Hình 4.4. Phân bぐ mｆv"8じ8kうn tích phân tぬ fullerene: a) Theo tなng nhóm cùng giá trお8kうp"v ej="d+"Vjgq"pj„o"ocpi"8kうp"f⇔￢pi"x "8kうn âm.
K院t qu違 t嘘k"逢w"j„c"e医u trúc hình h丑c phân t穎e”p"ik¿r"vc"e„"8逢嬰c các giá tr鵜 phân b嘘 8k羽n tích. Ta quan tâm t噂i s詠 phân b嘘 8k羽n tích c栄a các nguyên t穎 carbon c栄a fullerene.
Nhìn vào k院t qu違 phân b嘘 8k羽p"v ej"8逢嬰c th吋 hi羽n trên b茨pi"eƒe"o w"8員e"vt逢pi" ejq"eƒe"pj„o"8k羽n tích c栄a các nguyên t穎 carbon ta có t鰻ng c瓜pi"ej p"pj„o"8k羽n tích phân b嘘pj逢"vt‒p"j·pj"606c."eƒe"pj„o"p {"o厩i nhóm g欝m 60 carbon. Lý do có eƒe"pj„o"8k羽n tích này là vì các fullerene có các carbon c栄c"x”pi"vj挨o"u逸p x院p m瓜t cách tu亥n t詠p‒p"8k羽n tích c栄a các carbon này s胤 l員p l衣i theo c医u trúc c栄a fullerene.
T鰻ng giá tr鵜 c栄c"eƒe"pj„o"8k羽n tích âm s胤 b茨ng t鰻ng giá tr鵜 c栄a các nhóm mang 8k羽p"v ej"f逢挨pi"8逢嬰c mô t違 pj逢"vt‒p"j·pj"606d."vtqpi"8„"o w"zcpj"f逢挨pi"n "8k羽n tích âm và màu tr逸pi"n "8k羽p"v ej"f逢挨pi0"P‒p"d·pj"vj逢運ng phân t穎 fullerene s胤 trung hòa v隠8k羽n.
4.2. MÔ PH碓PI"A浦NG L衛C H窺C PHÂN T盈4.2.1. Mô ph臼ng mô hình fullerene bao b丑c curcumin 4.2.1. Mô ph臼ng mô hình fullerene bao b丑c curcumin
Mô hình c栄a h羽ucw"8„"8逢嬰e"f́pi"8吋 ch衣y mô ph臼pi"8瓜ng h丑c phân t穎 MD theo quy trình trong m映e"505."ej逢挨pi"5"d茨ng ph亥n m隠m GROMACS.
52
H瓜p mô ph臼ng ch泳a 587 nguyên t穎 và s穎 d映pi"o»"j·pj"p逢噂c TIP3P, th運i gian mô ph臼pi"v逢挨pi"泳ng v噂i 10 ns. Ta s胤 s穎 d映ng giá tr鵜 TOUF"8吋8ƒpj"ikƒ"8瓜鰻n 8鵜nh c栄a h羽 mô ph臼pi"8¤{"n "o瓜v"8衣k"n逢嬰pi"e挨"d違p"nk‒p"swcp"8院n c医u trúc h羽, tính b茨pi"8瓜 l羽ch t丑c"8瓜 c栄a các c医u trúc sau mô ph臼ng so v噂i c医w"vt¿e"dcp"8亥u (c医u trúc c栄a h羽 sau khi ch衣y cân b茨ng).
Nhìn vào h羽 mô ph臼ng ta th医y RMSD c栄a h羽 fcq"8瓜pi"v逢挨pi"8嘘i l噂n, có nh英pi"ikck"8q衣n h羽 th嘘pi"8衣v"8逢嬰c 鰻p"8鵜pj"pj逢pi"ucw"8„"n衣k"pjcpj"ej„pi"t挨k"x q" tr衣ng thái m医t cân b茨ng.
Hình 4.5. RMSD curcumin bao phて bぞi fullerene
M瓜t cách gi違i thích có th吋 ch医p nh壱n trong tình hu嘘ng này là do trong quá trình mô ph臼ng có m瓜t s嘘 nguyên t穎 r噂t ra bên ngoài c衣nh c栄a h瓜p mô ph臼ng do ta ch丑p"8k隠u ki羽n biên tu亥n hoàn, tuy nhiên n院w"vt逢運ng h嬰p này x違y ra s胤 có nh英ng d英 li羽u ngo衣i lai xu医t hi羽n trong t壱p các d英 li羽u RMSD, mà t壱p d英 li羽w"vjw"8逢嬰c sau quá trình mô ph臼ng này không th医y xu医t hi羽n các giá tr鵜 ngo衣i lai khi s穎 d映ng các công c映 x穎 lý d英 li羽u.
Chúng ta s穎 d映ng t壱r"vkp"8鵜nh d衣pi"zve."n逢w"vt英 thông tin các t丑c"8瓜 c栄a h羽 th嘘ng và tr詠c quan hóa b茨ng ph亥n m隠m VMD, nh壱n th医y không xu医t hi羽n b医t c泳 phân t穎 nào b鵜 nh違y ra kh臼i h瓜p mô ph臼ng. B茨ng cách s穎 d映ng ph亥n m隠m tr詠c quan p {."ej¿pi"vc"e pi"ik違k"vj ej"8逢嬰e"8欝 th鵜 RMSD 荏 trên. Do phân t穎ewtewokp"8逢嬰c vc" 8員t vào bên trong l欝ng fullerene m瓜t cách l臼ng l飲o, các phân t穎 curcumin s胤
0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐふﾐ ぶ RMSD
53
không t衣q"8逢嬰c các liên k院t c瓜ng hóa tr鵜 ch員t ch胤 v噂i b隠 m員t bên trong l欝ng. Thêm n英a theo tính toán c栄c" rj逢挨pi" rjƒr" v嘘k" 逢w" j„c" e»pi" vj泳c phân t穎, m員c d亥u fullerene trung hòa v隠8k羽n tuy nhiên v磯n có nh英ng vùng s胤e„"8k羽n tích âm và m瓜t s嘘 vùng carbon s胤 ocpi"8k羽p"v ej"f逢挨pi"p‒p"u胤 t衣o ra các l詠c hút và l詠e"8育y trên các nguyên t穎ewtewokp"e pi"e„"v pj"ocpi"8k羽n do s詠 phân b嘘 c栄a các electron.
Nên ta có th吋 hình dung khi ta b臼 h羽 vào h瓜p mô ph臼ng thì các phân t穎p逢噂c chuy吋p"8瓜ng s胤i¤{"vƒe"8瓜ng lên phân t穎 curcumin làm các nguyên t穎 c栄a curcumin fcq"8瓜pi."vw{"pjk‒p"f逢噂k"vƒe"8瓜ng c栄a các l詠e"j¿v"v pj"8k羽n c栄a l欝ng fullerene s胤 sinh ra m瓜t l詠c gi英 các phân t穎 curcumin này d磯p"8院p"8欝 th鵜 RMSD s胤e„"fcq"8瓜ng không 鰻n 8鵜pj"pj逢"vt‒p0""
B違ng 4.10"P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 sau khi ch衣{"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎
P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD
(nm) Bond 34750.4 254.877 Angle 1083.71 30.638 Ryckaert-Bell. 2364.68 29.7468 Improper Dih. 5.92375 2.47288 LJ-14 1283.56 9.78819 Coulomb-14 -125.045 3.59434 LJ (SR) 61162.3 661.741 Coulomb (SR) -80711.6 2529.22 Vj院"p<pi 18443.4 2571.03
P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 sau khi ch衣y mô ph臼pi"8瓜ng l詠c phân t穎 8逢嬰c th吋 hi羽n qua b違pi"603."pj逢"8«"vt·pj"d {"v衣i ph亥n t鰻ng quan fullerene là m瓜t trong nh英ng phân t穎 có s泳e"e<pi"n噂n và b隠n 荏 8k隠u ki羽n tiêu chu育p."8k隠u này d磯p"8院p"p<pi"n逢嬰ng th院 p<pi"e栄a h羽 mô ph臼ng có giá tr鵜f逢挨pi0"
Ta ti院n hành kh違q" uƒv" p<pi" n逢嬰pi" v逢挨pi" vƒe" ik英a hai c員p fullerene và curcumin, s嘘 li羽w"8逢嬰c th吋 hi羽n thông qua b違ng 4.2.
54
B違ng 4.2. P<pi"n逢嬰pi"v逢挨pi"vƒe"hwnngtgpg"x "ewtewokp""
P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm)
Coul-SR 0.124847 0.237061 LJ-SR -205.551 5.45033
T瑛 b違ng 4.2 ta th医{"8逢嬰e"p<pi"n逢嬰pi"v逢挨pi"vƒe"vjgq"vj院 v逢挨pi"vƒe"Ngpctf"- Jones mang giá tr鵜 âm th吋 hi羽p"8逢嬰c gi英a hai phân t穎 p {"v逢挨pi"vƒe"j¿v"ejk院o"逢w" th院 nên curcumin s胤 có liên k院t v噂k"o pi"dcq"hwnngtgpg0"Eƒe"v逢挨pi"vƒe"v pj"8k羽n l衣i góp ph亥n làm phân t穎 curcumin có th吋 d鵜ch chuy吋n bên trong lòng c栄a fullerene, do s詠 chuy吋p"8瓜ng c栄a các eletron gây ra s詠 phân b嘘 mj»pi"8欝pi"8隠u d磯p"8院n có s詠 v ej"8k羽n khác nhau trên phân t穎 fullerene. Theo k院t qu違 tính toán m壱v"8瓜 electron thì s詠v ej"8k羽n này phân b嘘8欝ni"8隠u trên b隠 m員t phân t穎 fullerene.
V壱y có th吋p„k"8逢嬰c r茨pi"o»"j·pj"8隠 xu医t curcumin n茨m bên trong phân t穎 fullerene có th吋 mang tính kh違 thi theo các giá tr鵜p<pi"n逢嬰pi"v逢挨pi"vƒe"vc"vjw"8逢嬰c. Theo các k院t qu違 quan sát th医y, h羽 có s詠fcq"8瓜ng và không 8衣v"8逢嬰c tr衣ng thái cân b茨ng.
4.2.2. Kh違o sát mô ph臼pi"8瓜ng h丑c phân t穎 v噂i các khuy院t t壱t fullerene
Pj逢"8«"o»"rj臼ng h羽荏 eƒe"d逢噂c trên ta th医{"8逢嬰c r茨ng, fullerene có th吋 tr荏 thành m瓜t màng bao curcumin. Tuy nhiên h羽v逢挨pi"vƒe"mj»pi"8衣v"8逢嬰c tr衣ng thái 鰻n 8鵜nh, có th吋 gi違i thích r茨pi"hwnngtgpg"e„"zw"j逢噂pi"8k"tc"mj臼i màng bao fullerene.
Trong ph亥n này, ta s胤 t衣o các khuy院t t壱t trên màng bao fullerene, vi羽c này nh茨m m映e"8 ej"v衣o ra các l厩 tr嘘ng trên b隠 m員t màng giúp cho phân t穎 curcumin có mj»pi"ikcp"8吋 di chuy吋n ra bên ngoài.
Ta s胤 kh違q"uƒv"eƒe"m ej"vj逢噂c 5 carbon, 16 carbon và 32 carbon.
a)Rj逢挨pi"rjƒr"t衣o các khuy院t t壱t trên b隠n m員t fullerene
Ta ti院n hành s穎 d映ng các ph亥n m隠m tr詠e"swcp"XOF"8吋 zƒe"8kpj"eƒe"x鵜 trí carbon trên b隠 m員t fullerene c亥n xóa, d英 li羽u t丑c"8瓜 sau khi xóa các carbon c亥n thi院t s胤 8逢嬰c ti院n hành t嘘k"逢w"j„c."v pj"vqƒp"n衣i m壱v"8瓜 electron b茨ng ph亥n m隠m DFTB+
55
nh茨o"zƒe"8鵜nh l衣k"8k羽n tích trên các phân t穎 carbon c栄a fullerene khuy院t t壱t. C医u trúc sau khi t嘘k"逢w"e栄a h羽 mô ph臼ng qua các hình 4.6.
Hình 4.6.CＸu trúc phân tぬ vずi lざ khuyｘt trên màng fullerene Nhｆn xét:
- Khi ta ti院n hành lo衣i b臼 các nguyên t穎 carbon, s詠 phân b嘘 8k羽n tích c栄a các carbon s胤vjc{"8鰻i không còn s詠 phân b嘘 theo t瑛pi"pj„o"8k羽p"v ej"8員e"vt逢pi" 8«"mj違o sát 荏 ph亥n trên. C映 th吋:
‚ 雲 m ej"vj逢噂c 5 carbon giá tr鵜 8k羽n tích s胤 phân b嘘 t瑛ng c員p carbon có giá tr鵜 8k羽n tích b茨ng nhau, và t欝n t衣i m瓜t s嘘 ectdqp" e„" 8k羽n tích không theo c員p (荏 quanh mép l厩 khuy院v+0" Eƒe" pj„o" 8k羽n tích âm f逢挨pi"x磯n n茨m xen k胤.
‚ 雲 m ej"vj逢噂c 16 carbon, s胤 không xu医t hi羽p"eƒe"ectdqp"e„"8k羽n tích b茨pi"pjcw"o "vjc{"x q"8„"n "eƒe"x́pi"8i羽p"v ej"¤o"x "8k羽p"v ej"f逢挨pi" n茨m xen k胤 v噂i nhau.
‚ 雲 m ej"vj逢噂e"54"ectdqp."vc"e pi"swcp"uƒv"vj医y s詠 phân b嘘 8k羽n tích v逢挨pi"v詠 v噂k"m ej"vj逢噂c 16 carbon.
56
- Khi ta lo衣i b臼 54"ectdqp"m ej"vj逢噂c mi羽ng l厩 s胤 l噂n nh医t nên trong ba kích vj逢噂c ta kh違q" uƒv" vt‒p." m ej" vj逢噂c 32C s胤 t衣q" 8k隠u ki羽n thu壱n l嬰i cho curcumin di chuy吋n nh医t.
- Ta ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎pj逢"eƒe"d逢噂c trên các k院t qu違 vjw"8逢嬰c ta s胤 kh違o sát qua các ph亥p"ucw"8¤{0"""
b)M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 5 carbon:
Hình 4.7 khi tính RMSD v噂i th運i gian ch衣y 10 ns, thì h羽 bi院p"8瓜ng m衣nh trong kho違ni"4"pu"8亥w"ucw"8„"v瑛 6"pu"8院n 7 ns, h羽 tr荏 l衣i cân b茨pi."ucw"8„"n衣i dao 8瓜ng tr荏 l衣i t瑛:"pu"8院n 10 ns.
Hình 4.7. RMSD hう mô phぎng khＶo sát khuyｘt tｆv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 5C A欝 th鵜 cho ta th医{"8逢嬰c các h羽 mô ph臼pi"fcq"8瓜ng và các t丑c"8瓜 c栄a c栄a các phân t穎 trong h羽 ej逢c"8衣t tr衣ng thái cân b茨pi0"Vw{"pjk‒p"zw"j逢噂ng c栄a h羽 tr荏 nên d亥n 鰻p"8鵜pj"j挨p"uq"x噂k"vt逢運ng h嬰p không có khuy院t t壱t. Ta nh壱n th医y curcumin có zw"j逢噂ng thoát ra ngoài t衣i 7 ns. 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 RM SD (nm ) Vj運k"ikcp"*pu+ RMSD
57
B違ng 4.3. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 5C sau khi ch衣y mô ph臼ng. P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1230.3 94.6168 Angle 1276.9 59.9649 Ryckaert-Bell. 2009.95 36.6072 Improper Dih. 5.47294 2.37605 LJ-14 5297.95 42.6237 Coulomb-14 -89.3839 3.45103 LJ (SR) 9309.14 942.624 Coulomb (SR) -84321.8 3417.6 Vj院"p<pi -65438.4 3570.16
Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 8逢嬰c mô t違 trên b違pi"605."vc"swcp"v¤o"8院n giá tr鵜 th院 p<pi"e栄a h羽 so v噂i h羽dcp"8亥u. Ta th医{"8逢嬰c r茨ng th院p<pi"8«"ik違m và tr荏 v隠 giá tr鵜 ¤o."8k隠w"p {"8逢嬰c gi違i thích do l厩 khuy院t 5 ectdqp"8«"n o"ik違m s泳e"e<pi"e栄a phân t穎 fullerene, nên th院p<pi"e栄a h羽 mô ph臼ng gi違m.
c) M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 16 carbon
Hình 4.8. RMSD hう mô phぎng khＶo sát khuyｘt tｆv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 16C
0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐふﾐ ぶ RMSD
58
T衣k"m ej"vj逢噂c 16C s詠 cân b茨pi"8逢嬰c thi院t l壱p t衣i giá tr鵜 7 ns 8院p":"pu."8吋 kh違o sát thêm chúng ta ti院p t映c cho h羽 ch衣y thêm 10 ns ti院p theo. K院t qu違n "vc"8逢嬰c h羽 hoàn toàn cân b茨ng.
Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰pi"vjw"8逢嬰c th吋 hi羽n 荏 b違pi"606."vc"e pi"ej¿"#"8院n giá tr鵜 th院p<pi"ocpi"ikƒ"vt鵜 âm, lúc này s泳e"e<pi"e栄a h羽 e pi"8逢嬰c gi違i t臼a do l厩 khuy院t 16 carbon. Do trong tình hu嘘ng này ta v磯p"mj»pi"vjw"8逢嬰c k院t qu違 mong mu嘘n là gi違i phóng curcumin ra kh臼i h羽 nên ta ti院p t映c kh違o sát v噂i l厩 khuy院t l噂p"j挨p"n "54" carbon.
B違ng 4.4. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 16C sau khi ch衣y mô ph臼ng P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1082.42 150.476 Angle 1530.77 102.848 Ryckaert-Bell. 1942.16 43.6017 Improper Dih. 4.13165 2.00658 LJ-14 5065.33 42.1742 Coulomb-14 -103.996 3.04576 LJ (SR) 11090.8 1589.22 Coulomb (SR) 2700 5582.46 Vj院"p<pi -70018.6 4345.06
59
d)M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 32 carbon
Hình 4.9. RMSD hう mô phぎng khＶo sát khuyｘt tｆv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 32C V噂k"m ej"vj逢噂c 32 carbon, h羽 pjcpj"ej„pi"8衣v"8逢嬰c cân b茨ng sau 2 ns. Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰pi"vjw"8逢嬰c 荏 b違pi"607."vc"e pi"swcp"uƒv"8逢嬰c s泳e"e<pi"e栄a phân t穎 fullerene v噂i l厩 tr嘘pi"54"ectdqp"e pi"8逢嬰c gi違i t臼a. V噂k"8欝 th鵜 TOUF"pj逢"vt‒p"vc" e pi" e„" 8逢嬰c k院t lu壱n là curcumin v磯n không th吋 thoát ra bên ngoài v臼 bao curcumin.
B違ng 4.5. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 32C sau mô ph臼ng P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1148.22 108.59 Angle 1353.14 73.6681 Ryckaert-Bell. 1979.3 35.5139 Improper Dih. 4.91936 2.08934 LJ-14 4889.1 41.6641 Coulomb-14 -109.411 3.31778 LJ (SR) 10204.7 1304.42 Coulomb (SR) -87618.8 4622.22 Vj院"p<pi -68305.4 3570.16 0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0 2 4 6 8 10 12 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD
60 Nhｆn xét:
- Ta có th吋 th医{"mjk"vc"v<pi"m ej"e叡 c栄a các l厩 tr嘘ng khuy院t t壱t trên phân t穎 fullerene thì h羽 s胤 e„"zw"j逢噂pi"fcq"8瓜ng m衣pj"n¿e"8亥w"x "ucw"8„"vt荏 v隠 tr衣ng thái cân b茨pi0"Ak隠w"p {"8逢嬰c lý gi違i do m壱v"8瓜 phân b嘘8k羽n tích c栄a các fullerene thay 8鰻i và m医t tính 8嘘i x泳pi"fq"8„"違pj"j逢荏pi"8院n chuy吋p"8瓜ng c栄a phân t穎 curcumin bên trong.
- V噂i mô hình fullerene v噂i khuy院t t壱t 32 carbon, ta s胤 ti院n hành thêm protein m映e"vk‒w"8吋 kh違o sát tính ch医t liên k院t v噂i protein m映c tiêu c栄a curcumin.
- Có m瓜v"8k吋o"8ƒpi"ej¿"#"n "e違 dc"m ej"vj逢噂e"vc"8隠w"vjw"8逢嬰c các giá tr鵜 th院 p<pi" v逢挨pi" 8逢挨pi" pjcw" x " 8隠u cho th医y s詠 gi違m th院 p<pi" p‒p" u詠 liên k院t c栄a curcumin v噂i qu違 c亥u fullerene khi có l厩 khuy院v"e pi"d隠n v英ng d磯p"8院n curcumin r医t khó thoát ra h羽 mô ph臼ng.
4.2.3. Mô ph臼ng mô hình có protein m映c tiêu
Protein m映e"vk‒w"8逢嬰c ch丑n là protein th映 th吋 y院u t嘘 v<pi"vt逢荏ng t院 bào bi吋u mô g丑i t逸t là EGFR. C医u trúc phân t穎 c栄a protein và c栄a h羽 mô ph臼pi"8逢嬰c tr詠c quan hóa trong hình 4.10 và 4.11
61
C医u trúc protein m映c tiêu g欝o"3432"cekf"cokp."8¤{"n "o瓜v"8衣i phân t穎 ch泳a g亥n 5000 nguyên t穎, c医u trúc b壱c ba bao g欝m 8 chu厩i xo逸n , 7 phi院n g医p và nhi隠u chu厩i xo逸n lò xo.
Hình 4.11. Hう mô phぎng bao gげm protein mつc tiêu.
H羽 mô ph臼ng ch泳a s嘘 n逢嬰ng nguyên t穎 l噂n (5503 nguyên t穎)."p‒p"8吋 t嘘k"逢w" hóa th運i gian ch衣y mô ph臼ng b茨ng ph亥n m隠m GROMACS, chúng ta s胤 kh違o sát zgo"8嘘i v噂i curcumin, v鵜 trí nào c栄a protein s胤 có ái l詠c m衣nh nh医t, r欝i s胤 8k隠u ch雨nh v鵜 vt "8院n g亥n v噂i l厩 trên v臼 bao fullerene nh茨m t衣q"8k隠u ki羽n thu壱n l嬰i giúp ewtewokp"v逢挨pi"vƒe"x噂i v鵜 trí có ái l詠c m衣nh trên protein m映c tiêu.
Pj逢"ej¿pi"vc"8«"dk院t protein có b嘘n b壱c c医w"vt¿e"vtqpi"8„"eƒe"e医u trúc b壱c 3 là c医u trúc không gian c栄c"eƒe"8衣i phân t穎 này. Vi羽c t衣o thành các c医u trúc không gian v噂i các hình d衣pi"8員e"vt逢pi"ejq"o厩i lo衣i protein, s胤 違pj"j逢荏pi"8院n s詠 k院t n嘘i (docking) c栄a các ph嘘i t穎 v噂i các protein m映c tiêu.
V壱y nên khi ch丑n l詠c"eƒe"8k隠u ki羽n mô ph臼ng v隠 nhi羽v"8瓜, áp su医v"eƒe"8衣i phân t穎 này ph違i 荏 tr衣ng thái c詠c ti吋w"j„c"p<pi"n逢挨pi"*f衣ng t欝n t衣i th詠c t院 c栄a các phân t穎 này trong t詠 nhiên).
62
Ta ti院n hành mô ph臼ng l逸p ghép ph嘘i t穎 v噂i proteing (docking) b茨ng ph亥n m隠m autodockvina và x穎 lý thông tin b茨ng ph亥n m隠o"r{oqn."vc"vjw"8逢嬰c v鵜 vt "8員t s胤 g亥n v噂i acid amin Arginine s嘘 th泳 t詠 977 và acid amin Tyrosine s嘘 th泳 t詠 978 c栄a m瓜t chu厩i xo逸n .
Hình 4.12. Vお trí curcumin có ái lばc cao nhＸt trên mつc tiêu
Mjk"ej¿pi"vc"e„"8逢嬰c các v鵜 vt "8員t c栄a h羽 mô ph臼ng, ta ti院p"j pj"8k隠u ch雨nh các t丑c"8瓜 c栄a phân t穎 fullerene và curcumin sao cho các phân t穎 này càng g亥n v噂i các v鵜 trí acid amin s嘘 977 và 978 càng t嘘t.
K院t qu違 mô ph臼ng
H羽8逢嬰c ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎v逢挨pi"v詠 các quy trình mà ta mô ph臼ng các h羽 trong các ph亥n trên, tuy nhiên do s嘘 n逢嬰ng nguyên t穎 c栄a h羽 v逢挨pi"8嘘i l噂n nên v噂i tài nguyên máy tính có h衣n, chúng ta ti院n hành mô ph臼ng 722.222"d逢噂e"v逢挨pi"8逢挨pi"x噂i 1 ns, t鰻ng th運i gian ch衣y là 360 gi運0"Vc"vjw"8逢嬰c các k院t qu違pj逢"ucw<"
63
Hình 4.13. RMSD cてa protein sau mô phぎng
Ta nh壱n th医{"vtqpi"8k隠u ki羽n mô ph臼ng c栄a h羽, protein m映e"vk‒w"e„"zw"j逢噂ng 8衣t tr衣ng thái cân b茨ng t嘘t m員c d亥u ch雨 mô ph臼pi"3"pu0"Ak隠u này giúp cho ta th医y c医u trúc không gian protein c栄c"vc"8«"8衣v"8逢嬰c tr衣ng thái t嘘k"逢w0"
Các acid amin trong phân t穎 protein r医v"nkpj"8瓜ng và không gi英 v鵜 trí c嘘8鵜nh vtqpi"eƒe"8k隠u ki羽n mô ph臼pi."vw{" pjk‒p"mjk"8衣t tr衣ng thái t嘘k"逢w" x "e詠c ti吋u v隠 p<pi"n逢嬰ng các acid amin này s胤 duy trì quanh m瓜t v鵜 trí và t衣o thành các hình dáng c栄a protein ta quan tâm, nhìn vào RMSD ta thu 8逢嬰c giá tr鵜 c栄c"TOUF"fcq"8瓜ng m衣pj"vtqpi"6"ru"8院p"8"ru."pj逢pi"ucw"8„"e„"zw"j逢噂ng cân b茨ng tuy nhiên h羽 c亥n ch衣y thêm v噂i th運k"ikcp"f k"j挨p"8吋 có th吋8ƒpj"ikƒ"x隠8瓜 鰻p"8鵜nh c栄a protein.
0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 R M S D ( n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD Protein
64
Hình 4.14. RMSD cてa curcumin sau quá trình mô phぎng
V逢挨pi"v詠pj逢"e医u trúc ba chi隠u c栄a protein, c医u trúc c栄c"ewtewokp"e pi"e亥n 8逢嬰c 鰻p"8鵜pj"8k隠w"p {"8逢嬰c th吋 hi羽n qua hình 4.14. Vì khi c医u trúc ph嘘i t穎 không b鵜 fcq" 8瓜ng thì hình dáng c栄a c医u t穎 m噂i có th吋 kh噂p v噂i hình dáng c栄a m映c tiêu trong quá trình g逸n k院t protein và ph嘘i t穎.
Nhìn vào RMSD, ta th医y giá tr鵜 RMSD tính b茨ng nm c栄a curcumin nh臼f逢噂i 2.3"po"p‒p"8瓜 d鵜ch chuy吋n t丑c"8瓜 quanh t丑c"8瓜 cân b茨ng c栄a curcumin nh臼. Ta nh壱n th医y curcumin v磯p"e„"8瓜 fcq"8瓜ng, vì lúc này curcumin v磯p"ej逢c"vjqƒv"mj臼i 8逢嬰c qu違 c亥u hwnngtgpg." f逢噂k" vƒe" 8瓜ng c栄a l詠c hút c栄a phân t穎 protein m映c tiêu ewtewokp"e„"zw"j逢噂pi"8k"tc"x "i逸n k院t v噂i m映e"vk‒w."pj逢pi"fq"eƒe"n詠c hút c栄a màng bao nên curcumin v磯p"ej逢c"vjqƒv"mj臼i fullerene. Chúng ta ti院p t映e"zgo"zfiv"8欝 th鵜 RMSD c栄a ph泳c h嬰p curcumin và protein. 0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD CURCUMIN
65
Hình 4.15. RMSD cてa phとc hぢp curcumin và protein sau quá trình mô phぎng