Khảo sát insilico, nghiên cứu bộ dữ liệu phân tử các gen its, rpb1 hỗ trợ định danh các loài nấm thuộc họ ganodermataceae

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT INSILICO, NGHIÊN CỨU BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, RPB1 HỖ TRỢ ĐỊNH DANH CÁC LOÀI NẤM THUỘC HỌ GANODERMATACEAE KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH Y DƯỢC GVHD: TS LAO ĐỨC THUẬN TS VŨ TIẾN LUYỆN TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT INSILICO, NGHIÊN CỨU BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, RPB1 HỖ TRỢ ĐỊNH DANH CÁC LỒI NẤM THUỘC HỌ GANODERMATACEAE KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH Y DƯỢC Xác nhận nhận xét giảng viên hướng dẫn GVHD: TS LAO ĐỨC THUẬN TS VŨ TIẾN LUYỆN LỜI CẢM ƠN Lời em xin gửi lời cảm ơn đến quý thầy cô khoa Công Nghệ Sinh Học trường Đại Học Mở TP Hồ Chí Minh truyền đạt giảng dạy em kiến thức hỗ trợ, giúp đỡ em thực đề tài Em xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc đến giảng viên TS Lao Đức Thuận, TS Vũ Tiến Luyện ln kề bên, quan tâm, tận tình giúp đỡ, hướng dẫn, truyền đạt kiến thức quý báu chỉnh sửa thiếu sót thân em trình học tập nghiên cứu thuận lợi Cảm ơn anh chị, bạn, em sinh viên phòng thí nghiệm sinh học phân tử hỗ trợ, giúp đỡ em gặp khó khăn thực đề tài Con xin gửi lời cảm ơn đến ba mẹ, người thân gia đình ln tin tưởng, giúp đỡ, ủng hộ động viên gặp khó khăn Gia đình tạo điều kiện để học tập, vững tin đường mà chọn, động lực niềm tin để vượt qua thử thách sống Cuối cùng, em xin chúc quý thầy cô, anh chị, bạn gia đình có nhiều sức khỏe, hạnh phúc thành công công việc sống Em xin chân thành cảm ơn i DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: nấm Ganoderma lingzhi (L W Zhou cộng sự, 2014) Hình 3.1 Kết khảo sát mồi Annhyb cặp mồi ITS1/ITS4 19 Hình 3.2 Kết khảo sát mồi Annhyb cặp mồi CRPB1/RPB1CR 19 Hình 3.3 Kết Blast cặp mồi ITS1/ ITS4 21 Hình 3.4 Cây phả hệ phân tử vùng gen RPB1 xây dựng phương pháp NJ 23 (Neighbour- Joining) 23 Hình 3.5 Cây phả hệ phân tử vùng gen RPPB1 xây dựng phương pháp ML 24 (Maximum Likelihood) 24 Hình 3.6 Cây phả hệ phân tử RPB1 xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) 24 Hình 3.7 Cây phả hệ phân tử ITS xây dựng phương pháp NJ (NeighbourJoining) 25 Hình 3.8 Cây phả hệ phân tử vùng gen ITS xây dựng phương pháp ML (Maximum Likelihood) 25 Hình 3.9 Cây phả hệ phân tử ITS xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) 26 Hình 3.10 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp NJ (Neighbour- Joining) 28 Hình 3.11 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp ML (Maximum Likelihood) 28 Hình 3.12 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) 29 ii DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1: Các phần mềm trang web sử dụng 12 Bảng 2.2 Thông tin cặp mồi khuếch đại sử dụng 13 Bảng 3.1: Bảng thông tin khảo sát thông số mồi 17 Bảng 3.2 Bộ liệu cục vùng gen RPB1 21 Bảng 3.3 Bộ liệu cục vùng gen ITS 22 Bảng 3.4 Bộ liệu cục đa gen (ITS RPB1) 22 iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT BLAST: Basic Local Alignment Search Tool NCBI: National Center for Biotechnology Information RPB1: largest subunit of RNA polymerase II – tiểu đơn vị lớn RNA polymerase II nrLSU: nuclear ribosomal large subunit- tiểu đơn vị lớn ribosome nrSSU: nuclear ribosomal small subunit- tiểu đơn vị nhỏ ribosome Bp: Base-pair ITS: Internal Transcribed Spacer ML: Maximum Likelihood MP: Maximum Parsimony NJ: Neighbor-Joining Nu: Nucleotide PCR: Polymeraese chain reaction rDNA: Ribosomal Deoxyribonucleic Acid RNA: Ribonucleic Acid rRNA: Ribosomal Ribonucleic Acid nrLSU: nuclear ribosomal large subunit Atp6: Mitochondrially encoded ATP synthase CTD: C- Terminal Domain iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC HÌNH ii DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT iv ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I TỔNG QUAN TỔNG QUAN VỀ NẤM GANODERMATACEAE 1.1 Đặc điểm 1.2 Phân loại khoa học 1.3 Các hoạt chất loài nấm thuộc họ Ganodermataceae ứng dụng 1.3.1 Terpenoid 1.3.2 Adenosine 1.3.3 Polysaccharide 1.3.4 Triterpenoids 1.3.5 Steroid 1.4 Ứng dụng y học 1.5 Nghiên cứu định danh 1.5.1 Định danh phân tử 1.5.2 Vùng gen ITS 1.5.3 Vùng gen RPB1 1.6 Nghiên cứu phát sinh loài 1.6.1 Phả hệ phân tử nghiên cứu phát sinh loài 1.6.2 Những bước nghiên cứu phát sinh loài 1.6.2.1 Xác định trình tự tương đồng với trình tự đích 1.6.2.2 Quyết định liệu đem dựng phả hệ 1.6.2.3 Tải xuống liệu gồm trình tự chọn 10 1.6.2.4 Sắp gióng cột trình tự 10 1.6.2.5 Dựng phả hệ phân tử 10 1.7 Tình hình nghiên cứu 11 1.7.1 Tình hình nghiên cứu nước 11 1.7.2 Tình hình nghiên cứu giới 11 PHẦN II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Vật liệu 12 2.2 Phương pháp nghiên cứu 12 2.2.1 Khảo sát mồi khuếch đại RPB1 ITS 12 2.2.2 Xây dựng liệu đơn gen đa gen vùng gen RPB1 ITS 13 2.2.3 Dựng phả hệ phân tử 13 PHẦN III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết khảo sát mồi vùng gen RPB1, ITS 16 3.2 Cơ sở liệu cục 21 3.3 Kết xây dựng phát sinh loài 23 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận 30 4.2 Đề nghị 30 TÀI LIỆU THAM KHẢO 31 ĐẶT VẤN ĐỀ Nấm nhóm sinh vật sống đa dạng trái đất, nhân rộng ứng dụng rộng rãi nhiều lĩnh vực sống, mang lại giá trị thiết thực cho người Trong phải kể đến họ Ganodermataceae bao gồm chi với nhiều lồi đóng vai trị quan trọng nhiều lĩnh vực lâm nghiệp, y học Các loài nấm thuộc họ chủ yếu ký sinh niều loại gỗ gây bệnh thối rễ thối thân gốc Một số loài đại diện học họ bao gồm như: G lucidum, G Sinense, G tsugae Như đề cập, loài nấm thuộc họ xác định có nhiều tiềm ứng dụng y học Chẳng hạn, hoạt chất phân tách từ G lucidum (hay biết đến với tên nấm linh chi) có khả chống khối u điều hòa miễn dịch, hạ đường huyết, bảo vệ gan Các thành phần hoạt tính sinh học liên quan đến chức dược lý loài G lucidum, G Sinense, G tsugae nghiên cứu nhiều so với loài khác thuộc họ Ganodermataceae, khẳng định có nhiều tác dụng liên quan đến y học như: điều trị ung thư số bệnh nhiễm trùng vi khuẩn, virus Linh chi loại nấm quý y học cổ truyền Trung Quốc phát vào 2.000 năm trước Những loại nấm giàu triterpenes, polysaccharid, phenol, steroid, giúp tăng cường sức khỏe cho người Nó liên quan đến giai đoạn bắt giữ G1 tế bào ung thư, hạ đường huyết máu tăng cường khả miễn dịch Một nhóm đơn ngành định danh phương pháp xây dựng phả hệ phân tử Tuy nhiên vấn đề phân loại sinh học chung riêng họ Ganodermataceae khứ vấn đề gây tranh cãi có khác biệt hình thái, vị trí địa lý, kiểu hình,…giữa lồi nấm Do ảnh hưởng thời tiết, thời gian dẫn đến biến đổi đặc điểm bên ngồi, kiểu hình, kết định danh hình thái Vì hạn chế nói giá trị thiết thực mặt y học mà kĩ thuật định danh phân tử đời với mục đích khắc phục nhược điểm định danh hình thái Kể từ năm 1980 nay, phương pháp định danh phân tử ngày sử dụng rộng rãi để nghiên cứu phát sinh loài Do đó, nghiên cứu ngồi việc sử dụng định danh hình thái, phần lớn ứng dụng thêm phần kỹ thuật sinh học phân tử vào việc định danh dựa sở liệu trình tự DNA Các vùng gen phổ biến thường sử dụng định danh gen ITS, gen RNA ribosome Gen ITS phổ biến tự nhiên tìm thấy tất lồi sinh vật nhân chuẩn Bên cạnh gen giữ nhà sử dụng trình tự gen đích phân tích phả hệ phân tử lồi Các gen bao gồm vùng gen mã hóa cho rRNA ribosome như: nrSSU (nuclear small subunit ribosomal DNA), nrLSU (nuclear ribosomal large subunit RNA gene sequences) vùng gen mã hóa protein như: Rpb1 (the genes encoding the largest subunit of RNA polymerase II), Rpb2 ( the second largest subunit of RNA polymerase II), Atp6 (ATPase synthase 6) Để tiến hành nghiên cứu phát sinh loài phân tử, em cần khảo sát mồi, khuếch đại gen mục tiêu lồi nấm thuộc họ Ganodermataceae Từ đó, em đề xuất đề tài “KHẢO SÁT INSILICO, NGHIÊN CỨU BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, RPB1 HỖ TRỢ ĐỊNH DANH CÁC LOÀI NẤM THUỘC HỌ GANODERMATACEAE.” giúp định danh phân tử, tiết kiệm thời gian, khắc phục nhược điểm phân tích hình thái vị trí địa lý, kiểu hình, yếu tố mơi trường 3.3 Kết xây dựng phát sinh loài Trước tiến hành dựng phả hệ phân tử, liệu cục trình tự định danh gióng cột đồng Sau phả hệ phân tử vùng gen RPB1, ITS xây dựng phương pháp: NJ (Neighbour- Joining), ML (Maximum Likelihood), MP (Maximum Parsimony) Các thiết lập chạy với bootstrap 1000 lần Clade B Clade C Ganoderma Clade A Out group Hình 3.4 Cây phả hệ phân tử vùng gen RPB1 xây dựng phương pháp NJ (Neighbour- Joining) 23 Clade A Ganoderma Clade B Clade C Out group Hình 3.5 Cây phả hệ phân tử vùng gen RPPB1 xây dựng phương pháp ML (Maximum Likelihood) Clade A Ganoderma Clade B Clade C Out group Hình 3.6 Cây phả hệ phân tử RPB1 xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) 24 Clade A Ganoderma Clade B Clade C Out group Hình 3.7 Cây phả hệ phân tử ITS xây dựng phương pháp NJ (NeighbourJoining) Clade A Ganoderma Clade B Clade C Out group Hình 3.8 Cây phả hệ phân tử vùng gen ITS xây dựng phương pháp ML (Maximum Likelihood) 25 Clade C Clade A Ganoderma Clade B Out group Hình 3.9 Cây phả hệ phân tử ITS xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) Kết phân tích so sánh phả hệ phân tử đơn gen ITS, RPB1 nghiên cứu cho kết tương đồng với kết tác giả L W Zhou cộng (2014) Cây phả hệ phân tử đơn gen ITS, RPB1 xây dựng phương pháp phương pháp NJ, ML, MP với out group (nhóm ngoại) lồi Tomophagus colossus Các phả hệ phân tử đơn gen ITS, RPB1 chia thành Clade hình 3.4; 3.5; 3.6; 3.7; 3.8; 3.9 Nhóm Clavicipitaceae clade B gồm loài phân nhánh tương đồng NJML-MP: bao gồm lồi Ganoderma lucium Ganoderma tsugae Nhóm Clavicipitaceae clade A gồm loài phân nhánh tương đồng NJML-MP: bao gồm Ganoderma multipileum, Ganoderma curtisii, Ganoderma lingzhi Nhóm Clavicipitaceae clade C gồm lồi phân nhánh tương đồng NJML-MP: Ganoderma boninense 26 Trên phả hệ (NJ-Neighbour Joining, ML-Maximum Likehood, MPMaximum Parsimony) cho giá trị bootstrap 100% phân Kết phả hệ đơn gen RPB1 xây dựng phương pháp NJ, ML, MP Clade A gồm loài bao gồm Ganoderma multipileum, Ganoderma curtisii, Ganoderma lingzhi, ba loài phân nhánh với với giá trị bootstrap phương pháp NJ/ML/MP 78/86/95 Clade B bao gồm loài Ganoderma lucium Ganoderma tsugae, hai loài phân nhánh với giá trị boostrap phương pháp NJ/ML/MP 100/100/100 Clade C có lồi Ganoderma boninense đạt giá trị bootstrap 50/49/87 Kết phả hệ đơn gen ITS xây dựng phương pháp NJ, ML, MP Clade A gồm loài bao gồm Ganoderma multipileum, Ganoderma curtisii, Ganoderma lingzhi, ba loài phân nhánh với với giá trị bootstrap phương pháp NJ/ML/MP 99/98/98 Clade B bao gồm loài Ganoderma lucium Ganoderma tsugae, hai loài phân nhánh với giá trị boostrap phương pháp NJ/ML/MP 99/97/97 Clade C có lồi Ganoderma boninense đạt giá trị bootstrap 49/73/59 Đối với nhóm ngoại loài Tomophagus colossus nằm tách riêng khỏi loài chi Ganoderma khơng có giá trị bootstrap 27 Clade A Clade C Clade B Out group Hình 3.10 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp NJ (Neighbour- Joining) Clade A Clade C Clade B Out group Hình 3.11 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp ML (Maximum Likelihood) 28 Clade C Clade A Clade B Out group Hình 3.12 Cây phả hệ phân tử đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp MP (Maximum Parsimony) Kết phả hệ đa gen (ITS RPB1) xây dựng phương pháp NJ, ML, MP Clade A gồm loài bao gồm Ganoderma multipileum, Ganoderma curtisii, Ganoderma lingzhi, ba loài phân nhánh phả hệ phân tử đa gen với giá trị bootstrap phương pháp NJ/ML/MP 97/96/95 Clade B bao gồm loài Ganoderma lucium Ganoderma tsugae, hai loài phân nhánh phả hệ phân tử đa gen với giá trị boostrap hai loài với phương pháp NJ (Neighbour- Joining) giá trị bootstrap đạt giữ hai loài 81 88, phương pháp ML (Maximum Likehood) giá trị bootstrap đạt hai loài 30 21, phương pháp MP (Maximum Parsimony) giá trị bootstrap đạt 93 Theo tác giả L W Zhou cộng (2014) G tsugae coi từ đồng nghĩa G lucidum (Haddow, 1931; Steyaert, 1977) Một lần nữa, phát sinh loài hỗ trợ G tsugae loài độc lập khác với G lucidum G tsugae phát triển kim, đặc biệt Tsuga Abies, G lucidum sống chủ yếu hạt kín 29 Clade C có lồi Ganoderma boninense đạt giá trị bootstrap 46/53/65 Đối với nhóm ngoại lồi Tomophagus colossus nằm tách riêng khỏi loài chi Ganoderma khơng có giá trị bootstrap 30 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận Tôi thành công số phương diện như: - Khảo sát mồi khuếch đại vùng gen ITS, RPB1 - Thu thập liệu cục vùng gen mục tiêu RPB1 ITS - Xây dựng thành công phả hệ phân tử phương pháp: NJ, ML, MP ➢ Tuy nhiên hạn chế phần BLAST cặp mồi CRPB1/RPB1CR 4.2 Đề nghị Tiến hành thực nghiệm nhiều loài nấm thuộc họ Ganodermtaceae hơn, tiến hành định danh vùng gen khác như: TEF, RPB2, TUB… Xây dựng sở liệu cục áp dụng nhiều vùng gen, nhiều loài nấm khác 30 TÀI LIỆU THAM KHẢO ➢ TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Phan Huy Dục, Ngô Anh (2004) Kết điều tra đa dạng nấm lớn (Macromycetes) Lộc Hải - Phú Lộc tỉnh Thừa Thiên-Huế, Hội nghị toàn quốc nghiên cứu khoa học sống, NXB Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội Lê Bá Dũng (2003) Nấm lớn Tây Nguyên, NXB Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội Trịnh Tam Kiệt (1996) Danh lục nấm lớn Việt Nam, NXB Nông nghiệp, Hà Nội, tr.28-30 Nguyễn Phương Đại Nguyên (2013) Nấm Linh chi Tây Nguyên, NXB, Giáo dục Lê Xuân Thám (2005) Nấm linh chi, NXB Khoa học Kỹ thuật ➢ TÀI LIỆU TIẾNG ANH Adaskaveg, J E., & Gilbertson, R L (1988) Basidiospores, pilocystidia, and other basidiocarp characters in several species of the Ganoderma lucidum complex Mycologia, 80(4), 493-507 Royal Botanic Garden, E (1969) Flora of British fungi: colour identification chart HM Stationery Office Bao, X., Duan, J., Fang, X., & Fang, J (2001) Chemical modifications of the (1→ 3)-α-D-glucan from spores of Ganoderma lucidum and investigation of their physicochemical properties and immunological activity Carbohydrate Research, 336(2), 127-140 Bishop, K S., Kao, C H., Xu, Y., Glucina, M P., Paterson, R R M., & Ferguson, L R (2015) From 2000 years of Ganoderma lucidum to recent developments in nutraceuticals Phytochemistry, 114, 56-65 31 10 Bhosle, S., Ranadive, K., Bapat, G., Garad, S., Deshpande, G., & Vaidya, J (2010) Taxonomy and diversity of Ganoderma from the Western parts of Maharashtra (India) Mycosphere, 1(3), 249-262 11 Cao, Y., Wu, S H., & Dai, Y C (2012) Species clarification of the prize medicinal Ganoderma mushroom “Lingzhi” Fungal Diversity, 56(1), 49-62 12 Costa-Rezende, D H., Robledo, G L., Góes-Neto, A., Reck, M A., Crespo, E., & Drechsler-Santos, E R (2017) Morphological reassessment and molecular phylogenetic analyses of Amauroderma s lat raised new perspectives in the generic classification of the Ganodermataceae family Persoonia-Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, 39(1), 254-269 13 Coetzee, M P., Wingfield, B D., Golani, G D., Tjahjono, B., Gafur, A., & Wingfield, M J (2011) A single dominant Ganoderma species is responsible for root rot of Acacia mangium and Eucalyptus in Sumatra Southern Forests: a Journal of Forest Science, 73(3-4), 175-180 14 Furtado, J S (1981) Taxonomy of amauroderma [basidiomycetes, polyporaceae] (No 580.744747 M4/v 34) 15 Gardes, M., & Bruns, T D (1993) ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes‐application to the identification of mycorrhizae and rusts Molecular ecology, 2(2), 113-118 16 Gao, Y., Zhou, S., Huang, M., & Xu, A (2003) Antibacterial and antiviral value of the genus Ganoderma P Karst species (Aphyllophoromycetideae): a review International Journal of Medicinal Mushrooms, 5(3) 17 Gottlieb, A M., Ferrer, E., & Wright, J E (2000) rDNA analyses as an aid to the taxonomy of species of Ganoderma Mycological Research, 104(9), 10331045 32 18 Hapuarachchi, K K., Wen, T C., Jeewon, R., Wu, X L., Kang, J C., & Hyde, K D (2016) Mycosphere Essays 7: Ganoderma lucidum-are the beneficial anticancer properties substantiated Mycosphere, 7(3), 305-332 19 Hapuarachchi, K K., Elkhateeb, W A., Karunarathna, S C., Cheng, C R., Bandara, A R., Kakumyan, P., & Wen, T C (2018) Current status of global Ganoderma cultivation, products, industry and market Mycosphere, 9(5), 10251052 20 Hennicke, F., Cheikh-Ali, Z., Liebisch, T., Maciá-Vicente, J G., Bode, H B., & Piepenbring, M (2016) Distinguishing commercially grown Ganoderma lucidum from Ganoderma lingzhi from Europe and East Asia on the basis of morphology, molecular phylogeny, and triterpenic acid profiles Phytochemistry, 127, 29-37 21 Hillis, D M., & Bull, J J (1993) An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis Systematic biology, 42(2), 182192 22 Hou, D (1950) A new species of Ganoderma from Taiwan., 3(2), 101-105 23 Karsten, P A (1881) Enumeratio Boletinearum et Polyporearum Fennicarum, systemate novo dispositarum Rev Mycol.(Toulouse), 3, 16-19 24 Kino, K., Yamashita, A., Yamaoka, K., Watanabe, J., Tanaka, S., Ko, K., & Tsunoo, H (1989) Isolation and characterization of a new immunomodulatory protein, ling zhi-8 (LZ-8), from Ganoderma lucidium Journal of Biological Chemistry, 264(1), 472-478 25 Kubota, T., Asaka, Y., Miura, I., & Mori, H (1982) Structures of Ganoderic Acid A and B, Two New Lanostane Type Bitter Triterpenes from Ganoderma lucidum (FR.) KARST Helvetica Chimica Acta, 65(2), 611-619 33 26 Matheny, P B., Liu, Y J., Ammirati, J F., & Hall, B D (2002) Using RPB1 sequences to improve phylogenetic inference among mushrooms (Inocybe, Agaricales) American Journal of Botany, 89(4), 688-698 27 Moncalvo, J M., Wang, H F., & Hseu, R S (1995) Gene phylogeny of the Ganoderma lucidum complex based on ribosomal DNA sequences Comparison with traditional taxonomic characters Mycological research, 99(12), 14891499 28 Moncalvo, J M., & Ryvarden, L (1997) A nomenclatural study of the Ganodermataceae Donk Fungiflora 29 Mhanda, F N., Kadhila-Muandingi, N P., & Ueitele, I S E (2015) Minerals and trace elements in domesticated Namibian Ganoderma species African Journal of Biotechnology, 14(48), 3216-3218 30 Page, R D (1996) Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers Bioinformatics, 12(4), 357-358 31 Gao, Y., Zhou, S., Wen, J., Huang, M., & Xu, A (2002) Mechanism of the antiulcerogenic effect of Ganoderma lucidum polysaccharides on indomethacininduced lesions in the rat Life sciences, 72(6), 731-745 32 Rees, R W., Flood, J., Hasan, Y., Potter, U., & Cooper, R M (2009) Basal stem rot of oil palm (Elaeis guineensis); mode of root infection and lower stem invasion by Ganoderma boninense Plant pathology, 58(5), 982-989 33 Richter, C., Wittstein, K., Kirk, P M., & Stadler, M (2015) An assessment of the taxonomy and chemotaxonomy of Ganoderma Fungal Diversity, 71(1), 1-15 34 Ryvarden, L (2000) Studies in neotropical polypores 2: a preliminary key to neotropical species of Ganoderma with a laccate pileus Mycologia, 92(1), 180191 34 35 Steyaert, R L (1967) Les Ganoderma palmicoles Bulletin du Jardin botanique national de Belgique/Bulletin van de National Plantentuin van België, 37(4), 465492 36 Tsivileva, O., Pankratov, A., Misin, V., Zavyalov, A., Volkov, V., Tsymbal, O., & Nikitina, V E (2018) Antioxidant properties of the Artist's Conk medicinal mushroom, Ganoderma applanatum (Agaricomycetes), upon cultivation with para-substituted phenolic compounds and tea leaf extracts International Journal of Medicinal Mushrooms, 20(6) 37 Wubshet, S G., Johansen, K T., Nyberg, N T., & Jaroszewski, J W (2012) Direct 13C NMR detection in HPLC hyphenation mode: Analysis of Ganoderma lucidum terpenoids Journal of natural products, 75(5), 876-882 38 Zhang, S., Nie, S., Huang, D., Li, W., & Xie, M (2013).Immunomodulatory effect of Ganoderma atrum polysaccharide on CT26 tumor-bearing mice Food Chemistry, 136(3-4), 1213-1219 35 ... ĐẠI HỌC MỞ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT INSILICO, NGHIÊN CỨU BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC GEN ITS, RPB1 HỖ TRỢ ĐỊNH DANH CÁC LOÀI NẤM THUỘC HỌ GANODERMATACEAE. .. hành nghiên cứu phát sinh loài phân tử, em cần khảo sát mồi, khuếch đại gen mục tiêu loài nấm thuộc họ Ganodermataceae Từ đó, em đề xuất đề tài “KHẢO SÁT INSILICO, NGHIÊN CỨU BỘ DỮ LIỆU PHÂN TỬ CÁC... Hiện định danh phân tử trở thành chủ đề nghiên cứu trọng phân loại học, bổ sung cho định danh truyền thống Hỗ trợ định danh loài mà định danh hình thái cịn hạn chế Trong năm gần đây, nhà nghiên cứu