Nghiên cứu định danh và đánh giá đa dạng di truyền của loài tế tân thanh thành (asarum splenders) thu thập tại việt nam

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM VÀ ĐÀO TẠO KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Lê Đình Kỳ NGHIÊN CỨU ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA LOÀI TẾ TÂN THANH THÀNH (ASARUM SPLENDERS) THU THẬP TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC THỰC NGHIỆM Hà Nội - 2022 BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM VÀ ĐÀO TẠO KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Lê Đình Kỳ NGHIÊN CỨU ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA LOÀI TẾ TÂN THANH THÀNH (ASARUM SPLENDERS) THU THẬP TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : Hướng dẫn 1: TS HUỲNH THỊ THU HUỆ Hướng dẫn 2: PGS.TS NGUYỄN HUY HOÀNG Hà Nội - Năm 2022 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu luận văn cơng trình nghiên cứu tơi dựa tài liệu, số liệu tơi tự tìm hiểu nghiên cứu Chính vậy, kết nghiên cứu đảm bảo trung thực khách quan Đồng thời, kết chưa xuất nghiên cứu Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực sai tơi hồn tồn chịu trách nhiệm Tác giả luận văn Lê Đình Kỳ ii LỜI CẢM ƠN Với tất trân trọng quý mến, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến toàn quý Thầy Cô Học viện Khoa học Công nghệ, quý Thầy Cô bạn Viện Nghiên cứu Hệ gen truyền đạt kiến thức quý báu, kinh nghiệm nghiên cứu cho em suốt thời gian học tập thực hành nghiên cứu Em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Cô TS Huỳnh Thị Thu Huệ, ngƣời tận tâm giúp cho em việc làm, dạy từ cách thu thập mẫu, bảo quản thực hành nghiên cứu đến chỉnh sửa sai sót hồn thành luận văn Em biết ơn định hƣớng Thầy PGS TS Nguyễn Huy Hồng cho em có hội tiếp xúc với nghiên cứu khoa học, cách làm khoa học nhƣ cách thức để vận dụng nghiên cứu khoa học vào thực tiển Mặc dù thời gian thực tế thu thập mẫu nghiên cứu bị tác động dịch bệnh Covid-19, địa phƣơng cố gắng chống dịch triệt để nên có nhiều tác động đến việc lại thu thập mẫu Trên tinh thần tâm vƣợt qua trở ngại đƣợc giúp đỡ hết lòng đơn vị để có đƣợc mẫu, em thấy thật may mắn biết ơn nhiều đến Đại tá Nguyễn Xuân Thủy - Phó huy trƣởng Bộ huy đội Biên Phòng tỉnh Lai Châu; Thiếu tá Vũ Văn Dũng đồn kinh tế Quốc phịng 327, qn khu 3, Bắc Phong Sinh, tỉnh Quảng Ninh; anh chị, đồng bào khu Bảo tồn thiên nhiên Yên Tử, Quảng Ninh, khu Bảo tồn thiên nhiên Tam Đảo, tỉnh Vĩnh Phúc Nghiên cứu đƣợc hỗ trợ nghiên cứu phân loại từ đề tài: "Nghiên cứu sở khoa học cho việc sử dụng bảo tồn số loài mộc hƣơng (Aristolochia L.) Việt Nam", mã số: ĐLTE 00.09/21-22 Bƣớc đầu tiếp xúc nghiên cứu khoa học, kiến thức khả lý luận thân hạn chế dù cố gắng hết khả nhƣng luận văn khơng tránh khỏi sai sót, em mong cảm thông dạy Thầy Cơ để em có hội đƣợc tiếp thu học tập nhiều Sự quan tâm, động viên chia sẻ gia đình bạn bè tạo thuận lợi lớn cho em hoàn thành luận văn Em trân trọng biết ơn tất cả! Hà Nội, ngày 20 tháng năm 2022 Tác giả luận văn Lê Đình Kỳ iii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT bp BPS CBOL CR CTAB DD DNA EDTA EN EW EX GenBank HK-2 HPLC ITS IUCN LC Locus LR matK NE OD PCR PVP RNA rpoC TD VU YT Cặp bazơ nitơ (base pair) Bắc Phong Sinh Hiệp hội mã vạch sống (Consortium for the Barcode of Life) Rất nguy cấp (Critically Endangered) Cetyl trimethylammonium bromide Thiếu dẫn liệu (Data Deficient) Axit deoxyribonucleic (Deoxyribonucleic acid) Ethylenediaminetetraacetic acid Nguy cấp (Endangered) Tuyệt chủng tự nhiên (Extinct in the wild) Tuyệt chủng (Extinct) Ngân hàng liệu gen quốc tế Enzyme quan trọng q trình chuyển hóa glucose (Hexokinase-2) Phƣơng pháp cắc ký lỏng (High Performance Liquid Chromatography) Vùng đệm đƣợc mã (Internal transcribed spacer) Liên minh Quốc tế bảo tồn thiên nhiên tài nguyên thiên nhiên (International Union for Conservation of Nature and Natural Resource) Lai Châu Vị trí mang gen NST Ít nguy cấp (Lower risk) Enzyme maturase K Không đánh giá (Not Evaluated) Phép đo mật độ quang (Optical Density) Phản ứng chuỗi trùng hợp (Polymerase Chain Reaction) Polyvinylpyrrolidone Axit ribonucleic (Ribonucleic acid) RNA polymerase C Tam Đảo Sẽ nguy cấp (Vulnerable) Yên Tử iv DANH MỤC CÁC BẢNG Tên bảng Trang Bảng Danh mục xếp hạng loài Tế tân (Asarum L.) Việt Nam Bảng 2.1 Đối tƣợng, địa điểm thời gian nghiên cứu loài Tế tân Việt Nam 19 Bảng 2.2 Danh sách trình tự tên đoạn mồi 20 Bảng v DANH MỤC CÁC HÌNH Tên hình Trang Hình 1.1 Thứ hạng loài Asarum L theo tiêu chuẩn IUCN “Sách đỏ Việt Nam” Hình 1.2 Tế tân Thanh Thành (A splendens F Maekawa) Hình 1.3 Tế tân Thanh Thành (A splendens F Maekawa) Hình 3.1 Vị trí hình dạng lá, thân, rễ Tế tân n Tử (A yentuense) núi Yên Tử 26 Hình Hình 3.2 Hình 3.3 Vị trí hình dạng lá, thân, rễ Tế tân Yên Tử (A yentuense) Bắc Phong Sinh Vị trí hình dạng lá, thân, rễ Tế tân pételot (A petelotii) Tam Đảo 27 28 Hình 3.4 Vị trí hình dạng lá, thân, rễ Tế tân Thanh Thành (A splendens) Lai Châu 29 Hình 3.5 Kết điện di DNA tổng số bốn mẫu Tế tân 31 Hình 3.6 Kết điện di sản phẩm PCR 32 Hình 3.7 Kết điện di sản phẩm tinh mẫu Tế tân 33 Hình 3.8 Kết giải trình tự số vị trí đa hình mẫu Tế tân 35 Hình 3.9 So sánh số trình tự thị ITS1 chi Asarum L 39 Hình 3.10 So sánh số trình tự thị ITS2 chi Asarum L Hình 3.11 So sánh số trình tự thị matK chi Asarum L 42 50 Hình 3.12 So sánh số trình tự thị rpoC chi Asarum L 55 Hình 3.13 Hình 3.14 Hình 3.15 Cây phân loại dựa thị ITS1 Cây phân loại dựa thị ITS2 56 56 Cây phân loại dựa thị matK 57 Hình 3.16 Cây phân loại dựa thị rpoC 58 vi Contents LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iii DANH MỤC CÁC BẢNG iv DANH MỤC CÁC HÌNH v MỞ ĐẦU CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đ C ĐIỂM CHUNG VỀ CHI TẾ TÂN (ASARUM L.) 1.1.1 Đặc điểm phân bố, sinh thái hình thái chung chi Tế tân 1.1.2 Những nghiên cứu hoạt chất sinh học chi Tế tân 1.1.3 Công dụng theo y học cổ truyền loài Tế tân 10 1.1.4 Những nghiên cứu loài Tế tân Việt Nam 13 1.2 CHỈ THỊ PHÂN TỬ DN B RCODING TR N THỰC VẬT 14 1.2.1 Khái niệm DN barcoding 155 1.2.2 Một số thị DN barcoding thƣờng sử dụng phân loại 16 1.2.3 Những nghiên cứu DN barcoding chi Tế tân nói chung 17 CHƢƠNG NGUY N VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHI N CỨU 19 2.1 NGUY N VẬT LIỆU, Đ I TƢ NG NGHI N CỨU 19 2.1.1 Đối tƣợng, địa điểm thời gian nghiên cứu 19 2.1.2 Hóa chất, thiết bị nghiên cứu 20 2.2 PHƢƠNG PHÁP NGHI N CỨU 21 2.2.1 Mơ tả đặc điểm hình thái 21 2.2.2 Tách chiết DN tổng số từ 21 2.2.3 PCR khuếch đại thị DN barcoding 22 2.2.4 Tinh đoạn DN 22 2.2.5 Xác định trình tự nucleotide thị DN 23 vii 2.2.6 Phân tích đánh giá đa dạng mẫu nghiên cứu dựa thị DN b ng công cụ tin sinh 24 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 25 3.1 Đ C ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ GIÁM ĐỊNH TÊN KHOA HỌC CÁC MẪU NGHIÊN CỨU 25 3.2 NGHIÊN CỨU CHỈ THỊ DN B RCODING CỦ CÁC MẪU NGHI N CỨU 30 3.2.1 Kết tách chiết DNA tổng số từ mẫu Tế tân 30 3.2.2 Kết khuếch đại đoạn thị DN b ng PCR 31 3.2.3 Kết tinh sản phẩm PCR khuếch đại đoạn thị DNA 32 3.2.4 Kết xác định trình tự đoạn DN barcoding 34 3.2.5 Kết phân tích đánh giá đa dạng di truyền mẫu nghiên cứu dựa DNA barcoding 36 3.2.5.1 So sánh phân tích trình tự thị DNA 36 3.2.5.2 Xây dựng phân loại dựa thị DNA 55 TÀI LIỆU TH M KHẢO 62 PHỤ LỤC .i DANH SÁCH TRÌNH TỰ THAM CHIẾU TỪ CƠ SỞ DỮ LIỆU GENBANK i TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE CỦ CÁC ĐOẠN CHỈ THỊ ĐÃ GIẢI MÃ ii HÌNH ẢNH KHẢO SÁT TẾ TÂN TẠI CÁC ĐỊ PHƢƠNG vii MỞ ĐẦU Chi Tế tân (hay Hoa tiên, gừng dại – Asarum L.) thuộc họ Nam mộc hƣơng ( ristolochiaceae), bao gồm khoảng 128 lồi, phát triển đa dạng vùng ơn đới Bắc bán cầu Chi có nhiều lồi địa khu vực Đông Nam Á, Trung Quốc, Đài Loan loài châu Âu Theo nghiên cứu nƣớc, Việt Nam ghi nhận 10 loài theo tài liệu phân loại thực vật lồi A balansae Franch: Biến hóa núi cao; A blumei Duch Tế hoa blume; A caudigerum Hance Thổ Tế tân; A glabrum Merr Hoa tiên; A petelotii O C Schmidt Tế hoa pételot A reticulatum Merr Tế hoa mạng phân bố chủ yếu khu vực phía Bắc nƣớc ta; riêng A wulingense Liang (Tế tân Vũ Linh) đƣợc phát Hƣơng Sơn, Hà Tĩnh; lồi n m sách đỏ nƣớc ta Ở số khu vực vùng cao, phận nhƣ rễ, thân loài chi Tế tân đƣợc đồng bào dân tộc sử dụng làm thuốc chữa bệnh nhƣ viêm phế quản, hen suyễn hay phong hàn, tê thấp hay dùng thay mật gấu chữa bệnh Trong thuốc dân gian, sản phẩm từ chi đƣợc sử dụng kết hợp với dƣợc liệu khác ngâm làm rƣợu thuốc, thuốc bổ Các nghiên cứu nƣớc cho thấy, lồi Tế tân hầu hết có tinh dầu với số thành phần nhƣ myristicin, metyl eugenol, myrcen, asafrol, borneol, safrol hay α-pinen bên cạnh cịn có chất khác secquiterpen, sterol, naringenin hay glycosyl flavonoid Ở Việt Nam, có số nhóm nghiên cứu khoa học thành phần hóa học số lồi chi này, nhiên cịn hạn chế phƣơng pháp nhƣ quy mô nghiên cứu Bên cạnh đó, chƣa có nghiên cứu đƣợc ghi nhận việc phân loại lồi thơng qua thị phân tử nƣớc ta Trong đó, nghiên cứu ứng dụng nguồn tài nguyên cỏ vào y học cổ truyền có giá trị cho đời sống y học Việc có thêm thông tin quan tâm vào hệ thống liệu phát sinh gen giúp khắc phục khó khăn việc nhận diện mẫu, điều gây trở ngại cho nhà nghiên cứu phân loại, tiến hóa, đặc biệt nghiên cứu nhóm phân bố rộng lồi có nguy tuyệt chủng với ngun liệu q hiếm, lồi thuốc có giá trị cao Với phát triển mạnh mẽ sinh học phân tử nay, việc khai thác thơng tin lồi thơng qua thị phân tử 62 TÀI LIỆU THAM KHẢO Asarum L, this genus is accepted, and its native range is Temp, Northern Hemisphere Plants of the World Online, https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:3127-1 Phạm Hoàng Hộ, 1999, tập 1, Nxb Trẻ, TP Hồ Chí Minh Đỗ Tất Lợi, 2004, Những thuốc vị thuốc Việt Nam, Nxb Y học, tr 566 Sách Đỏ Việt Nam, 2007, Phần II - Thực vật, Nxb Khoa học tự nhiên Công nghệ, tr 94 - 98 Võ Văn Chi, 2012, Từ điển Cây thuốc Việt Nam, Tập Tập 2, Nxb Y học Hà Nội Nguyen Anh Tuan, Tran Huy Thai, Jenn-Che Wang, Chang-Tse Lu, 2012, Bổ sung loài A cordifolium C E C Fischer (họ Mộc hƣơng Aristolochiaceae) cho hệ thực vật Việt Nam, Tạp chí Sinh học, 34(2) tr 197-200 Nguyễn Anh Tuấn, Trần Huy Thái, Jenn-Che Wang, Chang-Tse Lu, 2012, Bổ sung loài A yunnanense T Sugaw., Ogisu & C.Y Cheng (họ Mộc hƣơng - Aristolochiaceae) cho hệ thực vật Việt Nam, Tạp chí Sinh học, 34(4) tr 441-445 Nguyen Anh Tuan, Bui Hong Quang, Nguyen Quang Hung and Akihiko Sasamoto, 2018, A yentuense sp nov (Aristolochiaceae) from Vietnam, Nordic jounal of Botany, e01586 Tổng cục Lâm nghiệp, 2010, “Điều tra đánh giá tình trạng bảo tồn lồi thực vật rừng nguy cấp, quý thuộc danh mục nghị định 32/2006/NĐ-CP theo vùng sinh thái”, Trung tâm Tài nguyên Môi trƣờng Lâm nghiệp Viện Điều tra Quy hoạch Rừng 10 Acta Phytotax Sin 13(2), 22, http://www.theplantlist.org/tpl1.1/record/kew-2654461 11 Asarum splendens (chinese wild ginger) https://longfellowsgarden.com Cây cỏ Việt Nam, 1975, 63 12 Đỗ Văn Tuân, Đặng Văn Thạch, Lê Đình Trƣờng, 2011, Nghiên cứu nguồn tài nguyên thuốc có chứa tinh dầu vƣờn quốc gia Tam Đảo vùng đệm, Hội nghị khoa học toàn quốc sinh thái tài nguyên sinh vật lần thứ 4, tr 1344 13 Jing Y., Y.-F Zhang, M-Y Shang, G.-X Liu, Y-L Li, X Wang, S.-Q Cai, 2017, Chemical Constituents from the Roots and Rhizomes of Asarum heterotropoides var mandshuricum and the In Vitro AntiInflammatory Activity, Molecules, 22(1), pp.125 14 Zhang, S., S Cai, and Y Zhao, 2001, Studies on the chemical constituents of Asarum longerhizomatosum CF Liang et CS Yang, China journal of Chinese materia medica, 26(11), pp 762-763 15 Zhang, F., Q Xu, S Fu, X Ma, H Xiao, and X Liang, 2005, Chemical constituents of the essential oil of Asarum forbesii Maxim (Aristolochiaceae), Flavour fragrance journal, 20(3), pp 318-320 16 Cai, S.-Q., J Yu, X Wang, R.-Q Wang, F.-X Ran, M.-Y Shang, J.-R Cui, K Komatsu, and T Namba, 2008, Cytotoxic activity of some Asarum plants, Fitoterapia, 79(4), pp 293-297 17 Ji, W., J Hu, X Yu, L Zhang, M Liu, and Q Wang, 2017, Study on the inhibitory effects of ephedra aconite asarum decoction on LPSinduced dendritic cells, Evidence-Based Complementary Alternative Medicine, 2017, pp 1-12 doi: 10.1155/2017/3272649, Epub 2017 Nov 26, PMID: 29333181; PMCID: PMC5733235 18 Michl, J., O Bello, G.C Kite, M.S Simmonds, and M Heinrich, 2017, Medicinally used Asarum species: high-resolution LC-MS analysis of aristolochic acid analogs and in vitro toxicity screening in HK-2 cells, Frontiers in pharmacology, 8, pp 215 doi:10.3389/fphar 2017.00215 19 Li, Y., L Han, C Huang, W Dai, G Tian, F Huang, J Li, J Liu, Q Wang, and Z Zhou, 2018, New contributions to Asarum powder on 64 immunology related toxicity effects in lung, Evidence-Based Complementary Alternative Medicine, 2018, pp 17-25 https://doi.org/10.1155/2018/1054032 20 Chen, C., X Shi, T Zhou, W Li, S Li, and G Bai, 2021, Full-length transcriptome analysis and identification of genes involved in asarinin and aristolochic acid biosynthesis in medicinal plant Asarum sieboldii, Genome, 64(6), pp 639-653 doi: 10.1139/gen-2020-0095 Epub ahead of print PMID: 33320770 21 Antsyshkina, A., D Bokov, N Pozdnyakova, T Prostodusheva, and S Zaichikova, 2020, The Genus Asarum L.: A Phytochemical and Ethnopharmacological Review, Systematic Reviews in Pharmacy, 11(5), pp 472-502 22 Jang, S., S.H Park, and H.K Kim, 2020, Simultaneous Determination of Antiallergic Components in Asarum sieboldii Using HighPerformance Liquid Chromatography, Natural Product Communications, 15(10), pp 1934578-20966191 doi:10.1177/1934578X20966191 23 Trần Văn Kỳ, 2016, 250 Bài Thuốc Đông Y Cổ Truyền Chọn Lọc, Nxb Đà Nẵng 24 Lê Thị Thanh Hƣơng, Nguyễn Thị Thuận, Nguyễn Nghĩa Thìn, 2011, Những thuốc đƣợc sử dụng thay mật gấu theo kinh nghiệm dân gian đông y số địa bàn tỉnh Thái Nguyên, Hội nghị khoa học toàn quốc sinh thái tài nguyên sinh vật lần thứ 4, tr.1172 25 Hanze Liu, Changhong Wang, 2022, The genus Asarum: A review on phytochemistry, ethnopharmacology, toxicology and pharmacokinetics Journal of Ethnopharmacology, 2022, 282, 114642 doi: 10.1016/j.jep.2021.114642 26 Han, Y., Kim, S.-J., 2003, Memory enhancing actions of Asiasari radix extracts via activation of insulin receptor and extracellular ignal regulated kinase (ERK) I/II in rat hippocampus Brain Res 974 (1–2), pp 193–201 doi.org/10.1016/s0006-8993(03)02580-0 65 27 Park, H.J., Lee, K.S., Zhao, T.T., Lee, K.E., Lee, M.K., 2017, Effects of asarinin on dopamine biosynthesis and 6-hydroxydopamineinduced cytotoxicity in PC12 cells Arch Pharm Res (Seoul) 40 (5), pp 631–639 doi.org/10.1007/s12272-017- 0908-z 28 Nguyễn Chiến Binh, 2017, Nghiên cứu đặc điểm thực vật thành phần hoá học sơ lồi Asarum L dùng làm thuốc Việt Nam, Luận văn Thạc sĩ Dƣợc học, Đại học Dƣợc Hà Nội 29 Trần Minh Hợi, 2004, Thành phần hoá học tinh dầu Thổ tế tân (Asarum caudigerum Hance) Hƣơng Sơn (Hà Tĩnh), Tạp chí Sinh học, 26(4) tr 59-60 30 Trần Huy Thái, Nguyễn Thị Hiền, Đỗ Thị Minh, Nguyễn Anh Tuấn, 2010, Thành phần hóa học tinh dầu hoa tiên (Asarum glabrum Merr.) Hà Giang, Việt Nam, Tạp chí Sinh học, 32(1) tr 94-96 31 Group, C.P.W., P.M Hollingsworth, L.L Forrest, J.L Spouge, M Hajibabaei, S Ratnasingham, M van der Bank, M.W Chase, R.S Cowan, and D.L Erickson, 2009, A DNA barcode for land plants, Proceedings of the National Academy of Sciences, 106(31), pp 12794-12797 32 Kress, W.J., K.J Wurdack, E.A Zimmer, L.A Weigt, and D.H Janzen, 2005, Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(23), pp 8369-8374 33 Chase, M.W., R.S Cowan, P.M Hollingsworth, C Van Den Berg, S Madriñán, G Petersen, O Seberg, T Jørgsensen, K.M Cameron, and M Carine, 2007, A proposal for a standardised protocol to barcode all land plants, Taxon, 56(2), pp 295-299 34 Dong, W., J Liu, J Yu, L Wang, and S Zhou, 2012, Highly variable chloroplast markers for evaluating plant phylogeny at low taxonomic levels and for DNA barcoding, PloS one, 7(4), pp e35071 35 Serino, G and P Maliga, 1998, RNA polymerase subunits encoded by the plastid rpo genes are not shared with the nucleus-encoded plastid enzyme, Plant Physiology, 117(4), pp 1165-1170 66 36 Bellarosa, R., M.C Simeone, A Papini, and B Schirone, 2005, Utility of ITS sequence data for phylogenetic reconstruction of Italian Quercus spp, Molecular phylogenetics evolution, 34(2), pp 355-370 37 Wu, L., W Sun, B Wang, H Zhao, Y Li, S Cai, L Xiang, Y Zhu, H Yao, and J Song, 2015, An integrated system for identifying the hidden assassins in traditional medicines containing aristolochic acids, Scientific reports, 5(1), pp 1-10 doi:10.1038/srep11318 38 Sinn, B.T., L.M Kelly, and J.V Freudenstein, 2015, Phylogenetic relationships in Asarum: effect of data partitioning and a revised classification, American Journal of Botany, 102(5), pp 765-779 39 Sinn, B.T., D.D Sedmak, L.M Kelly, and J.V Freudenstein, 2018, Total duplication of the small single copy region in the angiosperm plastome: rearrangement and inverted repeat instability in Asarum, American Journal of Botany, 105(1), pp 71-84 40 Takahashi, D and H Setoguchi, 2018, Molecular phylogeny and taxonomic implications of Asarum (Aristolochiaceae) based on ITS and matK sequences, Plant Species Biology, 33(1), pp 28-41 41 Yao, G., W Ma, X Huang, Q Jia, J Shen, Y Chang, H Ouyang, and J He, 2020, Identification and quality evaluation of raw and processed Asarum species using microscopy, DNA barcoding, and gas chromatography-mass spectrometry, Journal of analytical methods in chemistry, 2020, pp 17-25 doi: 10.1155/2020/2690238 PMID: 32351753; PMCID: PMC7174948 42 O Seberg, G Petersen, 2009, “How many loci does it take to DN barcode a crocus?”, PloS one, 4(2), pp e4598 doi: 10.1371/journal.pone.0004598 43 M.W Chase, et al, 2005, “Land plants and DN barcodes: short-term and long-term goals”, Philosophical Transactions of the Royal Society, Biological Sciences, 360(1462), pp 1889-1895 44 W.J Kress, et al, 2005, “Use of DN barcodes to identify flowering plants”, in Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, pp 8369-8374 67 45 Feng S., Jiang M., Shi Y., Jiao K., Shen C., Lu J., Ying Q., Wang H.,, 2016, Application of the Ribosomal DNA ITS2 Region of Physalis (Solanaceae): DNA Barcoding and Phylogenetic Study Front Plant Sci 7:1047 doi: 10.3389/fpls.2016.0104 46 Nguyen Thuy Linh, Pham Thi Hang, Do Van Truong, Huynh Thi Thu Hue, 2017, Evaluating the systematic position of Ehretia asperula Zoll & Moritzi based on ITS1, matK and trnL-trnF DNA sequences Vietnam Jounal of Science, Technology and Engineering 59(4), tr 61-65 47 Le Thanh Huong, Nguyen Nhat Linh, Bui Manh Minh, Ha Hong Hanh, Huynh Thi Thu Hue, Nong Van Hai, Ha Van Huan, Le Thi Thu Hien, 2017, Application of DNA barcodes in identification of ginseng samples in the genus Panax L Viet Nam Journal of Biotechnology 15(1), tr 63-72 48 Chen S., Yao H., Han J., Liu C., Song J., Shi L., 2010, Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species Plos one 5(1), pp e8613 49 Yao H., Song J., Liu C., Luo K., Han J., Li Y., 2010, Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals Plos one 5(10), pp e13102 50 Raskoti B.B., Ale R., 2021, DNA barcoding of medicinal orchids in Asia Scientific Reports 11, pp 23651 51 Al-Dakhil M., Alghamdi S., Migdadi H., Afzal M., A.A (2021) Morphological characterization and DNA barcoding of Duckweed species in Saudi Arabia Plants (Basel), 2021 Nov; 10(11), pp 2438 i PHỤ LỤC DANH SÁCH TRÌNH TỰ THAM CHIẾU TỪ CƠ SỞ DỮ LIỆU GENBANK Loài/Chỉ thị ITS1 ITS2 matK rpoC A hongkongense FJ428635.1 FJ428635.1 FJ428687.1 A longerhizomatosum FJ428634.1 FJ428634.1 FJ428693.1 A petelotii LC530386.1 LC530386.1 LC530482.1 A sagittarioides FJ428633.1 FJ428633.1 FJ428690.1 A maximum JF980374.1 JF980374.1 LC530438.1 GQ436064.1 A delavayi JF975922.1 JF975922.1 MG554427.1 MG554429.1 A splendens JF975949.1 JF975949.1 LC530481.1 A heterotropoides MK577409.1 A megacalyx MG554458.1 A sieboldii MG554436.1 A minus MG554425.1 A forbesii LC529900.1 Saruma_henryi (out group) MH711018.1 MH711018.1 LC068520.1 NC_039933.1 ii PHỤ LỤC TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE CỦA CÁC ĐOẠN CHỈ THỊ ĐÃ GIẢI MÃ A.splendens ITS1 (LC) TCGATACCTATCAATCAGATTGACCATGCGAACTTGTGATGCCCAACTATCGG GGGCGGCGTTCAACCAACCCCGTCCCTTTGCGCTGCGGGATGCTCTTGTCTCAA GCCTTGAGCAATCAGGTTTGTTGACGGTGCATTCGGCGGCTGACTTAGGGAGG CCGAACAACAACTCGGCGCGGTTAGCGCCAAGGATTTGGAATTTACATGTGTG CCATTCTCATTCGTGGGTTTGTCG A.yentuense ITS1 (BPS) TCGATACCTATCAATCAGATTGACCATGCGAACTTGTGATGCCCAACTATCGG GGGCGGCGTTCAACCAACCCCGTCCCTTTGCGCTGCGGGATGTTCTCGTCTCAA GCCTTTGAGCAATCAGGTTTGTTGACGGTACATTCAGCGGCTGACTTAGGGAG GCCGAACAACAACTCGGCGCGGTCAGCGCCAAGGATTTGGAATTACATGTGCG CCATTCTCATTCGTGGGTTTGTCG A.petelotii ITS1 (TD) TCGATACCTATCAATCAGATTGACCATGCGAACTTGTGATGCCCAATTATCGGG GGCGGCGTTCAACCAACCCCGTCCCTTTGCGCTGCGGGATGTTCTTGTCTCAAG CCTTGAGCAATCAGGTTTGTTGACGGTACATTCAGCGGCTGACTTAGGGAGGC CGAACAACAACTCGGCGCGGTCAGCGCCAAGGATTTGGAATTACGTGTGATGT CATTCTCATTCGTGGGTTTGTCA A.yentuense ITS1 (YT) TCGATACCTATCAATCAGATTGACCATGCGAACTTGTGATGCCCAACTATCGG GGGCGGCGTTCAACCAACCCCGTCCCTTTGCGCTGCGGGATGTTCTCGTCTCAA GCCTTTGAGCAATCAGGTTTGTTGACGGTACATTCAGCGGCTGACTTAGGGAG GCCGAACAACAACTCGGCGCGGTCAGCGCCAAGGATTTGGAATTACATGTGCG CCATTCTCATTCGTGGGTTTGTCG A.splendens ITS2 (LC) ATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAAC GCAAGTTGCGCCCGAGACCTTTAGGTTGAGGGCACACCTGCTTGGGCGTCATG CTATGCGTCGCTCCCACATCCATCTCGGATATAGGACGCGGAGATTGGCTATCC GTTCAAATCCTTGCGCGGTTTGCCTAAAATTTGGACCTACGGTGGACTGCGACA CGTCCAGTGGTGGTTGTTGGCTTATCAAGCCGCGATTGACAGAAGGACGTGTC iii GATGCCCCGCCTCAAAGGTTTGCCTTTGGAACCCAAGTCGGGGGTCTTTTGACT TTCGAA A.yentuense ITS2 (BPS) ATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAAC GCAAGTTGCGCCCGAGACCTTTAGGTTGAGGGCACACCTGCTTGGGCGTCATG CTATGCGTCGCTCCCACATCCATCTCGGATATAGGACGCGGAGATTGGCTATCC GTTCAAATCCTTGCGCGGTTTGCCTAAAATTTGGACCTAYGGTGGACTGCAAC ACGTCCAGTGGTGGTTGTTGGCTTATCAAGCCGCGATTGACAGAAGGACGTGT CGATGCCCCGCCTCAAAGGTTTGCCTTTGGAACCCAAGTCGGGGGTCTTTGGA CTTTCGAA A.petelotii ITS2 (TD) ATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAAC GCAAGTTGCGCCCGAGACCTTTAGGTTGAGGGCACACCTGCTTGGGCGTCATG CTATGCGTCGCTCCCACATCCATCTCGGATATAGGACGCGGAGATTGGCTATCC GTTCAAATCCTTGCGCGGTTTGCCTAAAATTTGGACCTTTGGTGGACTGCGATA CGTCTAGTGGTGGTTGTTGGCTTATCAAGAGTCGCGATTGACAGAAGGACGTG TCGATGCCCCGCCTCAAAGGTTTGCCTTTGGAACCCAAGTCGGGGGTCTTTTGA CTTTCGAA A.yentuense ITS2 (YT) ATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAAC GCAAGTTGCGCCCGAGACCTTTAGGTTGAGGGCACACCTGCTTGGGCGTCATG CTATGCGTCGCTCCCACATCCATCTCGGATATAGGACGCGGAGATTGGCTATCC GTTCAAATCCTTGCGCGGTTTGCCTAAAATTTGGACCTAYGGYGGACTGCAAC ACGTCCAGTGGTGGTTGTTGGCTTATCAAGCCGCGATTGACAGAAGGACGTGT CGATGCCCCGCCTCAAAGGTTTGCCTTTGGAACCCAAGTCGGGGGTCTTTGGA CTTTCGAA A.splendens matK (LC) TGGTTCAAACCCTTCACAGCTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGC GATTATTTCTCCATGAGTATTGTAATTCGAATAGTCTCATTAGTCTAAAGAAAT CTATCTCTTTCTTTTTTTCAAAAGGGAATCAAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAA TTCTCATGTATATGAATGCGAATCCGTATTCGTTTTTCTCCGTAAACAATCCTTT CACTTACGATCAACATCCTCTGGAGCCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGG AAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTGCTTTGTAATGATTTTCAGAGGGCCTTGCGG TTGTTCAAGGATCCTTTCATGAATTATCTCAGATATCAAGGAAAATCAATTCTG GTTTCAAAAGGGACTCATCTTATGATGAAGAAATGGAAATATCACCTTGTCAA iv TTTCTGGCAATGTAATTTTTACTTGTGGTCTCAACCGGGCAGGATCCAGATAAA CCAATTCTACAGTCATTCCTTCGATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTTTACGAAA GAATCCTTTGGTGGTCAGGAGTCATATGCTAGATAATTCGTTTCTAATGGATAT TCCTATTAATAAATTCGAGACCATAGTCCCAATTATTTCTCTGATTGGCTCATT GGCAAAAGCCCATTTTTGTAACGTATCAGGGCACCCCATTAGTAAGCCGTTCC GGGCGGATTCTTCAGATTCGGATATTATTGATCGATTTGCGCGCATATGCAGAA ATATTTATCATTATTATAGTGGATCCCCTAAAAAACAGAGTTTGTATCGAATCA AGTATATACT 10 A.yentuense matK (BPS) TGGTTCAAACCCTTCACAGCTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGC GATTATTTCTCCATGAGTATTGGAATTCGAATAGTCTCATTAGTCTAAAGAAAT CGATCTCTTTCTTTTTTTCAAAAGGGAATCAAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAA TTCTCATGTATATGAATGCGAATCCGTATTCGTTTTTCTCCGTAAACAATCCTCT CACTTACGATCAACATCCTCTGGAGCCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGG AAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTGCTTCGTAATGATTTTCAGAGGGCCTTGCG GTTGTTCAAGGATCCTTTCATGAATTATCTCAGATATCAAGGAAAATCAATTCT GGTTTCAAAAGGGACTCATCTTATGATGAAGAAATGGAAATATCACCTTGTCA ATTTCTGGCAATGTAATTTTGACTTGTGGTCTCAACCGGGCAGGATCCAGATAA ACCAATTATACAGTCATTCCTTCGATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTTTACGAA AGAATCCTTTGGTGGTCAGGAGTCATATGCTAGATAATTCGTTTCTAATGGATA TTCCTATTAATAAATTCGAGACCATAGTCCCAATTATTTCTCTGATTGGCTCATT GGCAAAAGCCCATTTTTGTAACGTATCAGGGCACCCCATTAGTAAGCCGTTCC GGGCGGATTCTTCAGATTCGGATATTATTGATCGATTTGCGCGCATATGCAGAA ATATTTCTCATTATTATAGTGGATCCCCTCAAAAACAGAGTTTGTATCGAATCA AGTATATACT 11 A.petelotii matK (TD) TGGTTCAAACCCTTCACAGCTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGC GATTATTTCTCCATGAGTATTGTAATTCGAATAGTCTCATTAGTCTAAAGAAAT CTATCTCTTTCTTTTTTTCAAAAGGGAATCAAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAA TTCTCATGTATATGAATGCGAATCCGTATTCGTTTTTCTCCGTAAACAATCCTCT CACTTACGATCAACATCCTCTGGAGCCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGG AAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTGCTTCGTAATGATTTTCAGAGGGCCTTGCG GTTGTTCAAGGATCCTTTCATGAATTATCTCAGATATCAAGGAAAATCAATTCT GGTTTCAAAAGGGACTCATCTTATGATGAAGAAATGGAAATATCACCTTGTAA ATTTCTGGCAATGTAATTTTGACTTGTGGTCTCAACCGGGCAGGATCCAGATAA ACCAATTATACAGTCATTCCTTCGATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTTTACGAA AGAATCCTTTGGTGGTCAGGAGTCATATGCTAGATAATTCGTTTCTAATGGATA v TTCCTATTAATAAATTCGAGACCATAGTCCCAATTATTTCTCTGATTGGCTCATT GGCAAAAGCCCATTTTTGTAACGTATCAGGGCACCCCATTAGTAAGCCGTTCC GGGCGGATTCTTCAGATTCGGATATTATTGATCGATTTGCGCGCATATGCAGAA ATATTTCTCATTATTATAGTGGATCCCCTAAAAAACAGAGTTTGTATCGAATCA AGTATATACT 12 A.yentuense matK (YT) TGGTTCAAACCCTTCACAGCTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGC GATTATTTCTCCATGAGTATTGTAATTCGAATAGTCTCATTAGTCTAAAGAAAT CGATCTCTTTCTTTTTTTCAAAAGGGAATCAAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAA TTCTCATGTATATGAATGCGAATCCGTATTCGTTTTTCTCCGTAAACAATCCTCT CACTTACGATCAACATCCTCTGGAGCCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGG AAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTGCTTCGTAATGATTTTCAGAGGGCCTTGCG GTTGTTCAAGGATCCTTTCATGAATTATCTCAGATATCAAGGAAAATCAATTCT GGTTTCAAAAGGGACTCATCTTATGATGAAGAAATGGAAATATCACCTTGTCA ATTTCTGGCAATGTAATTTTGACTTGTGGTCTCAACCGGGCAGGATCCAGATAA ACCAATTATACAGTCATTCCTTCGATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTTTACGAA AGAATCCTTTGGTGGTCAGGAGTCATATGCTAGATAATTCGTTTCTAATGGATA TTCCTATTAATAAATTCGAGACCATAGTCCCAATTATTTCTCTGATTGGCTCATT GGCAAAAGCCCATTTTTGTAACGTATCAGGGCACCCCATTAGTAAGCCGTTCC GGGCGGATTCTTCAGATTCGGATATTATTGATCGATTTGCGCGCATATGCAGAA ATATTTCTCATTATTATAGTGGATCCCCTCAAAAACAGAGTTTGTATCGAATCA AGTATATACT 13 A.splendens rpoC (LC) TCGATTATTCGGGGCGTTCCGTCATTGTCGTGGGTCCCTCGCTTTCATTACATC GATGTGGGTTGCCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTTTAATTC GTGGTCTAATCAGACAACACGTTGCTTCCAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAA ATTCGGGAAAAAGAACCAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGG GCATCCCATATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGCATACAGG CGTTCCAACCCATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTC GTAAGGGATTCAATGCGGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCT TTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAAT CTCTTGTCTCCCGCTATTGGGGATCCCATTTCCGTACCAACTCAAG 14 A.yentuense rpoC (BPS) TCGATTATTCGGGGCGTTCCGTCATTGTCGTGGGTCCCTCGCTTTCATTACATC GATGTGGGTTGCCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTTTAATTC vi GTGGTCTAATCAGACAACACGTTGCTTCCAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAA ATTCGGGAAAAAGAACCAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGG GCATCCCATATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGCATACAGG CGTTCCAACCCATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTC GTAAGGGATTCAATGCGGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCT TTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAAT CTCTTGTCTCCCGCTATTGGGGATCCCATTTCCGTACCAACTCAAG 15 A.petelotii rpoC (TD) TCGATTATTCGGGGCGTTCCGTCATTGTCGTGGGTCCCTCGCTTTCATTACATC GATGTGGGTTGCCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTTTAATTC GTGGTCTAATCAGACAACACGTTGCTTCCAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAA ATTCGGGAAAAAGAACCAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGG GCATCCCATATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGCATACAGG CGTTCCAACCCATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTC GTAAGGGATTCAATGCGGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCT TTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAAT CTCTTGTCTCCCGCTATTGGGGATCCCATTTCCGTACCAACTCAAG 16 A.yentuense rpoC (YT) TCGATTATTCGGGGCGTTCCGTCATTGTCGTGGGTCCCTCGCTTTCATTACATC GATGTGGGTTGCCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTTTAATTC GTGGTCTAATCAGACAACACGTTGCTTCCAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAA ATTCGGGAAAAAGAACCAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGG GCATCCCATATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGCATACAGG CGTTCCAACCCATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTC GTAAGGGATTCAATGCGGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCT TTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAAT CTCTTGTCTCCCGCTATTGGGGATCCCATTTCCGTACCAACTCAAG vii PHỤ LỤC HÌNH ẢNH KHẢO SÁT TẾ TÂN TẠI CÁC ĐỊA PHƯƠNG Tế tân Yên Tử (A yentuense) núi Yên Tử, Uống Bí tỉnh Quảng Ninh (Hình chụp Lê Đình Kỳ) Sản phẩm Tinh dầu Trầu Tiên Yên Tử thuộc chƣơng trình OCOP tỉnh Quảng Ninh (Hình chụp Lê Đình Kỳ) viii Tê tân pételot (A petelotii) bên lối lên tháp truyền hình tỉnh Vĩnh Phúc (Hình chụp Lê Đình Kỳ) Tê tân pételot (A petelotii) bên lối lên tháp truyền hình tỉnh Vĩnh Phúc (Hình chụp Lê Đình Kỳ) ix Tế tân Yên Tử (A yentuense) tỉnh lộ 341 huyện Hải Hà, tỉnh Quảng Ninh (Hình chụp Lê Đình Kỳ) Tế tân Yên Tử (A yentuense) tỉnh lộ 341 huyện Hải Hà, tỉnh Quảng Ninh (Hình chụp Lê Đình Kỳ) ... gan thực tế nghiên cứu lồi cịn nên tiến hành đề tài ? ?Nghiên cứu định danh đánh giá đa dạng di truyền loài tế tân Thanh Thành (Asarum splenders) thu thập Việt Nam? ??, thông qua góp phần vào hiểu...BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM VÀ ĐÀO TẠO KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Lê Đình Kỳ NGHIÊN CỨU ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA LOÀI TẾ TÂN THANH THÀNH (ASARUM SPLENDERS). .. splendens so với nghiên cứu giới Việt Nam loài Asarum splendens với loài khác chi Tế tân Từ đó, có nhìn khái quát chung đa dạng di truyền loài Tế tân nói chung Tế tân A splendens Việt Nam nói riêng