D⇔ずc 1. Xぬ lý các tｆp tin PDB.
A吋 ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎 GROMACS, chúng ta c亥n x穎 lý t丑c"8瓜 các nguyên t穎 c医u t衣o nên phân t穎. Tuy nhiên th»pi"vkp"8逢嬰e"n逢w"vt英 trong t壱p tin PDB còn có thông tin t丑c"8瓜 c栄a nh英ng nguyên t穎 c栄a các phân t穎mjƒe"pj逢" p逢噂c, ch医t t育y, ch医t ho衣t hóa, ch医t 泳c ch院0" A»k" mjk" vj»pi" vkp" v丑c" 8瓜 c栄a m瓜t s嘘 nguyên t穎 thu瓜c c医u trúc phân t穎 không có vì nh英ng lý do th詠c nghi羽m. Do v壱y pi逢運i dùng c亥n ph違i x穎 lý làm s衣ch t壱r"vkp"RFD"vt逢噂c khi b逸v"8亥u ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎.
D⇔ずc 2. Chuｂn bお các tｆr"vkp"8Ｚu vào cho phＺn mｚm GROMACS.
Ucw"d逢噂e"3"vc"vjw"8逢嬰c t壱p tin PDB ch雨 có các nguyên t穎 thu瓜c phân t穎 ta quan tâo0"Vtqpi"d逢噂c ti院p theo, chúng ta s胤 s穎 d映ng module pdb2gmx c栄a ph亥n m隠o"ITQOCEU"8吋 t衣o các t壱p tin sau:
‚ T壱p tin topology (m員e"8鵜nh là topol.top) ch泳a các thông tin c亥n thi院v"8吋 8鵜nh pij c"rtqvgkp"x "eƒe"rj¤p"v穎 khác trong quá trình mô ph臼ng.
‚ T壱p tin position restraint (m員e"8鵜pj"n "rqtug0kvr+"8逢嬰e"f́pi"8吋 c嘘 8鵜nh các nguyên t穎 c栄a protein trong quá trình cân b茨ng h羽.
‚ T壱r"vkp"e„"8鵜nh d衣ng .gro, là t壱p tin ch泳a thông tin t丑c"8瓜 các nguyên t穎 c栄a protein và các phân t穎 khác theo chu育n ph亥n m隠m GROMACS.
T壱p tin topology là m瓜t t壱p tin r医t quan tr丑pi"f́pi"8吋 khai báo các thông tin liên swcp"8院p"vt逢運ng l詠c (force field) c栄a protein và các phân t穎 khác. Các thông tin bao g欝m các tham s嘘 khai báo lo衣i nguyên t穎*cvqo"v{rg+."8k羽n t穎 (charges), các tham s嘘 khai báo các liên k院t n瓜i phân t穎*dqpfu."cpingu"x "fkjgftcnu+"x "8逢運ng d磯p"8院n các vj逢"xk羽p"vt逢運ng l詠c, mô hình phân t穎.
D⇔ずe"5<"A⇔c"p⇔ずc vào hう mô phぎng
Trong mô ph臼ng các nguyên t穎 và phân t穎 b茨ng GROMACS trong lu壱p"x<p" này, chúng ta s胤 ti院n hành mô ph臼ng h羽 protein 荏 vtqpi"o»k"vt逢運pi"p逢噂e0"P逢噂c là o»k"vt逢運ng ph鰻 bi院n và không th吋 thi院w"8吋 protein có th吋 ho衣v"8瓜pi"8逢嬰e"8¿pi"ej泳c p<pi0"E„"jck"d逢噂c nh臼 trong ph亥n này là t衣o h瓜p mô ph臼pi"x "Ð8鰻Ñ"8亥{"p逢噂c vào h瓜p mô ph臼ng.
46
D⇔ずc 4: Thêm ions vào hう
Vt逢噂c khi ti院n hành mô ph臼ng ta c亥n ti院p" j pj"vtwpi"j”c"8k羽n tích cho h羽. Công vi羽c này có th吋 8逢嬰c th詠c hi羽n b茨ng cách thay m瓜t vài phân t穎 p逢噂c (trung hòa v隠 8k羽n) b茨pi"eƒe"kqp"8k羽n sao cho t鰻pi"8k羽n tích c栄c"rtqvgkp."p逢噂c và các ion c栄a c違 h羽 b茨ng không [29].
505040"A鵜pj"pij c"f英 li羽u phân t穎ejq"vt逢運ng l詠c
Trong mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎 b茨ng GROMACS, ta ph違i ch丑n m瓜t vt逢運ng l詠e"8吋 ghi vào t壱p tin topology. Vi羽c ch丑p"vt逢運ng l詠c r医t quan tr丑ng vì s詠 l詠a ch丑n 荏 d逢噂c này s胤 quy院v"8鵜nh toàn b瓜 mô hình s胤 8逢嬰c s穎 d映pi"8吋 mô ph臼ng v隠 sau. Trong khuôn kh鰻 bài lu壱p"x<p"p {."ej¿pi"vc"u胤 l詠a ch丑p"vt逢運ng l詠c OPLS-AA (all-cvqo+0" Vt逢運ng l詠e" QRNU" *Qrvkok¦gf" rqvgpvkcn" hqt" Nkswkf" Ukowncvkqpu+" 8逢嬰c phát tri吋n b荏i William L.Jorgensen và Julian Tirado-Rives t衣k"8衣i h丑c Purdue và sau 8„"n "v衣k"8衣i h丑c Yale [29]. Các tham s嘘 c栄c"vt逢運ng l詠e"QRNU"8逢嬰c phát tri吋n và ki吋m ch泳ng v噂i các tính ch医v"vjw"8逢嬰c t瑛 th詠c nghi羽m c栄a các h羽 ch医t l臼ng (m壱v"8瓜, nhi羽v"j„c"j挨k+0"
GROMACS là ph亥n m隠m mô ph臼pi"ejw{‒p"ejq"eƒe"8衣i phân t穎 sinh h丑c nj逢" DNA, RNA ho員c protein, nên khi t衣o các t壱p tin c亥n thi院t cho ph亥n m隠o"8嘘i v噂i các 8衣i phân t穎8«"8鵜pj"pij c"u印p"vtqpi"vj逢"xk羽p"eƒe"vt逢運ng l詠c, vi羽e"p {"v逢挨pi"8嘘i d宇 f pi."vw{"pjk‒p"8嘘i v噂i các phân t穎pj逢"ewtewokp"x "hwnngtgpg"vc"rj違k"8鵜pj"pij c"n衣i b茨ng cách ghi thêm các thông s嘘 c栄a các phân t穎p {"x q"vj逢"xk羽n c栄c"vt逢運ng l詠c.