Nghiên cứu tính đa hình họ gene barts (rpms1, 73) cảu epstein barr virus trên bệnh nhân ung thư vòm họng tại việt nam đề tài nghiên cứu khoa học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTS (RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN-BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI VIỆT NAM Mã số đề tài: 14 TP.HCM, tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs (RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN-BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI VIỆT NAM Mã số đề tài: 14 Giảng viên hướng dẫn: ThS Lao Đức Thuận Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Hoàng Danh Khoa: Công Nghệ Sinh Học Các thành viên: Quang Trọng Minh K’ Trọng Nghĩa Hà Thị Phương Trinh Phan Đặng Hoàng Nam TP.HCM, tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs (RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN-BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI VIỆT NAM - Sinh viên thực hiện: Sinh viên thực 1: NGUYỄN HOÀNG DANH Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: Số năm đào tạo: Sinh viên thực 2: QUANG TRỌNG MINH Lớp: DH16YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: Số năm đào tạo: Sinh viên thực 3: K’ TRỌNG NGHĨA Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: Số năm đào tạo: Sinh viên thực 4: HÀ THỊ PHƯƠNG TRINH Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: Số năm đào tạo: Sinh viên thực 4: PHAN ĐẶNG HOÀNG NAM Lớp: DH17SH02 Khoa: CNSH Năm thứ: Số năm đào tạo: Giảng viên hướng dẫn: ThS LAO ĐỨC THUẬN Mục tiêu đề tài: Mục tiêu đề tài xác định bao gồm: Thu thập, tổng hợp sở liệu phân tử tính đa hình gene A73 RPMS1 EBV giới Từ đó, làm sở cho nghiên cứu thực nghiệm cộng đồng người Việt Nam Xác định mối tương quan diện RPMS1 A73 với bệnh UTVH người Việt Nam Khảo sát tính đa hình gene RPMS1 A73 mẫu bệnh sinh thiết/ mẫu lành thu nhận từ người Việt Nam Tính sáng tạo: Hiện tại, Trung Quốc chưa có cơng trình thực nghiệm nghiên cứu tính đa hình họ gene BARTs Vì vậy, cơng trình tìm hiểu tính chất đa hình họ gene BARTs (cụ thể RPMS1 A73) khu vực Trung Quốc Cùng với đó, nghiên cứu cơng trình mơ tả vị trí xuất biến thể gene RPMS1 A73 cộng đồng người Việt Nam Mặt khác, cơng trình nghiên cứu giới Việt Nam tập trung nghiên cứu tính đa hình số họ gene đặc trưng EBV như: EBNAs, LMPs, EBERs; cơng trình nghiên cứu họ gene BARTs, nên giới hạn tầm nhìn đa dạng tồn bộ gene EBV Do đó, nghiên cứu tính đa hình số gene EBV hướng mang lại nhiều hứa hẹn lĩnh vực Chính vậy, họ gene BARTs trở thành chủ đề nghiên cứu thu hút nhiều quan tâm nhóm nghiên cứu Hiện tại, Việt Nam chưa có cơng bố thực nghiệm nghiên cứu tính chất đa hình họ gene Đây sở tảng việc cung cấp nhận định ban đầu tính chất đa hình gene RPMS1 A73 cộng đồng người Việt Nam Ngồi ra, việc sử dụng phương pháp PCR, phương pháp có độ nhạy độ xác cao, dễ sử dụng Vị trí sinh bệnh ung thư vịm họng gây khó khăn cho việc chẩn đốn, tiên lượng thu nhận mẫu ung thư Chính lý đó, điểm nhấn đề tài chẩn đốn sớm ung thư vịm họng thơng qua việc phát biến thể xuất gene RPMS1 A73 Đây phương pháp dễ thực hiện, dựa việc phát phân tử DNA Phương pháp dễ thực tốn Nguồn mẫu chủ yếu dịch phết mẫu mô sinh thiết vịm họng Tất thực bệnh nhân khu vực miền Nam Việt Nam với đặc thù mang tính vùng miền Kết nghiên cứu: 4.1 Kết khảo sát in silico Qua kết khảo sát in silico nhóm nghiên cứu tạo sở lý thuyết, hướng đến khảo sát đa hình gene EBV, cụ thể bao gồm gene RPMS1 A73 Qua trình thu thập liệu từ báo nghiên cứu gene A73 báo nghiên cứu gene RPMS1, kết cho thấy tần số xuất biến thể A154147C gene A73 biến thể RPMS1-C gene RPMS1 UTVH cao (với tần số xuất trung bình có trọng số 78% 74%), tế bào bình thường tần số xuất biến thể 45% với gene A73 37% với gene RPMS1 Trong tổng số cơng trình nghiên cứu thu nhận được, phương pháp NestedPCR phương pháp sử dụng hầu hết nghiên cứu tính đa hình gene RPMS1 A73 Mẫu thường sử dụng báo mẫu mơ sinh thiết, ngồi nhằm hướng tới việc chẩn đoán sớm nên loại mẫu khác: dịch phết vịm họng, sử dụng Nhóm nghiên cứu ghi nhận, thừa kế tiến hành đánh giá thơng số vật lí độ đặc hiệu cặp mồi sử dụng cơng trình nghiên cứu tính đa hình gene mục tiêu, thu nhận cặp mồi phù hợp sử dụng thực nghiệm phân tích biến thể gene RPMS1 A73 4.2 Kết thực nghiệm Thu nhận mẫu: mẫu sử dụng nghiên cứu thu nhận từ bệnh nhân đến khám phòng khám Tai – Mũi – Họng, Bệnh viện Chợ Rẫy Thành phố Hồ Chí Minh Bộ mẫu gồm 30 mẫu mơ chẩn đốn xác giải phẫu bệnh ung thư vịm họng thơng qua phương pháp nhuộm Hematoxylin Eosin (HE) Đồng thời, 10 mẫu dạng dịch phết thu nhận kiểm tra âm tính với kết nhuộm HE Xây dựng thành công quy trình PCR phát biến thể gene RPMS1 A73 bệnh nhân UTVH người Việt Nam Biến thể A155391G, C155384T T155388C biến thể đặc trưng gene RPSM1 cộng đồng người Việt Nam Biến thể A157154C biến thể trội gene A73 cộng đồng người Việt Nam Kết thực nghiệm tính đa hình gene RPMS1 thu tần số xuất biến thể A155391G, C155384T T15538C 50%, 5% 5% Trong đó, biến thể C155384T T15538C hai biến thể gene RPMS1 ghi nhận người bệnh UTVH Việt Nam Trên gene A73, biến thể A157154C (chiếm 95%) biến thể xác định Dựa kết phân tích phả hệ di truyền, EBV xâm nhiễm cộng đồng người Việt Nam có quan hệ/ nguồn gốc từ khu vực Châu Á như: Trung Quốc, Nhật Bản HongKong Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh quốc phòng khả áp dụng đề tài: Kết nghiên cứu bổ sung thêm vào sở liệu phân tử bệnh UTVH người Việt Nam, cụ thể tính đa hình gene RMPS1 A73 Nói cách khác, nghiên cứu hịa nhịp chung với hướng phát triển tiên tiến lĩnh vực phòng chống tiên lượng ung thư vòm họng Nghiên cứu phù hợp với định hướng phát triển Công nghệ Sinh học: Công nghệ Sinh học phục vụ nghiên cứu bệnh sinh, bệnh căn, phát triển phương pháp chẩn đoán mới, ứng dụng phương pháp điều trị mới, đặc biệt áp dụng đối tượng bệnh ung thư Việc công bố thành công báo quốc tế thuộc danh mục ISI/Scopus, góp phần đưa khoa học Việt Nam hội nhập với quốc tế Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài Các hội nghị khoa học tham gia: Ngày … tháng … năm … Sinh viên chịu trách nhiệm Thực đề tài (ký ghi rõ họ tên) ………………………… Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài: Ngày … tháng … năm … Xác nhận đơn vị Người hướng dẫn (ký tên đóng dấu) (ký ghi rõ họ tên) ………………………… ………………………………… BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN Ảnh 3x4 Họ tên: NGUYỄN HOÀNG DANH Ngày sinh: 18/04/1997 Nơi sinh: Tân Hiệp – Kiên Giang Lớp: DH15YD01 Khóa: 2015-2019 Khoa: Công Nghệ Sinh Học Địa liên hệ: số 18, đường NA10, Mỹ Phước, thị xã Bến Cát, tỉnh Bình Dương Điện thoại: 01358804542 Email: danhhoang1804@gmail.com II Q TRÌNH HỌC TẬP  Năm thứ Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Khá  Năm thứ Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Khá  Năm thứ Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Giỏi Khoa: Công Nghệ Sinh Học  Năm thứ Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: … Ngày … tháng … năm … Xác nhận đơn vị Sinh viên chịu trách nhiệm (ký tên đóng dấu) thực đề tài (ký ghi rõ họ tên) ……………………………… ………………………………… DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Tỷ lệ tử vong loại ung thư năm 2018 Hình 1.2 Vị trí giải phẫu ung thư vịm họng Hình 1.4 Các quốc gia có tỷ lệ mắc UTVH cao .6 Hình 1.5 Tỷ lệ số ca mắc tỷ lệ tử vong ung thư Việt Nam Hình 1.6 Cấu trúc hệ gene EBV .8 Hình 1.7 Cấu trúc gene exon họ gene BARTs .9 Hình 1.8 Vị trí khung đọc mở (ORF) gene thuộc họ gene BARTs Hình 1.9 Một đột biến điểm xảy dẫn đến thay cặp nucleotide G-C AT ngược lại tạo SNP .10 Hình 1.10 Ảnh hưởng RPMS1 đường tín hiệu Notch 13 Hình 1.11 Con đường tín hiệu Notch tế bào 14 Hình 1.12 Các exon gene A73 vị trí biến thể 14 Hình 1.13 Sơ đồ thể mối quan hệ đường tín hiệu RACK1 15 Hình 2.2 Tóm tắt quy trình nghiên cứu 20 Hình 2.3 Trình tự nucleotide trước hiệu chỉnh .26 Hình 2.4 Trình tự nucleotide sau hiệu chỉnh 26 Hình 2.5 Kết BLAST trình tự trước hiệu chỉnh 27 Hình 2.6 Kết BLAST trình tự sau hiệu chỉnh 27 Hình 2.7 Sắp gióng cột EBV hoang dại trình tự mạch xi ngược 28 Hình 2.8 Xác định vị trí biến thể trình tự EBV hoang dại 28 Hình 3.1 Tần số phát biến thể gene RPMS1 (A) A73 (B) .32 Hình 3.2 Vị trí bắt cặp vị trí SNP gene A73 .35 Hình 3.3 Kết gióng cột cặp mồi A73-F A73-R trình tự gene A73 phần mềm Annhyb 37 Hình 3.4 Kết BLAST cặp mồi A73-F A73-R .38 Hình 3.5 Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR 39 Hình 3.6 Vị trí bắt cặp vị trí SNP gene RPMS1 .40 Hình 3.7 Kết gióng cột cặp mồi SNP-RPMS1-F,R trình tự gene RPMS1 phần mềm Annhyb 42 Hình 3.8 Kết BLAST cặp mồi RPMS1-F RPMS1-R 43 Hình 3.9 Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR 44 61 EBV thuộc chủng khác giới châu Á (Trung Quốc, HongKong, Nhật Bản), Châu Phi (Kenya, Ghana), Châu Mỹ (Mỹ) thu nhận để xây dựng sở liệu cục đưa vào xây dựng phát sinh loài Các trình tự thu nhận gene A73 chủ yếu dựa báo tham khảo Shen cộng (2018),… ngồi sử dụng số trình tự Genbank Các sở liệu xây dựng phả hệ phân tử gene A73 thể bảng sau Bảng 3.17 Cơ sở liệu cục gene A73 Tên quốc gia/ Vùng lãnh STT Mã số Tên chủng Loại biến thể AY961628 GD1 - Trung Quốc HQ020558 GD2 - Trung Quốc JQ009376 HKNPC1 - HongKong KF992564 HKNPC2 - HongKong KF992565 HKNPC3 - HongKong KF992567 HKNPC4 - HongKong KF992567 HKNPC5 - HongKong KF992568 HKNPC6 - HongKong KF992569 HKNPC7 - HongKong 10 KF992570 HKNPC8 - HongKong 11 KF992571 HKNPC9 - HongKong 12 KC207813 Akata - Nhật Bản 13 KC617875 C666-1 - HongKong 14 KC207814 Mutu - Kenya 15 KC440851 K4123-Mi - Mỹ 16 KC440852 K4123-MiEBV - Mỹ Khu vực 17 DQ279927 AG876 - Ghana Châu 18 V01555 B95-8 - Mỹ Á 19 NC_007605 Wild type - 20 NC_006146 Macacine Nhóm ngoại thổ Châu Á Mỹ Chú thích: “-” Trình tự chưa phát nghiên cứu loại biến thể Từ sở liệu cục bộ, phả hệ sinh học phân tử xây dựng phần mềm MEGA6 thuật tốn Neighbour Joining với mơ hình tiến hóa tối ưu 62 Jukes-Cantor với giá trị bootstrap lặp lại 1000 lần, với tổng số trình tự tham chiếu 20, 19 trình tự thuộc EBV trình tự thuộc Macacine herpesvirus 4, sử dụng làm nhóm ngoại (outgroup) Bộ liệu cục gióng cột đồng hóa, chiều dài trình tự sau đồng kéo dài 711bp bắt đầ từ vị trí nucleotide mã hóa cho amino acid trình tự Hình 3.24 Cây phả hệ phân tử gene A73 Kết phả hệ phân tử cho thấy, mẫu thực nghiệm chia thành nhóm T5 (nhóm mang biến thể A157154C) T83 (nhóm khơng mang biến thể A157154C) Hai nhóm có quan hệ gần với nhóm B95-8 Đồng thời, thơng qua phả hệ gene A73, ta nhận thêm sở mối liên hệ biến thể A157154C A73 với ung thư vòm họng, hầu hết trình tự thuộc nhóm mang biến thể A157154C bao gồm HKNPsC, GD1, GD2, C666-1 chủng EBV phân lập từ 63 tỉnh Trung Quốc đặc trưng ung thư vòm họng Đối với nhóm khơng thuộc khu vực châu Á, trình tự EBV K4123-Mi, K412-Mi-EBV, AG876 Akata chủng EBV thuộc vùng không đặc trưng UTVH Mỹ, Anh, Tây Phi 3.5 Kết khuếch đại gene mục tiêu mẫu lành Các mẫu dịch phết lành (L1-10) tiến hành phản ứng PCR với chu trình nhiệt tối ưu hóa thực mẫu mơ bệnh Sản phẩm PCR điện di gel agarose 1,5% Kết thể qua hình sau: Hình 3.25 Kết khuếch đại trình tự gene RPMS1 mẫu lành Chú thích: L – thang chuẩn 100bp; N – chứng âm; L1-L7 – kí hiệu mẫu lành Ngồi ra, phản ứng PCR sử dụng cặp mồi Beta-actin làm chứng nội, để kiểm tra kết Kết sau: Hình 3.26 Kết khuếch đại trình tự gene Beta-actin mẫu lành tính đại diện Chú thích: L – thang chuẩn 100bp; N – chứng âm; L1-L5 – kí hiệu mẫu lành 64 Kết cho thấy mẫu lành thu nhận không xuất băng sáng mục tiêu gene RPMS1 A73 Tuy nhiên, tất mẫu lành xuất băng 319 bp gene Beta-actin chứng tỏ 10/10 (100%) mẫu lành âm tính với gene mục tiêu Như vậy, tất mẫu âm tính với gene Beta-actin khơng sử dụng để phân tích biến thể gene RPMS1 A73 Từ kết khuếch đại gene RPMS1 A73 mẫu mô sinh thiết mẫu dịch phết lành tính, nhóm tiến hành lập bảng thống kê tần số xuất gene sau Bảng 3.18 Tần số xuất gene RPMS1 A73 mẫu bệnh lành Gene Mẫu bệnh (n = 30) Mẫu lành (n = 10) p-value OR [95%CI] p RR [95%CI] p RPMS1 P (%) N (%) 25 (83,33%) (16,67%) 10 (0%) (100%) < 0,0001 97,36 [4,93 - 1922,60] = 0,0026 2,85 [1,45 - 5,63] = 0,0025 A73 P (%) N (%) 20 10 (66,67%) (33,33%) 10 (0%) (100%) = 0,0010 41,00 [2,18 - 770,12] = 0,0131 1,95 [1,27 - 3,01] = 0,0025 Chú thích: - P (%): số mẫu dương tính (tỷ lệ phần trăm dương tính) - N (%): số mẫu âm tính (tỷ lệ phần trăm âm tính) - p-value (probability value, p): giá trị tin cậy Sự khác biệt tần số phát nhóm xem có ý nghĩa với p ≤ 0,05 - OR (Odds ratio): tỷ suất chênh - RR (Relative risk): nguy tương đối Bằng kĩ thuật PCR với cặp mồi đặc hiệu, kết cho thấy tần số phát gene RPMS1 A73 mẫu sinh thiết khối u vòm họng 83,33% 66,67%; khơng có diện gene mẫu lành Kết cho thấy diện gene RPMS1, A73 UTVH có tương quan chặt chẽ với (RPMS1: p < 0,0001; A73: p = 0,001) 65 Tỷ suất chênh OR = 97,36 gene RPMS1 (95% CI = 4,93 - 1922,60; p = 0,0026); OR = 41,00 (95% CI = 2,18 - 770,12; p = 0,0131) gene A73 Chỉ số OR cho thấy khả mắc bệnh UTVH nhóm diện gene RPMS1 A73 cao gấp 97,36 lần 41,00 lần so với nhóm khơng diện gene RPMS1 A73 (p < 0,05) Chỉ số nguy RR = 2,85 gene RPMS1 (95% CI = 1,45 - 5,63; p = 0,0025); RR = 1,95 (95% CI = 1,27 - 3,01; p = 0,0025) gene A73 Chỉ số RR cho thấy nhóm người xuất gene RPMS1 A73 có nguy mắc UTVH cao gấp 2,85 lần 1,95 lần so với nhóm người khơng xuất gene RPMS1 A73 (p < 0,05) Tất các kết thống kê cho thấy, xuất gene RPMS1 A73 đặc trưng cho UTVH PHẦN IV KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 67 KẾT LUẬN 1.1 Kết khảo sát in silico Qua kết khảo sát in silico nhóm nghiên cứu tạo sở lý thuyết, hướng đến khảo sát đa hình gene EBV, cụ thể bao gồm gene RPMS1 A73 Qua trình thu thập liệu từ báo nghiên cứu gene A73 báo nghiên cứu gene RPMS1, kết cho thấy tần số xuất biến thể A154147C gene A73 biến thể RPMS1-C gene RPMS1 ung thư vòm họng cao (với tần số xuất trung bình có trọng số 78% 74%), mẫu lành tần số xuất biến thể có 45% với gene A73 37% với gene RPMS1 Trong tổng số cơng trình nghiên cứu thu nhận được, phương pháp PCR phương pháp sử dụng hầu hết nghiên cứu tính đa hình gene RPMS1 A73 Mẫu thường sử dụng báo mẫu mơ sinh thiết, ngồi nhằm hướng tới việc chẩn đoán sớm nên loại mẫu khác: dịch phết vòm họng sử dụng Nhóm nghiên cứu ghi nhận, thừa kế tiến hành đánh giá thơng số vật lí độ đặc hiệu cặp mồi sử dụng cơng trình nghiên cứu tính đa hình gene mục tiêu, thu nhận cặp mồi phù hợp sử dụng thực nghiệm phân tích trình tự gene RPMS1 A73 1.2 Kết thực nghiệm Thu nhận mẫu: mẫu sử dụng nghiên cứu thu nhận từ bệnh nhân đến khám phòng khám Tai – Mũi – Họng, Bệnh viện Chợ Rẫy Thành phố Hồ Chí Minh Bộ mẫu gồm 30 mẫu mơ chẩn đốn xác giải phẫu bệnh ung thư vịm họng thơng qua phương pháp nhuộm Hematoxylin Eosin (HE) Đồng thời, 10 mẫu dạng dịch phết thu nhận kiểm tra âm tính với kết nhuộm HE Xây dựng thành cơng quy trình PCR phát biến thể gene RPMS1 A73 bệnh nhân UTVH người Việt Nam 68 Biến thể A155391G, C155384T T155388C biến thể đặc trưng gene RPSM1 cộng đồng người Việt Nam Biến thể A157154C biến thể trội gene A73 cộng đồng người Việt Nam Kết thực nghiệm tính đa hình gene RPMS1 thu tần số xuất biến thể A155391G, C155384T T15538C 50%, 5% 5% Trong đó, biến thể C155384T T15538C hai biến thể gene RPMS1 ghi nhận người bệnh UTVH Việt Nam Trên gene A73, biến thể A157154C (chiếm 95%) biến thể xác định Dựa kết phân tích phả hệ di truyền, EBV xâm nhiễm cộng đồng người Việt Nam có quan hệ/ nguồn gốc từ khu vực Châu Á như: Trung Quốc, Nhật Bản HongKong ĐỀ NGHỊ Qua trình nghiên cứu, số kiến nghị sau đưa để hồn thành cơng trình nghiên cứu tốt hơn: Mở rộng cỡ mẫu thí nghiệm dựa quy trình thực nghiệm cặp mồi thừa kế tối ưu hóa Kiểm tra nhiều loại mẫu khác để hồn thiện quy trình phát biến thể gene EBV Tiến hành nghiên cứu chức ảnh hưởng đến miễn dịch biến thể để làm sáng tỏ mối liên hệ tính đa hình gene EBV UTVH 69 TÀI LIỆU THAM KHẢO Oganization, W.H., WRld malaria report 2014 2015: World Health Rganization Bray, F., et al., Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries CA: a cancer journal for clinicians, 2018 Khoo, A.S.-B and K.-C Pua, Diagnosis and clinical evaluation F nasopharyngeal carcinoma, in Nasopharyngeal Carcinoma 2013, Springer p 1-9 Salehiniya, H., et al., Nasopharyngeal Cancer in the World: Epidemiology, Incidence, MRtality and Risk Factors World Cancer Research Journal, 2018 5(1) Fles, R., et al., Knowledge of general practitioners about nasopharyngeal cancer at the Puskesmas in Yogyakarta, Indonesia BMC medical education, 2010 10(1): p 81 Mak, H.W., et al., Clinical outcome among nasopharyngeal cancer patients in a multi-ethnic society in Singapore PloS one, 2015 10(5): p e0126108 Chen, M.-Y., et al., LocRegional radiotherapy in patients with distant metastases of nasopharyngeal carcinoma at diagnosis Chinese journal of cancer, 2013 32(11): p 604 Lee, A.W., J.C Lin, and W.T Ng Current management of nasopharyngeal cancer in Seminars in radiation oncology 2012 Elsevier Ferlay, J., et al., Cancer incidence and mRtality wRldwide: sources, methods and majR patterns in GLOBOCAN 2012 International journal of cancer, 2015 136(5): p E359-E386 10 Ferlay, J., et al., Estimates F worldwide burden of cancer in 2008: GLOBOCAN 2008 International journal F cancer, 2010 127(12): p 2893-2917 11 Parkin, D.M., et al., Estimating the world cancer burden: Globocan 2000 International journal of cancer, 2001 94(2): p 153-156 12 Parkin, D.M., et al., Global cancer statistics, 2002 CA: a cancer journal for clinicians, 2005 55(2): p 74-108 13 Yap, Y.-Y., et al., Epstein-Barr virus DNA detection in the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma Otolaryngology—Head and Neck Surgery, 2007 136(6): p 986-991 14 Zhang, F and J Zhang, Clinical hereditary characteristics in nasopharyngeal carcinoma through Ye-Liang's family cluster Chinese medical journal, 1999 112(2): p 185-187 70 15 Chou, J., et al., Nasopharyngeal carcinoma—review of the molecular mechanisms F tumRigenesis Head & Neck: Journal fR the Sciences and Specialties F the Head and Neck, 2008 30(7): p 946-963 16 Ramayanti, O., et al., Epstein‐Barr virus mRNA prFiles and viral DNA methylation status in nasopharyngeal brushings from nasopharyngeal carcinoma patients reflect tumR Rigin International journal F cancer, 2017 140(1): p 149-162 17 Zhang, J., et al., EBV Infection and Glucose Metabolism in Nasopharyngeal Carcinoma, in Infectious Agents Associated Cancers: Epidemiology and Molecular Biology 2017, Springer p 75-90 18 Sharma, S., T.K Kelly, and P.A Jones, Epigenetics in cancer Carcinogenesis, 2010 31(1): p 27-36 19 Wang, X., et al., Sequence analysis F Epstein-Barr virus EBNA-2 gene coding amino acid 148-487 in nasopharyngeal and gastric carcinomas Virology journal, 2012 9(1): p 49 20 Hu, L.-F., et al., Isolation and sequencing F the Epstein-Barr virus BNLF-1 gene (LMP1) from a Chinese nasopharyngeal carcinoma Journal F General Virology, 1991 72(10): p 2399-2409 21 Cohen, J.I and E Kieff, An Epstein-Barr virus nuclear protein domain essential fR transfRmation is a direct transcriptional activatR Journal F virology, 1991 65(11): p 5880-5885 22 Fuentes-González, A.M., et al., The modulation F apoptosis by oncogenic viruses Virology journal, 2013 10(1): p 182 23 Murray, P.G and L.S Young, Epstein–Barr virus infection: basis F malignancy and potential fR therapy Expert reviews in molecular medicine, 2001 3(28): p 1-20 24 Al-Mozaini, M., Bodelon, G., Karstegl, C E., Jin, B., Al-Ahdal, M., & Farrell, P J., Epstein–Barr virus BART gene expression Journal F General Virology, 2009 90(2): p 307-316 25 Brooks, L.A., Lear, A L., Young, L S., & Rickinson, A B., Transcripts from the Epstein-Barr virus BamHI A fragment are detectable in all three fRms F virus latency Journal F virology, 1993 67(6): p 3182-3190 26 Smith, P.R., De Jesus, O., Turner, D., Hollyoake, M., Karstegl, C E., Griffin, B E., & Farrell, P J , Structure and coding content F CST (BART) family RNAs F Epstein-Barr virus Journal F virology, 2000 74(7): p 3082-3092 27 MiddeldRp, J.M., et al., Pathogenic roles fR Epstein–Barr virus (EBV) gene products in EBV-associated proliferative disRders Critical reviews in oncology/hematology, 2003 45(1): p 1-36 71 28 Pioche-Durieu, C., et al., In nasopharyngeal carcinoma cells, Epstein-Barr virus LMP1 interacts with galectin in membrane raft elements resistant to simvastatin Journal F virology, 2005 79(21): p 13326-13337 29 Eliopoulos, A.G and L.S Young LMP1 structure and signal transduction in Seminars in cancer biology 2001 Elsevier 30 Chen, H., Lee, J M., Zong, Y., BRowitz, M., Ng, M H., Ambinder, R F., & Hayward, S D., Linkage between STAT regulation and Epstein-Barr virus gene expression in tumRs Journal F virology, 2001 75(6): p 2929-2937 31 Zhang, J., Chen, H., Weinmaster, G., & Hayward, S D , Epstein-Barr virus BamHi-a rightward transcript-encoded RPMS protein interacts with the CBF1associated cRepressR CIR to negatively regulate the activity F EBNA2 and NotchIC Journal F virology, 2001 75(6): p 2946-2956 32 Kusano, S., & Raab-Traub, N., An Epstein-Barr virus protein interacts with Notch Journal F virology, 2001 75(1): p 384-395 33 Sadler, R.H., & Raab-Traub, N., Structural analyses F the Epstein-Barr virus BamHI A transcripts Journal F virology, 1995 69(2): p 1132-1141 34 de Jesus, O., Smith, P R., Spender, L C., Karstegl, C E., Niller, H H., Huang, D., & Farrell, P J., Updated Epstein–Barr virus (EBV) DNA sequence and analysis F a promoter fR the BART (CST, BARF0) RNAs F EBV Journal F general virology, 2003 84(6): p 1443 35 Gilligan, K.J., Rajadurai, P., Lin, J C., Busson, P., Abdel-Hamid, M., Prasad, U., & Raab-Traub, N., Expression F the Epstein-Barr virus BamHI A fragment in nasopharyngeal carcinoma: evidence fR a viral protein expressed in vivo Journal F virology, 1991 65(11): p 6252-6259 36 Gilligan, K., Sato, H., Rajadurai, P., Busson, P., Young, L., Rickinson, A., & Raab-Traub, N., Novel transcription from the Epstein-Barr virus terminal EcRI fragment, DIJhet, in a nasopharyngeal carcinoma Journal F virology, 1990 64(10): p 4948-4956 37 Hitt, M.M., Allday, M J., Hara, T., Karran, L., Jones, M D., Busson, P., & Griffin, B E., EBV gene expression in an NPC‐related tumour The EMBO journal, 1989 8(9): p 2639-2651 38 van Beek, J., Brink, A A., VervoRt, M B., van Zijp, M J., Meijer, C J., van den Brule, A J., & MiddeldRp, J M (2003)., 84(10), , In vivo transcription F the Epstein– Barr virus (EBV) BamHI-A region without associated in vivo BARF0 protein expression in multiple EBV-associated disRders Journal F general virology, 2003 84(10): p 26472659 39 Nachman, M.W., Single nucleotide polymRphisms and recombination rate in humans TRENDS in Genetics, 2001 17(9): p 481-485 72 40 Li, A., Zhang, X S., Jiang, J H., Wang, H H., Liu, X Q., Pan, Z G., & Zeng, Y X., Transcriptional expression F RPMS1 in nasopharyngeal carcinoma and its oncogenic potential Cell Cycle, 2005 4(2): p 303-308 41 Feng, F.-T., Cui, Q., Liu, W.-S., Guo, Y.-M., Feng, Q.-S., Chen, L.-Z., Hu, L.-F., A single nucleotide polymRphism in the Epstein-Barr virus genome is strongly associated with a high risk F nasopharyngeal carcinoma Chinese journal F cancer, 2015 34(3): p 61 42 Grossman, S.R., Johannsen, E., Tong, X., Yalamanchili, R., & Kieff, E., The Epstein-Barr virus nuclear antigen transactivatR is directed to response elements by the J kappa recombination signal binding protein Proceedings F the National Academy F Sciences, 1994 91(16): p 7568-7572 43 Zhou, S., Fujimuro, M., Hsieh, J J D., Chen, L., Miyamoto, A., Weinmaster, G., & Hayward, S D., SKIP, a CBF1-associated protein, interacts with the ankyrin repeat domain F NotchIC to facilitate NotchIC function Molecular and cellular biology, 2000 20(7): p 2400-2410 44 Tong, X., Drapkin, R., Reinberg, D., & Kieff, E., The 62-and 80-kDa subunits F transcription factR IIH mediate the interaction with Epstein-Barr virus nuclear protein Proceedings F the National Academy F Sciences, 1995 92(8): p 3259-3263 45 Tong, X., Drapkin, R., Yalamanchili, R., Mosialos, G., & Kieff, E., The EpsteinBarr virus nuclear protein acidic domain fRms a complex with a novel cellular coactivatR that can interact with TFIIE Molecular and cellular biology, 1995 15(9): p 4735-4744 46 Wu, L., Aster, J C., Blacklow, S C., Lake, R., Artavanis-Tsakonas, S., & Griffin, J D., MAML1, a human homologue F Drosophila mastermind, is a transcriptional coactivatR fR NOTCH receptRs Nature genetics, 2000 26(4): p 484 47 Weng, A.P., & Aster, J C., Multiple niches fR Notch in cancer: context is everything Current opinion in genetics & development, 2004 14(1): p 48-54 48 Li, A., Zhao, S., Hu, W., Zhao, G F., & Zhang, X S., Cloning F A73 gene and its coding sequence analysis Journal F Southern Medical University, 2006 26(6): p 826-7 49 Zhang, L.L., Li, D J., Li, Z H., Zhang, X S., Zhang, R H., Yu, X J., & Jia, W H., CRrelation F Epstein-Barr virus A73 gene polymRphisms to susceptibility to nasopharyngeal carcinoma Chinese journal F cancer, 2007 26(10): p 1047-1051 50 Shen, J.J., Niu, W N., Zhou, M., Zhou, F., Zhang, H Y., & Wang, L., Association F Epstein Barr virus A73 gene polymRphism with nasopharyngeal carcinoma Genetic testing and molecular biomarkers, 2015 19(4): p 187-190 51 Peng, H., Gong, P G., Li, J B., Cai, L M., Yang, L., Liu, Y Y., & Li, X., The impRtant role F the receptR fR activated C kinase (RACK1) in nasopharyngeal carcinoma progression Journal F translational medicine, 2016 14(1): p 131 73 52 EinhRn, E., The scaffolding protein RACK1: multiple roles in human cancer BioSciences Master Rev, 2013 53 Patterson, R.L., Van Rossum, D B., Barrow, R K., & Snyder, S H (2004) , , RACK1 binds to inositol 1, 4, 5-trisphosphate receptRs and mediates Ca2+ release Proceedings F the National Academy F Sciences, 2004 101(8): p 2328-2332 54 Saiki, R., et al., Polymerase chain reaction Science, 1985 230: p 1350-1354 55 Saiki, R.K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K., HoRn, G T., & Arnheim, N , Polymerase chain reaction Science, 1985 230: p 1350-1354 56 Smith, T.F., The histRy F the genetic sequence databases Genomics, 1990 6(4): p 701-707 57 Cui, Q., Feng, F.-T., Xu, M., Liu, W.-S., Yao, Y.-Y., Xie, S.-H., Chen, L.-Z., Nasopharyngeal carcinoma risk prediction via salivary detection F host and EpsteinBarr virus genetic variants Virology journal, 2017 8(56): p 95066 58 Wu, S., Liu, W., Li, H., Zhao, Z., Yang, Y., Xiao, H., & Luo, B., Conservation and polymRphism F EBV RPMS1 gene in EBV-associated tumRs and healthy individuals from endemic and non-endemic nasopharyngeal carcinoma areas in China Virus research, 2018 250: p 75-80 59 Or, H.M., Research Progress In The CDKN2A Gene And EBV A73 Gene PolymRphism With Nasopharyneal Carcinoma In Yunnan China 2013 60 van Pelt-Verkuil, E., Van Belkum, A., & Hays, J P Principles and technical aspects F PCR amplification2008 61 Zhang, P F., Zheng, X H., Li, X Z., Tian, T., Zhang, S D., Hu, Y Z., & Jia, W H (2018) Nasopharyngeal brushing: a convenient and feasible sampling method fR nucleic acid-based nasopharyngeal carcinoma research Cancer Communications, 38(1), 62 Zheng, X H., Lu, L X., Li, X Z., & Jia, W H (2015) Quantification F Epstein– Barr virus DNA load in nasopharyngeal brushing samples in the diagnosis F nasopharyngeal carcinoma in southern China Cancer science, 106(9), 1196-1201 63 Zheng, X H., Lu, L X., Cui, C., Chen, M Y., Li, X Z., & Jia, W H (2016) Epstein-Barr virus mir-bart1-5p detection via nasopharyngeal brush sampling is effective fR diagnosing nasopharyngeal carcinoma Oncotarget, 7(4), 4972 64 Ramayanti, O., Juwana, H., Verkuijlen, S A., Adham, M., Pegtel, M D., Greijer, A E., & MiddeldRp, J M (2017) Epstein‐Barr virus mRNA prFiles and viral DNA methylation status in nasopharyngeal brushings from nasopharyngeal carcinoma patients reflect tumR Rigin International journal F cancer, 140(1), 149-162 74 PHỤ LỤC Phụ lục Danh sách mẫu mơ bệnh phẩm thí nghiệm Kí hiệu Tên bệnh nhân Giới tính Năm sinh Tuổi T2 Phạm Văn T Nam 1967 48 T3 Bùi Nguyễn Thanh T Nam 2000 15 T4 Nguyễn T Nam 1950 65 T6 Ngô Phương Đ Nữ 1980 35 T7 Huỳnh Cương Qt Nam 1958 57 T8 Nguyễn Văn O Nam 1955 60 T9 Nguyễn Văn D Nam 1972 43 T10 Trịnh Văn Q Nam 1964 51 T16 Đỗ Duy P - - 36 T17 Đinh Quốc T - - 42 T18 Trần Văn R - - 58 T42 Nguyễn Ngọc D - 1967 48 T44 Võ Danh L - 1956 59 T45 Lương Anh V - 1971 44 T46 Trương Văn K - 1979 36 T51 Võ Tâm T - 1959 56 T79 Đỗ Đức T - 1977 38 T80 Lý Thị O - 1944 71 T81 Ka H - 1964 51 T82 Phạm Vân C - 1968 47 75 Phụ lục Danh sách mẫu dịch phết lành tính Kí hiệu Tên bệnh nhân Giới tính Năm sinh Tuổi L1 Nguyễn Thị Ngọc H Nữ 1999 19 L2 Đỗ Thị H Nữ 1963 55 L3 Bùi S Nam 1942 76 L4 Trần Thị Lệ H Nữ 1967 51 L5 Nguyễn Thị Mộng H Nữ 1978 40 L6 Đỗ Văn V - 1971 44 - 1989 26 L7 Võ Quốc T L8 Phó Băng H - 1994 21 L9 Nguyễn Văn T - 1953 62 L10 Đoàn Thị T - 1979 36 ... ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs (RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN- BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI... NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs (RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN- BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI VIỆT NAM - Sinh viên thực hiện: Sinh... 4.3 Vai trị tính đa hình gene RPMS1 A73 ung thư vịm họng 4.3.1 Tính đa hình gene RPMS1 RPMS1 thuộc họ gene BARTs Epstein- Barr virus, biểu bất thư? ??ng hầu hết mô ung thư vòm họng nghiên cứu mức độ