Khảo sát in silico về tính chất biểu hiện của microrna 155 trên bệnh nhân ung thư vòm họng

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH -—&–- BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT IN SILICO VỀ TÍNH CHẤT BIỂU HIỆN CỦA microRNA-155 TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VỊM HỌNG KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC CHUN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Y DƯỢC GVHD: TS Lao Đức Thuận TP Hồ Chí Minh, tháng năm 2022 LỜI CẢM ƠN Trong thời gian qua, với diễn biến phức tạp đại dịch Covid-19 kéo dài Nhà trường Ban Lãnh đạo Khoa tạo điều kiện thuận lợi để chúng em làm thực tập tốt nghiệp thời hạn quy định Trước tiên em xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thầy, cô giáo môn Khoa Công nghệ sinh học, Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh hỗ trợ giúp đỡ để em thực tốt đề tài thực tập thời gian khó khăn Để hoàn thành thực tập tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn đặc biệt đến Tiến sĩ Lao Đức Thuận Tiến sĩ Vũ Tiến Luyện, người trực tiếp quan tâm hướng dẫn, giúp đỡ, tận tâm giảng dạy truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu cho em, không buổi học tập trường mà dành thời gian ngoại khoá để truyền đạt vốn kiến thức quý báu cho chúng em Cảm ơn lời chia sẻ tâm huyết thầy, em thật biết ơn Bên cạnh đó, khơng thể khơng nhắc đến bạn thành viên phịng Sinh học phân tử, khoa Cơng nghệ Sinh học, Trường đại học Mở thành phố Hồ Chí Minh Em xin cảm ơn Thạc sĩ Thiều Hồng Huệ dẫn, góp ý tận tình người bạn Vũ Lâm Thông, Phạm Thị Phương Trinh, Nguyễn Tường Vi, Trần Kiến Tường phòng Sinh học phân tử nhiệt tình giúp đỡ em suốt trình học tập em thực hoàn chỉnh thực tập tốt nghiệp Một lần nữa, em xin trân trọng cảm ơn quan tâm giúp đỡ thầy, cô, anh, chị, bạn bè gia đình ln hỗ trợ đứng sau động lực to lớn giúp em tự tin trình hồn thành thực tập tốt nghiệp Với kiến thức hạn chế khơng có nhiều kinh nghiệm nên khó tránh khỏi thiếu sót Do đó, em mong nhận góp ý thầy, để em có điều kiện hồn thiện kiến thức Em xin chân thành cảm ơn! i DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Tỷ lệ mắc (incidence) tỷ lệ tử vong (mortality) ung thư hai giới tính khu vực giới Hình 1.2 Vị trí giải phẫu ung thư vòm họng Hình 1.3 Bản đồ tỷ lệ ung thư vòm họng giới Hình 1.4 Con đường sinh tổng hợp miRNAs Hình 1.5 Sự bắt miRNA mạch mRNA đích Hình 2.1 Sơ đồ tóm tắt quy trình nghiên cứu in silico 13 Hình 2.2 Sơ đồ mơ tả quy trình chọn lọc cơng trình nghiên cứu vào liệu phân tích tổng hợp 14 Hình 3.1 Sơ đồ mơ tả quy trình chọn lọc cơng trình nghiên cứu vào liệu phân tích tổng hợp 20 Hình 3.2 Vị trí trình tự miRNA-155 nhiễm sắc thể số 21 người 26 Hình 3.3 Cấu trúc kẹp tóc pre-miRNA-155 26 Hình 3.4 Cấu trúc miRNA-155-5p trưởng thành 26 Hình 3.5 Vị trí bắt cặp dự đoán miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-BACH1 phần mềm miRTarBase 28 Hình 3.6 Vị trí bắt cặp dự đoán miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-JMJD1A (KDM3A) phần mềm miRTarBase 28 Hình 3.7 Vị trí bắt cặp dự đoán miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-BACH1 (A) Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-JMJD1A (B) 29 Hình 3.8 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-BACH1 phần mềm TargetScan 8.0 29 Hình 3.9 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-JMJD1A (KDM3A) phần mềm TargetScan 8.0 30 Hình 3.10 Vị trí bảo tồn miR-155 gắn mRNA-BACH1 loài 31 Hình 3.11 Vị trí bảo tồn miR-155 gắn mRNA-JMJD1A loài 32 ii DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng 1.1 Sự biểu miRNA-155 nhiều loại ung thư khác 10 Bảng 2.1 Mẫu bảng ghi nhận trích xuất liệu từ cơng bố giới………….15 Bảng 3.1 Dự đoán miR-155-5p liên quan UTVH dựa phần mềm tin sinh học 17 Bảng 3.2 Các gene mục tiêu miR-155-5p có chức liên kết với UTVH 18 Bảng 3.3 Đặc điểm liệu liên quan đến biểu miRNA-155 22 Bảng 3.4 Bảng tổng hợp vùng dự đốn bắt cặp miR-155 lên gene đích dự đoán 30 iii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC HÌNH ẢNH ii MỤC LỤC iv ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I: TỔNG QUAN .1 TỔNG QUAN VỀ UNG THƯ .3 1.1 Khái niệm ung thư .3 1.2 Tình hình ung thư giới Việt Nam .3 TỔNG QUAN VỀ UNG THƯ VÒM HỌNG 2.1 Sơ lược ung thư vòm họng 2.2 Tình hình ung thư vịm họng giới Việt Nam 2.3 Bệnh nguyên MicroRNA (miRNA) .6 3.1 Quá trình sinh tổng hợp miRNA .7 3.2 Cơ chế điều hoà miRNA 3.3 Sự biểu miRNA-155 nhiều loại ung thư khác PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .2 VẬT LIỆU 12 1.1 Các phần mềm trang web sử dụng 12 1.2 Các công trình nghiên cứu khoa học cơng bố 12 1.3 Quá trình nghiên cứu khai thác in silico 13 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 13 2.1 Khai thác sở liệu 13 iv 2.1.1 Tiêu chuẩn thu nhận, chọn lọc, loại bỏ cơng trình nghiên cứu khoa học cơng bố phục vụ cho phân tích tổng hợp (meta - analysis) 13 2.1.2 Trích xuất liệu 14 2.2 Phân tích tổng hợp gene đích gây chức thơng qua đường tín hiệu 15 PHẦN III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 15 KẾT QỦA KHẢO SÁT CƠ SỞ DỮ LIỆU 17 1.1 Kết dự đốn miR-155 bệnh nhận ung thư vịm họng 17 1.2 Kết thu nhận liệu từ cơng trình nghiên cứu liên quan đến miRNA-155 bệnh UTVH 20 1.3 Kết trích xuất liệu từ cơng trình nghiên cứu phù hợp tiêu chí chọn lọc 21 1.4 Kết khảo sát liệu miRNA-155 liên quan đến bệnh ung thư vòm họng 25 1.4.1 Kết khảo sát cấu trúc, trình tự miRNA-155 26 1.4.2 Kết khảo sát vị trí bắt cặp miRNA-155 trình tự gene đích 27 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 33 KẾT LUẬN 34 ĐỀ NGHỊ 34 TÀI LIỆU THAM KHẢO 35 v ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư vòm họng (UTVH) khối u ác tính người, thường phát triển phổ biến vùng đầu, cổ triệu chứng cụ thể giai đoạn đầu nên việc phát sớm khó khăn Việc lựa chọn phát triển dấu chứng sinh học chuẩn đốn sớm bệnh ung thư nói chung, UTVH nói riêng việc mà nhà khoa học, bác sĩ giới quan tâm Trong đó, microRNA (miRNA) đóng vai trị quan trọng phát triển UTVH, nên việc đánh giá miRNA công cụ sinh học đơn giản, đáng tin cậy không xâm lấn để phát sớm UTVH hữu ích để điều trị loại ung thư người Hiện giới, có nhiều đề tài nghiên cứu vấn đề này, nhiên nghiên cứu phần lớn tập trung khu vực Châu Á, đặc biệt miền Nam Trung Quốc Ở Việt Nam, theo thống kê Globacan (2020), trường hợp mắc bệnh tử vong năm ung thư vòm họng Việt Nam 6.040 ca, chiếm tỉ lệ 3.3% (đứng thứ chín) 3.706 chiếm tỉ lệ 3.0% (đứng thứ bảy), nhiên chưa có nhiều cơng trình nghiên cứu miRNA UTVH Do đó, nghiên cứu biểu microRNA bệnh nhân UTVH mang nhiều hứa hẹn tiềm lĩnh vực chuẩn đoán bệnh ung thư giai đoạn sớm trở thành dấu chứng sinh học tiềm cho bệnh UTVH Chính vậy, việc triển khai đề tài "KHẢO SÁT IN SILICO VỀ TÍNH CHẤT BIỂU HIỆN CỦA microRNA-155 TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG" nhằm cung cấp thêm liệu nghiên cứu miR-155 mô tả rõ nét tính chất biểu nó, đồng thời trở thành liệu pháp hữu ích để chuẩn đốn sớm bệnh UTVH Việt Nam PHẦN I: TỔNG QUAN TỔNG QUAN VỀ UNG THƯ 1.1 Khái niệm ung thư Ung thư nhóm bệnh bắt đầu hầu hết quan mô thể tế bào phân chia cách kiểm sốt Các tế bào ung thư có khả di chuyển, xâm lấn đến quan khác [31] Ung thư bắt nguồn dựa phân loại tế bào phân chia bất thường như: [31] Ung thư biểu mô (Carcinoma): ung thư bắt nguồn da hay mơ lót phủ quan thể, chẳng hạn ung thư da, ung thư cổ tử cung, ung thư vòm họng, ung thư gan,… [3] Bệnh bạch cầu (Leukemia): ung thư bắt nguồn từ mô máu tủy xương, sản xuất lượng lớn tế bào máu bất thường; [4] Ung thư mô liên kết (Sarcoma): loại ung thư gặp, bắt nguồn từ xương, sụn, mạch máu hay mô liên kết khác; [5] Ung thư hệ thần kinh: ung thư bắt nguồn từ mô hệ thần kinh, não tủy sống [6] U lympho bào, tủy (Lymphoma): ung thư bắt nguồn từ tế bào thuộc hệ miễn dịch thể 1.2 Tình hình ung thư giới Việt Nam Hình 1.1 Tỷ lệ mắc (incidence) tỷ lệ tử vong (mortality) ung thư hai giới tính khu vực giới [17] Theo thống kê quan GBD (Global Burden of Diseases, Injuries, and Risk Factors Study), năm 2020, số ca mắc ung thư tồn cầu tăng lên 19,3 triệu ca (phụ nữ chiếm 9,2 triệu ca, nam giới chiếm 10 triệu ca) 10 triệu ca tử vong ung thư vào năm 2020 [17] Ung thư vú đại diện cho bệnh ung thư chuẩn đốn phụ nữ tồn cầu Ung thư đại thực tràng, phổi, cổ tử cung tuyến giáp phổ biến phụ nữ Ung thư phổi ung thư tuyến tiền liệt bệnh phổ biến nam giới, chiếm gần phần ba tổng số ca ung thư nam giới [17] Đến nay, số lượng ca ung thư giới ngày gia tăng trở thành vấn đề cấp thiết toàn cầu Tại Việt Nam, theo thống kê Bộ Y Tế Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organization, WHO), năm Việt Nam có khoảng 180.000 ca mắc 120.000 trường hợp tử vong ung thư [17] TỔNG QUAN VỀ UNG THƯ VỊM HỌNG 2.1 Sơ lược ung thư vịm họng Ung thư vòm họng khối u phát triển từ biểu mô niêm mạc bao phủ bề mặt mũi họng thường phổ biến Nam Trung Quốc, Đông Nam Á Bắc Phi, nơi khác giới [40] Ung thư vòm họng thường có tính xâm lấn cao giai đoạn cuối Do vị trí khối u khơng có triệu chứng cụ thể nên việc phát sớm khó khăn [8] Việc lựa chọn phát triển dấu chứng sinh học sớm giúp cứu sống bệnh nhân, nên việc khảo sát số biểu miRNA bệnh nhân ung thư vòm họng để chẩn đoán phát sớm ung thư vịm họng Hình 1.2 Vị trí giải phẫu ung thư vịm họng (https://taimuihongsg.com/goi-tam-soat-ung-thu-vom-hong/) tính đáng tin cậy cao gene đích BACH1, JMJD1A (KDM3A), UBQLN1 chứng minh thực nghiệm mở đầu tiềm cho gene đích sau 1.4 Kết khảo sát liệu miRNA-155 liên quan đến bệnh ung thư vòm họng 1.4.1 Kết khảo sát cấu trúc, trình tự miRNA-155 Dựa sở liệu miRBase, thu nhận cấu trúc trình tự miRNA-155 với mã số truy cập (accession number) MI0000681 có chiều dài 65 nucleotide, có vị trí 21q21.3 (bắt đầu từ vị trí 25.573.980bp kết thúc vị trí 25.574.044bp) miR-155 Hình 3.2 Vị trí trình tự miRNA-155 nhiễm sắc thể số 21 người Chú thích: Vị trí trình tự miRNA-155 đánh dấu dọc màu đỏ vị trí q21.3 Hình 3.3 Cấu trúc kẹp tóc pre-miRNA-155 Chú thích: Trình tự nucleotide miRNA-155 hiển thị màu hồng 5’- UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUU – 3’ Hình 3.4 Cấu trúc miRNA-155-5p trưởng thành Theo nghiên cứu gần đây, miRNA-155 phát biểu vượt mức ung thư vòm họng điều làm gia tăng tăng trưởng tế bào, di 26 xâm lấm, làm điều hoà chu kỳ tế bào ức chế chương trình chết tế bào apoptosis [37,38, 41, 24] Sự điều hồ biểu thơng qua việc miRNA-155 gắn lên gene đích như: phosphatase and tensin homolog (PTEN), Zinc finger, DHHC–type containing (ZDHHC2), ubiquilin (UBQLN1) ung thư vòm họng [7, 38, 46] Trong đó, hoạt động miRNA gây ung thư ung thư vòm họng tác động gây ung thư chủ yếu điều hoà cách ức chế biểu PTEN cách kích hoạt đường PI3K/Akt [46], ZDHHC2 UBQLN1 tham gia vào trình phát sinh khối ung thư vòm họng [7, 38] 1.4.2 Kết khảo sát vị trí bắt cặp miRNA-155 trình tự gene đích Dựa cơng trình lựa chọn để thực khảo sát, miRNA-155 sử dụng dạng trưởng thành hsa-miRNA-155-5p với mã số truy cập (accession numer) sở liệu miRBase MIMAT0000646 [7, 37, 38, 45] hsa-miR-155-5p có cấu trúc dạng mạch đơn, có chiều dài 23 nucleotide, với trình tự 5’- UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUU - 3’ Do đó, tơi lựa chọn hsa-miR-155-5p làm mạch trưởng thành để làm khảo sát vị trí bắt lên gen mục tiêu Các chương trình thuật tốn bao gồm TargetScan 8.0, miRTarBase sử dụng để xác định vị trí miRNA-155 nhắm gắn vào vùng 3’UTR mRNABACH1 mRNA- JMJD1A Sau thực nghiệm chương trình giới hạn vùng 3’UTR mRNA-BACH1 mRNA-JMJD1A với trình tự có chiều dài 5618 bp 4621 bp xác định từ trình tự mRNA-BACH1 (NM_001186), mRNA-JMJD1A (NM_00114688) để phục vụ cho nghiên cứu 27 Hình 3.5 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNABACH1 phần mềm miRTarBase Hình 3.6 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNA-JMJD1A (KDM3A) phần mềm miRTarBase 28 Hình 3.7 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNABACH1 (A) Vị trí bắt cặp dự đoán miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNAJMJD1A (B) theo (Du cs, 2011) Theo Du cộng (2011), chứng minh gene BACH1 JMJD1A gene mục tiêu miRNA-155 thông qua phương pháp luciferase cho thấy biểu mức miR-155 làm giảm đáng kể tín luciferase hợp với JMJD1A BACH1 3’UTR tế bào HEK 293T Điều cho thấy miR-155 nhắm mục tiêu trực tiếp vào JMJD1A BACH1 3’UTR dẫn đến giảm biểu Hình 3.8 Vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNABACH1 phần mềm TargetScan 8.0 29 Hình 3.9 Vị trí bắt cặp dự đoán miRNA-155 lên vùng 3’UTR mRNAJMJD1A (KDM3)A phần mềm TargetScan 8.0 Từ kết dự đoán vị trí bắt cặp miRNA-155 lên vùng 3’-UTR mRNA-BACH1 hai phần mềm trực tuyến (Hình 3.5, 3.6, 3.7, 3.8) tác giả Du cộng (2011), chọn vùng bắt cặp dự đoán miRNA-155 vào vùng 3’-UTR mRNA-BACH1 từ vị trí nucleotide 2388 đến nucleotide 2394 vùng 3’của mRNA-JMJD1A (KDM3A) từ vị trí nucleotide 576 đến nucleotide 582 để thực cho việc nghiên cứu thực nghiệm Theo TargetScan 8.0, vùng có kiểu tương tác 7mer-m8 mRNA-BACH1 vị trí bắt cặp xác mRNA-BACH1 lên vị trí từ nucleotide số đến nucleotide số miRNA trưởng thành vùng trung tâm (seed region) (vùng trung tâm + vị trí 8) dẫn đến phân huỷ miRNA Tương tác vùng 7mer-A1 mRNA-JMJD1A (KDM3A) lên vị trí từ nucleotide số đến nucleotide số miRNA trưởng thành, có adenine vị trí đầu 5’ miRNA vùng trung tâm (seed region) miRNA trưởng thành Bảng 3.4 Bảng tổng hợp vùng dự đoán bắt cặp miR-155 lên gene đích dự đốn Gen đích Vị trí Trình tự Vị trí BACH1 2388 7mer- đến m8 2394 JMJD1A 576 đến 7mer- (KDM3A) 582 A1 30 Để xác định khả gắn vị trí gắn mục tiêu miRNA-155 vào vùng 3’UTR mRNA-BACH1, mRNA-JMJD1A (KDM3A), hạn chế lại kết tổng hợp trình tự chứa vị trí gắn mục tiêu dự đốn từ đến chương trình, cụ thể trình tự chứa vị trí gắn mục tiêu có mức bảo tồn cao (high conserved) cụ thể mRNA- BACH1, mRNA- JMJD1A 15 loài 12 loài hiển thị vùng màu trắng biểu thị nu bảo tồn (hình 10, hình 11) Sử dụng tiêu chuẩn chọn vùng dự đốn bắt cặp miR-155 lên gene đích (bảng 3) phù hợp với cơng trình nghiên cứu trước (Du cộng 2011) Hình 3.10 Vị trí bảo tồn miR-155 gắn mRNA-BACH1 lồi 31 Hình 3.11 Vị trí bảo tồn miR-155 gắn mRNA-JMJD1A loài 32 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ KẾT LUẬN Qua tiến hành khảo sát in silico tạo sở lí luận vững chắc, hướng đến khảo sát biểu miRNA-155 trưởng thành (hsa-miR-155-5p) Bằng cách áp dụng công cụ tin sinh học cung cấp thêm nhiều thơng tin Dự đốn miRNA-155 có liên quan bệnh ung thư vịm họng từ tìm gene đích liên quan chức Tổng cộng có gene mục tiêu (cụ thể BACH1, JMJD1A (KDM3A), UBQLN1) miR-155 ghi nhận có liên quan đến ung thư vịm họng Đã khảo sát vị trí bắt cặp dự đốn miRNA-155 vùng 3’UTR mRNA đích, tương tác gene mục tiêu hsa-miR-155-5p hữu ích việc hiểu rõ bước đầu tăng sinh, hình thành khối u di ung thư vòm họng ĐỀ NGHỊ Đề nghị nghiên cứu tiếp tục tiến hành phát triển mở rộng hướng nghiên cứu Tiến hành khảo sát thông số cặp mồi dùng để phát biểu miRNA155 bệnh ung thư vòm họng tiếp tục thiết kế mồi để khuếch đại trình miRNA-155 nhằm mục tiêu phát biểu thơng qua phương pháp qRT-PCR (quantitative reverse transcription – polymerase chain reaction) Đồng thời đánh giá mối tương quan miRNA-155 với gene đích liên quan lên bệnh ung thư vịm họng người Việt Nam 34 TÀI LIỆU THAM KHẢO A Macha M, Seshacharyulu P, Ram Krishn S, Pai P, Rachagani S, Jain M, et al MicroRNAs (miRNAs) as biomarker (s) for prognosis and diagnosis of gastrointestinal (GI) cancers Current pharmaceutical design 2014;20(33):5287-97 Al-Haidari, A A., Syk, I., & Thorlacius, H (2017) MiR-155-5p positively regulates CCL17-induced colon cancer cell migration by targeting RhoA Oncotarget, 8(9), 14887 Barber RD, Harmer DW, Coleman RA, Clark BJ GAPDH as a housekeeping gene: analysis of GAPDH mRNA expression in a panel of 72 human tissues Physiological genomics 2005;21(3):389-95 Bartel DP MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function cell 2004;116(2):281-97 Bartel, D P (2009) MicroRNAs: target recognition and regulatory functions cell, 136(2), 215-233 Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Wheeler DL GenBank Nucleic acids research 2008;36(Database issue): D25 Cai, X., Hagedorn, C H., & Cullen, B R (2004) Human microRNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts that can also function as mRNAs Rna, 10(12), 1957-1966 Chou, J., Lin, Y C., Kim, J., You, L., Xu, Z., He, B., & Jablons, D M (2008) Nasopharyngeal carcinoma—review of the molecular mechanisms of tumorigenesis Head & Neck: Journal for the Sciences and Specialties of the Head and Neck, 30(7), 946-963 Cifuentes, D., Xue, H., Taylor, D W., Patnode, H., Mishima, Y., Cheloufi, S., & Giraldez, A J (2010) A novel miRNA processing pathway independent of Dicer requires Argonaute2 catalytic activity Science, 328(5986), 16941698 35 10 Cole, K A., Attiyeh, E F., Mosse, Y P., Laquaglia, M J., Diskin, S J., Brodeur, G M., & Maris, J M (2008) A functional screen identifies miR-34a as a candidate neuroblastoma tumor suppressor gene Molecular cancer research, 6(5), 735-742 11 Denli, A M., Tops, B B., Plasterk, R H., Ketting, R F., & Hannon, G J (2004) Processing of primary microRNAs by the Microprocessor complex Nature, 432(7014), 231-235 12 Doench, J G., & Sharp, P A (2004) Specificity of microRNA target selection in translational repression Genes & development, 18(5), 504-511 13 Du, Z M., Hu, L F., Wang, H Y., Yan, L X., Zeng, Y X., Shao, J Y., & Ernberg, I (2011) Upregulation of MiR-155 in nasopharyngeal carcinoma is partly driven by LMP1 and LMP2A and downregulates a negative prognostic marker JMJD1A PloS one, 6(4), e19137 14 Esquela-Kerscher, A., & Slack, F J (2006) Oncomirs—microRNAs with a role in cancer Nature reviews cancer, 6(4), 259-269 15 Faraoni, I., Antonetti, F R., Cardone, J., & Bonmassar, E (2009) miR-155 gene: a typical multifunctional microRNA Biochimica et Biophysica Acta (BBA)Molecular Basis of Disease, 1792(6), 497-505 16 Filipowicz, W., Bhattacharyya, S N., & Sonenberg, N (2008) Mechanisms of post-transcriptional regulation by microRNAs: are the answers in sight? Nature reviews genetics, 9(2), 102-114 17 GLOBOCAN (2020) ‘The Global Cancer Observatory - All cancers’, International Agency for Research on Cancer - WHO, 419, pp 199–200 (https://gco.iarc.fr/today/data/factsheets/populations/704 -viet-nam-fact- sheets.pdf) 18 Huang, C., Li, H., Wu, W., Jiang, T., & Qiu, Z (2013) Regulation of miR-155 affects pancreatic cancer cell invasiveness and migration by modulating 36 the STAT3 signaling pathway through SOCS1 Oncology reports, 30(3), 1223-1230 19 Hui, L., Zhang, J., Ding, X., Guo, X., & Jang, X (2017) Identification of potentially critical differentially methylated genes in nasopharyngeal carcinoma: A comprehensive analysis of methylation profiling and gene expression profiling Oncology Letters, 14(6), 7171-7178 20 Huang, S C M., Tsao, S W., & Tsang, C M (2018) Interplay of viral infection, host cell factors and tumor microenvironment in the pathogenesis of nasopharyngeal carcinoma Cancers, 10(4), 106 21 Hydbring, P., & Badalian-Very, G (2013) Clinical applications of microRNAs F1000Research, 22 Indraswary, R., Haryana, S M., & Surono, A (2021) Expression of HSA-MIR155-5P and mRNA Suppressor of Cytokine Signalling (SOCS1) on Plasma at Early-stage and Late-stage of Nasopharyngeal Carcinoma 23 Jiang, Y X., Du, Z M., Jiao, L., Shao, Q., Fu, S., Shao, J Y., & Li, Y H (2015) Inhibition of MiR-155 suppresses cell migration in nasopharyngeal carcinoma through targeting ZDHHC2 International journal of clinical and experimental medicine, 8(6), 8472 24 Khoo, A S.-B., & Pua, K.-C (2013) Diagnosis and Clinical Evaluation of Nasopharyngeal Carcinoma Nasopharyngeal Carcinoma, 1–9 doi:10.1007/978-1-4614-5947-7_1 25 Kim, V N., Han, J., & Siomi, M C (2009) Biogenesis of small RNAs in animals Nature reviews Molecular cell biology, 10(2), 126-139 26 Lao, T D., & Le, T A H (2019) Association Between LMP-1, LMP-2, and miR-155 Expression as Potential Biomarker in Nasopharyngeal Carcinoma Patients: A Case/Control Study in Vietnam Genetic testing and molecular biomarkers, 23(11), 815-822 37 27 Lao, T D., Nguyen, M T., Nguyen, D H., & Le, T A H (2021) Upregulation of miRNA-155 in Nasopharyngeal Carcinoma Patients Iranian Journal of Public Health, 50(8), 1642 28 Lee, Y., Ahn, C., Han, J., Choi, H., Kim, J., Yim, J., & Kim, V N (2003) The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing Nature, 425(6956), 415-419 29 MacFarlane, L A., & R Murphy, P (2010) MicroRNA: biogenesis, function and role in cancer Current genomics, 11(7), 537-561 30 Mimi, C Y., & Yuan, J M (2002, December) Epidemiology of nasopharyngeal carcinoma In Seminars in cancer biology (Vol 12, No 6, pp 421-429) Academic Press 31 National Cancer Institute Understanding cancer: “What is cancer?” was originally published by the National Cancer Institute (https://www.cancer.gov/about-cancer/understanding/what-is-cancer) 32 Okada, C., Yamashita, E., Lee, S J., Shibata, S., Katahira, J., Nakagawa, A., & Tsukihara, T (2009) A high-resolution structure of the pre-microRNA nuclear export machinery Science, 326(5957), 1275-1279 33 Plieskatt, J L., Rinaldi, G., Feng, Y., Levine, P H., Easley, S., Martinez, E., & Mulvenna, J P (2014) Methods and matrices: approaches to identifying miRNAs for Nasopharyngeal carcinoma Journal of translational medicine, 12(1), 1-20 34 Shenouda, S K., & Alahari, S K (2009) MicroRNA function in cancer: oncogene or a tumor suppressor? Cancer and metastasis reviews, 28(3), 369-378 35 Sun, J., Lu, H., Wang, X., & Jin, H (2013) MicroRNAs in hepatocellular carcinoma: regulation, function, and clinical implications The Scientific World Journal, 2013 38 36 Volinia, S., Calin, G A., Liu, C G., Ambs, S., Cimmino, A., Petrocca, F., & Croce, C M (2006) A microRNA expression signature of human solid tumors defines cancer gene targets Proceedings of the National Academy of Sciences, 103(7), 2257-2261 37 Wang, F., Shan, S., Huo, Y., Xie, Z., Fang, Y., Qi, Z., & Sun, B (2018) MiR155-5p inhibits PDK1 and promotes autophagy via the mTOR pathway in cervical cancer The international journal of biochemistry & cell biology, 99, 91-99 38 Wang, Y., & Sun, L E (2016) Knockdown of LMP1-induced miR-155 sensitizes nasopharyngeal carcinoma cells to radiotherapy in vitro Oncology letters, 11(5), 3451-3456 39 Xue, X., Liu, Y., Wang, Y., Meng, M., Wang, K., Zang, X., & Liu, S (2016) MiR-21 and MiR-155 promote non-small cell lung cancer progression by downregulating SOCS1, SOCS6, and PTEN Oncotarget, 7(51), 84508 40 Yang, F., Liu, Q., & Hu, C M (2015) Epstein-Barr virus-encoded LMP1 increases miR-155 expression, which promotes radioresistance of nasopharyngeal carcinoma via suppressing UBQLN1 Eur Rev Med Pharmacol Sci, 19(23), 4507-15 41 Yap, Y Y., Hassan, S., Chan, M., Choo, P K., & Ravichandran, M (2007) Epstein-Barr virus DNA detection in the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma Otolaryngology—Head and Neck Surgery, 136(6), 986-991 42 Zen, K., & Zhang, C Y (2012) Circulating microRNAs: a novel class of biomarkers to diagnose and monitor human cancers Medicinal research reviews, 32(2), 326-348 43 Zeng, M S., & Zeng, Y X (2010) Pathogenesis and etiology of nasopharyngeal carcinoma In Nasopharyngeal Cancer (pp 9-25) Springer, Berlin, Heidelberg 39 44 Zhang, B., Pan, X., Cobb, G P., & Anderson, T A (2007) microRNAs as oncogenes and tumor suppressors Developmental biology, 302(1), 1-12 45 Zhang, F., & Zhang, J (1999) Clinical hereditary characteristics in nasopharyngeal carcinoma through Ye-Liang's family cluster Chinese medical journal, 112(2), 185-187 46 Zhang, W., Ji, W., & Zhao, X (2019) MiR-155 promotes anaplastic thyroid cancer progression by directly targeting SOCS1 BMC cancer, 19(1), 1-11 47 Zhu, X., Wang, Y., Sun, Y., Zheng, J., & Zhu, D (2014) MiR-155 up-regulation by LMP1 DNA contributes to increased nasopharyngeal carcinoma cell proliferation and migration European Archives of Oto-Rhino- Laryngology, 271(7), 1939-1945 48 Zuo, W N., Zhu, H., Li, L P., Jin, A Y., & Wang, H Q (2019) MiR-155 promotes proliferation and inhibits apoptosis of nasopharyngeal carcinoma cells through targeting PTEN-PI3K/AKT pathway Eur Rev Med Pharmacol Sci, 23(18), 7935-7942 40 ... khai đề tài "KHẢO SÁT IN SILICO VỀ TÍNH CHẤT BIỂU HIỆN CỦA microRNA- 155 TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG" nhằm cung cấp thêm liệu nghiên cứu miR -155 mô tả rõ nét tính chất biểu nó, đồng thời trở... lượng ca mắc bệnh ung thư vòm họng tử vong 133,354 80,008 trường hợp [17] Ở Việt Nam, ung thư vòm họng loại ung thư đứng đầu loại ung thư vùng đầu cổ với tỷ lệ mắc bệnh ung thư vòm họng tính đến... bệnh nhân, nên việc khảo sát số biểu miRNA bệnh nhân ung thư vịm họng để chẩn đốn phát sớm ung thư vịm họng Hình 1.2 Vị trí giải phẫu ung thư vịm họng (https://taimuihongsg.com/goi-tam-soat -ung- thu-vom-hong/)