Nghiên cứu mối quan hệ di truyền của 5 loại tỏi Allium Sativum ở Việt Nam bằng kỹ thuật đa hình ADN khuếch đại ngẫu nhiên(RAPD).pdf

Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỀN TÁT THÀNH 0O0 NGUYEN TAT THANH NGUYỄN THỊ NGỌC TRÂM NGHIÊN củu MÓI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA LOẠI TỎI ALLIUM SATIVUM Ở VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT ĐA HÌNH ADN KHUẾCH ĐẠI NGẦU NHIÊN (RAPD) Chuyên ngành: SẢNXUÂT VÀ PHÁT TRIỀN THC Mã số: 52720401 KHỐ LUẬN TỐT NGHIỆP Dược ĐẠI HỌC Hướng dẫn khoa học: Thạc sĩ NGUYỀN THANH TĨ NHI TP HỊ CHÍ MINH-2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu, kết quả, hình ảnh tồn nghiên cứu luận văn hoàn toàn trung thực chưa sử dụng cơng bo cơng trình nghiên cứu khác Mọi giúp đờ cho việc thực luận văn cảm ơn thơng tin trích dần luận văn ghi rõ phần tài liệu tham khảo Người thực Nguyễn Thị Ngọc Trâm LỜI CẢM ƠN Lời em gửi lời cảm ơn Cô ThS Nguyễn Thanh Tố Nhi, giảng viên môn Vi sinh- Kí sinh trùng Cơ tận tâm hướng dần em suốt trình làm luận văn Trong suốt trình thao tác phịng thí nghiệm, em khơng tránh khỏi sai sót, Cơ vần nhiệt tình dạy vừa lý thuyết vừa thực hành Giúp em hoàn thành thật tốt khóa luận Em chân thành cảm ơn cô nhiều Em gửi lời cảm ơn đến Thầy Cô môn Vi sinh - Kí sinh trùng, Kỳ thuật viên Võ Thị Nhàn, Nguyễn Hữu Phương Thảo phịng thí nghiệm, hồ trợ giúp em suốt trình em làm luận văn Cảm ơn Thầy Cô khoa Dược Trường Đại học Nguyền Tất Thành tận tâm với nghề với hệ sinh viên chúng em Khoảng thời gian năm em, vừa Thầy Cô dạy kiến thức tảng, vừa dạy Kỳ sống kinh nghiệm thực tiễn, thực quý giá Con cảm ơn Ba Mẹ ủng hộ con, động viên mồi lúc cảm thấy khó khăn Và Ba Mẹ tạo điều kiện tốt suốt quãng thời gian học tập ghế nhà trường Con xin ghi nhớ công lao dưỡng dục Ba Mẹ ln cố gắng hồn thiện thân mình, đe Ba Mẹ ln tự hào Em gửi lời cảm ơn đến bạn Mai Hà Thanh Bình, Lê Lương Phương Nghi, Phạm Ngọc Anh, Lê Ngọc Trang Thanh làm luận văn mơn Vi sinh - Kí sinh trùng Cảm ơn bạn hồ trợ để em hoàn thành luận văn MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC HÌNH vii DANH MỤC CÁC BẢNG viii ĐẶT VÁN ĐỀ CHƯƠNG 1: TÔNG QUAN ĐÈ TÀI TỞI - ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN cứu PHÂN TÍCH DI TRUYỀN 1.1 Danh pháp, vị trí phân loại 1.2 Đặc điếm thực vật 1.2.1 Thành phần hóa học 1.2.2 Thành phần dinh dưỡng 1.3 ÚNG DỤNG TRONG THỤC TIỄN 1.4 CÁC NGHIÊN CÚƯ VÈ TỎI 1.5 ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ PHÁT SINH LOÀI 1.5.1 Đa dạng di truyền 1.5.1.1 Đa dạng sinh học 1.5.1.2 Đa dạng di truyền 1.5.1.3 Ỷ nghĩa đa dạng di truyền 1.5.2 Sự phát sinh loài 1.5.3 Chỉ thị (marker) phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền 10 1.5.4 Giới thiệu phần mem NTSYSpc (Numercical Taxonomy and multivariate analysis System) 16 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cúư 19 VẬT LIỆU VÀ HÓA CHÁT 19 2.1 Vật liệu 19 2.1.1 Hóa chất 21 2.2 PHƯƠNG PHÁP 22 2.2.1 Qui trình chiết tách tinh ADN 22 2.2.2 Tiến hành điện di 23 2.2.3 Tiến hành đo quang 23 2.3 PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN GIŨA CÁC MẦU BẰNG PHƯƠNG PHÁP RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) 24 2.3.1 Phản ứng RAPD-PCR 24 2.3.2 Phân tích kết đa hình từ RAPD-PCR 25 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 26 KẾT QUẢ TÁCH CHIẾT VÀ TINH SẠCH ADN 26 3.1 Chiết tách tinh ADN 26 3.2 KẾT QUẢ PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN GIŨA CÁC MẦU BẰNG PHƯƠNG PHÁP RAMDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC ADN (RAPD) 27 3.2.1 Kết phản ứng RAPD-PCR 27 3.2.2 Ket phân tích mối quan hệ di truyền tỏi 31 3.3 BÀN LUẬN 33 3.3.1 Hiệu suất tách chiết ADN 33 3.3.2 Khảo sát phản ứng RAPD - PCR 33 3.3.3 Phân tích mối quan hệ di truyền loại tỏi phương pháp RAPD 34 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 36 4.1 KẾT LUẬN 36 ii 4.2 KIẾN NGHỊ 36 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC PL-1 iii DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT Từ viết tắt AFLP AP-PCR Nghĩa tiếng Anh Amplified Fragment Length Nghĩa tiếng Việt Đa hình chiểu dài DNA Polymorphism nhân lên có định hướng Arbitrary primed polymerase chain reation PCR với mồi ngầu nhiên Bp Base pair Cặp bazơ nitơ Cs Co-workers Cộng CTAB Cetyltrimethylamonium bromide DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate ISSR Inter simple sequence repeat ITS Internal transcribed spacer EDTA Ethylene diamine tetraacetat LlOObp Ladder DNA lOObp Thang DNA lOObp LD Ikb Ladder DNA Ikb Thang DNA Ikb a subunit of the NADP tiêu đơn vị enzym dehydrogenase enzym in the dehydrogenase NADP lục chloroplast lạp ndhY Numerical taxonomy and NTSYSpc multivariate analysis system for Phần mềm hệ thống phân loại số personal computer OD Optical density Mật độ quang phổ hấp phụ PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng khuếch đại gen PEPC Peptidase c IV RAPD rbcL RFLP Random Amplified Polymorphic Đa hình khuếch đại mồi ngầu DNA nhiên Ribulose-1,5- bisphosphate carboxylase large subunit gene Restriction Fragment Length Đa hình độ dài phân đoạn cắt Polymorphism giới hạn RNA Ribonucleic acid RNAse Ribonuclease Men thủy phân axit ribonucleic Sequential, agglomerative, Các phưong pháp phân cụm tuần hierarchical, and nested clustering tự, kết hợp, phân cấp lồng methods SM Simple matching coefficient Hệ so trùng khớp đơn giản TAE Tris - acetic acid - EDTA SAHN DNA-polymerase chịu nhiệt đẩu Taq Thermus aquaticus tiên phân lập từ Thermus aquaticus Trung bình TB TEo.1 Tris- HC1 + EDTA the trnL intron and an intergenic trnL-trnF spacer between the irnL 39 exon and trnF u Unit Đơn vị ƯPGMA Unweighted Pair-Group Method Thuật toán phân cặp dựa giá V with Arithmetic trị trung binh ưv Ultraviolet Tia cực tím V Voltage VI DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Chuyển hóa Aliin thành Allicin [3] Hình 1.2.Minh họa phương pháp ISSR-PCR [23] 13 Hình 2.1.Tỏi Hà Nội 19 Hình 2.5.Tỏi Phan Rang 20 Hình 2.4 Tỏi Hải Dương 20 Hình 2.2.Tỏi Đà Lạt 20 Hình 2.3.Tỏi Lý Sơn 20 Hình 3.1 Ket định tính mầu ADN 26 Hình 3.3.Kết PCR mồi OPP - 13, OPC - 9, OPD - 28 Hình 3.2.Kết PCR mồi OPG - 19, OPO - 1, OPAB - 18 28 Hình 3.4 Kết PCR mồi OPC - 13 29 Hình 3.5.Kết PCR mồi OPN - 1, OPA - 1, OPF - 29 Hình 3.6.Sơ đồ phát sinh lồi 32 vii ... dạng di truyền Với tình hình nghiên cứu trên, đề tài ? ?Nghiên cứu mối quan hệ di truyền loại tỏi Việt Nam kỳ thuật đa hình ADN khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD)” thực nhằm khảo sát mối quan hệ di truyền. .. đồng mầu tỏi 31 viii Khóa luận tốt nghiệp dược sĩ đại học - Năm học 2017-2018 Đe tài: Nghiên cứu mối quan hệ di truyền loại tỏi Allium sativum Việt Nam kỳ thuật đa hình ADN khuếch đại ngầu... nhóm di truyền bảo tồn giống tỏi có nguồn gen quý Việt Nam đặt đề tài Trên the giới, có số nghiên cứu khảo sát mối quan hệ di truyền loại tỏi nghiên cứu Meryem Ipek cộng phân tích đa dạng di truyền