Khảo sát in silico, tổng hợp bộ dữ liệu phân tử các gen its, tub, tef cho các loài nấm thuộc chi pleurotus

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT IN SILICO, TỔNG HỢP BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, Tub, Tef CHO CÁC LỒI NẤM THUỘC CHI PLEUROTUS KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Y DƯỢC GVHD: TS Lao Đức Thuận TS Vũ Tiến Luyện Bình Dương, tháng năm 2022 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, em xin gửi lời tri ân sâu sắc đến hai thầy hướng dẫn TS Lao Đức Thuận TS Vũ Tiến Luyện Em cảm ơn thầy tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm khơng học tập mà cịn sống, giúp em hoàn thiện thân trưởng thành ngày Em cảm ơn thầy ln lắng nghe sẵn sàng giúp đỡ em gặp khó khăn suốt thời gian thực đề tài “Khảo sát in silico, tổng hợp liệu phân tử gen ITS, Tub, Tef cho loài nấm thuộc chi Pleurotus” Bên cạnh đó, em khơng quên gửi lời cảm ơn Thầy/Cô nhà trường tạo điều kiện cho em có hội học tập, trải nghiệm thi nghiên cứu khoa học thời gian em học trường Qua đó, em tích lũy thêm nhiều kiến thức mới, tầm nhìn nhận thiếu sót nơi thân em Em gửi lời cảm ơn đến anh Nguyễn Thanh Tùng, cảm ơn anh nhiệt tình hướng dẫn lúc em vào phịng thí nghiệm Sinh học phân tử cịn nhiều bỡ ngỡ Anh người đàn anh mà em trân quý, truyền cảm hứng cho em hướng Nấm đam mê nghiên cứu khoa học Nhờ bảo tận tình anh, em tự tin nghiên cứu thân Em cảm ơn chị Thiều Hồng Huệ bạn sinh viên nhóm góp ý, hỗ trợ, hỏi thăm em lúc thực đề tài Con xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành đến ba mẹ ủng hộ, động viên, nâng đỡ chỗ dựa tinh thần vững cho lúc khó khăn Con cảm ơn ba mẹ bên cạnh hỗ trợ mặt sống Ba mẹ người thầy con, dạy cho học sống, người mà yêu thương kính trọng Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn ba mẹ, em cảm ơn hai thầy, anh, chị bạn Nếu khơng có giúp đỡ người, em khơng có ngày hôm Sau cùng, lúc thực đề tài này, hẳn em không tránh khỏi thiếu sót, hạn chế Em mong nhận ý kiến đóng góp Thầy/Cơ người để đề tài em hoàn thiện Em xin chân thành cảm ơn DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT BLAST Basic Local Alignment Search Tool BP Base-Pair P Pleurotus GTR General Time Reverible model ITS Internal Transcribed Spacer ML Maximum Likelihood MP Maximum parsimony NCBI National Center for Biotechnology Information NJ Neighbor-Joining Nu Nucleotide rDNA Ribosomal Deoxyribonucleic Acid DNA Deoxyribonucleic Acid rRNA Ribosomal Ribonucleic Acid Rpb1 Largest subunit of RNA polymerase II SSU Small subunit ribosomal RNA Tef-1α The elongation factor alpha nrLSU Nuclear Large Subunit Ribosomal RNA MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis K2P Kimura 2-parameter BIC Bayesian Information Criterion AIC Akaike Information Content i DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Hình ảnh Pleurotus ostreatus đại diện tự nhiên Hình 1.2 Cấu trúc hóa học Lovastatin Hình 1.3 Cấu trúc vùng gen ITS 16 Hình 3.1 Kết kiểm tra phần mềm Annhyb cặp mồi ITS1/ITS4 trình tự gen ITS 34 Hình 3.2 Kết kiểm tra phần mềm BLAST cặp mồi ITS1/ITS4 trình tự gen ITS 35 Hình 3.3 Kết kiểm tra phần mềm Annhyb cặp mồi EF983F/ EF1567R trình tự gen Tef1 36 Hình 3.4 Kết kiểm tra phần mềm BLAST cặp mồi EF983F/ EF1567R trình tự gen Tef1 37 Hình 3.5 Kết kiểm tra phần mềm Annhyb cặp mồi B36F/ B12R trình tự gen β-Tubulin 38 Hình 3.6 Kết kiểm tra phần mềm BLAST cặp mồi B36F/ B12R trình tự gen β-tubulin 40 Hình 3.7 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS loài khảo sát phương pháp Neighbor-Joining (NJ) 48 Hình 3.8 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood (ML) 49 Hình 3.9 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood Gía trị bootstrap thể số phía nhánh (ML-BP ≥ 70%) 50 Hình 3.10 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony (MP) 51 Hình 3.11 Cây phả hệ phân tử ước lượng lồi khảo sát phương pháp Neighbor-Joining dựa trình tự gen Tef1α 53 ii Hình 3.12 Cây phả hệ phân tử ước lượng loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood dựa trình tự gen Tef1α 54 Hình 3.13 Cây phả hệ phân tử ước lượng loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony dựa trình tự gen Tef1α 55 Hình 3.14 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Neighbor-Joining 56 Hình 3.15 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood 57 Hình 3.16 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony 58 iii DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Bộ liệu phân tử gen ITS, Tef1 Tub 26 Bảng 3.1 Các mồi sử dụng để định danh phân tử mẫu nấm 31 Bảng 3.2 Bộ liệu phân tử gen ITS, Tef1α 42 iv MỤC LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT i DANH MỤC HÌNH ẢNH ii DANH MỤC BẢNG iv ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I: TỔNG QUAN TỔNG QUAN VỀ NẤM 1.1 Khái quát nấm 1.2 Tổng quan chi nấm Pleurotus 1.2.1 Đặc điểm chung chi Pleurotus 1.2.2 Lịch sử nghiên cứu chi nấm Pleurotus 1.2.3 Phân loại khoa học chi Pleurotus 1.3 Thành phần dinh dưỡng Pleurotus 1.3.1 Thành phần dinh dưỡng chung 1.3.2 Thành phần hóa học 1.3.3 Tiềm ứng dụng Pleurotus 10 NGHIÊN CỨU ĐỊNH DANH VÀ PHÁT SINH LOÀI 13 2.1 Phương pháp định danh phân tử 13 2.1.1 Mã vạch DNA (DNA bacorde) 14 2.1.2 ITS (internal transcribed spacer) 15 2.1.3 β-tubulin 16 2.1.4 Tef1 (translation elongation factor 1) 16 2.2 Phả hệ phân tử 17 v 2.2.1 Phả hệ phân tử nghiên cứu phát sinh loài 17 2.2.2 Các bước nghiên cứu phát sinh loài 18 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƯỚC 23 3.1 Tình hình nghiên cứu nước 23 3.2 Tình hình nghiên cứu nước 23 PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 25 1.1 Các công cụ khai thác liệu 25 1.2 Các loài Pleurotus 26 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Phương pháp khai thác liệu 26 2.2 Phương pháp đánh giá mồi 26 2.2.1 Đánh giá thơng số vật lí mồi 26 2.2.2 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi 27 2.3 Phương pháp tổng hợp liệu ước lượng phát sinh phân tử 28 2.3.1 Tổng hợp liệu phân tử 28 2.3.2 Đồng hóa liệu 28 2.3.3 Dị tìm mơ hình tiến hóa 28 2.3.4 Ước lượng phát sinh loài 29 PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN KẾT QUẢ KHẢO SÁT IN SILICO 31 1.1 Kết khảo sát in silico gen định danh phân tử 31 vi 1.2 Kết kiểm tra vị trí bắt cặp độ đặc hiệu mồi phần mềm Annhyb v.4.946 BLAST NCBI 33 1.2.1 Kết kiểm tra cặp mồi ITS1/ITS4 33 1.2.2 Kết kiểm tra cặp mồi EF1-983F/EF1-1567R 36 1.2.3 Kết kiểm tra cặp mồi B36F/ B12R 38 KẾT QUẢ TỔNG HỢP BỘ DỮ LIỆU VÀ ƯỚC LƯỢNG CÂY PHÁT SINH PHÂN TỬ 40 2.1 Kết tổng hợp liệu phân tử gen ITS, Tef1 40 2.2 Kết ước lượng phát sinh loài phân tử 47 2.2.1 Cây phát sinh loài đơn gen 48 2.2.2 Cây phát sinh loài đa gen (ITS-Tef1) 56 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN 60 KIẾN NGHỊ 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO 61 vii Hình 3.9 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS lồi khảo sát phương pháp Maximum Likelihood Gía trị bootstrap thể số phía nhánh (ML-BP ≥ 70%) (Li et al., 2017) (https://link.springer.com/article/10.1007/s11557-016-1266-9) 50 Chú thích: Chữ màu xanh mẫu sử dụng nghiên cứu tác giả, mẫu có nguồn gốc từ Trung Quốc Hình 3.10 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony (MP) Kết ước lượng phả hệ phân tử dựa vùng gen ITS phương pháp NJ, ML có giống địa hình học so với ước lượng phương pháp MP Ba có phân clade khơng tốt Các nghiên cứu gần đề xuất gen ITS phiên mã từ rDNA có chức mã vạch DNA nấm (Schoch et al, 2012) Tuy nhiên, vài trường hợp khơng thể phân biệt xác số lồi thơng qua trình tự ITS, mà nhà nghiên cứu kết hợp với mã vạch DNA bổ sung khác (Dupuis et al 2012; Kiss 2012) Nguyên nhân gen ITS dạng paralog khác tồn gen ITS không tương đồng (homogeny) với hoàn toàn (Wang and Yao, 2005; Fell 51 et al, 2007; Lindner and Banik, 2011; Li et al, 2013) gen TEF1, RPB1 RPB2 gen mã hóa protein với số lượng thấp (Li et al., 2017) Chúng so sánh kết ML chúng tơi với nhóm tác giả (Li et al., 2017) (Hình 3.9) trước kết cho thấy ML tương đồng với ML nhóm tác giả Các lồi P abieticola, P eryngii, P floridanus, P ostreatus, P placentodes, P pulmonarius, P tuoliensis có mối quan hệ gần ủng hộ với giá trị boostrap cao (>70%) Ngoại trừ vị trí P tuberregium; P cystidiosus; P australis có phần khác biệt so với nhóm tác giả Chúng tơi cho khác biệt có ảnh hưởng đến phân nhóm Nguyên nhân cách xử lí trình tự sau gióng cột, mẫu nhóm tác giả gồm có mẫu thực nghiệm, mơ hình tiến hóa mà nhóm tác giả sử dụng để dựng General Time Reversible + Proportion Invariant + Gamma (GTR + I + G) liệu mô phỏng, thu nhận NCBI có bổ sung thêm lồi P dryinus 52 2.2.1.2 Gen Tef1α Group A Group B Outgroup Hình 3.11 Cây phả hệ phân tử ước lượng loài khảo sát phương pháp Neighbor-Joining dựa trình tự gen Tef1α 53 Group A Group B Outgroup Hình 3.12 Cây phả hệ phân tử ước lượng loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood dựa trình tự gen Tef1α 54 Outgroup Hình 3.13 Cây phả hệ phân tử ước lượng loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony dựa trình tự gen Tef1α Kết ước lượng phả hệ phân tử phương pháp NJ ML chia thành nhóm A B, nhóm A gồm lồi: P abieticola, P eryngii, P floridanus, P ostreatus, P placentodes, P pulmonarius, P tuoliensis tương ứng với dòng (lineage) thuộc “Pleurotus ostreatus species complex” (Li et al, 2017) Trong đó, P abieticola, P eryngii, P placentodes, P pulmonarius, P tuoliensis có giá trị bootstrap cao NJ/ML (>90%) Có nhiều tranh cãi nhà nấm học mối quan hệ loài P floridanus P ostreatus (Guzmán et al, 1994; Bunyard et al, 1996; Gonzalez and Labarère, 2000; Lee et al, 2000; Zheng et al, 2006; Gao et al, 2008; Zheng et al, 2003; Vilgalys et al, 1996; Li et al, 2017); kết ước lượng phát sinh cho 55 thấy P ostreatus P floridanus lồi riêng biệt Nhóm B gồm loài: P djamor, P dryinus, P citrinopileatus, P cornucopiae Bốn lồi có giá trị bootstrap NJ ML 99% Nhóm ngoại Ganoderma curtisii phân nhóm với giá trị bootstrap NJ/ML 100/100 Tuy MP phân clade không rõ ràng dựa kết địa hình học phả hệ phân tử NJ /ML có tương đồng phân clade cho thấy kết đáng tin cậy Kết luận lại, phả hệ phân tử dựa trình tự gen Tef1 ước lượng phương pháp NJ ML có phân clade rõ ràng có giá trị bootstrap với độ tin cậy cao nên sử dụng nghiên cứu sau 2.2.2 Cây phát sinh loài đa gen (ITS-Tef1) 91 99 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC00647 KU612924 ITS KU612980 TEF1 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC04221 KU612925 ITS KR493212 TEF1 100 Pleurotus eryngii var eryngii isolate Pe-AL1 EU395845 ITS GQ225115 TEF1 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC03212 KU612908 ITS KU612972 TEF1 95 100 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC02248 KU612913 ITS KU612977 TEF1 Pleurotus ostreatus strain TENN53662 AY854077 ITS AY883432 TEF1 98 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC04605 KX836130 ITS KX840123 TEF1 54 84 100 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC00406 KX836120 ITS KX840147 TEF1 Pleurotus pulmonarius voucher CCMSSC00499 KX836270 ITS KX840294 TEF1 100 Pleurotus pulmonarius voucher HKAS73350 KP867917 ITS KP867893 TEF1 Pleurotus placentodes voucher YAASM2083 KX836363 ITS KX840303 TEF1 67 Pleurotus abieticola voucher HKAS:91342 KX836361 ITS KX840302 TEF1 64 100 67 Pleurotus abieticola voucher HKAS:46100 KX836362 ITS KX885092 TEF1 Pleurotus citrinopileatus voucher HKAS85965 KP867920 ITS KP867899 TEF1 100 Pleurotus cornucopiae WC608 AF079582 ITS GU186806 TEF1 Pleurotus djamor voucher HKAS:90179 KX836373 ITS KX840306 TEF1 100 Pleurotus djamor voucher HKAS:90178 KX836374 ITS KX840307 TEF1 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00762 EU424293 ITS KU612989 TEF1 100 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00763 EU424294 ITS KU612990 TEF1 Ganoderma curtisii strain CBS 100132 JQ520164 ITS KJ143927 TEF1 100 Ganoderma curtisii strain CBS 100131 JQ781848 ITS KJ143926 TEF1 Outgroup Hình 3.14 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Neighbor-Joining 56 68 99 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC00647 KU612924 ITS KU612980 TEF1 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC04221 KU612925 ITS KR493212 TEF1 99 Pleurotus eryngii var eryngii isolate Pe-AL1 EU395845 ITS GQ225115 TEF1 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC03212 KU612908 ITS KU612972 TEF1 49 100 67 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC02248 KU612913 ITS KU612977 TEF1 Pleurotus ostreatus strain TENN53662 AY854077 ITS AY883432 TEF1 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC04605 KX836130 ITS KX840123 TEF1 71 51 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC00406 KX836120 ITS KX840147 TEF1 Pleurotus pulmonarius voucher CCMSSC00499 KX836270 ITS KX840294 TEF1 100 100 Pleurotus pulmonarius voucher HKAS73350 KP867917 ITS KP867893 TEF1 Pleurotus placentodes voucher YAASM2083 KX836363 ITS KX840303 TEF1 97 Pleurotus abieticola voucher HKAS:91342 KX836361 ITS KX840302 TEF1 54 100 Pleurotus abieticola voucher HKAS:46100 KX836362 ITS KX885092 TEF1 100 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00762 EU424293 ITS KU612989 TEF1 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00763 EU424294 ITS KU612990 TEF1 66 Pleurotus citrinopileatus voucher HKAS85965 KP867920 ITS KP867899 TEF1 100 Pleurotus cornucopiae WC608 AF079582 ITS GU186806 TEF1 Pleurotus djamor voucher HKAS:90179 KX836373 ITS KX840306 TEF1 100 Pleurotus djamor voucher HKAS:90178 KX836374 ITS KX840307 TEF1 Ganoderma curtisii strain CBS 100132 JQ520164 ITS KJ143927 TEF1 100 Ganoderma curtisii strain CBS 100131 JQ781848 ITS KJ143926 TEF1 Outgroup Hình 3.15 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Maximum Likelihood 57 100 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00762 EU424293 ITS KU612989 TEF1 Pleurotus dryinus strain CCMSSC00763 EU424294 ITS KU612990 TEF1 100 Pleurotus abieticola voucher HKAS:91342 KX836361 ITS KX840302 TEF1 Pleurotus abieticola voucher HKAS:46100 KX836362 ITS KX885092 TEF1 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC04605 KX836130 ITS KX840123 TEF1 80 62 Pleurotus floridanus voucher CCMSSC00406 KX836120 ITS KX840147 TEF1 Pleurotus ostreatus strain TENN53662 AY854077 ITS AY883432 TEF1 49 43 99 43 100 92 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC03212 KU612908 ITS KU612972 TEF1 Pleurotus tuoliensis strain CCMSSC02248 KU612913 ITS KU612977 TEF1 57 98 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC00647 KU612924 ITS KU612980 TEF1 Pleurotus eryngii var ferulae strain CCMSSC04221 KU612925 ITS KR493212 TEF1 99 Pleurotus eryngii var eryngii isolate Pe-AL1 EU395845 ITS GQ225115 TEF1 Pleurotus pulmonarius voucher CCMSSC00499 KX836270 ITS KX840294 TEF1 43 100 Pleurotus pulmonarius voucher HKAS73350 KP867917 ITS KP867893 TEF1 Pleurotus placentodes voucher YAASM2083 KX836363 ITS KX840303 TEF1 Pleurotus citrinopileatus voucher HKAS85965 KP867920 ITS KP867899 TEF1 100 Pleurotus cornucopiae WC608 AF079582 ITS GU186806 TEF1 Pleurotus djamor voucher HKAS:90179 KX836373 ITS KX840306 TEF1 100 Pleurotus djamor voucher HKAS:90178 KX836374 ITS KX840307 TEF1 Ganoderma curtisii strain CBS 100132 JQ520164 ITS KJ143927 TEF1 100 Ganoderma curtisii strain CBS 100131 JQ781848 ITS KJ143926 TEF1 Outgroup Hình 3.16 Cây phả hệ phân tử ước lượng dựa vùng gen ITS-TEF1 loài khảo sát phương pháp Maximum Parsimony Kết ước lượng phả hệ phân tử kết hợp gen ITS-TEF1 phương pháp NJ, MP, ML cho thấy phân clade không tốt kết hợp gen Mặc dù gen TEF1 cho kết phân clade tốt kết hợp với gen ITS kết lại bị xáo trộn Ngun nhân gen ITS phân clade không tốt nên kết hợp với gen TEF1 dẫn đến kết bị ảnh hưởng Vì vậy, việc kết hợp gen cần nghiên cứu thêm nghiên cứu sau để làm rõ nguyên nhân cách khắc phục 58 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Chúng khảo sát in silico cặp mồi khuếch đại gen mục tiêu (ITS; Tef1; β-tub) Kết cho thấy mồi bắt cặp đặc hiệu khuếch đại trình tự gen mục tiêu mà chúng tơi mong muốn Bên cạnh đó, tổng hợp thành công liệu phân tử gen ITS (gồm 36 trình tự: 34 trình tự thuộc Pleurotus, trình tự thuộc Ganoderma curtisii), Tef1 (gồm 21 trình tự: 19 lồi thuộc Pleurotus; lồi thuộc Ganoderma curtisii) ITS-Tef1 (gồm 21 trình tự: 19 loài thuộc Pleurotus; loài thuộc Ganoderma curtisii) cho lồi nấm thuộc chi Pleurotus Đồng thời, chúng tơi xây dựng phân tích phả hệ phân tử đơn gen đa gen (ITS-Tef1) mối quan hệ lồi Pleurotus mà chúng tơi thu nhận ngân hàng gen NCBI Qua đó, chúng tơi kết luận phả hệ phân tử gen Tef1 sử dụng nghiên cứu, phả hệ phân tử gen Tef1 ITS-Tef1 cần nghiên cứu thêm KIẾN NGHỊ Trong thời gian tới, sử dụng liệu phân tử mà chúng tơi thu nhận lồi Pleurotus nghiên cứu hỗ trợ định danh phân tử nhằm định danh nhanh chóng xác mẫu nấm chúng tơi thu thập Việt Nam, góp phần xác định rõ giá trị loài nấm Chúng tiến hành mở rộng liệu nghiên cứu hỗ trợ định danh kết hợp với gen định danh phân tử khác như: Rpb1, Rpb2, nrLSU, nrSSU cho loài Pleurotus 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Lê Xuân Thám (2010), Nấm Bào ngư (Pleurotus spp.), NXB Khoa học kĩ thuật, Đồng Nai Lê Xuân Thám (2000), “Nấm Bào ngư dai (Pleurotus pulmonarius) Việt Nam”, Tạp chí dược học, (2), tr 10 Lê Xuân Thám, Trần Hữu Độ (1999), “Bổ sung vào nhóm nấm chống ung thư Việt Nam lồi thơng dụng có giá trị cao: nấm bào ngư (Pleurotus sajorcaju)”, Tạp chí dược học, (7), tr 9-11 Lê Xuân, T., Trương Bình, N., Cao Ngọc Minh, T., & Khuất Hữu, T (2004), “Thêm loài nấm bào ngư q hiếm: Pleurotus eryngii ni trồng Việt Nam”, Khoa học Công nghệ, 42(2), tr 87-91 Liễu Như Ý., & Dũng, T N (2012), “Đa dạng di truyền số loại nấm ăn dựa trình tự ITS (internal transcribed spacer)”, Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, tr 18-25 Tiếng Anh Alam, N., Amin, R., Khan, A., Ara, I., Shim, M J., Lee, W., & Lee, T S (2008) Nutritional Analysis of Cultivated Mushrooms in Nutritional Analysis of Cultivated Mushrooms in Bangladesh Mycobiology, 36(4), 228-232 Barh, A., Sharma, V P., Kamal, S., Shirur, M., Annepu, S K., Kumar, A., & Upadhyay, R C (2019) Speciation of cultivated temperate and tropical Pleurotus species – An in silico prediction using conserved sequences Mushroom Research, 28(1) Bigelow, H E., Smith, A H., Bigelow, H E., Cantharocybe, A H S., & Genus, A N (1973) Cantharocybe, A new genus of Agaricales Mycologia, 65(2), 485-488 Cohen, R., Persky, L., & Hadar, Y (2002) Biotechnological applications and 61 potential of wood-degrading mushrooms of the genus Pleurotus Applied Microbiology and Biotechnology, 58(5), 582–594 10 Deepalakshmi, K., & Mirunalini, S (2014) Pleurotus ostreatus: an oyster mushroom with nutritional and medicinal properties Journal of Biochemical Technology, 5(2), 718–726 11 Estrada, A E R., Jimenez-Gasco, M del M., & Royse, D J (2010) Pleurotus eryngii species complex: Sequence analysis and phylogeny based on partial EF1α and RPB2 genes Fungal Biology, 114(5–6), 421–428 12 Golak-Siwulska, I., Kałużewicz, A., Spiżewski, T., Siwulski, M., & Sobieralski, K (2018) Bioactive compounds and medicinal properties of Oyster mushrooms (Pleurotus sp.) Folia Horticulturae, 30(2), 191-201 13 Gunde-Cimerman, N., & Cimerman, A (1995) Pleurotus fruiting bodies contain the inhibitor of 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase lovastatin In Experimental Mycology 19(1), 1–6 14 Guzmán, G (2000) Genus Pleurotus (Jacq: Fr.) P Kumm (Agaricomycetideae): diversity, taxonomic problems, and cultural and traditional medicinal uses International Journal of Medicinal Mushrooms, 2(2) 15 Hall, B G (2018) Phylogenetic trees made easy: a how-to manual (Fifth edition.) New York: Sinauer Associates is imprint of Oxford University Press 16 Imtiaj, A., Lee, T S., & Ohga, S (2011) Sequence variation of Pleurotus species collected from Eastern Asia Micologia Aplicada International, 23(1), 1-10 17 Khan, M A., & Tania, M (2012) Nutritional and Medicinal Importance of Pleurotus Mushrooms: An Overview Food Reviews International, 28(3), 313–329 18 Kirk, P M., Cannon, P F., Minter, D W., & Stalpers, J A (2008) Dictionary of the Fungi Wallingford: CABI Google Scholar 19 Li, J., He, X., Liu, X., Yang, Z L., & Zhao, Z (2017) Species clarification of oyster mushrooms in China and their DNA barcoding Mycological Progress, 62 16(3), 191–203 20 Mirhendi, H., Makimura, K., Hoog, G S De, Rezaei-matehkolaei, A., Najafzadeh, M J., Umeda, Y., & Ahmadi, B (2015) Translation elongation factor 1- α gene as a potential taxonomic and identification marker in dermatophytes Medical mycology, 53(3), 215-224 21 Mshandete, A M., & Cuff, J (2008) Cultivation of three types of indigenous wild edible mushrooms : Coprinus cinereus , Pleurotus flabellatus and Volvariella volvocea on composted sisal decortications residue in Tanzania African Journal of Biotechnology, 7(24) 22 Ramakrishnan, M., Dubey, C., Tulasi, V., Kislai, P., & Manohar, N (2017) Investigation of lovastatin, the anti-hypercholesterolemia drug molecule from three oyster mushroom species Int J Biomed Clin Sci, 2(4), 26–31 23 Raman, J., Jang, K Y., Oh, Y L., Oh, M., Im, J H., Lakshmanan, H., & Sabaratnam, V (2021) Cultivation and Nutritional Value of Prominent Pleurotus Spp.: An Overview Mycobiology, 49(1), 1–14 24 Rehner S (2001) Primers for the elongation factor 1-α (tef1-α) http://www.aftol.org/pdfs/EF1 primer pdf 25 Ritota, M (2019) Pleurotus spp Cultivation on Different Agri-Food By-Products : Example of Biotechnological Application Sustainability, 11(18), 5049 26 Schoch, C L., Crous, P W., Wingfield, B D., & Wingfield, M J (2001) Phylogeny of Calonectria based on comparisons of β-tubulin DNA sequences Mycological Research, 105(9), 1045-1052 27 Shnyreva, A A., & Shnyreva, A V (2015) Phylogenetic analysis of Pleurotus species Russian Journal of Genetics, 51(2), 148–157 28 Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S (2021) MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11 Molecular biology and evolution, 38(7), 30223027 29 Thon, M R., & Royse, D J (1999) Partial β-tubulin gene sequences for 63 evolutionary studies in the Basidiomycotina Mycologia, 91(3), 468–474 30 Tolera, K D., & Abera, S (2017) Nutritional quality of Oyster Mushroom ( Pleurotus Ostreatus) as affected by osmotic pretreatments and drying methods Food science & nutrition, 5(5), 989-996 31 Zervakis, G I., Moncalvo, J M., & Vilgalys, R (2004) Molecular phylogeny, biogeography and speciation of the mushroom species Pleurotus cystidiosus and allied taxa Microbiology, 150(3), 715–726 32 Zhao, M., Zhang, J., Chen, Q., Wu, X., Gao, W., Deng, W., & Huang, C (2016) The famous cultivated mushroom Bailinggu is a separate species of the Pleurotus eryngii species complex Scientific Reports, 6(1), 1–9 33 Zhao, P., Ji, S P., Cheng, X H., Bau, T., Dong, H X., & Gao, X X (2021) DNA Barcoding Mushroom Spawn Using EF-1α Barcodes: A Case Study in Oyster Mushrooms (Pleurotus) Frontiers in microbiology, 12, 1043 34 White TJ, Burns T, Lee S, Taylor J (1990) Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics In: InnisMA, GelfandDH, Sninsky JJ, White TJ (eds) PCR protocols: a guide to methods and applications Academic Press, San Diego, 315–322 64 ... tài “KHẢO SÁT IN SILICO, TỔNG HỢP BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, Tub, Tef CHO CÁC LOÀI NẤM THUỘC CHI PLEUROTUS? ?? đề xuất để cung cấp thêm liệu cho nghiên cứu định danh phát sinh loài phân tử Mục... QUẢ TỔNG HỢP BỘ DỮ LIỆU VÀ ƯỚC LƯỢNG CÂY PHÁT SINH PHÂN TỬ 2.1 Kết tổng hợp liệu phân tử gen ITS, Tef1 Vì trình tự gen vùng β-tubulin có ngân hàng gen (Genbank) NCBI nên việc phân tích phát sinh... thực đề tài ? ?Khảo sát in silico, tổng hợp liệu phân tử gen ITS, Tub, Tef cho loài nấm thuộc chi Pleurotus? ?? Bên cạnh đó, em khơng qn gửi lời cảm ơn Thầy/Cô nhà trường tạo điều kiện cho em có hội