Nghiên cứu sự tương tác của phân tử curcumin với vật liệu fullerene bằng phương pháp mô phỏng

I H C QU C GIA TP HCM I H C BÁCH KHOA NGHIÊN C U S A PHÂN T CURCUMIN V I V T LI U FULLERENE B NG Chuyên ngành: V t Lý K Thu t Mã s : 8520401 LU TP H CHÍ MINH, tháng 08 c hoàn thành t i : i h c Bách Khoa -HCM Tr n Th Thu H nh ng d n khoa h c : TS Cán b Phan H ng Khiêm Cán b ch m nh n xét : TS PGS.TS Hu nh Quang Linh Cán b ch m nh n xét : Lu cb ov t 21 08 ih 2021 (tr c n) Thành ph n H g m: t ch TS Lý Anh Tú Ch n Trung H u n bi n TS Phan H ng Khiêm Ph Ph n bi n PGS.TS Hu nh Quang Linh y Viên TS Phan Th Ng c Loan Xác nh n c a Ch t ch H ngành sau lu CH T CH H ng Khoa qu n lý chuyên c s a ch a (n u có) NG NG KHOA KHOA H C NG D NG NAM - - 1970350 MSHV : Khánh Hòa 07/02/1990 V t Lý K Thu t Chuyên ngành : 8520401 : I NGHIÊN FULLERENE TÁC PHÂN PHÁP MƠ CURCUMIN II thơng qua mơ hình liên III IV V 22/02/2021 : 13/06/2021 : TS TR N TH THU H NH : Tp HCM, ngày I tháng L IC u tiên, tơi xin chân thành bày t lịng bi Thu H s ng d c t i cô TS Tr n Th , dành nhi u th i gian cơng ng d n cho tơi hồn thành lu L i c c g phịng thí nghi m v n b n anh ch iH dành th i gian th o lu n khoa h n q báu cho tơi hồn thành lu Tơi xin g i l i c i quý Cô, Th y khoa V t Lý K Thu t, ih l ih om u ki n thu n ng v tôi th c hi n lu Xin c tc b ng nghi su t th i gian th c hi n lu Nhân d p này, mu n dành nh ng tình c m sâu s c nh t, trân tr ng nh t n nh M V - nh viên h tr v m i m t, anh ch em ng nh m cu c s ng Tác gi II TÓM T T Trong k thu c hi i, h ng m c tiêu ngày c quan tâm phát tri n tính hi u qu an toàn Fullerene v t li u nano ix c phát minh th gi i Do nh ng tính ch c a fullerene, hi t ch n ib c v t li nhi u nghiên c u th nghi m s d ng nguyên li thu y s c i thi t o thành h ch t mang v Curcumin m t h p ch t t c bi t ng h c c a ho t ch t c chi t su t t c ngh , có nhi c tính ng lên t tính ch c tính c a curcumin h ch c u t o m t d n xu t fullereoi v i virus HIV t v t c tính kháng virus HIV ch cho th y hi u qu v a ph i không quan sát th y tác d ng ch m khác c a d n xu t fullereo-curcuminoid bên ngồi khó ki m soát s curcumin liên k t v ng phân t d n xu t tv quan tr ng mà c n gi i quy t, li u curcumin gây tác d ng ph h tiêu hóa, da, hay nh u [4-6] V i nh ng lý trên, quy này, t d n xu t fullereo-curcuminoid liên k t phân ph i thu c, v c c bao b c phân t curcumin xu t h a h n không ch t o m t ch n ch ng dung mơi t t curcumin su cịn có th nh th c hi n nghiên c u u ch nh li ng phân ph n t ng curcumin v bao fullerene có th qu c a vi c mang curcumi ng ti p c n c a nghiên c u s kh o sát kh thơng s hóa lý c a phân t d ng n k t th th EGF c bao b c fullerene Tính tốn DFT c ti n curcumin-fullerene H th ng hoàn ch l tr ng b m t fullerene s u ng c a h th ng bao b c c g n vào v i th th c t o nh m mơ ph ng q trình gi i phóng III curcumin kh i fullerene, s a curcumin s c ti n hành mô ph ng ng l c h c phân t ABSTRACT The designs of target-drug delivery systems are attractively concerned due to their efficacy and safety Fullerene is the first symmetrical carbon nanomaterial invented in the world Due to the special properties of fullerene, it is being an emergent topic in the field of nanomaterials in recent years This research focuses on the computational approach of in-bound fullereo-curcuminoid derivative systems for drug delivery, with adequate fullerene size to encapsulate curcumin molecules This proposed model is promising not only to create a better anti-solvent shield for the curcumin molecule throughout the delivery path to the target cells but also to manipulate the curcumin dose since the fullerene shield may increase the efficiency of curcumin carrying The approach of this research is to use the computational simulation method to investigate the epidermal growth factor (EGF) receptor binding and the physicochemical parameters of the curcumin molecule encapsulated in fullerene The density functional theory (DFT) calculation is conducted to observe the electrical and energetic properties of the curcumin-fullerene encapsulation system The obtained system is then docked with the target receptor After that, the size-modified defected gap will be created on the fullerene surface in the release process of the curcumin out of the fullerene, to interact with the target residues on the receptor will be observed by using MD simulation as well as their interaction stabilization IV L u c a riêng Các k t qu nghiên c u k t lu n lu d ngu n tài li ng tác gi cho phép s ng công b b t k m t công trình khác Vi c tham kh o c trích d n ghi ngu n tài li u tham kh Tác gi V nh M CL C I L IC II TÓM T T III L V DANH M C CÁC CH VI T T T VIII DANH M C CÁC B NG IX DANH M C CÁC HÌNH X M U NG QUAN 1.1 T NG QUAN V H CH T NGHIÊN C U 1.1.1 T ng quan v fullerene 1.1.2 Phân t curcumin tính ch t ch 1.1.3 Th th (receptor) 10 1.2 T NG QUAN V TÌNH HÌNH NGHIÊN C U 11 1.2.1 c 11 1.2.2 c 12 VÀ GI THUY T KHOA H C 18 LÝ THUY T C NG 18 ng t 18 t phi m hàm m (DFT) 21 ng l c h c phân t 25 2.1.4 Th 28 2.2 2.2.1 NG T Lý thuy DO 29 ng t nhi u lo n 30 2.2.2 ng h c 33 U 35 3.1 D LI U C U TRÚC PHÂN T 35 3.2 T NG QUAN CÁC PH N M M S D NG 35 3.2.1 Ph n m m Avogadro 35 3.2.2 Ph n m m VMD 38 3.2.3 Ph n m m DFTB+ 40 VI 3.2.4 Ph n m m GROMACS 41 3.2.5 Ph n m m AUTODOCKVINA 44 3.3 MÔ PH 3.3.1 NG L C H C PHÂN T 44 Quy trình x lý ti n mô ph ng 45 li u phân t ng l c 46 3.3.3 Mô ph ng h fullerene bao b c curcumin 46 3.3.4 T o khuy t t t fullerene 47 3.3.5 Kh o sát s a h mô ph ng v i m c tiêu protein 47 T QU NGHIÊN C U 48 4.1 C U TRÚC PHÂN T CURCUMIN VÀ FULLERENE 48 4.1.1 C u trúc hình h c 48 4.1.2 Phân b 4.2 MÔ PH n tích phân t fullerene 51 NG L C H C PHÂN T 51 4.2.1 Mô ph ng mơ hình fullerene bao b c curcumin 51 4.2.2 Kh o sát mô ph 4.2.3 Mơ ph ng mơ hình có protein m c tiêu 60 ng h c phân t v i khuy t t t fullerene 54 NH NG K T LU N CHÍNH C A LU NH 66 NG NGHIÊN C U TI P THEO 67 68 TÀI LI U THAM KH O 69 PH L C a TÓM T T LÝ L CH KHOA H C d VII DANH M C CÁC CH FAB VI T T T Fast atom bombardment: B n phá nhanh b ng nguyên t MD ng l c h c phân t GROMACS mô ph ng hóa h c - Ph n m m mơ ph RMSD ng l c h c phân t l DFT Density functional theory: Lý thuy t phi m hàm m DFTB+ Density functional based Tight Binding (and more): Phi m hàm m d a liên k t ch t ch HOMO Highest Occupied Molecular Orbital: Orbital phân t b chi m cao nh t LUMO Lowest Unoccupied Molecular Orbital: Orbital phân t chi m th p nh t SR Soft-core: Lõi m m LJ Lennard-Jones Coul Coulomb PDB Protein Data Bank: Ngân hàng d li u protein GPCR G Protein couple receptor: Th th c EGFR Epidermal growth factor receptor: Th th y u t VMD Visual Molecular Dynamics: Tr VIII ng bi u bì ng l c h c phân t RMSD Protein 0.25 RMSD (nm) 0.2 0.15 0.1 0.05 0 0.2 0.4 0.6 0.8 Hình 4.13 RMSD c a protein sau mơ ph ng Ta nh n th u ki n mô ph ng c a h , protein m t tr ng thái cân b ng t t m c d u ch mô ph c u trúc không gian protein c ng u giúp cho ta th y c tr ng thái t Các acid amin phân t protein r u ki n mô ph ng không gi v trí c t tr ng thái t nh c ti u v ng acid amin s trì quanh m t v trí t o thành hình dáng c a protein ta quan tâm, nhìn vào RMSD ta thu c giá tr c m ng cân b ng nhiên h c n ch y thêm v i th có th nh c a protein 63 ng RMSD CURCUMIN 0.12 RMSD(nm) 0.1 0.08 0.06 0.04 0.02 0 0.2 0.4 0.6 0.8 Hình 4.14 RMSD c a curcumin sau q trình mơ ph ng u trúc ba chi u c a protein, c u trúc c c n c th hi n qua hình 4.14 Vì c u trúc ph i t khơng b ng hình dáng c a c u t m i có th kh p v i hình dáng c a m c tiêu trình g n k t protein ph i t Nhìn vào RMSD, ta th y giá tr RMSD tính b ng nm c a curcumin nh d ch chuy n t nh n th y curcumin v c qu c u quanh t cân b ng c a curcumin nh Ta ng, lúc curcumin v i ng c a l c hút c a phân t protein m c tiêu nk tv im bao nên curcumin v i i fullerene Chúng ta ti p t RMSD c a ph c h p curcumin protein 64 c hút c a màng th RMSD Ligand-Protein RMSD(nm) 1.5 0.5 0 0.2 0.4 0.6 0.8 Hình 4.15 RMSD c a ph c h p curcumin protein sau trình mơ ph ng Hình 4.15 cho ta th c RMSD c a ph c h p curcumin protein, sau ng l c h c phân t , nhìn vào hình ta có nh n xét curcumin protein khơng có nhi u s t sát v i curcumin nên khó có th qu d dàng hi cs it c RMSD cân b ng c a ph c h p này, nên nh ns mơ ph ng Qua th ta có th th y, curcumin v c v i protein m c tiêu Nh n xét: - K t qu c c a curcumin protein m c tiêu cho ta th c h r t nhanh tr v tr ng thái cân b ng - Curcumin protein m th t qu n - c h l n, tài nguyên máy tính th c hi nên s li u v s tài không cho phép a h mô ph ng v i protein m c quan sát - Chúng ta s ti p t c th c hi n mô ph ng tính tốn h v i th i gian tính hồn thi n k t qu cơng b t p chí khoa h c 65 NH NG K T LU N CHÍNH C A LU Mơ hình phân t curcumin n m bên l ng phân t fullerene v m t lý thuy t có th t n t i Lu c thơng s c a mơ hình Ta có th k t lu v ih c r ng phân t curcumin có n tích b m t c a fullerene curcumin s chuy ho t bên lòng phân t có th d dàng di chuy n ng m t cách linh u r t thu n l i cho phân t thu c thoát bên h mang thu c Vi c t o l tr ng b m t phân t kho ng liên k t curcumin nh m m phân t curcumin bên ngồi s tích b m t phân t fullerene Phân t im o n c quan sát không th c c u trúc fullerene có l tr ng này, lý tính ch t liên k t c a curcumin v u s giúp cho i tác d ng bên mà ch c m c tiêu mong mu n Do s c a curcumin v i b m ib n ch t hóa h c c a phân t curcumin, nên ta có th d dàng th c hi n kh o sát a phân t thu c v i protein m c tiêu c a b ph ng l c h ng tính tốn mơ ph ih mơ ph ng r t l n nên v i nh ng tài nguyên máy tính h n h p c a lu th c s xác S li ng h c phân t cho th m c t nghiên c u ng ngồi g p protein i gian tính tốn ng c k t qu hồn ch nh 66 NH NG NGHIÊN C U TI P THEO Nh ng k t qu c lu nh tri n v ng có th ti p c n th i gian t tài hoàn ch nh, c th : Ti p t c mô ph ng mơ hình v i th Nghiên c bi ng nghiên c u hoàn thi n k t qu ng t nb ng l c h c phân t Kh c tính, i s tr giúp c a máy tính 67 K y u h i ngh qu c t Le Vu Phuc and Tran Thi Thu Hanh, Novel fullerene-based drug delivery system: a silico-study approach Presentation, Taiwan-Vietnam Joint international conference on emerging materials and batteries, ICMB, Tainan, Taiwan, 2020 Abstract In pharmaceutical engineering, the designs of a target-drug delivery systems are attractively concerned due to its efficacy and safety There have been many experimental studies using the fullerene to form the drug-carrier system and has shown a significant improvement in the pharmacokinetic properties of the active substance [1] Curcumin is a natural compound extracted from turmeric, with many pharmacological properties such as antiviral, antibacterial, and impact on cancer cells However, due to its water-solubility, curcumin's pharmacological properties are hardly clinically demonstrated There has been research to create a fullereocurcuminoid derivative to HIV viruses and cancer cells, in which curcumin is out-bound to fullerene However, HIV antiviral properties showed only moderate efficiency and no anti-cancer effect was observed [2] Therefore, we decided to conduct this research, focusing on computational approach of inbound fullereocurcuminoid derivative systems for drug delivery, with the adequate size of the fullerene to encapsulate curcumin molecule This proposed model is promising not only to create a better anti-solvent shield for the curcumin molecule throughout the delivery path to the target cells, but also to manipulate the curcumin dose since the fullerene shield may increase the efficiency of curcumin carrying The approach of this research is to use computational simulation method to investigate epidermal growth factor receptor binding and physicochemical parameters of the curcumin molecule encapsulated in fullerene 68 TÀI LI U THAM KH O [1] National Institutes of Health "Drug Delivery Systems: Getting Drugs to www.nibib.nih.gov/scienceeducation/science-topics/drug-delivery-systems-getting-drugs-their-targetscontrolled-manner.htm, Aug 29, 2021 [2] S Goodarzi, T Da Ros, J Conde, F Sefat and M Mozafari, "Fullerene: biomedical engineers get to revisit an old friend", Materials Today, vol 20, no 8, pp 460-480, 2017 Available: 10.1016/j.mattod.2017.03.017 [3] E Castro et al., "Correction: A new family of fullerene derivatives: fullerene curcumin conjugates for biological and photovoltaic applications", RSC Advances, vol 9, no 5, pp 2379-2379, 2019 Available: 10.1039/c9ra90002k [4] R Carroll et al., "Phase IIa Clinical Trial of Curcumin for the Prevention of Colorectal Neoplasia", Cancer Prevention Research, vol 4, no 3, pp 354364, 2011 Available: 10.1158/1940-6207.capr-10-0098 [5] C Lao et al., "Dose escalation of a curcuminoid formulation", BMC Complementary and Alternative Medicine, vol 6, no 1, 2006 Available: 10.1186/1472-6882-6-10 [6] R Sharma et al., "Phase I Clinical Trial of Oral Curcumin", Clinical Cancer Research, vol 10, no 20, pp 6847-6854, 2004 Available: 10.1158/10780432.ccr-04-0744 [7] H Kroto, "C60 Buckminsterfullerene", MRS Proceedings, vol 206, 1990 Available: 10.1557/proc-206-611 [8] R Haddon, L Brus and K Raghavachari, "Electronic structure and bonding in icosahedral C60", Chemical Physics Letters, vol 125, no 5-6, pp 459-464, 1986 Available: 10.1016/0009-2614(86)87079-8 [9] H Kroto, "The stability of the fullerenes Cn, with n = 24, 28, 32, 36, 50, 60 and 70", Nature, vol 329, no 6139, pp 529-531, 1987 Available: 10.1038/329529a0 69 [10] ien, R Curl and R Smalley, "C60: Buckminsterfullerene", Nature, vol 318, no 6042, pp 162-163, 1985 Available: 10.1038/318162a0 [11] H Bürgi et al., "The Structure of C60: Orientational Disorder in the LowTemperature Modification of C60", Angewandte Chemie International Edition in English, vol 31, no 5, pp 640-643, 1992 Available: 10.1002/anie.199206401 [12] K Hedberg et al., "Bond Lengths in Free Molecules of Buckminsterfullerene, C60, from Gas-Phase Electron Diffraction", Science, vol 254, no 5030, pp 410-412, 1991 Available: 10.1126/science.254.5030.410 [13] -orbital alignment: the key to the existence of spheroidal carbon clusters", Chemical Physics Letters, vol 131, no 3, pp 165-169, 1986 Available: 10.1016/00092614(86)80538-3 [14] H Beckhaus, C Rüchardt, M Kao, F Diederich and C Foote, "The Stability of Buckminsterfullerene(C60): Experimental Determination of the Heat of Formation", Angewandte Chemie International Edition in English, vol 31, no 1, pp 63-64, 1992 Available: 10.1002/anie.199200631 [15] R Haddon, "Chemistry of the Fullerenes: The Manifestation of Strain in a Class of Continuous Aromatic Molecules", Science, vol 261, no 5128, pp 1545-1550, 1993 Available: 10.1126/science.261.5128.1545 [16] R Beck, P St John, M Alvarez, F Diederich and R Whetten, "Resilience of all-carbon molecules C60, C70, and C84: a surface-scattering time-of-flight investigation", The Journal of Physical Chemistry, vol 95, no 21, pp 84028409, 1991 Available: 10.1021/j100174a066 [17] Y Marcus, A Smith, M Korobov, A Mirakyan, N Avramenko and E Stukalin, "Solubility of C60Fullerene", The Journal of Physical Chemistry B, vol 105, no 13, pp 2499-2506, 2001 Available: 10.1021/jp0023720 70 [18] R Ruoff, D Tse, R Malhotra and D Lorents, "Solubility of fullerene (C60) in a variety of solvents", The Journal of Physical Chemistry, vol 97, no 13, pp 3379-3383, 1993 Available: 10.1021/j100115a049 [19] W Scrivens and J Tour, "Potent solvents for C60 and their utility for the rapid acquisition of 13C NMR data for fullerenes", Journal of the Chemical Society, Chemical Communications, no 15, p 1207, 1993 Available: 10.1039/c39930001207 [20] N Sivaraman, R Dhamodaran, I Kaliappan, T Srinivasan, P Rao and C Mathews, "Solubility of C60 in organic solvents", The Journal of Organic Chemistry, vol 57, no 22, pp 6077-6079, 1992 Available: 10.1021/jo00048a056 [21] A Golonko, H Lewandows Lewandowski, "Curcumin as tyrosine kinase inhibitor in cancer treatment", European Journal of Medicinal Chemistry, vol 181, p 111512, 2019 Available: 10.1016/j.ejmech.2019.07.015 [22] P Dao Van, Pharmacological chapter 1, 1st ed Ha Noi: Ha Noi Education, 2007, pp 6-30 [23] T Tran, M Le, T Tran, T Tran and K Thai, "Design of Curcumin and Flavonoid Derivatives with Acetylcholinesterase and Beta-Secretase Inhibitory Activities Using in Silico Approaches", Molecules, vol 25, no 16, p 3644, 2020 Available: 10.3390/molecules25163644 [24] T Nguyen Minh, "Study antioxidant ability of polyphenol on base fullerene (C60) in-silico approach structures", 2016 [Accessed 29 August 2021] [25] M Shanmugam et al., "The Multifaceted Role of Curcumin in Cancer Prevention and Treatment", Molecules, vol 20, no 2, pp 2728-2769, 2015 Available: 10.3390/molecules20022728 [26] P Wang, G Yan, X Zhu, Y Du, D Chen and J Zhang, "Heterofullerene MC59 (M = B, Si, Al) as Potential Carriers for Hydroxyurea Drug Delivery", Nanomaterials, vol 11, no 1, p 115, 2021 Available: 10.3390/nano11010115 [Accessed 29 August 2021] 71 [27] T Tsuneda and K Hirao, "Self-interaction corrections in density functional theory", The Journal of Chemical Physics, vol 140, no 18, pp 18A513, 2014 Available: 10.1063/1.4866996 [28] F Perrella et al., "Unveiling the structure of a novel artificial heme-enzyme with peroxidase-like activity: A theoretical investigation", Biopolymers, vol 109, no 10, p e23225, 2018 Available: 10.1002/bip.23225 [29] H Vo Van, L Huynh Kim, H Nguyen Trung and H Nguyen Ha, Simulation in physic, 1st ed Ho Chi Minh: Ho Chi Minh National University., 2016 [30] Geoff Hutchison "Avogadro - Free cross-platform molecular editor." Internet: http://avogadro.cc/., Aug 29, 2021 [31] M Hanwell, D Curtis, D Lonie, T Vandermeersch, E Zurek and G Hutchison, "Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform", Journal of Cheminformatics, vol 4, no 1, 2012 Available: 10.1186/1758-2946-4-17 [32] W Humphrey, A Dalke and K Schulten, "VMD: Visual molecular dynamics", Journal of Molecular Graphics, vol 14, no 1, pp 33-38, 1996 Available: 10.1016/0263-7855(96)00018-5 [33] I Mitchell, B Aradi and A Page, "Density functional tight binding-based free energy simulations in the DFTB+ program", Journal of Computational Chemistry, vol 39, no 29, pp 2452-2458, 2018 Available: 10.1002/jcc.25583 [34] M Abraham et al., "GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers", SoftwareX, vol 1-2, pp 19-25, 2015 Available: 10.1016/j.softx.2015.06.001 [35] J Eberhardt, D Santos-Martins, A Tillack and S Forli, "AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings", Journal of Chemical Information and Modeling, vol 61, no 8, pp 3891-3898, 2021 Available: 10.1021/acs.jcim.1c00203 72 PH L C K T QU T U TRÚC B Fullerene Geometry optimization step: 59 ******************************************************************* iSCC Total electronic Diff electronic SCC error -0.97477124E+03 -0.25941063E-08 0.74037703E-05 Fermi level: -0.1805776683 H -4.9138 eV Band energy: -976.8185973587 H -26580.5864 eV TS: 0.0000000000 H Band free energy (E-TS): 0.0000 eV -976.8185973587 H Extrapolated E(0K): -976.8185973587 H -26580.5864 eV -26580.5864 eV Input / Output electrons (q): 2160.0000000000 2160.0000000000 Energy H0: -974.7736874832 H Energy SCC: 0.0024511732 H Total Electronic energy: -974.7712363100 H Repulsive energy: 39.5086403897 H Total energy: -935.2625959203 H Extrapolated to 0: Total Mermin free energy: Force related energy: -26524.9416 eV 0.0667 eV -26524.8749 eV 1075.0848 eV -25449.7901 eV -935.2625959203 H -935.2625959203 H -935.2625959203 H SCC converged Full geometry written in geom.out.{xyz|gen} a -25449.7901 eV -25449.7901 eV -25449.7901 eV Maximal derivative component: Max force for moved atoms:: 0.863042E-04 au 0.863042E-04 au Dipole moment: -0.00000000 0.00000000 -0.00000000 au Dipole moment: -0.00000000 0.00000000 -0.00000000 Debye Geometry converged Curcumin Fermi distribution function Geometry optimization step: ******************************************************************* iSCC Total electronic Diff electronic -0.65332626E+02 SCC error 0.00000000E+00 0.82711980E-05 Fermi level: -0.1526797724 H -4.1546 eV Band energy: -62.6684065732 H -1705.2941 eV TS: 0.0000000000 H Band free energy (E-TS): Extrapolated E(0K): 0.0000 eV -62.6684065732 H -62.6684065732 H Input / Output electrons (q): 140.0000000000 Energy H0: Energy SCC: -1705.2941 eV 140.0000000000 -65.4036684408 H 0.0710428555 H Total Electronic energy: -65.3326255853 H Repulsive energy: 1.7857069121 H Total energy: -63.5469186732 H b -1705.2941 eV -1779.7244 eV 1.9332 eV -1777.7912 eV 48.5916 eV -1729.1996 eV Extrapolated to 0: -63.5469186732 H Total Mermin free energy: Force related energy: -1729.1996 eV -63.5469186732 H -63.5469186732 H -1729.1996 eV -1729.1996 eV SCC converged Full geometry written in geom.out.{xyz|gen} Maximal derivative component: Max force for moved atoms:: 0.961537E-04 au 0.961537E-04 au Dipole moment: 0.19141711 -1.88695488 0.58784054 au Dipole moment: 0.48653380 -4.79616130 1.49414173 Debye Geometry converged c C NG HOÀ XÃ H I CH I H C QU C GIA TP.HCM T NAM c l p - T - H nh phúc I H C BÁCH KHOA TÓM T T LÝ L CH KHOA H C B n thân H Phái: Nam Sinh ngày: 07/02/1990 Dân t c: Kinh a ch Tôn giáo: Ph t giáo ng trú: 17 Ph m Th B a ch liên l ng, Nha Trang, Khánh Hoà o, 80 h o, q.bình tân, n tho i: 0902632245 Email: vuphucpharma@gmail.com Ngh nghi o IH C T t nghi ng/Vi c TP HCM Ngành h ch c Lo o: Chính quy Th ot 2013 X p lo i t t nghi p: Khá IH C H c cao h c/làm NCS t i H c Bách Khoa TPHCM Chuyên ngành: V t Lý K Thu t-K Thu t Y Sinh Quá trình h c t p làm vi c c a b n thân (t h T n Ngày ih H c ho c làm vi c Thành tích h c Ngày 2008 n nay): t p 2013 H iH cY GPA 7.32/10 c TPHCM 2019 Nay Cao H c Ngành V t Lý K i H c Bách Thu t-Chuyên Ngành K Khoa H Chí Thu t Y Sinh Mình d H c k 1: GPA 8.47/10 K t qu ho ng khoa h c, k thu t tài NCKH Nghiên c u ch ph m viên nang Di p H Châu - Ngh tài: T t Nghi iH c GVHD: GS.TS Nguy c T c TPHCM c- iH Kh n v ng hi n v ho ng khoa h c, k thu t ng nghiên c u quan tâm mô ph ng c u trúc b c ba b c b n c a protein sinh h c, phát tri n mơ hình th th b phân t a c nghiên c ng h c c v i mơ hình mơ ph ng c a protein sinh h c L ng n th t xin ch u trách nhi m c pháp lu t v n i dung lý l ch khoa h c c a b n thân i khai ký tên e ... L C H C PHÂN T 51 4.2.1 Mô ph ng mô hình fullerene bao b c curcumin 51 4.2.2 Kh o sát mô ph 4.2.3 Mô ph ng mơ hình có protein m c tiêu 60 ng h c phân t v i khuy t t t fullerene. .. mô ph ng v i m c tiêu protein 47 T QU NGHIÊN C U 48 4.1 C U TRÚC PHÂN T CURCUMIN VÀ FULLERENE 48 4.1.1 C u trúc hình h c 48 4.1.2 Phân b 4.2 MƠ PH n tích phân t fullerene. .. trúc phân t curcumin tr c quan b ng VMD 48 Hình 4.2 Phân t fullerene tr c quan b ng ph n m m VMD 49 Hình 4.3 H mơ ph ng fullerene bao curcumin 50 Hình 4.4 Phân b m n tích phân