Luận án tiến sĩ HUS ứng dụng phương pháp mô phỏng động lực phân tử nghiên cứu tương tác giữa phối tử với protein và ADN luận án TS hóa học 62 44 31 01

MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 PHƯƠNG PHÁP ĐỘNG LỰC PHÂN TỬ 1.1.1 Phương trình Newton 1.1.2 Giải phương trình Newton máy tính 1.1.2.1 Thuật toán bước nhẩy ếch (Leap-frog) 1.1.2.2.Thuật toán Verlet 1.1.2.3.Thuật toán Beeman 10 1.1.2.4 Thuật toán thử - chỉnh 10 1.1.2.5 Thuật toán Gear 10 1.1.3 Tạo trạng thái khởi đầu 11 1.1.4 Điều kiện biên tuần hoàn 13 1.1.5 Thế tương tác cặp 13 1.1.6 Thế Lennard-Jones 14 1.1.7 Thế tương tác Coulomb 15 1.2 PHƯƠNG PHÁP HOÁ LƯỢNG TỬ 17 1.2.1 Phương trình Schroedinger 17 1.2.1.1 Toán tử Hamilton 17 1.2.1.2 Hàm sóng 19 1.2.2 Các phương pháp tính hố lượng tử 20 1.2.2.1 Phương pháp trường tự hợp Hartree-Fock 20 1.2.2.2 Phương pháp tổ hợp tuyến tính obitan nguyên tử 25 1.2.2.2.1 Phương pháp Huckel mở rộng 27 1.2.2.2.2 Phương pháp ZDO 27 1.2.2.2.3 Phương pháp CNDO 28 1.2.2.2.4 Phương pháp INDO 28 1.2.2.2.5 Phương pháp MINDO 29 1.2.2.2.6 Phương pháp MNDO 29 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 1.2.2.2.7 Phương pháp AM1 30 1.2.2.2.8 Phương pháp PM3 30 1.2.2.2.9 Phương pháp ZINDO 30 1.2.2.2.10 Phương pháp ZINDO/S 31 1.2.2.3 Phương pháp nhiễu loạn 31 1.2.2.4 Phương pháp phiếm hàm mật độ 32 1.3 PHƯƠNG PHÁP ĐỘNG LỰC PHÂN TỬ BÁN LƯỢNG TỬ 37 1.3.1 Định lý Hellmann-Feynman 37 1.3.2 Hệ động lực phân tử cổ điển 40 1.3.3 Hệ động lực - - phân tử lượng tử 41 1.3.4 Hệ động lực - nhiều - phân tử bán lượng tử 42 1.4 TỔNG QUAN CÁC NGHIÊN CỨU GẮN KẾT PHỐI TỬ LÊN ADN VÀ PROTEIN 44 1.4.1 Quá trình gắn kết nghiên cứu gắn kết giới 44 1.4.2 Những nghiên cứu gắn kết Việt Nam 46 CHƯƠNG PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 47 2.1 CHƯƠNG TRÌNH MÁY TÍNH 47 2.1.1 Ngôn ngữ lập trình FORTRAN 47 2.1.2 Thuật giải chương trình 48 2.2 CÁC SUBROUTINE CHÍNH ĐƯỢC SỬ DỤNG TRONG MD44 50 2.2.1 Thuật toán Verlet 50 2.2.2 Thuật toán Gear 51 2.2.3 Thuật toán xếp phân tử vào nút mạng lập phương tâm mặt 53 2.2.4 Cấp phát vận tốc ban đầu 55 2.2.5 Xếp phân tử khác loại vào mạng 56 2.2.6 Điều kiện biên tuần hoàn 57 2.2.7 Thế Lennard - Jones 57 2.2.8 Thế tương tác Coulomb 61 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2.3 SUBROUTINE GAMESS 67 2.4 CÁC ĐẠI PHÂN TỬ ĐƯỢC KHẢO SÁT TRONG LUẬN ÁN 69 2.4.1 Phân tử ADN 69 2.4.2 Phân tử protein 70 2.4.3 Biểu diễn cấu trúc đám cấu trúc phân tử 70 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 71 3.1 CẢI TIẾN VÀ NÂNG CẤP PHẦN MỀM SQUARED 71 3.1.1 Hộp mô - kỹ thuật lưới 71 3.1.2 Nguyên tử hiđro thay 78 3.1.3 Gắn kết phân tử protein điểm khác với nghiên cứu phân tử ADN 80 3.1.4 Xử lý số liệu biểu diễn phân tử 81 3.2 KẾT QUẢ MÔ PHỎNG GẮN KẾT CÁC PHÂN TỬ NHỎ TRÊN PHÂN TỬ ADN 86 3.2.1 Gắn kết phân tử hoạt động 86 3.2.1.1 Cacbon monoxit gắn kết ADN 86 3.2.1.2 Fomanđehit gắn kết ADN 91 3.2.2 Gắn kết phân tử mang tính bazơ 94 3.2.2.1 Urê gắn kết ADN 94 3.2.2.2 Hiđrazin gắn kết ADN 97 3.2.3 Gắn kết phân tử mang tính axit 100 3.2.3.1 Axit fomic gắn kết ADN 100 3.2.3.2 Axit xianhyđric gắn kết ADN 103 3.2.4 Gắn kết phân tử trung tính 106 3.2.4.1 Nước gắn kết ADN 106 3.2.4.2 Rượu metylic gắn kết ADN 110 3.2.5 Gắn kết phân tử có kích thước cồng kềnh 112 3.3 KẾT QUẢ MÔ PHỎNG GẮN KẾT CÁC PHÂN TỬ NHỎ TRÊN PHÂN TỬ PROTEIN 115 3.3.1 Axit axetic gắn kết protein 115 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 3.3.2 Hiđrazin gắn kết protein 120 3.3.3 Urê gắn kết protein 122 3.3.4 Vai trò lực lượng tử trình gắn kết 126 3.3.4.1 Các yếu tố ảnh hưởng đến biến thiên lượng đám gắn kết 126 3.3.4.2 Toạ độ nguyên tử H phân tử protein 128 3.3.4.3 Vai trò lực lượng tử trình gắn kết 129 KẾT LUẬN 131 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CÔNG BỐ CỦA TÁC GIẢ 133 TÀI LIỆU THAM KHẢO 134 PHỤ LỤC 148 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT Å: Angstron (đơn vị đo độ dài, 1Å =10-10m) a.u.: Đơn vị nguyên tử Cluster: Đám nguyên tử ADN: DNA - Deoxiribo nucleic acid Doking: Bến đỗ, gắn kết Gamess - General atomic and molecular electronic structure system (Chương trình tính tốn hóa lượng tử Gamess) SQADN: Semi Quantum for ADN SQDOCK: Semi Quantum for Docking on protein HF - Hatree Fock: Phương pháp gần Hatree Fock LJ 6-12 - Lennard - Jones 6-12: Hàm Lennard - Jones MD - Molecular Dynamics: Động lực phân tử MM - Molecular mechanics: Mẫu học phân tử PM3, AM1: Các phương pháp bán kinh nghiệm PM3 AM1 SQMD - Semi quantum molecular dynamics dQ: Biến thiên lượng lượng tử dE (ΔE): Biến thiên lượng tạo đám ELJ (LJ): Năng lượng hàm Lennard - Jones EC (C): Năng lượng tương tác Coulomb Relaxation: Sự hồi phục, trình hồi phục Active site: Vị trí hoạt động Pocket: Túi gắn kết (Chứa phối tử, nằm sâu phân tử lớn) Binding site: Vị trí gắn kết Ligand: Phối tử, phân tử nhỏ Grid: Kỹ thuật lưới LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Cascadeur: Nguyên tử thay Cell: Tế bào (không gian khảo sát hộp mô phỏng) Đại phân tử: Phân tử lớn (DNA Protein) PC: Personal Computer (Máy tính cá nhân) − e : Electron KS: Kohn - Sham HK: Hohenberg - Kohn OMQD: One molecule quantum dynamic SQMD: Semi quantum molecules dynamic BO: Bohrn Oppenheimer Kí hiệu nguyên tử: H C N P O Ghi chú: Do chương trình máy tính sử dụng quy ước quốc tế, dấu (.) sử dụng thay cho dấu phẩy (,) để ngăn cách phần nguyên phần thập phân số Để tiện cho việc xử lí số liệu, luận án xin giữ nguyên cách dùng số máy tính LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Minh họa hai phương trình Newton Hình 1.2 Thuật tốn bước nhẩy ếch để tính tích phân phương trình Newton Trục t, xác định giá trị số tính tích phân Hình 1.3 Sơ đồ bề mặt E [{ψ i }, {R I }] Hình 2.1 Lưu đồ thuật giải chương trình Hình 2.2 Chuỗi đơn ADN sử dụng khảo sát Hình 2.3 Cấu trúc bazơ nitơ chuỗi ADN Hình 2.4 Phân tử protein sử dụng khảo sát Hình 3.1 Hộp mơ chuỗi ADN Hình 3.2 Phân tử protein hộp mơ Hình 3 Biến thiên lượng (a); Khoảng cách gần đến ADN (b); Độ dài liên kết CO (c)- phụ thuộc vào số bước hồi phục Hình 3.4 Cấu trúc đám gắn CO vào nhóm bazơ nitơ DNA C(2) (a), (b), (c); A(3) -(d); A(1) -(e); T(1) -(f) Hình 3.5 Cấu trúc phân tử ADN có phân tử CO gắn lên C(2) Hình 3.6 Cấu trúc đám, HCHO gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g) ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.7 Cấu trúc đám, urê gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3) ; (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2) ; (f), (g), (h) ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j) ứng với nhóm T(1), T(2) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Hình 3.8 Cấu trúc đám, hiđrazin gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g), (h) ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j) ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.9 Cấu trúc đám, HCOOH gắn kết lên bazơ nitơ (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g), (h) ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j) ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.10 Cấu trúc đám hình thành HCN gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c): ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e): ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g), (h): ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j): ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.11 Cấu trúc đám H2O gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g), (h) ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j) ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.12 Cấu trúc đám CH3OH gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3) Hình 3.13 Cấu trúc đám C6H5CH2NH2 (benzylamin) gắn kết lên bazơ nitơ ADN (a), (b), (c) ứng với nhóm A(1), A(2), A(3); (d), (e) ứng với nhóm C(1), C(2); (f), (g), (h) ứng với nhóm G(1), G(2), G(3); (i), (j) ứng với nhóm T(1), T(2) Hình 3.14 Cấu trúc đám axit axetic gắn kết lên Ala(151) -a, Ser (194) -b Hình 3.15 Cấu trúc đám axit axetic gắn kết lên:Ser (158) -a, Phe(64) -b LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Hình 3.16 Biến thiên lượng theo số bước hồi phục (a) Biến thiên độ dài liên kết O-H axit axetic theo số bước hồi phục (b) Biến thiên rmin, từ axit axetic đến protein theo bước hồi phục (c) Hình 3.17 Cấu trúc đám hiđrazin gắn kết lên Ser(176)-(a), Asn (210)-(b) Trp(192)-(c) Hình 3.18 Cấu trúc đám hiđrazin gắn kết lên Ser(66)-(a), Gly(4)-(b) Hình 3.19 Cấu trúc đám urê gắn kết lên Asn (54) -a, Tyr (131) -b Hình 3.20 Cấu trúc đám urê gắn kết lên Gln(198)-(a), Gln(47)-(b) Tyr(42)-(c) Hình 3.21 Gln(242) nằm Leu(241) Cys(243), nguyên tử H thay (vị trí cắt đám) ký hiệu chấm đen Hình 3.22 Sự phụ thuộc giá trị lượng vào số bước hồi phục Hình 3.23 Sự phụ thuộc giá trị lượng-(a) rN-H, rmin-(b) vào số bước hồi phục (SCF không hội tụ, Asn(37)) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Năng lượng, khoảng cách rmin, liên kết RC-O CO gắn lên đám ADN Bảng 3.2 Khoảng cách HCHO đến ADN nhóm gắn kết Bảng 3.3 Độ dài liên kết hiđro urê gắn kết lên nhóm bazơ nitơ Bảng 3.4 Độ dài liên kết hiđro đám gắn kết hình thành hyđrazin gắn lên nhóm bazơ nitơ ADN Bảng 3.5 Độ dài liên kết hiđro đám gắn kết hình thành HCOOH gắn lên nhóm bazơ nitơ ADN Bảng 3.6 Độ dài liên kết hiđro đám gắn kết hình thành HCN gắn lên nhóm bazơ nitơ ADN Bảng 3.7 Độ dài liên kết hiđro H2O gắn kết lên nhóm bazơ nitơ Bảng 3.8 Độ dài liên kết hiđro CH3OH gắn kết lên nhóm bazơ nitơ Bảng 3.9 Khoảng cách C6H5CH2NH2 đến nguyên tử gần nhóm bazơ nitơ đám hình thành sau gắn kết Bảng 3.10 Năng lượng tổng cộng (E), Năng lượng tạo phức (ΔE),độ dài liên kết O-H, Khoảng cách nguyên tử gần phối tử protein (rmin) Bảng 3.11 Năng lượng tổng cộng (E), Năng lượng tạo phức (ΔE),độ dài liên kết N-H, Khoảng cách nguyên tử gần phối tử protein (rmin) Bảng 3.12.Năng lượng tổng cộng (E), Năng lượng tạo phức (ΔE),độ dài liên kết N-H, Khoảng cách nguyên tử gần phối tử protein (rmin) Bảng 3.13 Sự ảnh hưởng kích thước, độ bội, nguyên tử H thay đến lượng hình thành đám Bảng 3.14 Toạ độ biến thiên lượng tạo đám nhóm Ser(250) q trình hồi phục tạo đám gắn kết với urê LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 6, file Energy (Cho Protein) E E01 E02 DELTAE DR RMIN KGROUP * 1 * * * * * * * * * * 10 * 1 * * * * * * * * * * 10 * 1 * * * * * * 14 20 * * * 2.3155 E= -56.1448 -26.9841 -29.3336 000942 1705 1.0103 2.3155 2.2952 E= -56.1079 -26.9841 -29.3336 001001 2073 1.0356 2.2952 2.2653 E= -55.9871 -26.9841 -29.3336 001090 3281 1.0738 2.2653 2.2301 * 14 21 * * LJ CL 1729 -.001480 21 (GLY) - 2098 -.001482 21 (GLY) - 3306 -.001483 21 (GLY) - LUAN VAN CHAT LUONG downloadvii: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 7, file Benzylamin.mol # NUMBER OF SITES # Number of atoms 19 # C C C C C C C N N H H H H H H H H H H X Y -.176 657 1.985 2.597 1.831 385 -1.682 -2.234 -2.289 205 2.602 3.667 2.284 -.232 -1.902 -3.234 -1.817 -3.289 -2.085 Z 051 1.245 1.150 -.149 -1.246 -1.142 159 1.057 -1.173 2.206 2.034 -.226 -2.206 -2.025 558 1.129 1.972 -1.101 -1.543 MASS 186 279 121 -.144 -.228 -.056 366 -.659 228 474 189 -.271 -.424 -.124 1.356 -.540 -.564 347 -.690 Q S 12.0000 12.0000 12.0000 12.0000 12.0000 12.0000 12.0000 14.0030 14.0030 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 E -.1074 -.1112 -.1289 -.1263 -.1279 -.1274 0722 -.3799 -.3260 1350 1329 1323 1321 1270 1109 1556 1415 1561 1392 3.8800 3.8800 3.8800 3.8800 3.8800 3.8800 3.8000 3.6400 3.6400 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 2.1000 2.1000 2.1000 2.1000 File created by TAOTEPPT, package SQMD Coordinates taken from file benzamin.smo Force field from file MMDATA.DOC # Number of bonds 19 #ID N1 N2 Reqv FB D RHO(Å**-1) 1.33700 2891.50 1.33700 2891.50 1.49700 1325.27 1.33700 2891.50 10 1.10100 1385.51 1.33700 2891.50 11 1.10100 1385.51 1.33700 2891.50 12 1.10100 1385.51 1.33700 2891.50 13 1.10100 1385.51 14 1.10100 1385.51 1.43800 1536.11 1.43800 1536.11 15 1.11300 1385.51 16 1.02000 1837.31 17 1.02000 1837.31 18 1.02000 1837.31 19 1.02000 1837.31 # Number of angles 30 # N1 N2 N3 Aeqv FA 120.0000 129.51 # c3 121.4000 165.66 # c3 121.4000 165.66 # c3 120.0000 129.51 # c3 1842 1842 1842 1842 1842 1842 1842 2303 2303 1968 1968 1968 1968 1968 1968 1424 1424 1424 1424 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # -c3 -c3 -c3 -c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c4 n3 n3 h h h h h h hn hn hn hn n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 n3 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -c3 -c4 -c4 -c3 LUAN VAN CHAT LUONG downloadviii: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC 10 120.0000 10 120.0000 120.0000 11 120.0000 11 120.0000 120.0000 12 120.0000 12 120.0000 120.0000 13 120.0000 13 120.0000 120.0000 14 120.0000 14 120.0000 110.7400 110.7400 15 109.3900 110.7400 15 108.8000 15 108.8000 16 109.4700 17 109.4700 16 17 104.5000 18 109.4700 19 109.4700 18 19 104.5000 Number of torsions 108.43 108.43 129.51 108.43 108.43 129.51 108.43 108.43 129.51 108.43 108.43 129.51 108.43 108.43 314.75 314.75 108.43 314.75 150.60 150.60 150.60 150.60 150.60 150.60 150.60 150.60 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 n3 n3 n3 c4 c4 hn c4 c4 hn -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -h -h -c3 -h -h -c3 -h -h -c3 -h -h -c3 -h -h -n3 -n3 -h -n3 -h -h -hn -hn -hn -hn -hn -hn # tors1 # N1 6 7 2 7 2 6 1 10 10 2 11 11 48 N2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 N3 2 2 6 6 7 7 7 3 3 4 4 N4 3 10 10 5 14 14 15 15 4 11 11 5 12 12 V1 -3.8937 -3.8937 0000 -1.1304 0000 -3.8937 -3.8937 0000 -1.1304 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 -3.8937 -3.8937 0000 0000 0000 -3.8937 -3.8937 0000 0000 0000 -3.8937 V2 33.4944 62.8020 37.6812 41.8680 52.3350 33.4944 62.8020 37.6812 41.8680 52.3350 0000 0000 0000 0000 0000 0000 33.4944 62.8020 37.6812 37.6812 62.8020 33.4944 62.8020 37.6812 37.6812 62.8020 33.4944 V3 0000 0000 -4.4380 0000 0000 0000 0000 -4.4380 0000 0000 0000 0000 -1.0048 0000 0000 -1.0048 0000 0000 -4.4380 -4.4380 0000 0000 0000 -4.4380 -4.4380 0000 0000 #c3 #c3 #c3 #c4 #c4 #c3 #c3 #c3 #c4 #c4 #c3 #c3 #c3 #c3 #c3 #c3 #c3 #c3 #c3 #h #h #c3 #c3 #c3 #h #h #c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -h -c3 -h -c3 -c3 -h -c3 -h -n3 -n3 -h -n3 -n3 -h -c3 -c3 -h -c3 -h -c3 -c3 -h -c3 -h -c3 LUAN VAN CHAT LUONG downloadix: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC 3 12 12 4 13 13 1 9 15 15 1 8 15 15 4 4 5 5 7 7 7 7 7 7 5 5 6 6 8 8 8 9 9 9 13 13 1 14 14 16 17 16 17 16 17 18 19 18 19 18 19 -3.8937 0000 0000 0000 -3.8937 -3.8937 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 62.8020 37.6812 37.6812 62.8020 33.4944 62.8020 37.6812 37.6812 62.8020 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 -4.4380 -4.4380 0000 0000 0000 -4.4380 -4.4380 0000 0000 0000 0000 0000 1.0467 1.0467 0000 0000 0000 0000 1.0467 1.0467 #c3 #c3 #h #h #c3 #c3 #c3 #h #h #c3 #c3 #n3 #n3 #h #h #c3 #c3 #n3 #n3 #h #h -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c4 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -c3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -n3 -c3 -h -c3 -h -c3 -c3 -h -c3 -h -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn -hn LUAN VAN CHAT LUONG downloadx : add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 8, file H2O.mol #==================================================I # Molecular Dynamics Data Base I # Configuration and interaction potential I #==================================================I # SPC H2O model I #==================================================I # Number of sites # X Y Z M Q epsilon # (A) (kJ/M) O 0 -0.064609 15.9994 -0.82 0.6502 H -0.81649 0.51275 1.008 0.41 H 0.81649 0.51275 1.008 0.41 # Num of strings for the reference SPC water model Parameters from: K TOUKAN AND A.RAHMAN, PHYS REV B Vol 31(2) 2643 (1985) # Num of bonds #ID(typ) N1 N2 Reqv Force D 1 2811 420 1 2811 420 1.633 687 # Num of angles # Num of dihedrals sigma 3.1656 0 0 RHO (A**-1) 2.566 2.566 LUAN VAN CHAT LUONG downloadxi: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 9, file DNA.mol #==================================================I # Molecular Dynamics Data Base I # Configuration and interaction potential I #==================================================I # B-DNA (strand 1) I #==================================================I # CHARMM force field I #==================================================I # Number of sites 319 # X Y Z M Q # (A) # nucl A O3* 8.60100 1.61000 -16.82957 15.9990 -.550 P 8.68900 1.97400 -15.27959 30.9740 1.500 O1P 9.76000 2.96500 -15.05957 15.9990 -.800 O2P 8.79000 72300 -14.48958 15.9990 -.800 O5* 7.26400 2.64400 -15.02959 15.9990 -.550 C5* 6.78600 3.63900 -15.96957 12.0110 -.080 H5* 6.14500 3.23100 -16.76558 1.0080 090 H5** 7.63800 4.12800 -16.46458 1.0080 090 O1* 4.62200 4.16200 -15.02959 15.9990 -.400 C1* 4.44900 3.81300 -13.66959 12.0110 110 H1* 3.70300 4.56300 -13.36860 1.0080 090 C2* 5.78100 4.01800 -12.95958 12.0110 -.180 H2* 6.30700 3.06600 -12.79257 1.0080 090 H2** 5.46600 4.41700 -11.98459 1.0080 090 C3* 6.45300 5.06000 -13.83958 12.0110 010 H3* 7.54300 5.08400 -13.69359 1.0080 090 sigma epsilon (kJ/M) 3.154 3.831 3.030 3.030 3.154 3.876 2.352 2.352 3.154 4.054 2.352 4.054 2.352 2.352 4.054 2.352 636 2.450 502 502 636 230 092 092 636 084 092 084 092 092 084 092 FF atom name ON2 P ON3 ON3 ON2 CN8 HN7 HN7 ON6 CN6B HN6 CN6 HN6 HN6 CN6 HN6 3.297 3.208 3.208 3.208 3.029 3.297 3.208 2.352 3.297 837 502 502 586 502 837 502 092 837 NN3A CN5 CN5 CN1 ON1 NN4 CN4 HN3 NN2 N3C C4 C5 C6 O6 N7 C8 H8 N9 # # # 2.97400 3.32900 2.50300 1.10600 22000 3.26100 4.49400 5.35700 4.61500 1.40600 09900 -1.01100 -.84200 -1.69600 -2.17500 -1.74300 -2.41500 -.37100 17.06042 16.94041 16.94041 17.07042 17.09042 16.80043 16.72043 16.60143 16.80043 14.0070 12.0110 12.0110 12.0110 15.9990 14.0070 12.0110 1.0080 14.0070 -.660 140 -.080 550 -.470 -.690 410 280 -.100 reference CHARMM force field A.D.McKerell, J.Wiorkiewicz-Kuczera, M.Karplus JACS, v.117, p.11946 (1995) Num of bonds # #ID(typ) N1 N2 Reqv Force D RHO (A**-1) # additional list of bonds to include the Urey-Bradley term # Num of angles # Num of dihedrals # 1st nucl LUAN VAN CHAT LUONG downloadxii: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 10, file 3ptb.mol # NUMBER OF SITES # Number of atoms 3220 # X Y Z N -11.814 1.784 C -11.802 892 C -13.072 1.151 O -14.204 1.040 C -11.840 -.611 C -10.676 -.969 C -11.859 -1.556 C -9.308 -.991 H -11.779 2.834 H -10.938 1.565 H -12.734 1.610 H -10.905 1.065 H -12.782 -.756 H -10.866 -1.962 H -10.634 -.219 H -12.772 -1.377 H -11.842 -2.601 H -10.976 -1.361 H -9.478 -1.230 H -8.655 -1.754 H -8.829 -.004 N -12.900 1.464 C -14.051 1.612 C -14.206 356 O -13.196 -.177 C -13.759 2.799 MASS -2.244 -3.441 -4.266 -3.728 -2.958 -2.002 -4.185 -2.757 -2.569 -1.615 -1.666 -4.053 -2.409 -1.568 -1.198 -4.772 -3.843 -4.812 -3.817 -2.309 -2.676 -5.525 -6.467 -7.338 -7.869 -7.425 Q S 14.0030 12.0000 12.0000 15.9950 12.0000 12.0000 12.0000 12.0000 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 1.0080 14.0030 12.0000 12.0000 15.9950 12.0000 E -.2504 -.1019 5694 -.6195 0622 0222 -.1300 -.1013 2946 2946 2946 1742 0617 0116 0116 0302 0302 0302 0238 0238 0238 -.4501 -.0519 4474 -.4046 3952 3.6400 3.8000 3.8800 3.4800 3.8000 3.8000 3.8000 3.8000 1.8000 1.8000 1.8000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.0000 3.6400 3.8000 3.8800 3.4800 3.8000 2303 1842 1842 2763 1842 1842 1842 1842 0628 0628 0628 1968 1968 1968 1968 1968 1968 1968 1968 1968 1968 2303 1842 1842 2763 1842 nh c4 co o1 c4 c4 c4 c4 hb hb hb h h h h h h h h h h n2 c4 co o1 c4 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 3.4800 3.6400 3.4800 1.8000 3.0000 3.0000 3.0000 1.8000 1.8000 2763 2303 2093 0628 1968 1968 1968 0628 0628 o1 n2 oc hv h h h hv hv 3212 3213 3214 3215 3216 3217 3218 3219 3220 O 15.962 2.070 14.427 15.9950 -.5268 N 16.470 757 12.694 14.0030 -.7817 O 14.719 -2.940 16.459 15.9950 -.7304 H 16.018 -2.643 14.094 1.0080 2545 H 16.074 -.334 16.146 1.0080 0596 H 14.421 -.652 13.577 1.0080 0596 H 14.007 501 14.892 1.0080 0596 H 16.741 -.309 12.670 1.0080 3551 H 17.384 1.369 12.686 1.0080 3551 File created by TAOTEPPT, package SQMD Coordinates taken from file 3ptbc.smo Force field from file MMDATA.DOC # Number of bonds #ID N1 N2 Reqv FB D RHO(Å**-1) # Number of angles # N1 N2 N3 Aeqv FA # Number of torsions tors1 # N1 N2 N3 N4 V1 V2 V3 LUAN VAN CHAT LUONG downloadxiii: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC Phụ lục 11, Subroutine Relax Ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc C C RELAX - Damped Newton dynamics to find the equilibrium c geometry Ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc SUBROUTINE RELAX include "prcm.h" PARAMETER (ZERO=0.0D+00, ONE=1.0D+00, TWO=2.0D+00, SIX=6.0D+00, * TWOF=2.4D+01) PARAMETER (TOANGS=0.52917724924D+00,FEMTO=1.0D-15, * TOKCAL=627.5131018D+00, TOJOUL=4.35975D-18, * AVOGAD=6.022045D+26,TOMETR=TOANGS*1.0D-10) PARAMETER (MXATM=500) LOGICAL LRDF,LREPLACE,LMOVING,LCATALYS,LSTEPQ ,LDOCK,LGOFAR CHARACTER*1 OK C ,LAPPROACH dimension SOLDX(5000),SOLDY(5000),SOLDZ(5000), * V2X(5000),V2Y(5000), V2Z(5000),AX(5000), AY(5000), * AZ(5000),GTX(5000),GTY(5000),GTZ(5000) C dimension xmin(20),ymin(20),zmin(20) DIMENSION QP(4) common/qforce_/ ebdd(1000),KREACTION,NLUONG,NQ,IP1,IP2,NBS common/MARKSS / NSTEP_,LREPLACE,LCHECK,LCRYSTAL,LMOVING,TEMPNEW, * LCATALYS COMMON /IOFILE/ IR,IW,IP,IS,IPK,IDAF,NAV,IODA(400) COMMON /FUNCT / E,EG(3*MXATM) DATA LRDF/.false./ common/relaxc/ slamda,smuy,RMAX2,RMIN2,LDOCK,LGOFAR COMMON/CATALYS/IAPPROACH,NSTEPQ,LSTEPQ,distance,SMU COMMON/COM_ / CCOOR(20,20,3) COMMON/FORCEMD/ HHX(5000),HHY(5000),HHZ(5000) C c * * * * * * C C C C C C COMMON/CATALYS/IAPPROACH,LAPPROACH NLUONG=1 IW=6 character fw1*13,ai*2,string*2 1.2 Preparation 1.2.1 Compose list of neigbours call CHCNB(LRDF) ! l-forces.f 1.2.2 Calculate temperature call GETEMP(.true.) 1.2.3 Calculate force INTER for the first time 1.2.4 Organize cycle for integration equation of motion NSTEP - step number in this run NSTTOT - previously made steps MSTEP - step number from the begining of simulation CHANGING ACCELERATION FROM BOHR/FS**2 TO UNITL/UNITT/UNITT FSTOS = 1.D-15 BTOMETR = TOMETR WRITE(*,*) 'BOTOMET=',BTOMETR BTOUNITL = BTOMETR/UNITL ! BOHR > UNITL WRITE(*,*) 'BOTOUNITL =',BTOUNITL FSTOUNITT = FSTOS/DT ! FEMTO > UNITT LUAN VAN CHAT LUONG downloadxiv: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC C C C C C C c c C C C C C C C C C C WRITE(*,*) 'FSTOUNITT=',FSTOUNITT HSV = BTOUNITL/FSTOUNITT ! VELOCITY FROM BOHR/FS > UNITL/UNITT WRITE(*,*) 'HSV=',HSV HSA = HSV/FSTOUNITT ! ACCEL BOHR/FS**2 > UNITL/UNITT**2 WRITE(*,*) 'HSA=',HSA HSA = HSA/100 HARTREETOUNITE = TOJOUL/UNITE write(*,*) mass(1), mass(2) write(*,*) massdi(1), massdi(2) write(*,*) massdi(1)*mass(1), massdi(2)*mass(2) !3132.0 read(*,*) IMB=NNUM(NAB(TASKID)) IME=NNUM(NAE(TASKID)) SCANNING ALL SMULATION BOX FOR THE INITIAL PLACING CO MOLECULE DETERMINE GRID CONSTANTS DIX = BOXL/30.0 DIY = BOYL/30.0 DIZ = BOZL/30.0 X0 = -BOXL/2.0 Y0 = -BOYL/2.0 Z0 = -BOZL/2.0 WRITE(*,*) ' X0 Y0 Z0=',X0,Y0,Z0 WRITE(*,*) 'DIX DIY DIZ =',DIX, DIY, DIZ CALL SEQOPN(NLUONG,'ENERGY','UNKNOWN',.FALSE.,'FORMATTED') write(NLUONG,'(3a20,a10)') 'E','DR','RMIN','KGROUP' caLL SEQOPN(IW,'OUT','UNKNOWN',.FALSE.,'FORMATTED') WRITE(IW,'(A6,A8,4A12,A11,A6)')'IAPPR','IPHTU','DTNHAN', *'X','Y','Z','E','R','RMIN' READ(*,*) LRESTART=.FALSE WRITE(*,*) ' WOULD YOU RESTART (Y/N)' READ(*,*) OK IF (OK.EQ.'Y'.OR.OK.EQ.'y') THEN WRITE(*,*) ' NHAP IXGRID,IYGRID,IZGRID' READ(*,*) IXGRID1,IYGRID1,IZGRID1 OPEN(UNIT=44,FILE='COORD') DO I=1,NSITS(1) READ(44,*) SX(I),SY(I),SZ(I) END DO GOTO 888 LRESTART=.TRUE ELSE WRITE(*,*) 'ENTER IXGRID1' READ (*,*) IXGRID1 ENDIF DO IXGRID = ixgrid1,31 XCENTER = X0 + (IXGRID -1) * DIX DO 101 IYGRID = 1,31 YCENTER = Y0 + (IYGRID -1) * DIY DO 100 IZGRID = 1,31 IF (LRESTART) THEN IF (IXGRID.EQ.IXGRID1) THEN IF (IYGRID.LT.IYGRID1) GOTO 101 IF (IZGRID.LT.IZGRID1) GOTO 100 ELSE LUAN VAN CHAT LUONG downloadxv: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC LRESTART=.FALSE ENDIF C C ENDIF ZCENTER = Z0 + (IZGRID -1) * DIZ WRITE(*,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID WRITE(*,'(3F12.5)')XCENTER,YCENTER,ZCENTER READ(*,*) WRITE(NLUONG,'(A5,3I6)')'*',IXGRID,IYGRID,IZGRID WRITE(IW,'(A5,3I6)')'*',IXGRID,IYGRID,IZGRID WRITE(NLUONG,*) 'CENTER' WRITE(NLUONG,'(3F12.5)')XCENTER,YCENTER,ZCENTER generate random quaternion CALL RANQ(QP) ! supl.f c rotate randomly the molecule and setup atom coordinates ICOUNT=0 DO IS1 = 1,NSITS(1) ICOUNT=ICOUNT+1 RXI = R(IS1,1) RYI = R(IS1,2) RZI = R(IS1,3) CALL ROTATEMD(QP,RXI,RYI,RZI) SX(ICOUNT) = RXI+XCENTER SY(ICOUNT) = RYI+YCENTER SZ(ICOUNT) = RZI+ZCENTER c write(3,'(3(f12.4))') R(IS,1),R(IS,2),R(IS,3) C write(3,'(3(f12.4))') RXI,RYI,RZI END DO! OF IS C CHECK FOR OVERLAP WITH AND TO FAR FROM PROTEIN ATOMS DR2MIN = 1000.0 DO IS1 = 1, NSITS(1) C write(3,'(3(f12.4))') SX(IS1),SY(IS1),SZ(IS1) DO IS2 = NSITS(1)+1,NSITS(1)+NSITS(2) DX = SX(IS1) - SX(IS2) DY = SY(IS1) - SY(IS2) DZ = SZ(IS1) - SZ(IS2) DR2 = DX*DX + DY*DY + DZ*DZ IF (DR2.LT.DR2MIN) DR2MIN = DR2 C IF (DR2.GT.10) GOTO 100 END DO END DO C DO IS = 1,NSITS(1) C WRITE(3,'(3F12.5)') SX(IS),SY(IS),SZ(IS) C WRITE(NLUONG,'(3F12.5)') SX(IS),SY(IS),SZ(IS) C END DO IF (DR2MIN.LT.RMIN2.OR.DR2MIN.GT.RMAX2) GOTO 100 C WRITE(*,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID WRITE(IW,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID C WRITE(NLUONG,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID, C * ' INIT POSITION OF MOL' C OPEN(UNIT=IS,FILE='AOINTS', STATUS='UNKNOWN',FORM ='FORMATTED') C C C C LDOCK=.FALSE LGOFAR=.FALSE EOLD=0.0 E=0.0 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc LUAN VAN CHAT LUONG downloadxvi: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC c c c c c c c c C C C C C C C C C C C C NSTEP=0 IREACT=0 NSTEPQ=0 IF (IAPPROACH.EQ.0) THEN NSTEPQ=5000 LSTEPQ=.false distance=1000.d0 ELSE WRITE(*,*) ' NSTEPQ=?' READ(*,*) NSTEPQ ENDIF WRITE(*,*) ' NHAP NSTEPQ' READ(*,*) NSTEPQ CALCULATE ACCELARATION AT INITIAL POINT FROM F = MASS * A ACCEL (I) = F (I)/MASS (I) CALCULATE KINETIC AND TOTAL ENENRGY call GETCOM call ALLFORCE ! forces.f ******* LOAI BO CAC LUC NOI PHAN TU TRUOC KHI VAO QQFORCE DO K =NAB(TASKID),NAE(TASKID) FX(K)=FX(K)-HHX(K) FY(K)=FY(K)-HHY(K) FZ(K)=FZ(K)-HHZ(K) END DO NAMC=NSPEC(1)/NUMTASK IMB1 = TASKID* NAMC + IME1 = IMB -1 + NAMC IMB2 = IME1+1 IME2 = IMB2+NSPEC(2)-1 LCHECK=.FALSE WRITE(*,*) 'WOULD YOU CHECK DATA?(Y/N)' READ(*,*) OK IF((OK.EQ.'Y').OR.(OK.EQ.'y')) LCHECK=.TRUE SAVE initial configuration in PICTURE1 NQ=44 open(UNIT=NQ,FILE= 'PICTURE0.XYZ',STATUS = 'unknown') write(NQ,'(I4)')NAE(TASKID) WRITE(NQ,*) 'FIRST CONFIGURATION' DO I = NAB(TASKID),NAE(TASKID) WRITE(NQ,'(A5,3(F12.4),I10)') * NM(NSITE(I)),SX(I),SY(I),SZ(I),NNUM(I) END DO ! theo I close(NQ) CHECK FOR GAMESS CALCULATION CALL QQFORCEPROTEIN(GTX,GTY,GTZ,SX,SY,SZ,NSITS,IME, * NSPEC,NTYPES,NAB,NAE,TASKID,HSA,MASSDI,SE) SUBROUTINE QQFORCEPROTEIN(FFX,FFY,FFZ,SX,SY,SZ,NSITS,IME, *NSPEC,NTYPES,NAB,NAE,TASKID,HSA,SMASSDI,SE) C CHANGE UNITS THEN ADD TO FORCE C C DO K =NAB(TASKID),NAE(TASKID) FX(K)=FX(K)+GTX(K)*HSA/MASSDI(K) FY(K)=FY(K)+GTY(K)*HSA/MASSDI(K) FZ(K)=FZ(K)+GTZ(K)*HSA/MASSDI(K) END DO and SAVE initial coordinates of 1-type molecules in CCOM array LUAN VAN CHAT LUONG downloadxvii: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC icount=0 imol=1,nspec(1) iatom=1,nsits(1) icount=icount+1 CCOOR(IMOL,IATOM,1)=SX(ICOUNT) CCOOR(IMOL,IATOM,2)=SY(ICOUNT) CCOOR(IMOL,IATOM,3)=SZ(ICOUNT) END DO END DO C AT INITIAL ALL MOLECULES ARE TAKEN INTO ACCOUNT NSTEP =0 CALL BONDS IATOM=NAB(TASKID)-1 IPHANTU =IMB,IME MOLTYPP = ITM(IPHANTU) NAT = NSITS(MOLTYPP) NAT3 = NAT*3 DN = 0.0D+00 DO ICOUNT = 1,NAT IATOM = IATOM +1 C CALCULATE ACCEL AX(IATOM) = FX(IATOM)*MASSDI(IATOM) AY(IATOM) = FY(IATOM)*MASSDI(IATOM) AZ(IATOM) = FZ(IATOM)*MASSDI(IATOM) C CALCULATION VELOCITY V2X(IATOM) = AX(IATOM)* SLAMDA V2Y(IATOM) = AY(IATOM)* SLAMDA V2Z(IATOM) = AZ(IATOM)* SLAMDA C CALCULATION I-1 POSITION SOLDX(IATOM) = SX(IATOM) - V2X(IATOM)* SLAMDA SOLDY(IATOM) = SY(IATOM) - V2Y(IATOM)* SLAMDA SOLDZ(IATOM) = SZ(IATOM) - V2Z(IATOM)* SLAMDA END DO END DO 220 CONTINUE 198 FORMAT(4(E14.6)) C ENTER TO RELAX STEPS C write(*,*) ' OK1 relax' c WRITE(IW,'(F5.1,5(f12.4),2I5)') emin=1000.0 DO 290 NSTEP = 1, NSTEPS C FOR FIRST TYPE, CRYSTAL AND NOT LMOVING C AFTER 10000 STEPS ALL FRAME MOLECULES ARE DIE-HARD c if (mod(nstep,100).eq.0) then c slamda=slamda/5.0 c smuy=smuy/2.0 c iatom=1,nsits(1) c sx(iatom)=xmin(iatom) c sy(iatom)=ymin(iatom) c sz(iatom)=zmin(iatom) c end c end if MSTEP=NSTTOT+NSTEP NSTEP_ = MSTEP IF(MOD(NSTEP,50).EQ.0) WRITE(*,*) NSTEP_ C WRITE(*,*) nstEP_ c INTEGRATE HNC TO t/2 c call SCALING(1) ! #################### xviii: add luanvanchat@agmail.com LUAN VAN CHAT LUONG download PHỤ LỤC C C C C C C IJ DO LOOP FOR = NAB(TASKID)-1 250 IPHANTU = 1, NOP 250 IPHANTU =IMB,IME ALL ATOMS MOLTYPP = ITM(IPHANTU) IF (.NOT.LMOVE(MOLTYPP)) GOTO 250 NAT = NSITS(MOLTYPP) NAT3 = NAT*3 DO I= 1,NAT DETERMINE ATOMIC INDEX IJ = IJ +1 CALCULATION NEW POSITION FROM I-1 AND I POSITION USE ANOTHER SMUY FOR HYDROGEN IF (MASS(IJ).LT.1.100) THEN SMUYB=1.0 ELSE SMUYB=SMUY ENDIF SSX = SMUYB*massdi(ij)*FX(IJ)+(1+SLAMDA)*SX(IJ)* SLAMDA*SOLDX(IJ) SSY = SMUYB*massdi(ij)*FY(IJ)+(1+SLAMDA)*SY(IJ)* SLAMDA*SOLDY(IJ) SSZ = SMUYB*massdi(ij)*FZ(IJ)+(1+SLAMDA)*SZ(IJ)* SLAMDA*SOLDZ(IJ) CHANGE POSITIONS SOLDX(IJ)= SX(IJ) SOLDY(IJ)= SY(IJ) SOLDZ(IJ)= SZ(IJ) SX(IJ) = SSX SY(IJ) = SSY SZ(IJ) = SSZ END DO 250 CONTINUE IF (IJ.NE.NAE(TASKID)) THEN WRITE(*,*) 'IJ NAE(TASKID)',IJ,NAE(TASKID) STOP ENDIF C C C C C C FORCE AT CURRENT POINT C ==================================================================== timeg = timeg+cputime(timeg0) c write(*,*) ' OK2' * * 1.3.3.5 Broadcast new coordinates to all nodes C MPI - only call SINHR(1) ! mpi.f or scalar.f * 2.3.4.6 Recalculate centre-of-mass coordinates call GETCOM * 1.3.3.6 Recalculate forces call ALLFORCE ! forces.f ******** C LOAI BO CAC LUC NOI PHAN TU TRUOC KHI VAO QQFORCE DO K =NAB(TASKID),NAE(TASKID) FX(K)=FX(K)-HHX(K) FY(K)=FY(K)-HHY(K) FZ(K)=FZ(K)-HHZ(K) END DO EOLD=E * LUAN VAN CHAT LUONG downloadxix: add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC CALL QQFORCEPROTEIN(GTX,GTY,GTZ,SX,SY,SZ,NSITS,IME, * NSPEC,NTYPES,NAB,NAE,TASKID,HSA,MASSDI,SE) C C C C C C C C C C write(*,*) 'EPOT = ',E READ(*,*) IF (LGOFAR) GOTO 100 if (e.lt.emin) then emin=e iatom=1,nsits(1) xmin(iatom)=sx(iatom) ymin(iatom)=sy(iatom) zmin(iatom)=sz(iatom) end endif DO K =NAB(TASKID),NAE(TASKID) FX(K)=FX(K)+GTX(K)*HSA/MASSDI(K) FY(K)=FY(K)+GTY(K)*HSA/MASSDI(K) FZ(K)=FZ(K)+GTZ(K)*HSA/MASSDI(K) END DO CALL BONDS LUAN VAN CHAT LUONG downloadxx: add luanvanchat@agmail.com Thank you for evaluating AnyBizSoft PDF Splitter A watermark is added at the end of each output PDF file To remove the watermark, you need to purchase the software from http://www.anypdftools.com/buy/buy-pdf-splitter.html LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com ... sở lý thuyết phương pháp động lực phân tử, phương pháp hoá lượng tử phương pháp động lực phân tử bán lượng tử Phần phương pháp nghiên cứu: giới thiệu ngôn ngữ lập trình sử dụng luận án, đồng thời... (mã nguồn MD44 Gamess cung cấp miễn phí) nên chúng tơi chọn nghiên cứu đề tài ? ?Ứng dụng phương pháp mô động lực phân tử nghiên cứu tương tác phối tử với protein ADN? ?? Bằng việc cải tiến, nâng cấp... lượng tử, tương tác phối tử ngun tử cịn lại (ngun tử xa) nằm ngồi đám đại phân tử tính tốn học phân tử Thước đo độ bền phức hình thành phối tử phân tử lớn lượng tổng cộng hệ ? ?phối tử - đại phân tử? ??