦN NHẬT PHƯƠNG NỘI DUNG NHẬN XÉT I PHẦN NHẬN XÉT: Về tính cấp thiết, ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài: Salmonella kháng thuốc kháng sinh vấn đề quan trọng ảnh hưởng đến sức khoẻ cộng đồng toàn giới Kết nghiên cứu thịt nguồn chứa Salmonella đa kháng có khả phơi nhiễm cho người Kết nghiên cứu cung cấp thêm chứng trực tiếp tình trạng nhiễm Salmonella thực phẩm lưu hành chủng kháng kháng sinh Về độ tin cậy phù hợp đề tài (trong nêu rõ khơng trùng lặp đề tài, phù hợp tên đề tài với nội dung, nội dung với chuyên ngành đào tạo;độ tin cậy tính đại phương pháp nghiên cứu…) Đề tài nghiên cứu không trùng lặp với số nghiên cứu khác công bố Tên đề tài hoàn toàn phù hợp với nội dung nghiên cứu chuyên ngành đào tạo Các phương pháp nghiên cứu thực thường quy Phịng thí nghiệm VK Đường ruột, Viện Pasteur TP HCM tuân theo tiêu chuẩn khuyến nghị nên kết nghiên cứu đáng tin cậy Ưu điểm nhược điểm nội dung, kết cấu hình thức luận văn 3.1 Ưu điểm Tác giả phục hồi định danh lại theo đặc tính sinh hố kiểu huyết kỹ thuật ngưng kết kháng nguyên nhằm khẳng định lại chủng Salmonella sp với nhiều serovar khác có tương đồng với serovar khác Châu Âu quớc gia khác phù hợp với nghiên cứu khác Việt Nam Tác giả khảo sát đặc điểm kháng kháng sinh chủng phục hồi Kết cho thấy chủng kháng với nhiều loại kháng sinh khác sử dụng điều trị lâm sàng, dẫn đến việc xác định serovar đa kháng người bệnh từ thịt có khác biệt Đây vấn đề cần xem xét tính lây lan tính đề kháng từ chăn nuôi, giết mổ đến tiêu thụ chuỗi thực phẩm Tứ kết trên, tác giả xác định chủng mang gen gyrA, B NST, kiểu hình gen qurA, B, S; acc(6’) plasmid 96 chủng mang nhóm gen nhóm kiểu hình đề kháng fluoroquinolones Kết tương tự tìm thấy chủng phân lập từ thịt kiểu gen qurA, B, S; acc(6’) nhiều từ người bệnh Kết kiểu hình kháng b-lactam sinh carbapenemase lại khơng diện 3.2 Hạn chế - Tác giả nên viết lại tính khoa học thực tiễn đề tài để thấy rõ tính khoa học - Các chương nên qua trang - Nhiều tên loài tên gen nên in nghiêng quy định - Nên thống cách viết (hoặc serovar kiểu huyết thanh; in nghiêng không in nghiêng) II PHẦN CẦU HỎI (Nếu có) Tác giả làm rõ thuật ngữ serovar serotype (kiểu huyết thanh) Ưu nhược điểm phương pháp CIM xác định carbapenemase? Tác giả nhân định kết nhóm gen kháng fluoroquinolones qurA,B, S; acc (6’) thịt cao người bệnh? Và ESBLs khơng có carbapenemase? III KẾT LUẬN (cần khẳng định mức độ đáp ứng yêu cầu luận văn cao học) Đề tài đáp ứng đầy đủ điều kiện luận văn Thạc sĩ Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 30 tháng 10 năm 2021 NGƯỜI NHẬN XÉT (ký ghi rõ họ tên) Trần Nhật Phương Luan Van Thac Si CNSH19 BÁO CÁO ĐỘC SÁNG 20 % CHỈ SỐ TƯƠNG ĐỒNG 15% NGUỒN INTERNET 16% ẤN PHẨM XUẤT BẢN 4% BÀI CỦA HỌC SINH NGUỒN CHÍNH VNUA 5% tailieu.vn 2% Hanoi University of Public Health 1% www.ctu.edu.vn 1% sportdocbox.com 1% Submitted to Nha Trang University 1% hdl.handle.net 1% Submitted to Hoa Sen University 1% hvtc.edu.vn 1% Xuất Nguồn Internet Xuất Nguồn Internet Nguồn Internet Bài Học sinh Nguồn Internet Bài Học sinh Nguồn Internet 10 vi.wikipedia.org 1% 11 benhviendktinhquangninh.vn 1% 12 www.healcentral.org