Protein m映e"vk‒w"8逢嬰c ch丑n là protein th映 th吋 y院u t嘘 v<pi"vt逢荏ng t院 bào bi吋u mô g丑i t逸t là EGFR. C医u trúc phân t穎 c栄a protein và c栄a h羽 mô ph臼pi"8逢嬰c tr詠c quan hóa trong hình 4.10 và 4.11
61
C医u trúc protein m映c tiêu g欝o"3432"cekf"cokp."8¤{"n "o瓜v"8衣i phân t穎 ch泳a g亥n 5000 nguyên t穎, c医u trúc b壱c ba bao g欝m 8 chu厩i xo逸n , 7 phi院n g医p và nhi隠u chu厩i xo逸n lò xo.
Hình 4.11. Hう mô phぎng bao gげm protein mつc tiêu.
H羽 mô ph臼ng ch泳a s嘘 n逢嬰ng nguyên t穎 l噂n (5503 nguyên t穎)."p‒p"8吋 t嘘k"逢w" hóa th運i gian ch衣y mô ph臼ng b茨ng ph亥n m隠m GROMACS, chúng ta s胤 kh違o sát zgo"8嘘i v噂i curcumin, v鵜 trí nào c栄a protein s胤 có ái l詠c m衣nh nh医t, r欝i s胤 8k隠u ch雨nh v鵜 vt "8院n g亥n v噂i l厩 trên v臼 bao fullerene nh茨m t衣q"8k隠u ki羽n thu壱n l嬰i giúp ewtewokp"v逢挨pi"vƒe"x噂i v鵜 trí có ái l詠c m衣nh trên protein m映c tiêu.
Pj逢"ej¿pi"vc"8«"dk院t protein có b嘘n b壱c c医w"vt¿e"vtqpi"8„"eƒe"e医u trúc b壱c 3 là c医u trúc không gian c栄c"eƒe"8衣i phân t穎 này. Vi羽c t衣o thành các c医u trúc không gian v噂i các hình d衣pi"8員e"vt逢pi"ejq"o厩i lo衣i protein, s胤 違pj"j逢荏pi"8院n s詠 k院t n嘘i (docking) c栄a các ph嘘i t穎 v噂i các protein m映c tiêu.
V壱y nên khi ch丑n l詠c"eƒe"8k隠u ki羽n mô ph臼ng v隠 nhi羽v"8瓜, áp su医v"eƒe"8衣i phân t穎 này ph違i 荏 tr衣ng thái c詠c ti吋w"j„c"p<pi"n逢挨pi"*f衣ng t欝n t衣i th詠c t院 c栄a các phân t穎 này trong t詠 nhiên).
62
Ta ti院n hành mô ph臼ng l逸p ghép ph嘘i t穎 v噂i proteing (docking) b茨ng ph亥n m隠m autodockvina và x穎 lý thông tin b茨ng ph亥n m隠o"r{oqn."vc"vjw"8逢嬰c v鵜 vt "8員t s胤 g亥n v噂i acid amin Arginine s嘘 th泳 t詠 977 và acid amin Tyrosine s嘘 th泳 t詠 978 c栄a m瓜t chu厩i xo逸n .
Hình 4.12. Vお trí curcumin có ái lばc cao nhＸt trên mつc tiêu
Mjk"ej¿pi"vc"e„"8逢嬰c các v鵜 vt "8員t c栄a h羽 mô ph臼ng, ta ti院p"j pj"8k隠u ch雨nh các t丑c"8瓜 c栄a phân t穎 fullerene và curcumin sao cho các phân t穎 này càng g亥n v噂i các v鵜 trí acid amin s嘘 977 và 978 càng t嘘t.
K院t qu違 mô ph臼ng
H羽8逢嬰c ti院n hành mô ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎v逢挨pi"v詠 các quy trình mà ta mô ph臼ng các h羽 trong các ph亥n trên, tuy nhiên do s嘘 n逢嬰ng nguyên t穎 c栄a h羽 v逢挨pi"8嘘i l噂n nên v噂i tài nguyên máy tính có h衣n, chúng ta ti院n hành mô ph臼ng 722.222"d逢噂e"v逢挨pi"8逢挨pi"x噂i 1 ns, t鰻ng th運i gian ch衣y là 360 gi運0"Vc"vjw"8逢嬰c các k院t qu違pj逢"ucw<"
63
Hình 4.13. RMSD cてa protein sau mô phぎng
Ta nh壱n th医{"vtqpi"8k隠u ki羽n mô ph臼ng c栄a h羽, protein m映e"vk‒w"e„"zw"j逢噂ng 8衣t tr衣ng thái cân b茨ng t嘘t m員c d亥u ch雨 mô ph臼pi"3"pu0"Ak隠u này giúp cho ta th医y c医u trúc không gian protein c栄c"vc"8«"8衣v"8逢嬰c tr衣ng thái t嘘k"逢w0"
Các acid amin trong phân t穎 protein r医v"nkpj"8瓜ng và không gi英 v鵜 trí c嘘8鵜nh vtqpi"eƒe"8k隠u ki羽n mô ph臼pi."vw{" pjk‒p"mjk"8衣t tr衣ng thái t嘘k"逢w" x "e詠c ti吋u v隠 p<pi"n逢嬰ng các acid amin này s胤 duy trì quanh m瓜t v鵜 trí và t衣o thành các hình dáng c栄a protein ta quan tâm, nhìn vào RMSD ta thu 8逢嬰c giá tr鵜 c栄c"TOUF"fcq"8瓜ng m衣pj"vtqpi"6"ru"8院p"8"ru."pj逢pi"ucw"8„"e„"zw"j逢噂ng cân b茨ng tuy nhiên h羽 c亥n ch衣y thêm v噂i th運k"ikcp"f k"j挨p"8吋 có th吋8ƒpj"ikƒ"x隠8瓜 鰻p"8鵜nh c栄a protein.
0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 R M S D ( n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD Protein
64
Hình 4.14. RMSD cてa curcumin sau quá trình mô phぎng
V逢挨pi"v詠pj逢"e医u trúc ba chi隠u c栄a protein, c医u trúc c栄c"ewtewokp"e pi"e亥n 8逢嬰c 鰻p"8鵜pj"8k隠w"p {"8逢嬰c th吋 hi羽n qua hình 4.14. Vì khi c医u trúc ph嘘i t穎 không b鵜 fcq" 8瓜ng thì hình dáng c栄a c医u t穎 m噂i có th吋 kh噂p v噂i hình dáng c栄a m映c tiêu trong quá trình g逸n k院t protein và ph嘘i t穎.
Nhìn vào RMSD, ta th医y giá tr鵜 RMSD tính b茨ng nm c栄a curcumin nh臼f逢噂i 2.3"po"p‒p"8瓜 d鵜ch chuy吋n t丑c"8瓜 quanh t丑c"8瓜 cân b茨ng c栄a curcumin nh臼. Ta nh壱n th医y curcumin v磯p"e„"8瓜 fcq"8瓜ng, vì lúc này curcumin v磯p"ej逢c"vjqƒv"mj臼i 8逢嬰c qu違 c亥u hwnngtgpg." f逢噂k" vƒe" 8瓜ng c栄a l詠c hút c栄a phân t穎 protein m映c tiêu ewtewokp"e„"zw"j逢噂pi"8k"tc"x "i逸n k院t v噂i m映e"vk‒w."pj逢pi"fq"eƒe"n詠c hút c栄a màng bao nên curcumin v磯p"ej逢c"vjqƒv"mj臼i fullerene. Chúng ta ti院p t映e"zgo"zfiv"8欝 th鵜 RMSD c栄a ph泳c h嬰p curcumin và protein. 0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD CURCUMIN
65
Hình 4.15. RMSD cてa phとc hぢp curcumin và protein sau quá trình mô phぎng Hình 4.15 cho ta th医{"8逢嬰c RMSD c栄a ph泳c h嬰p curcumin và protein, sau swƒ"vt·pj"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎, nhìn vào hình ta có nh壱n xét là curcumin và protein không có nhi隠u s詠 vjc{" 8鰻k" ucw" 3" pu0" Fq" ej¿pi" vc" 8«" 8逢c" rtqvgkp" t医t sát v噂i curcumin nên khó có th吋 qucp"uƒv"8逢嬰c s詠 vjc{"8鰻i t丑c"8瓜 c栄a ph泳c h嬰p này, nên chúng ta d宇 dàng hi吋w"8逢嬰c RMSD cân b茨ng và 鰻p"8鵜nh trong 1 ns mô ph臼ng. Qua 8欝 th鵜 ta có th吋 th医y, curcumin v磯p"ej逢c"nk‒p"m院v"8逢嬰c v噂i protein m映c tiêu.
Nhｆn xét:
- K院t qu違TOUF"vjw"8逢嬰c c栄a curcumin và protein m映c tiêu cho ta th医{"8逢嬰c h羽 r医t nhanh tr荏 v隠 tr衣ng thái cân b茨ng.
- Curcumin và protein m映e"vk‒w"fq"ej逢c"8栄 th運k"ikcp"8吋 v逢挨pi"vƒe"p‒p"m院t qu違 vjw"8逢嬰e"mjƒ"o挨"j欝vtqpi"ikck"8q衣n này.
- Fq"m ej"vj逢噂c h羽 l噂n, tài nguyên máy tính th詠c hi羽p"8隠 tài không cho phép nên các s嘘 li羽u v隠 s詠 v逢挨pi"vƒe"e栄a h羽 mô ph臼ng v噂i protein m映e"vk‒w"ej逢c" 8逢嬰c quan sát.
- Chúng ta s胤 ti院p t映c th詠c hi羽n mô ph臼ng và tính toán h羽 v噂i th運i gian tính vqƒp"8亥{"8栄8吋 hoàn thi羽n các k院t qu違 và công b嘘 trên các t衣p chí khoa h丑c.
0 0.5 1 1.5 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 R M S D (n m ) ~ｴ胤ｷ"ｪｷ;ﾐ"ふﾐ ぶ RMSD Ligand-Protein
66
NH頴NG K蔭T LU一N CHÍNH C曳A LU一P"X;P
1. Mô hình phân t穎 curcumin n茨m bên trong l欝ng phân t穎 fullerene v隠 m員t lý thuy院t có th吋 t欝n t衣i. Lu壱p"x<p"8«"v pj"vqƒp"8逢嬰c các thông s嘘 p<pi"n逢嬰ng liên k院t c栄a mô hình. Ta có th吋 k院t lu壱p"8逢嬰c r茨ng phân t穎 curcumin có v逢挨pi"vƒe"v pj"8k羽n v噂i h羽8k羽n tích trên b隠 m員t c栄a fullerene và curcumin s胤 chuy吋p"8瓜ng m瓜t cách linh ho衣t bên trong lòng phân t穎 hwnngtgpg0"Ak隠u này r医t thu壱n l嬰i cho các phân t穎 thu嘘c có th吋 d宇 dàng di chuy吋p"8吋 thoát ra bên ngoài h羽 mang thu嘘c.
2. Vi羽c t衣o các l厩 tr嘘ng trên b隠 m員t phân t穎 curcumin nh茨m m映e" 8 ej" v衣o kho違pi"mj»pi"8吋 phân t穎 curcumin thoát ra bên ngoài s胤n o"vjc{"8鰻i m壱v"8瓜 8k羽n tích trên b隠 m員t phân t穎 fullerene. Phân t穎 ewtewokp"8逢嬰c quan sát là không th吋 vjqƒv"tc"8逢嬰c các c医u trúc fullerene có l厩 tr嘘ng này, lý do là tính ch医t liên k院t c栄a curcumin v噂k"hwnngtgpg"pi<p"e違p"hwnngtgpg"8k"tc"mj臼k"o pi"dcq"8k隠u này s胤 giúp cho ewtewokp"mj»pi"vjqƒv"tc"f逢噂i các tác d映ng bên ngoài mà ch雨 vjqƒv"tc"mjk"8院p"8逢嬰c m映c tiêu mong mu嘘n.
3. Do s詠 v逢挨pi"vƒe c栄a curcumin v噂i b隠 m員v"hwnngtgpg"mj»pi"n o"vjc{"8鰻i b違n ch医t hóa h丑c c栄a phân t穎 curcumin, nên ta có th吋 d宇 dàng th詠c hi羽n kh違o sát các v逢挨pi"vƒe"e栄a phân t穎 thu嘘c v噂i protein m映c tiêu c栄a nó b茨pi"eƒe"rj逢挨pi"rjƒr"o»" ph臼pi"8瓜ng l詠c h丑e0"Vw{"pjk‒p"j逢噂ng tính toán mô ph臼pi"p {"vj逢運pi"8”k"j臼i h羽 mô ph臼ng r医t l噂n nên v噂i nh英ng tài nguyên máy tính h衣n h姻p c栄a lu壱p"x<p"mj„"e„" th吋 8逢c"tc"8逢嬰c các con s嘘 chính xác. S嘘 li羽w"d逢噂e"8亥w"vjw"8逢嬰c t瑛 nghiên c泳u 8瓜ng h丑c phân t穎 cho th医{"ewtewokp"e„"zw"j逢噂ng thoát ra ngoài khi g員p protein m映e" vk‒w" pj逢pi" vj運i gian tính toán ng逸p" p‒p" vc" ej逢c" vjw" 8逢嬰c các k院t qu違 hoàn ch雨nh.
67
NH頴PI"A卯PJ"J姶閏NG NGHIÊN C永U TI蔭P THEO
Nh英ng k院t qu違 8衣v" 8逢嬰c trong lu壱p"x<p"8«" o荏 ra nh英pi"8鵜pj"j逢噂ng nghiên c泳u tri吋n v丑ng có th吋 ti院p c壱n trong th運i gian t噂k"8吋8隠 tài này hoàn ch雨nh, c映 th吋:
1. Ti院p t映c mô ph臼ng mô hình v噂i th運k"ikcp"f k"j挨p"8吋 hoàn thi羽n k院t qu違. 2. Nghiên c泳w"8瓜 bi院p"vjk‒p"p<pi"n逢嬰ng t詠 fq"swc"eƒe"ikck"8q衣n b茨pi"rj逢挨pi"
rjƒr"8瓜ng l詠c h丑c phân t穎.
3. Kh違q"uƒv"eƒe"o»"j·pj"v pj"vqƒp"v逢挨pi"vƒe"ukpj"j丑e"mjƒe"pj逢"vj穎 8瓜c tính, v逢挨pi"vƒe"x噂k"eƒe"fwpi"o»k"f逢噂i s詠 tr嬰 giúp c栄a máy tính.
68
EèE"EðPI"VTîPJ"AÊ"EðPI"D渦 K益 y院u h瓜i ngh鵜 qu嘘c t院
1. Le Vu Phuc and Tran Thi Thu Hanh, ÐNovel fullerene-based drug delivery system: a silico-study approach.Ñ Presentation, Taiwan-Vietnam Joint international conference on emerging materials and batteries, ICMB, Tainan, Taiwan, 2020.
Abstract
In pharmaceutical engineering, the designs of a target-drug delivery systems are attractively concerned due to its efficacy and safety. There have been many experimental studies using the fullerene to form the drug-carrier system and has shown a significant improvement in the pharmacokinetic properties of the active substance [1]. Curcumin is a natural compound extracted from turmeric, with many pharmacological properties such as antiviral, antibacterial, and impact on cancer cells. However, due to its water-solubility, curcumin's pharmacological properties are hardly clinically demonstrated. There has been research to create a fullereocurcuminoid derivative to HIV viruses and cancer cells, in which curcumin is out-bound to fullerene. However, HIV antiviral properties showed only moderate efficiency and no anti-cancer effect was observed [2]. Therefore, we decided to conduct this research, focusing on computational approach of inbound fullereocurcuminoid derivative systems for drug delivery, with the adequate size of the fullerene to encapsulate curcumin molecule. This proposed model is promising not only to create a better anti-solvent shield for the curcumin molecule throughout the delivery path to the target cells, but also to manipulate the curcumin dose since the fullerene shield may increase the efficiency of curcumin carrying. The approach of this research is to use computational simulation method to investigate epidermal growth factor receptor binding and physicochemical parameters of the curcumin molecule encapsulated in fullerene.
69
TÀI LI烏U THAM KH謂O
[1] National Institutes of Health. "Drug Delivery Systems: Getting Drugs to Vjgkt"Vctigvu"kp"c"Eqpvtqnngf"OcppgtÑ0"Kpvgtpgv<"www.nibib.nih.gov/science- education/science-topics/drug-delivery-systems-getting-drugs-their-targets-
controlled-manner.htm, Aug. 29, 2021.
[2] S. Goodarzi, T. Da Ros, J. Conde, F. Sefat and M. Mozafari, "Fullerene: biomedical engineers get to revisit an old friend", Materials Today, vol. 20, no. 8, pp. 460-480, 2017. Available: 10.1016/j.mattod.2017.03.017.
[3] E. Castro et al., "Correction: A new family of fullerene derivatives: fullereneÎ curcumin conjugates for biological and photovoltaic applications", RSC
Advances, vol. 9, no. 5, pp. 2379-2379, 2019. Available:
10.1039/c9ra90002k.
[4] R. Carroll et al., "Phase IIa Clinical Trial of Curcumin for the Prevention of Colorectal Neoplasia", Cancer Prevention Research, vol. 4, no. 3, pp. 354- 364, 2011. Available: 10.1158/1940-6207.capr-10-0098.
[5] C. Lao et al., "Dose escalation of a curcuminoid formulation", BMC Complementary and Alternative Medicine, vol. 6, no. 1, 2006. Available: 10.1186/1472-6882-6-10.
[6] R. Sharma et al., "Phase I Clinical Trial of Oral Curcumin", Clinical Cancer Research, vol. 10, no. 20, pp. 6847-6854, 2004. Available: 10.1158/1078- 0432.ccr-04-0744.
[7] H. Kroto, "C60 Buckminsterfullerene", MRS Proceedings, vol. 206, 1990. Available: 10.1557/proc-206-611..
[8] R. Haddon, L. Brus and K. Raghavachari, "Electronic structure and bonding in icosahedral C60", Chemical Physics Letters, vol. 125, no. 5-6, pp. 459-464, 1986. Available: 10.1016/0009-2614(86)87079-8.
[9] H. Kroto, "The stability of the fullerenes Cn, with n = 24, 28, 32, 36, 50, 60 and 70", Nature, vol. 329, no. 6139, pp. 529-531, 1987. Available: 10.1038/329529a0.
70
[10] J0" Mtqvq." L0" Jgcvj." U0" QÓDtien, R. Curl and R. Smalley, "C60: Buckminsterfullerene", Nature, vol. 318, no. 6042, pp. 162-163, 1985. Available: 10.1038/318162a0..
[11] H. Bürgi et al., "The Structure of C60: Orientational Disorder in the Low- Temperature Modification of C60", Angewandte Chemie International Edition in English, vol. 31, no. 5, pp. 640-643, 1992. Available: 10.1002/anie.199206401..
[12] K. Hedberg et al., "Bond Lengths in Free Molecules of Buckminsterfullerene, C60, from Gas-Phase Electron Diffraction", Science, vol. 254, no. 5030, pp. 410-412, 1991. Available: 10.1126/science.254.5030.410.
[13] T0" Jcffqp." N0" Dtwu" cpf" M0" Tcijcxcejctk." $Tgj{dtkfk¦cvkqp" cpf" ヾ-orbital alignment: the key to the existence of spheroidal carbon clusters", Chemical Physics Letters, vol. 131, no. 3, pp. 165-169, 1986. Available: 10.1016/0009- 2614(86)80538-3.
[14] H. Beckhaus, C. Rüchardt, M. Kao, F. Diederich and C. Foote, "The Stability of Buckminsterfullerene(C60): Experimental Determination of the Heat of Formation", Angewandte Chemie International Edition in English, vol. 31, no. 1, pp. 63-64, 1992. Available: 10.1002/anie.199200631..
[15] R. Haddon, "Chemistry of the Fullerenes: The Manifestation of Strain in a Class of Continuous Aromatic Molecules", Science, vol. 261, no. 5128, pp. 1545-1550, 1993. Available: 10.1126/science.261.5128.1545.
[16] R. Beck, P. St. John, M. Alvarez, F. Diederich and R. Whetten, "Resilience of all-carbon molecules C60, C70, and C84: a surface-scattering time-of-flight investigation", The Journal of Physical Chemistry, vol. 95, no. 21, pp. 8402- 8409, 1991. Available: 10.1021/j100174a066.
[17] Y. Marcus, A. Smith, M. Korobov, A. Mirakyan, N. Avramenko and E. Stukalin, "Solubility of C60Fullerene", The Journal of Physical Chemistry B, vol. 105, no. 13, pp. 2499-2506, 2001. Available: 10.1021/jp0023720.
71
[18] R. Ruoff, D. Tse, R. Malhotra and D. Lorents, "Solubility of fullerene (C60) in a variety of solvents", The Journal of Physical Chemistry, vol. 97, no. 13, pp. 3379-3383, 1993. Available: 10.1021/j100115a049.
[19] W. Scrivens and J. Tour, "Potent solvents for C60 and their utility for the rapid acquisition of 13C NMR data for fullerenes", Journal of the Chemical Society, Chemical Communications, no. 15, p. 1207, 1993. Available: 10.1039/c39930001207..
[20] N. Sivaraman, R. Dhamodaran, I. Kaliappan, T. Srinivasan, P. Rao and C. Mathews, "Solubility of C60 in organic solvents", The Journal of Organic
Chemistry, vol. 57, no. 22, pp. 6077-6079, 1992. Available:
10.1021/jo00048a056.
[21] A. Golonko, H. Lewandowsmc."T0"VykuŽqemc."W0"LcukMumc."Y0"Rtkgdg"cpf"Y0" Lewandowski, "Curcumin as tyrosine kinase inhibitor in cancer treatment", European Journal of Medicinal Chemistry, vol. 181, p. 111512, 2019. Available: 10.1016/j.ejmech.2019.07.015.
[22] P. Dao Van, Pharmacological chapter 1, 1st ed. Ha Noi: Ha Noi Education, 2007, pp. 6-30..
[23] T. Tran, M. Le, T. Tran, T. Tran and K. Thai, "Design of Curcumin and Flavonoid Derivatives with Acetylcholinesterase and Beta-Secretase Inhibitory Activities Using in Silico Approaches", Molecules, vol. 25, no. 16, p. 3644, 2020. Available: 10.3390/molecules25163644.
[24] T. Nguyen Minh, "Study antioxidant ability of polyphenol on base fullerene (C60) in-silico approach structures", 2016. [Accessed 29 August 2021]. [25] M. Shanmugam et al., "The Multifaceted Role of Curcumin in Cancer
Prevention and Treatment", Molecules, vol. 20, no. 2, pp. 2728-2769, 2015. Available: 10.3390/molecules20022728.
[26] P. Wang, G. Yan, X. Zhu, Y. Du, D. Chen and J. Zhang, "Heterofullerene MC59 (M = B, Si, Al) as Potential Carriers for Hydroxyurea Drug Delivery", Nanomaterials, vol. 11, no. 1, p. 115, 2021. Available: 10.3390/nano11010115 [Accessed 29 August 2021].
72
[27] T. Tsuneda and K. Hirao, "Self-interaction corrections in density functional theory", The Journal of Chemical Physics, vol. 140, no. 18, pp. 18A513, 2014. Available: 10.1063/1.4866996.
[28] F. Perrella et al., "Unveiling the structure of a novel artificial heme-enzyme with peroxidase-like activity: A theoretical investigation", Biopolymers, vol. 109, no. 10, p. e23225, 2018. Available: 10.1002/bip.23225.
[29] H. Vo Van, L. Huynh Kim, H. Nguyen Trung and H. Nguyen Ha, Simulation in physic, 1st ed. Ho Chi Minh: Ho Chi Minh National University., 2016. [30] Geoff Hutchison. "Avogadro - Free cross-platform molecular editor."
Internet: http://avogadro.cc/., Aug. 29, 2021.
[31] M. Hanwell, D. Curtis, D. Lonie, T. Vandermeersch, E. Zurek and G. Hutchison, "Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform", Journal of Cheminformatics, vol. 4, no. 1, 2012. Available: 10.1186/1758-2946-4-17.
[32] W. Humphrey, A. Dalke and K. Schulten, "VMD: Visual molecular dynamics", Journal of Molecular Graphics, vol. 14, no. 1, pp. 33-38, 1996. Available: 10.1016/0263-7855(96)00018-5
[33] I. Mitchell, B. Aradi and A. Page, "Density functional tight binding-based free energy simulations in the DFTB+ program", Journal of Computational
Chemistry, vol. 39, no. 29, pp. 2452-2458, 2018. Available:
10.1002/jcc.25583.
[34] M. Abraham et al., "GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers", SoftwareX, vol. 1-2, pp. 19-25, 2015. Available: 10.1016/j.softx.2015.06.001.
[35] J. Eberhardt, D. Santos-Martins, A. Tillack and S. Forli, "AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings", Journal of Chemical Information and Modeling, vol. 61, no. 8, pp. 3891-3898, 2021. Available: 10.1021/acs.jcim.1c00203.
a
PH影 L影C
K蔭T QU謂 T渦K"姶W"JïC"E遺U TRÚC B稲PI"RJ姶愛PI"RJèR"FHV" Fullerene
Geometry optimization step: 59
******************************************************************* iSCC Total electronic Diff electronic SCC error
2 -0.97477124E+03 -0.25941063E-08 0.74037703E-05
Fermi level: -0.1805776683 H -4.9138 eV Band energy: -976.8185973587 H -26580.5864 eV TS: 0.0000000000 H 0.0000 eV
Band free energy (E-TS): -976.8185973587 H -26580.5864 eV Extrapolated E(0K): -976.8185973587 H -26580.5864 eV Input / Output electrons (q): 2160.0000000000 2160.0000000000
Energy H0: -974.7736874832 H -26524.9416 eV Energy SCC: 0.0024511732 H 0.0667 eV
Total Electronic energy: -974.7712363100 H -26524.8749 eV Repulsive energy: 39.5086403897 H 1075.0848 eV Total energy: -935.2625959203 H -25449.7901 eV Extrapolated to 0: -935.2625959203 H -25449.7901 eV Total Mermin free energy: -935.2625959203 H -25449.7901 eV Force related energy: -935.2625959203 H -25449.7901 eV
SCC converged
b
Maximal derivative component: 0.863042E-04 au Max force for moved atoms:: 0.863042E-04 au
Dipole moment: -0.00000000 0.00000000 -0.00000000 au Dipole moment: -0.00000000 0.00000000 -0.00000000 Debye
Geometry converged
Curcumin
Fermi distribution function
Geometry optimization step: 0
******************************************************************* iSCC Total electronic Diff electronic SCC error
1 -0.65332626E+02 0.00000000E+00 0.82711980E-05