Nghiên cứu sự lưu hành và tính kháng thuốc của virus cúm mùa ở khu vực phía nam việt nam từ tháng 012020 đến tháng 062021

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ PHẠM THỊ NHUNG NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VIRUS CÚM MÙA Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM TỪ THÁNG 01/2020 ĐẾN THÁNG 06/2021 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ PHẠM THỊ NHUNG NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VIRUS CÚM MÙA Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM TỪ THÁNG 01/2020 ĐẾN THÁNG 06/2021 Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số chuyên ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn : TS TRẦN THỊ HỒNG KIM Giảng viên hướng dẫn : GS TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc GIẤY XÁC NHẬN Tôi tên là: PHẠM THỊ NHUNG Ngày sinh: 27/06/1982 Nơi sinh: HẢI DƯƠNG Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã học viên: 1984202012003 Tơi đồng ý cung cấp tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp hợp lệ quyền cho Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh kết nối tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp vào hệ thống thông tin khoa học Sở Khoa học Cơng nghệ Thành phố Hồ Chí Minh Ký tên PHẠM THỊ NHUNG 49 cQNG n0.q xA uQl crr0 xcnla vr-Er NAM D6c lip - Tu -Hanh phtic f rrBN cHo pHEp rAo vE LUAN vAN THAC si CUA GIANG VINN ITUdNC DAN 1,4 ";"" ; ' " """_" " f"""""""""""""""""":" "" Ymenciragi6ovi6nhucmga6nveviQcchoph6phgcvi€n N+Af"l T:kt tyil.*ntrr dugc bio vp luan vdn tru6c HQi d6ng: Thdnh phd UA Cnt Utnh, ngay.Z.8 thdng $ ndm 20.L?/ Ngucri nh{nx6t lCtrt- Huydn Airnriy i LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “Nghiên cứu lưu hành tính kháng thuốc virus cúm mùa khu vực phía nam Việt Nam từ tháng 01/2020 đến 06/2021” là bài nghiên cứu tơi Ngoại trừ tài liệu tham khảo trích dẫn luận văn này, tơi cam đoan toàn phần hay phần nhỏ luận văn này chưa công bố sử dụng để nhận cấp nơi khác Không có sản phẩm/nghiên cứu người khác sử dụng luận văn này mà khơng trích dẫn qui định Luận văn này chưa nộp để nhận cấp trường đại học sở đào tạo khác Thành phố Hồ Chí Minh, năm 2022 Phạm Thị Nhung ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tơi xin bày tỏ lịng cảm ơn chân thành đến tất người giúp đỡ kiến thức lẫn tinh thần suốt khoảng thời gian học tập làm khóa luận tốt nghiệp Trước tiên xin cảm ơn GS TS Lê Huyền Ái Thúy, trưởng khoa Công Nghệ Sinh Học, trường Đại học Mở TP Hồ Chí Minh TS Trần Thị Hồng Kim đã trực tiếp hướng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu trình học tập, TS Lao Đức Thuận, trường Đại học Mở TP Hồ Chí Minh hướng dẫn thủ tục hình thức trình luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Đố c Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh, phụ trách Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Phịng kế hoạch tổng hợp đã giúp đỡ tơi hồn thành thủ tục cần thiết trình học tập Bên cạnh Tơi xin chân thành cảm ơn ThS Nguyễn Thu Ngọc, đồng nghiệp Phịng Virus hơ hấp, khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur Tp.HCM đã tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu Viện Cuối xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bố mẹ bạn bè bên cạnh, giúp đỡ động viên trình học tập Xin chân thành cảm ơn! iii TĨM TẮT Tại Việt Nam, bệnh cúm mùa gây gánh nặng bệnh tật vô lớn, số ca mắc thường gia tăng mạnh vào thời điểm giao mùa Đặc biệt, không phát điều trị kịp thời, cúm mùa gây biến chứng nghiêm trọng như: viêm phổi, nhiễm trùng tai, co giật,… hệ lụy không ngờ đau tim, đột quỵ Các đột biến vị trí H275Y, E119V, D198N, I222, R292K gen NA cho thấy virus đề kháng với thuốc Oseltamivir, Zanamivir Khoảng 0,510% virus A(H1N1pdm09) đề kháng với Oseltamivir (McKimm-Breschkin, 2013) Sự lưu hành chủng cúm mùa khu vực phía Nam nam 2020 – 2021 chủng A(H3N2), A(H1N1pdm09) B Tỷ lệ dương tính virus cúm mùa 9,01% (104/1154), chủ yếu tập trung vào năm 2020 Trong đó, A(H3N2) chiếm 78,8% (82/104), A(H1N1pdm09) chiếm 14,42% (15/104), cúm B chiếm 6,73% (7/104) Thống kê cho thấy tất nhóm tuổi có ca mắc virus cúm mùa, khơng có khác biệt tỷ lệ mắc cúm mùa nhóm tuổi (p = 0,219 > 0,05) nhóm nam nữ (p = 0,239 > 0,05) Tỷ lệ phân lập thành công virus cúm mùa trung bình 25,9% (27/104), đó, tỷ lệ phân lập thành công với phân tuýp A(H3N2), A(H1N1pdm09), B 21,9%, 40%, 42,8% Các mẫu virus cúm mùa phân lập giai đoạn năm 2020 có hiệu giá HAI tương tự chủng chuẩn theo khuyến cáo WHO, 2019 – 2020 Nhìn chung mẫu virus có giảm hiệu giá từ – lần nằm khoảng cho phép: hiệu giá không vượt lần so với kháng huyết khác Hiệu giá HAI cho thấy chưa có dấu hiệu thay đổi kháng nguyên bề mặt virus cúm A (H1N1pdm09, H3N2) B Kết thực kháng thuốc (NAI) 18 chủng virus cúm A(H3N2), chủng virus cúm A(H1N1pdm09) 03 chủng virus cúm B nhạy với hai loại thuốc Oseltamivir Zanamivir Kết cho thấy mẫu virus cúm mùa giai iv đoạn năm 2020 – 2021 chưa xảy đột biến vi trí H275Y, E119V v.v…Do thuốc ưu tiên dùng cho bệnh nhân nhiễm cúm v SUMMARY In Vietnam, seasonal flu causes an extremely large burden of disease, and the number of cases often increases sharply at the time of season change In particular, if not detected and treated promptly, seasonal flu can cause serious complications such as pneumonia, ear infections, convulsions, and unexpected consequences such as heart attack, stroke Mutations at positions H275Y, E119V, D198N, I222, R292K on the NA gene have shown that the virus is resistant to Oseltamivir, Zanamivir Approximately 0,5-10% of A(H1N1pdm09) viruses are resistant to oseltamivir (McKimm-Breschkin 2013) The circulation of seasonal influenza strains in the southern region from 2020 to 2021 is still strains of A(H3N2), A(H1N1pdm09) and B The positive rate of seasonal influenza virus is 9,01% (104/1154) , mainly focusing on 2020 In which, A(H3N2) accounted for 78,8% (82/104), A(H1N1pdm09) accounted for 14,42% (15/104), and influenza B accounted for 6,73% (7/104) Statistics show that all age groups have seasonal influenza virus cases, there is no difference in the incidence of seasonal influenza in the age groups (p = 0,219 > 0.05) and the male and female groups (p = 0,239 > 0.05) The average successful isolation rate of seasonal influenza virus was 25,9% (27/104), in which, the successful isolation rate with subtypes A(H3N2), A(H1N1pdm09), B was, respectively 21,9%, 40%, 42,8% The seasonal influenza virus samples isolated in the period of 2020 all had HAI titers similar to the standard strains recommended by WHO, 2019 - 2020 In general, the virus samples had a decrease in titres of one – three fold but still within the allowable range (four-fold or greater than its titers to the other antisera) The HAI titer showed no sign of surface antigenic changes in influenza A (H1N1pdm09, H3N2) and B viruses Results of drug resistance (NAI) 18 strains of influenza A virus (H3N2), strains of influenza A virus (H1N1pdm09) and strains of influenza B virus are vi sensitive to two drugs Oseltamivir and Zanamivir This result shows that the seasonal influenza virus samples in the period of 2020 - 2021 have not yet occurred mutations in positions H275Y, E119V etc Therefore, these drugs are still preferred for influenza-infected patients ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ PHẠM THỊ NHUNG NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VIRUS CÚM MÙA Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM TỪ THÁNG 01/2020 ĐẾN THÁNG... Xác định tỉ lệ kháng thuốc virus cúm lưu hành Mục tiêu nghiên cứu Mục tiêu tổng quát: Nghiên cứu lưu hành tính kháng thuốc virus cúm mùa khu vực phía nam Việt Nam từ tháng 01/2020 đến 06/2021 Mục... thực đề tài ? ?Nghiên cứu lưu hành tính kháng thuốc virus cúm mùa khu vực phía nam Việt Nam từ tháng 01/2020 đến 06/2021 với nội dung sau đây: + Xác định đặc điểm kiểu hình virus cúm Việt Nam + Xác