Xét quá trình bi院p"8鰻i c栄a h羽 t瑛 tr衣pi"vjƒk"8亥u v噂i th院 p<pi"戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 8院n tr衣ng thái cu嘘i v噂i th院p<pi"戟捗沈津盤版迎屎王沈繁匪. Ví d映 vtqpi"d k"vqƒp"v逢挨pi"vƒe"ik英a ligand v噂i protein, 戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 v逢挨pi"泳ng v噂i tr衣ng thái khi rtqvgkp"x "nkicpf"mj»pi"v逢挨pi" tác và 戟捗沈津盤版迎屎王沈繁匪v逢挨pi"泳ng v噂i ph泳c h嬰p protein và ligand.
P<pi"n逢嬰ng t詠fq"v逢挨pi"8嘘i gi英a hai tr衣pi"vjƒk"8亥u và cu嘘i là hi羽u c栄c"p<pi" n逢嬰ng t詠 do c栄a t瑛ng tr衣ng thái:
罫" 噺" 罫捗沈津 伐 罫沈津沈 ゲ
P<pi"n逢嬰ng t詠 do c栄a t瑛ng tr衣ng thái có th吋8逢嬰c vi院v"f逢噂i d衣ng log c栄a t鰻ng th嘘ng m‒"v逢挨pi"泳ng cho t瑛ng tr衣pi"vjƒk"pj逢"ucw<"
罫沈津沈 噺 伐倦喋 劇 健券傑沈津沈 噺 伐倦喋 劇 健券 完 穴迎屎王結捲喧 岾伐腸日韮日盤版眺屎王日繁匪 賃遁脹 峇ゲ 罫捗沈津 噺 伐倦喋 劇 健券傑捗沈津 噺 伐倦喋 劇 健券 完 穴迎屎王結捲喧 磐伐腸肉日韮賃遁盤版眺屎王脹日繁匪卑ゲ (2.37) (2.38) (2.39)
31
Fq"8„."p<pi"n逢嬰ng t詠 fq"v逢挨pi"8嘘i có th吋 8逢嬰c vi院v"f逢噂i d衣ng log c栄a t雨 s嘘 t鰻ng th嘘ng kê c栄a hai tr衣ng thái:
罫" 噺 伐倦喋 劇 健券 岾跳跳肉日韮
日韮日峇ゲ
Mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎 cho phép ta tính trung bình trên t壱p h嬰p th嘘ng kê c栄c"eƒe"8衣k"n逢嬰ng ph映 thu瓜c vào t丑c"8瓜 vtqpi"mj»pi"ikcp"rjc"pj逢pi"mj»pi"ejq" rjfir"vc"v pj"8逢嬰c t鰻ng th嘘pi"m‒0"Fq"8„."8吋 có th吋逢噂e"n逢嬰pi"8逢嬰c giá tr鵜 c栄c"p<pi" n逢嬰pi"v逢挨pi"8嘘i b茨pi"rj逢挨pi"rjƒr"o»"rj臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎, ta c亥p"8逢c"ッG v隠 d衣ng trung bình trên t壱p th嘘pi"m‒"pj逢"eƒe"8衣k"n逢嬰ng nhi羽v"8瓜ng khác. Ta vi院t l衣i t鰻ng th嘘ng kê c栄a tr衣ng thái cu嘘k"pj逢"ucw<"
傑捗沈津 噺 豹 穴迎屎王結捲喧盤伐戟捗沈津盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪結捲喧盤伐戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪結捲喧盤戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪 噺 完 穴迎屎王結捲喧盤伐戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪結捲喧 磐伐腸肉日韮盤版眺屎王日繁匪貸腸日韮日盤版眺屎王日繁匪 賃遁脹 卑ゲ Ta vi院t l衣i ッI"pj逢"ucw<" 罫" 噺 " 伐倦喋 劇 健券 完 穴迎屎王結捲喧盤伐戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪結捲喧 峭伐戟捗沈津盤版迎屎王沈繁匪 伐 戟倦 沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 喋劇 嶌 完 穴迎"屎屎屎王結捲喧盤伐戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪 倦喋劇匪 噺 " 伐倦喋 劇 健券 噺 " 伐倦喋 劇 健券 極結捲喧 磐伐 ッ戟 倦喋劇卑玉沈津沈"""ゲ
Vtqpi"8„"極 玉 là trung bình theo phân b嘘 Bolzmann c栄a tr衣ng thái ini (tr衣ng thái 8亥u).
Rj逢挨pi"vt·pj"*4064+"8逢嬰c g丑i là công th泳e"p<pi"n逢嬰ng t詠 do nhi宇u lo衣n Zwanzig. Vì công th泳c Zwanzig cho phép ta vi院v"n逢嬰pi"p<pi"n逢嬰ng t詠fq"v逢挨pi"8嘘i ッG gi英a hai tr衣ng thái fin (tr衣ng thái cu嘘i) và ini (tr衣pi"vjƒk"8亥w+"f逢噂i d衣ng trung bình th嘘ng kê c栄a th瑛a s嘘 Bolzmann c栄a chên l羽ch th院 p<pi"ッU, ta có th吋 f́pi"rj逢挨pi"rjƒr"o»" ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎8吋逢噂e"n逢嬰ng ッI0"Eƒej"8挨p"ik違n nh医v"8吋逢噂e"n逢嬰ng ッG là ti院n hành mô ph臼ng h羽荏 tr衣pi"vjƒk"kpk"8吋 t衣o ra c医u hình phân t穎 tuân theo phân b嘘Dqnv¦ocpp"v逢挨pi"泳ng v噂i 戟沈津沈盤版迎屎王沈繁匪
(2.40)
(2.41)
32
Ti院p theo, ta dùng các c医u hình m磯w"p {"8吋 tính giá tr鵜 trung bình c栄c"8衣k"n逢嬰ng
結捲喧 岾伐賃ッ腸
遁脹峇. M瓜v"eƒej"v逢挨pi"v詠, ta có th吋 ti院n hành mô ph臼ng 荏 tr衣ng thái cu嘘i và dùng công th泳e"ucw"8吋 tính ッG
ッ) 噺 伐倦喋 劇 健券 極結捲喧 岾伐賃ッ腸
遁脹峇玉捗沈津ゲ
Hai rj逢挨pivt·pj"*4064+"x "*4065+"n "v逢挨pi"8逢挨pi"pjcw0"
Vi羽c áp d映ng tr詠c ti院p công th泳c (2.42) hay (2.43) ch雨 có th吋 cho k院t qu違逢噂e"n逢嬰ng c栄c"ÄI"v逢挨pi"8嘘i chính xác khi hai tr衣ng thái ini và fin r医t g亥n nhau hay nói cách mjƒe"n "mjk"8瓜 chênh l羽ch th院p<pi"ÄW"ik英a hai tr衣ng thái là nh臼. Trong h亥u h院t các vt逢運ng h嬰p th詠c t院."ÄW"vj逢運ng l噂p"j挨p"t医t nhi隠u so v噂k"p<pi"n逢嬰ng nhi羽t 倦喋劇. Khi 8„"xk羽c áp d映ng tr詠c ti院p công th泳 Zwanzig s胤 cho k院t qu違逢噂e"n逢嬰pi"ÄI"x噂i sai s嘘 r医t l噂p0"N#"fq"n "x·"8嘘i v噂k"eƒe"8衣k"n逢嬰ng ng磯u nhiên có d衣pi"j o"o "結捲喧 岾伐 ッ腸
賃遁脹峇, giá tr鵜 vtwpi"d·pj"8逢嬰c quy院v"8鵜pj"*8„pi"i„r"pjk隠u nh医t) b荏i các giá tr鵜 nh臼 c栄a bi院n ng磯w"pjk‒p"ÄW0"Pj逢pi"p院u ta ch雨 mô ph臼ng h羽 荏 m瓜t trong hai tr衣ng thái ini và fin (tr衣ng thái cu嘘i), ta h亥w"pj逢"vjw"8逢嬰c giá tr鵜 r医t l噂n c栄a bi院n ng亥w"pjk‒p"ÄW"x·"jck" tr衣ng thái ini và fin 荏 xa nhau trong không gian pha và phân b嘘 Boltzmann 荏 hai tr衣ng thái ini và fin h亥w"pj逢"mj»pi"ej欝ng l医n v噂k"pjcw0"Pj逢"8«"8隠 c壱p 荏 trên, các giá tr鵜 nh臼 c栄a bi院p"piw"pjk‒p"ÄW"e„"8„pi"i„r"pjk隠u nh医t vào giá tr鵜 trung bình 荏 rj逢挨pi"vt·pj"*4064+0"Vw{"pjk‒p."v亥n s嘘 xu医t hi羽n c栄a các giá tr鵜 nh臼 này trong quá trình mô ph臼ng là r医t th医p và h亥w"pj逢"mj»pi"vj吋 swcp"uƒv"8逢嬰c trong th運i gian mô ph臼ng h英u h衣p0" Ak隠u này d磯p" 8院n giá tr鵜 逢噂e" n逢嬰ng c栄a 結捲喧 岾伐賃ッ腸
遁脹峇 b鵜 sai l羽ch (biased).
Cách ph鰻 bi院p"8吋 kh逸c ph映e"mj„"mj<p"vt‒p"n "8鵜pj"pij c"vj‒o"pjk隠u tr衣ng thái 荏 gi英a hai tr衣ng thái ini (tr衣pi"vjƒk"8亥u) và fin (tr衣ng thái cu嘘k+"8吋 sao cho phân b嘘 Boltzmann c栄a hai tr衣ng thái g亥n k隠 bao ph栄 lên nhau. Nói cách khác, ta ti院n hành mô ph臼ng h羽 không nh英ng 荏 tr衣ng thái v噂i th院 p<pi"戟沈津沈 và 戟捗沈津 mà còn 荏 nhi隠u (2.43)
33
tr衣ng thái trung gian khác v噂i th院 p<pi"戟賃."m"?3.È.M."戟怠=戟沈津沈 và 戟懲=戟捗沈津0"Mjk"8„" ÄI"e„"vj吋8逢嬰c vi院v"pj逢"ucw<" ッ罫" 噺 " 布 ッ罫賃 懲貸怠 賃退怠 噺 伐倦喋劇 布 健券極結貸ッ腸入 賃遁脹玉 懲貸怠 賃退怠 ゲ Vtqpi"8„"ッ戟賃 噺 戟賃袋怠伐 戟賃
Pj逢"x壱y ta ti院p"j pj"v pj"p<pi"n逢嬰ng t詠 fq"v逢挨pi"8嘘i t瑛pi"d逢噂c m瓜t cho hai tr衣ng thái k院 nhau, r欝i c瓜ng các giá tr鵜 l衣k"8吋 vjw"8逢嬰c k院t qu違ucw"épi"n "p<pi"n逢嬰ng t詠 fq"v逢挨pi"8嘘i gi英a hai tr衣ng thái mà ta quan tâm là ini và fin. T医t nhiên th運i gian tính toán s胤 v<pi"vjgq"u嘘 tr衣ng thái trung gian vì ta ph違i ti院n hành t鰻ng c瓜ng K-1 mô ph臼ng. Vi羽c ch丑n các tr衣ng thái trung gian 岶戟賃岼 nh茨m m映e"8 ej"v<pi"u詠 bao ph栄 c栄a các phân b嘘 Boltzmann. Các tr衣ng thái trung gian có th吋8逢嬰c ch丑n là các tr衣ng thái phi v壱t lý x·"p<pi"n逢嬰ng t詠 do là hàm tr衣pi"vjƒk."p‒p"p<pi"n逢嬰ng t詠 fq"v逢挨pi" 8嘘i gi英a hai tr衣ng thái không ph映 thu瓜c vào h羽 ti院n tri吋n t瑛 tr衣pi"vjƒk"p {"8院n tr衣ng thái kia [29].