Nghiên cứu docking với các protein SAR COVID 19

SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT ⬧⬧⬧⬧⬧🙟🕮🙝⬧⬧⬧⬧⬧ Giáo viên hướng dẫn : thầy Quân Sinh viên thực : Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Mã sinh viên : 1811507110103 Lớp : 18VL1 Chuyên ngành : Công nghệ vật liệu Đà Nẵng, 1/2022 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) CHƯƠNG – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Cấu trúc chất 3.1.1 Quá trình tối ưu hóa cấu trúc a Cơng thức cấu tạo chất SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) 3.2 Nghiên cứu docking với protein SAR-COVID 19 3.2.1 Các protein chọn Gồm protein 6VW1 protein 6M17 - Lý protein 6VW1 chọn: COVID-19, bệnh đại dịch tồn cầu SARS-CoV-2 gây Do tình trạng khẩn cấp toàn cầu khoảng thời gian cần thiết để phát triển (các) tác nhân chống vi rút cụ thể vắc xin phòng bệnh SARS-CoV-2, tổ chức y tế giới (WHO) thông qua chiến lược thay loại thuốc có để điều trị COVID-19 Các hạt nano oxit sắt (IONP) quan quản lý thực phẩm dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) phê duyệt để điều trị bệnh thiếu máu nghiên cứu chứng minh hoạt tính kháng vi rút ống nghiệm Do đó, thực cập nhật nghiên cứu để khám phá tương tác IONPs (Fe2O3 Fe3O4) với thụ thể protein đột biến miền liên kết (S1-RBD) SARS-CoV-2 cần thiết để gắn vi rút vào tế bào chủ quan thụ cảm Một phân tích gắn kết tương tự thực với vi rút viêm gan C (HCV) glycoprotein E1 E2 Những nghiên cứu cho thấy Fe2O3 Fe3O4 tương tác hiệu với SARS-CoV-2 S1-RBD HCV glycoprotein, E1 E2 Fe3O4 tạo thành phức bền với S1-RBD Fe2O3 ưu tiên HCV E1 E2 Những tương tác IONP cho có liên quan đến thay đổi cấu trúc protein virus đó, virus ngừng hoạt động Do đó, chúng tơi khuyến nghị IONP FDA chấp thuận để tiếp tục cho COVID-19 thử nghiệm lâm sàng điều trị - Tính chất đặc trưng nó: Hoạt động chống virus IONPs thông qua tương tác với protein bề mặt vi rút can thiệp vào gắn kết virus / xâm nhập vào tế bào chủ, dẫn đến vơ hiệu hóa Do đó, IONP ứng cử viên đầy hứa hẹn an toàn để ứng dụng nhanh chóng điều trị COVID-19 người bệnh - Lý protein 6M17 chọn: Để sàng lọc, sử dụng cấu trúc SARS-CoV bị ràng buộc mức thấp độ phân giải có sẵn protein 6M17 mơ hình sử dụng mẫu 3E9S Như nói để sử dụng cách để giải thích phần cho linh hoạt protein việc neo.Việc đưa VIR251 lên 6M17, GRL0617 lên mơ hình tạo giá trị RMSD 1,0 A 0,4 A; theo ECR chúng, hai phối tử nằm 0,2% 0,4% sở liệu sàng lọc, tương ứng, coi xác nhận phương pháp SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) - Tính chất đặc trưng protein 6M17: Protein đột biến tạo phức với phối tử không cộng hoa trị Về hệ thống phân tử trình điều chế nguyên tử hydro bổ sung Năng lượng cục ngắn tối thiểu ion không gian xoắn; vị trí hydro phân cực nước xác định tối ưu hóa mạng lưới liên kết hydro, sau tất phân tử nước bị xóa 3.2.2 Kết bảng docking   Các dẫn xuất Mol 1-Br 2-Br 1-CF3 2-CF3 1-Cl 2-Cl 1-CN 2-CN 1-COOH 2-COOH 1-COOMe 2-COOMe 1-Ethyl 2-Ethyl 1-Etinyl 2-Etinyl 1-F 2-F 1-Me 2-Me 1-NH2 2-NH2 1-NHMe 2-NHMe 1-NMe 2-NMe 1-NO2 2-NO2 1-OH 2-OH 1-OMe PDB Code 6VW1 Affinit y -6,8 -7,0 -7,6 -6,4 -6,6 -7,6 -7,5 -7,2 -7,1 -6,6 -8,0 -7,4 -7,3 -7,1 -6,4 -7,2 -6,9 -6,9 -6,5 -5,9 -6,7 -6,4 -6,5 -7,2 -6,7 -6,5 -6,0 -6,9 -7,1 -7,0 -6,7 -6,8 ΔA 0,0 -0,2 -0,8 0,4 0,2 -0,8 -0,7 -0,4 -0,3 0,2 -1,2 -0,6 -0,5 -0,3 0,4 -0,4 -0,1 -0,1 0,3 0,9 0,1 0,4 0,3 -0,4 0,1 0,3 0,8 -0,1 -0,3 -0,2 0,1 0,0 PDB Code 6M17 Affinity (kcal/mol -6.8 -7 -7.4 -6.9 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7.2 -7 -6.9 -7.3 -7.3 -7.4 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 ΔA -0.2 -0.6 -0.1 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.4 -0.2 -0.1 -0.5 -0.5 -0.6 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 -0.2 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) 2-OMe 1-Phenyl 2-Phenyl 1-Vinyl 2-Vinyl -6,8 -7,9 -7,6 -6,1 -7.6 0,0 -1,1 -0,8 0,7 -0,8 -7 -7 -7.1 -7 -7.2 -0.2 -0.2 -0.3 -0.2 -0.4 Bảng 3.2 Kết docking 3.2.3 Giới thiệu phương pháp docking: Docking cung cấp công cụ cho nghiên cứu tương tác protein cung cấp sở cấu trúc cho việc thiết kế thuốc. Kết nối protein-protein dự đoán cấu trúc phức hợp, dựa cấu trúc protein riêng lẻ. Trung tâm phương pháp kết nối khái niệm tính bổ sung steric hóa lý bề mặt phân cách protein-protein. Ban đầu, hầu hết cấu trúc protein có độ phân giải cao, xác định thực nghiệm (chủ yếu phương pháp tinh thể học tia X) xem xét để gắn vào. Tuy nhiên, gần đây, trọng tâm chuyển sang cấu trúc mơ hình hóa có độ phân giải thấp hơn. Các phương pháp tiếp cận gắn đế phải đối phó với thay đổi quy cách cấu trúc không liên kết cấu trúc liên kết, tính khơng xác cấu trúc mơ hình hóa tương tác, thường chế độ thông lượng cao cần thiết để mơ hình hóa mạng lưới tương tác protein lớn. Ngày có nhiều nhà phát triển docking tham gia vào đánh giá toàn cộng đồng phương pháp dự đoán. Việc phát triển phương pháp tiếp cận gắn liền đầy đủ mạnh mẽ tạo điều kiện thuận lợi cách mở rộng nhanh chóng nguồn thơng tin liệu, tăng khả tính tốn Các protein nhận nhau, thường môi trường đông đúc liên kết theo kiểu cụ thể. Quá trình bao gồm khuếch tán thông qua lượng dân cư đông đúc protein khác cấu trúc phân tử sinh học khác, liên kết (gắn kết) với đối tác protein định chúng theo cách xác độc đáo cấu trúc. Với kích thước lớn đại phân tử này, đa dạng cấu trúc mật độ cao môi trường phân tử sinh học, trình lặp lại liên tục thực đáng ý Kết hợp protein — dự đoán cấu trúc phức hợp protein-protein từ cấu trúc protein riêng lẻ — phát triển đáng kể kể từ ngày nó, cách kết hợp chức năng lượng đầy đủ kỹ thuật mạnh mẽ để SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) lấy mẫu cảnh quan lượng cách tận dụng lượng kiến ​thức cấu trúc tương tác protein phát triển nhanh chóng. Kiến thức chúng tơi ngun tắc tương tác với protein lớn nhiều so với trước đây, giúp thiết kế cách tiếp cận gắn kết tốt hơn. Sự tiến ngoạn mục phần cứng máy tính rõ ràng đóng vai trị quan trọng, mở cách suy nghĩ mô hình hóa tương tác protein thường cho phép thực ý tưởng cũ không khả thi vào thời điểm đó. Tuy nhiên, số nguyên tắc lắp ghép không thay đổi cách đáng ngạc nhiên, chất thực chúng So sánh chất chuẩn: Chất chuẩn Mol protein 6VW1 có Affinity -6,8 Chất chuẩn Mol protein 6M17 có Affinity -6,8 Một số liên kết có protein ligand thấp Protein 6VW1 là: Br-2, Cl-1, Cl-2, CN-2, COOH-2, COOMe-1, NHMe-2, Phenyl-1, Vinyl-2 Một số liên kết có protein ligand thấp Protein 6M17 là: Br-1, Br-2, COOMe-1, Etinyl-1, Etinyl-2, Phenyl-1, Phenyl-2, Vinyl-2 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) Biểu đồ so sánh lượng affinity hợp chất họ molnupiravir với hợp chất molnupiravir ban đầu ứng với protein: Bảng 3.2 Bảng lượng affinity prorein 6VW1 Bảng 3.3 Bảng lượng affinity prorein 6M17 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) 3.3 Nghiên cứu tính chất dược lý qua ADMET 3.3.1 Giới thiệu cách nghiên cứu 3.3.2 Khả sử dụng làm dược liệu a PEO M Solubilit   Druglikeness Drug-score W TPSA y Br-2 -3.8 0.26 407 140.9 -2.67 Cl-1 -0.44 0.22 363 140.9 -2.46 Cl-2 -0.31 0.38 363 140.9 -2.53 CN-1 -4.92 0.27 354 164.7 -2.04 CN-2 -4.57 0.27 354 164.7 -2.17 COOMe-1 -1.64 0.18 389 159.3 -1.72 NHMe-2 0.09 0.4 358 152.9 -2.75 Phenyl-1 -0.21 0.36 405 140.9 -2.73 Bảng 3.4 Bảng số liệu PEO protein 6VW1 Bảng 3.5 Biểu đồ PEO protein 6VW1 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) M Solubilit   Druglikeness Drug-score W TPSA y Br-1 -6.02 0.25 407 140.9 -2.6 Br-2 -3.8 0.26 407 140.9 -2.87 COOMe-1 -1.67 0.18 375 159.3 -2.03 Etinyl-1 -0.34 0.38 357 140.9 -2.16 Etinyl-2 0.23 0.42 357 140.9 -2.3 Phenyl-1 -0.21 0.36 405 140.9 -2.73 Phenyl-2 0.13 0.38 405 140.9 -2.86 Vinyl-2 -2.9 0.28 355 140.9 -2.24 Bảng 3.6 Bảng số liệu PEO protein 6M17 Bảng 3.7 Biểu đồ PEO protein 6M17 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) b ADMET   Br-2 Cl-1 Cl-2 CN-1 CN-2 COOMe-1 NHMe-2 Phenyl-1 nHA TPSA nHD logP Molecular Weight Lipinsk i Rule H-HT AMES Toxicity 144.75 1.371 406.04 0.584 0.519 10 146.37 0.593 363.08 0.739 0.065 120.36 0.063 365.14 0.557 0.912 10 146.37 -0.021 613.29 0.652 0.105 10 146.37 -0.008 613.29 0.207 0.068 10 146.37 -0.021 328.11 0.652 0.105 10 147.7 -0.7122 330.15 0.21 0.83 10 146.37 1.537 405.15 0.732 0.128 Bảng 3.8 Bảng admet protein 6VW1 Bảng 3.9 Biểu đồ Admet protein 6VW1 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net)   Br-1 Br-2 COOMe-1 Etinyl-1 Etinyl-2 Phenyl-1 Phenyl-2 Vinyl-2 nHA TPSA nHD logP Molecular Weight Lipinski Rule H-HT AMES Toxicity 10 146.37 0.594 407.03   0.391 0.2 10 146.37 0.599 407.03   0.19 0.148 10 146.37 -0.02 328.11   0.652 0.105 10 146.37 0.604 353.12   0.731 0.491 10 146.37 0.488 353.12   0.147 0.283 10 146.37 1.537 405.15   0.732 0.128 144.75 2.327 404.16   0.754 0.22 10 146.37 0.486 355.14   0.175 0.063 Bảng 3.10 Bảng admet protein 6M17 Bảng 3.11 Biểu đồ Admet protein 6M17 SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) Biện luận: Hình 3.1 Cấu trúc protein molnuparavir - Chất có khả tương tác tốt protein 6VW1: COOH-2 chất có affinity thấp -8,0 - Chất có khả tương tác tốt protein 6M17: Etinyl-2 chất có affinity thấp -7,4 - Những nhóm làm tăng khả tương tác protein: Br, Cl, Etinyl, Phenyl, COOH Kết luận: Chất tốt nhất: COOH-2 Nhóm thể ảnh hưởng nhất: COOH Etinyl.1 23 - SKKN Tiểu Luận PRO(123docz.net) [1] T.t.y.t.h.T Yên Bộ Y tế vừa banh hành định bổ sung hướng dẫn sử dụng thuốc Molnupiravir Remdesivir điều trị COVID-19 https://trungtamytetienyen.vn/moi-bo-y-te-bo-sung-huong-dan-su-dung-thuocmolnupiravir-va-remdesivir-trong-dieu-tri-covid-19/ [2] R Wongtanawijit and T Kaorapapong, Natural Rubber Tree Tapping Line Annotation on Near-Range RGB-D Images [3] T.T Le, Z Andreadakis, A Kumar, R.G Román, S Tollefsen, M Saville, and S Mayhew, (2020) The COVID-19 vaccine development landscape, Nat Rev Drug Discov, 19, 305-306  ... PRO(123docz.net) 3.2 Nghiên cứu docking với protein SAR- COVID 19 3.2.1 Các protein chọn Gồm protein 6VW1 protein 6M17 - Lý protein 6VW1 chọn: COVID- 19, bệnh đại dịch tồn cầu SARS-CoV-2 gây Do tình trạng... Bảng 3.2 Kết docking 3.2.3 Giới thiệu phương pháp docking: Docking cung cấp công cụ cho nghiên cứu tương tác protein cung cấp sở cấu trúc cho việc thiết kế thuốc. Kết nối protein- protein dự đoán... để ứng dụng nhanh chóng điều trị COVID- 19 người bệnh - Lý protein 6M17 chọn: Để sàng lọc, sử dụng cấu trúc SARS-CoV bị ràng buộc mức thấp độ phân giải có sẵn protein 6M17 mơ hình sử dụng mẫu