Kh違o sát mô ph 臼pi"8瓜 ngh 丑c phân t穎 v噂i các khuy院t t壱t fullerene

Một phần của tài liệu Nghiên cứu sự tương tác của phân tử curcumin với vật liệu fullerene bằng phương pháp mô phỏng (Trang 66 - 72)

Pj逢"8«"o»"rj臼ng h羽荏 eƒe"d逢噂c trên ta th医{"8逢嬰c r茨ng, fullerene có th吋 tr荏 thành m瓜t màng bao curcumin. Tuy nhiên h羽v逢挨pi"vƒe"mj»pi"8衣v"8逢嬰c tr衣ng thái 鰻n 8鵜nh, có th吋 gi違i thích r茨pi"hwnngtgpg"e„"zw"j逢噂pi"8k"tc"mj臼i màng bao fullerene.

Trong ph亥n này, ta s胤 t衣o các khuy院t t壱t trên màng bao fullerene, vi羽c này nh茨m m映e"8 ej"v衣o ra các l厩 tr嘘ng trên b隠 m員t màng giúp cho phân t穎 curcumin có mj»pi"ikcp"8吋 di chuy吋n ra bên ngoài.

Ta s胤 kh違q"uƒv"eƒe"m ej"vj逢噂c 5 carbon, 16 carbon và 32 carbon.

a)Rj逢挨pi"rjƒr"t衣o các khuy院t t壱t trên b隠n m員t fullerene

Ta ti院n hành s穎 d映ng các ph亥n m隠m tr詠e"swcp"XOF"8吋 zƒe"8kpj"eƒe"x鵜 trí carbon trên b隠 m員t fullerene c亥n xóa, d英 li羽u t丑c"8瓜 sau khi xóa các carbon c亥n thi院t s胤 8逢嬰c ti院n hành t嘘k"逢w"j„c."v pj"vqƒp"n衣i m壱v"8瓜 electron b茨ng ph亥n m隠m DFTB+

55

nh茨o"zƒe"8鵜nh l衣k"8k羽n tích trên các phân t穎 carbon c栄a fullerene khuy院t t壱t. C医u trúc sau khi t嘘k"逢w"e栄a h羽 mô ph臼ng qua các hình 4.6.

Hình 4.6.Cu trúc phân t vi l khuyt trên màng fullerene Nhn xét:

- Khi ta ti院n hành lo衣i b臼 các nguyên t穎 carbon, s詠 phân b嘘 8k羽n tích c栄a các carbon s胤vjc{"8鰻i không còn s詠 phân b嘘 theo t瑛pi"pj„o"8k羽p"v ej"8員e"vt逢pi" 8«"mj違o sát 荏 ph亥n trên. C映 th吋:

‚ 雲 m ej"vj逢噂c 5 carbon giá tr鵜 8k羽n tích s胤 phân b嘘 t瑛ng c員p carbon có giá tr鵜 8k羽n tích b茨ng nhau, và t欝n t衣i m瓜t s嘘 ectdqp" e„" 8k羽n tích không theo c員p (荏 quanh mép l厩 khuy院v+0" Eƒe" pj„o" 8k羽n tích âm f逢挨pi"x磯n n茨m xen k胤.

‚ 雲 m ej"vj逢噂c 16 carbon, s胤 không xu医t hi羽p"eƒe"ectdqp"e„"8k羽n tích b茨pi"pjcw"o "vjc{"x q"8„"n "eƒe"x́pi"8i羽p"v ej"¤o"x "8k羽p"v ej"f逢挨pi" n茨m xen k胤 v噂i nhau.

‚ 雲 m ej"vj逢噂e"54"ectdqp."vc"e pi"swcp"uƒv"vj医y s詠 phân b嘘 8k羽n tích v逢挨pi"v詠 v噂k"m ej"vj逢噂c 16 carbon.

56

- Khi ta lo衣i b臼 54"ectdqp"m ej"vj逢噂c mi羽ng l厩 s胤 l噂n nh医t nên trong ba kích vj逢噂c ta kh違q" uƒv" vt‒p." m ej" vj逢噂c 32C s胤 t衣q" 8k隠u ki羽n thu壱n l嬰i cho curcumin di chuy吋n nh医t.

- Ta ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎pj逢"eƒe"d逢噂c trên các k院t qu違 vjw"8逢嬰c ta s胤 kh違o sát qua các ph亥p"ucw"8¤{0"""

b)M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 5 carbon:

Hình 4.7 khi tính RMSD v噂i th運i gian ch衣y 10 ns, thì h羽 bi院p"8瓜ng m衣nh trong kho違ni"4"pu"8亥w"ucw"8„"v瑛 6"pu"8院n 7 ns, h羽 tr荏 l衣i cân b茨pi."ucw"8„"n衣i dao 8瓜ng tr荏 l衣i t瑛:"pu"8院n 10 ns.

Hình 4.7. RMSD h mô phng kho sát khuyt tfv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 5C A欝 th鵜 cho ta th医{"8逢嬰c các h羽 mô ph臼pi"fcq"8瓜ng và các t丑c"8瓜 c栄a c栄a các phân t穎 trong h羽 ej逢c"8衣t tr衣ng thái cân b茨pi0"Vw{"pjk‒p"zw"j逢噂ng c栄a h羽 tr荏 nên d亥n 鰻p"8鵜pj"j挨p"uq"x噂k"vt逢運ng h嬰p không có khuy院t t壱t. Ta nh壱n th医y curcumin có zw"j逢噂ng thoát ra ngoài t衣i 7 ns. 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 RM SD (nm ) Vj運k"ikcp"*pu+ RMSD

57

B違ng 4.3. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 5C sau khi ch衣y mô ph臼ng. P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1230.3 94.6168 Angle 1276.9 59.9649 Ryckaert-Bell. 2009.95 36.6072 Improper Dih. 5.47294 2.37605 LJ-14 5297.95 42.6237 Coulomb-14 -89.3839 3.45103 LJ (SR) 9309.14 942.624 Coulomb (SR) -84321.8 3417.6 Vj院"p<pi -65438.4 3570.16

Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 8逢嬰c mô t違 trên b違pi"605."vc"swcp"v¤o"8院n giá tr鵜 th院 p<pi"e栄a h羽 so v噂i h羽dcp"8亥u. Ta th医{"8逢嬰c r茨ng th院p<pi"8«"ik違m và tr荏 v隠 giá tr鵜 ¤o."8k隠w"p {"8逢嬰c gi違i thích do l厩 khuy院t 5 ectdqp"8«"n o"ik違m s泳e"e<pi"e栄a phân t穎 fullerene, nên th院p<pi"e栄a h羽 mô ph臼ng gi違m.

c) M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 16 carbon

Hình 4.8. RMSD h mô phng kho sát khuyt tfv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 16C

0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 R M S D (n m ) ~エ胤キ"ェキ;ミふミ ぶ RMSD

58

T衣k"m ej"vj逢噂c 16C s詠 cân b茨pi"8逢嬰c thi院t l壱p t衣i giá tr鵜 7 ns 8院p":"pu."8吋 kh違o sát thêm chúng ta ti院p t映c cho h羽 ch衣y thêm 10 ns ti院p theo. K院t qu違n "vc"8逢嬰c h羽 hoàn toàn cân b茨ng.

Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰pi"vjw"8逢嬰c th吋 hi羽n 荏 b違pi"606."vc"e pi"ej¿"#"8院n giá tr鵜 th院p<pi"ocpi"ikƒ"vt鵜 âm, lúc này s泳e"e<pi"e栄a h羽 e pi"8逢嬰c gi違i t臼a do l厩 khuy院t 16 carbon. Do trong tình hu嘘ng này ta v磯p"mj»pi"vjw"8逢嬰c k院t qu違 mong mu嘘n là gi違i phóng curcumin ra kh臼i h羽 nên ta ti院p t映c kh違o sát v噂i l厩 khuy院t l噂p"j挨p"n "54" carbon.

B違ng 4.4. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 16C sau khi ch衣y mô ph臼ng P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1082.42 150.476 Angle 1530.77 102.848 Ryckaert-Bell. 1942.16 43.6017 Improper Dih. 4.13165 2.00658 LJ-14 5065.33 42.1742 Coulomb-14 -103.996 3.04576 LJ (SR) 11090.8 1589.22 Coulomb (SR) 2700 5582.46 Vj院"p<pi -70018.6 4345.06

59

d)M ej"vj逢噂c l厩 tr嘘ng 32 carbon

Hình 4.9. RMSD h mô phng kho sát khuyt tfv"hwnngtgpg"m ej"vj⇔ずc 32C V噂k"m ej"vj逢噂c 32 carbon, h羽 pjcpj"ej„pi"8衣v"8逢嬰c cân b茨ng sau 2 ns. Các giá tr鵜 p<pi"n逢嬰pi"vjw"8逢嬰c 荏 b違pi"607."vc"e pi"swcp"uƒv"8逢嬰c s泳e"e<pi"e栄a phân t穎 fullerene v噂i l厩 tr嘘pi"54"ectdqp"e pi"8逢嬰c gi違i t臼a. V噂k"8欝 th鵜 TOUF"pj逢"vt‒p"vc" e pi" e„" 8逢嬰c k院t lu壱n là curcumin v磯n không th吋 thoát ra bên ngoài v臼 bao curcumin.

B違ng 4.5. P<pi"n逢嬰ng c栄a h羽 kích c叡 32C sau mô ph臼ng P<pi"n逢嬰pi Trung bình (kJ/mol) RMSD (nm) Bond 1148.22 108.59 Angle 1353.14 73.6681 Ryckaert-Bell. 1979.3 35.5139 Improper Dih. 4.91936 2.08934 LJ-14 4889.1 41.6641 Coulomb-14 -109.411 3.31778 LJ (SR) 10204.7 1304.42 Coulomb (SR) -87618.8 4622.22 Vj院"p<pi -68305.4 3570.16 0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0 2 4 6 8 10 12 R M S D (n m ) ~エ胤キ"ェキ;ミ"ふミ ぶ RMSD

60 Nhn xét:

- Ta có th吋 th医{"mjk"vc"v<pi"m ej"e叡 c栄a các l厩 tr嘘ng khuy院t t壱t trên phân t穎 fullerene thì h羽 s胤 e„"zw"j逢噂pi"fcq"8瓜ng m衣pj"n¿e"8亥w"x "ucw"8„"vt荏 v隠 tr衣ng thái cân b茨pi0"Ak隠w"p {"8逢嬰c lý gi違i do m壱v"8瓜 phân b嘘8k羽n tích c栄a các fullerene thay 8鰻i và m医t tính 8嘘i x泳pi"fq"8„"違pj"j逢荏pi"8院n chuy吋p"8瓜ng c栄a phân t穎 curcumin bên trong.

- V噂i mô hình fullerene v噂i khuy院t t壱t 32 carbon, ta s胤 ti院n hành thêm protein m映e"vk‒w"8吋 kh違o sát tính ch医t liên k院t v噂i protein m映c tiêu c栄a curcumin.

- Có m瓜v"8k吋o"8ƒpi"ej¿"#"n "e違 dc"m ej"vj逢噂e"vc"8隠w"vjw"8逢嬰c các giá tr鵜 th院 p<pi" v逢挨pi" 8逢挨pi" pjcw" x " 8隠u cho th医y s詠 gi違m th院 p<pi" p‒p" u詠 liên k院t c栄a curcumin v噂i qu違 c亥u fullerene khi có l厩 khuy院v"e pi"d隠n v英ng d磯p"8院n curcumin r医t khó thoát ra h羽 mô ph臼ng.

Một phần của tài liệu Nghiên cứu sự tương tác của phân tử curcumin với vật liệu fullerene bằng phương pháp mô phỏng (Trang 66 - 72)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(89 trang)