Nghiên cứu đặc điểm phân bố, hình thái, cấu trúc di truyền tiến hóa cá Chình hoa Thừa Thiên Huế

i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu luận án gốc tác giả, trung thực, khách quan chưa bảo vệ học vị khác Thừa Thiên Huế, ngày 12 tháng năm 2021 Tác giả luận án Kiều Thị Huyền ii LỜI CẢM ƠN Luận án thực hoàn thành Trường Đại học Nơng Lâm, Đại học Huế theo chương trình đào tạo Tiến sĩ ngành Nuôi trồng Thủy sản từ năm 2017 đến năm 2021 Trong suốt trình học tập hồn thành luận án, tơi nhận quan tâm, giúp đỡ Tập thể Lãnh đạo Trường Đại học Nơng Lâm, Đại học Huế; Phịng Đào tạo Công tác sinh viên; Quý thầy cô giáo Khoa Thủy sản, Bộ môn Cơ sở Quản lý Thủy sản; Viện Công nghệ Sinh học, Đại học Huế; Các quan địa phương, Cộng đồng dân cư điểm nghiên cứu Thừa Thiên Huế cung cấp thông tin, tài liệu thứ cấp hợp tác trình điều tra trường, thu thập mẫu vật Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn Quang Linh người mở định hướng nghiên cứu có tính hàn lâm cao, trực tiếp hướng dẫn khoa học tận tình giúp đỡ suốt q trình học tập, hồn thành luận án Đồng thời, tác giả xin chân thành cảm ơn đến PGS.TS Võ Văn Phú, PGS.TS Trần Quốc Dung, PGS.TS Lê Văn Dân, PGS.TS Nguyễn Duy Quỳnh Trâm, PGS.TS Tôn Thất Chất GS.TS Lê Đức Ngoan trực tiếp giảng dạy, hướng dẫn chuyên đề học tập Chân thành cảm ơn ThS NCS Đặng Thanh Long, TS Trương Văn Đàn chia sẽ, giúp đỡ, hỗ trợ chuyên môn nghiên cứu đa dạng di truyền xây dựng đồ phân bố Xin cảm ơn Quỹ học bổng dành cho Nghiên cứu sinh tổ chức SEARCA, Phillipine năm 2018; Đề tài cấp sở Đại học Huế (MS: DHH – 2019 – 02 – 113); Quỹ học bổng đổi sáng tạo Vingroup (VINIF) năm 2019, 2020 tài trợ phần kinh phí để tơi thực luận án Cảm ơn chương trình ERASMUS năm 2018 tạo hội để tham gia khóa trao đổi nghiên cứu Khoa Khoa học, Đại học kỹ thuật Marche, Ancona, Italia Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến em sinh viên khóa K47, K48, K49, K50 Khoa Thủy sản, Trường Đại học Nông Lâm, Đại học Huế; bạn bè, đồng nghiệp người thân gia đình hỗ trợ, giúp đỡ, động viên đồng hành trình thực luận án Mặc dù có nhiều nỗ lực cố gắng để hồn thành luận án khơng tránh khỏi thiếu sót Kính mong nhận góp ý chân thành từ nhà khoa học, quý thầy, cô giáo, đồng nghiệp đọc giả để luận án hoàn thiện hơn./ Trân trọng cảm ơn! Tác giả Kiều Thị Huyền iii TÓM TẮT Nghiên cứu thực với mục tiêu phân tích đặc điểm hình thái, phân bố đa dạng di truyền nhằm bổ sung thông tin đặc điểm sinh học khả thích nghi liên quan đến thay đổi mơi trường sống cá Chình hoa (Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824) Thừa Thiên Huế Từ đó, góp phần vào hoạt động nghiên cứu bảo tồn nguồn lợi cá Chình hoa Thừa Thiên Huế Việt Nam Thông tin nghiên cứu 350 mẫu vật thu thập cửa biển, đầm phá hệ thống sơng Thừa Thiên Huế, thời gian từ tháng 11/2017 đến tháng 12/2018 Đặc điểm sinh thái môi trường cá Chình hoa phân tích thơng qua 11 thơng số: nhiệt độ, độ mặn, hàm lượng oxy hoà tan (DO), pH, độ sâu, màu nước, chế độ thuỷ triều, dòng chảy, đáy, thời gian xuất chu kì trăng Các đặc điểm hình thái ngồi phân tích dựa 21 số 350 mẫu cá Chình hoa Các đặc điểm cấu tạo giải phẩu thực 189 mẫu vật Phương pháp phân tích thành phần (PCA) phân tích cụm (CA) sử dụng để phân tích cấu trúc quần thể cá Chình hoa phân bố Thừa Thiên Huế Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể cá Chình hoa thực hai phân đoạn gen COI 16S rRNA thuộc hệ gen ty thể 48 mẫu vật nghiên cứu kỹ thuật DNA barcode Kết nghiên cứu mô tả đặc điểm hình thái quần thể cá Chình hoa thu thập Thừa Thiên Huế có khối lượng 3,0 – 4500,0 g tương ứng với bốn giai đoạn phát triển: cá con, cá giống, cá tiền trưởng thành cá trưởng thành Một số đặc trưng hình thái cho giai đoạn phân tích liên quan đến thay đổi màu sắc thể, vây phân bố đốm hoa Các đặc điểm môi trường phù hợp cho phát triển cá Chình hoa là: nhiệt độ: 21 – 32 C, pH: 6,5 – 8,6, DO: 6,5 – 9,5 mg/L, độ mặn: đến 15 ‰, độ sâu: 0,3 – 11 m, đáy có nhiều hang hốc (72,0 %); xáo trộn dòng chảy, thay đổi màu sắc nước, thay đổi chế độ thủy triều (đối với vùng cửa sông), thay đổi yếu tố thời tiết mưa lũ (72,9 %) chu kì trăng Sự đa dạng cao cấu trúc quần thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế liên quan đến đặc điểm hình thái mơi trường phân bố ghi nhận thơng qua phân tích PCA CA với giá trị tích lũy 95,664 % 59,901 % tương ứng Kết phân tích PCA CA cho thấy đa dạng trình thích nghi hình thái mơi trường cá Chình hoa thủy vực Thừa Thiên Huế Về đặc điểm phân bố cá Chình hoa xuất quanh năm tất thủy vực lớn nhỏ có dịng chảy hướng phía Đơng theo hai mùa rõ rệt: mùa khô từ tháng 01 – tháng 6, tương ứng với xuất cá Chình hoa giai đoạn non (TL = 100 – 200 mm) biển di cư vào vùng nội địa, mùa mưa từ tháng – tháng 12, tương ứng với di cư sinh sản cá Chình hoa trưởng thành Hai phân đoạn gen COI 16S rRNA thuộc hệ gen ty thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế phân lập với tổng chiều dài chuỗi cuối lần iv lượt 845 bp 641 bp Mã số truy cập 48 đoạn COI 48 đoạn 16S rRNA ngân hàng liệu Genbank MN067923 đến MN067970 MN633308 đến MN633355 Các đoạn phân lập có thành phần Guanime (G) + Cytosine (C) cao Adenine (A) + Thymine (T) Tỷ lệ thay cao tìm thấy cặp sở A – G T – C Các đoạn gen COI mã hóa cho 18 loại amino acid khác đoạn 16S rRNA mã hóa loại amino acid Đã tìm thấy 20 vị trí đa hình 17 haplotype (35,42%) từ 48 đoạn gen COI; vị trí đa hình haplotype (16,67%) từ 48 đoạn gen 16S rRNA thể mức độ đa dạng di truyền cao quần thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế Giá trị âm kiểm định trung tính thể xu hướng tiến hóa ngẫu nhiên, mở rộng quy mơ quần thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế Cây phát sinh di truyền xây dựng dựa bốn thuật toán khác khẳng định mối quan hệ gần gũi quần thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế với quần thể thuộc khu vực Indo - Thái Bình Dương Sự ngăn cách địa lý, đặc điểm môi trường với trình di nhập ngẫu nhiên cá Chình hoa giai đoạn non vào Thừa Thiên Huế hình thành biến thể di truyền quần thể Những kết đạt từ nghiên cứu làm sáng tỏ nhiều thông tin liên quan đến mối quan hệ môi trường sống với đặc điểm phân bố, hình thái, cấu trúc di truyền tiến hóa cá Chình hoa Thừa Thiên Huế khu vực v ABSTRACT The study was carried out to analyze characteristics of distribution, morphology and genetic diversity of Marbled eel in Thua Thien Hue Therefor, it will supply informations about the biological characteristics and adaptability related to the changing habitat of the Marbled eel in Thua Thien Hue It will contribute to the research and the conservation activities of eel resources in Thua Thien Hue and Vietnam Research information and 350 samples were collected at 350 points in the catchment of seven areas: 02 sea gates, 01 lagoon and 04 major river systems in Thua Thien Hue during the study period from November 2017 to December 2018 11 parameters including temperature, salinity, dissolved oxygen (DO), tidal regime, pH, water color, flow, coordinates, time of appearance, moon phase and bottom were analyzed to clarify the environmental characteristics The external morphological characteristics were identified based on 21 indexes of 350 observed samples The internal morphological and anatomical characteristics were carried out base on 189 specimens The principal component analysis (PCA) and cluster analysis (CA) were used to analyze structure of the Marbled eel population distributed in Thua Thien Hue A study on the genetic diversity of the Marbled eel population was performed on two gene segments COI and 16S rRNA belonging to the mitochondrial gen of 48 samples by using DNA barcode technology The results of the study have described the morphological characteristics of the Marbled eel population collected in Thua Thien Hue with weight from 3.0 to 4500.0 g, corresponding to four development stages: juvenile, fingerling, pre-adult and adult The morphological characteristic changes for each stage were concerning in body color, fins color and spots The suitable environmental characteristics of water for living of Marbled eel is temperature: 21 - 32 °C, pH: 6.5 - 8.6, DO: 6.5 - 9, mg / l, salinity: - 15 ‰, depth: 0.3 11 m, the bottom has many holes (72.0%); disturbance of water flows, changes of water color, tidal regime, weather and flood (72.9%), and moon phase There was a high diversity in the Marbled eel populations’ structure in Thua Thien Hue related to morphological and environmental characteristics from PCA and CA analysis results with 95,665 % and 59,901 % of the cumulative rate, respectively It shows the high adaptability of Marbled eel population in Thua Thien Hue For distribution characteristics, Marbled eel appears year round in all water bodies with flow Eastward in two seasons: the dry season from January - March, corresponding to the migration of juvenile (TL = 100 – 200 mm) from coast areas to the upstreams, and the rainy season from August to December, corresponding to the time of spawning migration of adult eels The two gene segments COI and 16S rRNA belonging to the Marbled eel’s mitochondrial genome in Thua Thien Hue have been isolated with a total length of 845 bp and 641 bp, respectively The access codes on the Genbank data of COI sequences and 16S rRNA sequences are from MN067923 to vi MN067970 and from MN633308 to MN633355, respectively They have higher composition of Guanime (G) + Cytosine (C) than Adenine (A) + Thymine (T) High substitution rates were found between A - G and T - C There were 18 amino acids encoded by COI sequences while only four amino acids encoded by 16S rRNA sequences 20 polymorphic sites and 17 haplotypes were found from the COI sequences; polymorphic sites and haplotypes also were found from the 16S rRNA sequences show a high diversity in Marbled eel population Negative values of the neutral tests showed the tendency of random selection and evolution towards the population scale expansion of Marbled eel in Thua Thien Hue The phylogenetic tree was built based on four algorithms that confirmed the eel’s population close relationship in Thua Thien Hue with the eel populations in the Indo - Pacific region The results obtained from the study have shown a lot of information related to the relationship between the habitat and the distribution, morphology, genetic structure and evolution of the Marbled eel in Thua Thien Hue and in area vii MỤC LỤC MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa luận án Những đóng góp luận án CHƯƠNG TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Đặc điểm tự nhiên vùng nghiên cứu 1.1.1 Vị trí địa lý 1.1.2 Địa hình, địa mạo 1.1.3 Khí hậu 1.1.3.1 Chế độ nhiệt 1.1.3.2 Chế độ mưa 1.1.3.3 Chế độ gió 1.1.3.4 Chế độ bão, lũ 1.1.4 Thủy văn 1.1.5 Tài nguyên sinh vật 12 1.2 Đặc điểm sinh học cá Chình hoa 13 1.2.1 Thành phần loài phân bố 13 1.2.2 Vòng đời 15 1.2.3 Đặc điểm dinh dưỡng, sinh trưởng sinh sản 15 1.2.4 Khả thích nghi sinh thái 16 1.3 Chỉ thị phân tử ứng dụng thủy sản 18 1.3.1 Những nghiên cứu thị phân tử dựa DNA 18 1.3.2 Kỹ thuật DNA barcode 22 1.4 Tình hình nghiên cứu cá Chình (Anguilla) 24 1.4.1 Nghiên cứu hình thái 24 1.4.2 Phân bố, vịng đời thích nghi sinh thái 29 1.4.3 Ứng dụng thị phân tử 37 1.4.4 Nghiên cứu cá Chình Việt Nam 43 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .47 2.1 Phạm vi đối tượng nghiên cứu 47 2.1.1 Phạm vi nghiên cứu 47 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu 47 2.2 Nội dung nghiên cứu 48 2.3 Phương pháp nghiên cứu 48 2.3.1 Tiếp cận nghiên cứu 48 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu cụ thể 50 viii 2.3.2.1 Phương pháp kế thừa số liệu thứ cấp 50 2.3.2.2 Phỏng vấn thu thập thông tin 50 2.3.2.3 Thu mẫu 50 2.3.2.4 Phương pháp xác định thông số môi trường vẽ đồ 53 2.3.2.5 Phương pháp phân tích đặc điểm hình thái 54 2.3.2.6 Phương pháp phân tích phân tử 55 2.3.2.7 Phương pháp phân tích thống kê vẽ đồ 57 2.3.2.8 Các phương pháp phân tích sinh tin 57 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 59 3.1 Thành phần loài cá Chình phân bố Thừa Thiên Huế 59 3.2 Hiện trạng phân bố, đặc điểm môi trường phân cụm sinh thái phân bố cá Chình hoa Thừa Thiên Huế 60 3.2.1 Hiện trạng phân bố cá Chình hoa Thừa Thiên Huế 60 3.3.2.1 Phân bố theo thời gian 60 3.2.2.2 Phân bố theo không gian 65 3.2.2 Đặc điểm môi trường phân cụm sinh thái 71 3.2.2.1 Đặc điểm môi trường 71 3.2.2.2 Phân tích thành phần phân cụm sinh thái .75 3.3 Đặc điểm hình thái cấu trúc quần thể cá Chình hoa Thừa Thiên Huế 81 3.3.1 Hình thái ngồi 81 3.3.2 Hình thái cấu tạo 85 3.3.2.1 Miệng, lưỡi 85 3.3.2.2 Hình thái cấu tạo nội quan 86 3.3.2.3 Tuyến sinh dục 89 3.3.2.4 Xương sống thịt 90 3.3.3 Cấu trúc quần thể cá Chình hoa dựa số hình thái ngồi 91 3.4 Đa dạng di truyền quần thể thị phân tử 97 3.4.1 Phân lập đoạn gen COI 16S rRNA 97 3.4.2 Đa dạng di truyền quần thể cá Chình hoa 100 3.4.2.1 Mức độ đa dạng xu hướng tiến hóa 100 3.4.2.2 Các biến thể di truyền 103 3.4.3 Mơ hình dự đoán đặc điểm quần thể phát sinh lồi 108 3.4.3.1 Mơ hình dự đoán quần thể 108 3.4.3.2 Cây phát sinh di truyền 114 Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 124 4.1 Kết luận 124 4.2 Kiến nghị 125 TÀI LIỆU THAM KHẢO 127 ix DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT A AD aDNA : Adenine : The distance between the verticals through the anus and origin of the dorsal fin (Khoảng cách vây lưng vây hậu môn) : acinent DNA (DNA cổ) AFLP : Amplified fragment length polymorphism (Đa hình độ dài đoạn khuếch đại) AL : A Lưới AP-PCR : Arbitrarily primed PCR (PCR với mồi ngẫu nhiên), ASO : Allele specific oligo (Oligo đặc trưng allen) AS-PCR : Allele specific polymerase chain reaction (PCR đặc trưng allen) bp : Base pair (cặp sở) C : Cytosine CA : Cluster analysis (Phân tích cụm) CBOL : Consortium for the Barcode of Life COI : Cytochrome c oxidase tiểu đơn vị I DNA : Deoxyribonucleic acid DNA barcode: Mã vạch DNA DO : Dissolved Oxygen (Hàm lượng xy hồ tan) dio2 : Type II iodothyronine deiodinase DTL : Đập Thảo Long DTR : Đập Truồi E : Eye diameter (Đường kính mắt) eDNA : environment DNA (DNA môi trường) F : Factor (Nhân tố) fMYH : Fast skeletal muscle myosin heavy chain G : Guanine Gria3 : Glutamate receptor HL : Head length (Chiều dài đầu) IO : Distance between clear margins of eyes (Khoảng cách mắt) LC : Lăng Cô mtDNA : Mitochondrial DNA (DNA thông tin) mRNA : Mitochondrial RNA neurod1 : neurogenic differentiation factor ND : Nam Đơng x NGS : Next generation sequencing (Giải trình tự hệ thứ hai) NN&PTNT : Nông nghiệp phát triển nông thôn NTTS : Nuôi trồng thuỷ sản NXB : Nhà xuất OL : Sơng Ơ Lâu PA : Preanal length (Khởi điểm vây hậu môn) PCA : Principal component analysis (Phân tích thành phần chính) PCR : Polemerase chain reaction (Phản ứng kéo dài chuỗi) PD : The predorsal length (Khởi điểm vây lưng) PDH : PD without HL (Khoảng cách từ vây ngực đến vây lưng) PL : Phú Lộc RAPD : Randomly amplified polymorphic DNA (DNA đa hình nhân ngẫu nhiên) RFLP : Restriction fragment length polymorphism (đa hình đoạn giới hạn) RNA : Ribonucleic acid S1 : Silver (cá Chình bạc giai đoạn sớm) S2 : Silver (cá Chình bạc giai đoạn muộn) SBL : Hệ thống sông Bù Lu SBO : Hệ thống sông Bồ SCAR : Sequence characterised amplification regions (Vùng khuếch đại mô tả) SD : Độ lệch chuẩn SHU : Hệ thống sông Hương SNP : Single nucleotide polymorphism (Đa hình nucleotide đơn) SPR : Subtree – Pruning - Regrafting SSCP : Single stranded conformation polymorphism (Đa hình cấu tạo sợi đơn) SSR : Simple sequence repeats (Các chuỗi lặp lại đơn giản) STMS : Sequence tagged microsatellite site (Vị trí tiểu vệ tinh đánh dấu trình tự) STR : Short tandem repeats (Chuỗi lặp ngắn liền kề) STr : Hệ thống sông Truồi STS : Sequence tagged site (Vị trí chuỗi đánh dấu trình tự) STT : Số thứ tự T : Thymine T : Tail (Chiều dài đuôi) TA : Cửa biển Thuận An 134 Jana P.V.G.K (2003), Genetic variation between four species of Indian major carps as Revealed by random amplified polymorphic DNA assay, Aquaculture, 217 (1–4), pp 115-123 [83] Basu A., Patil N., Mohindra P., Zade B., Gujral S., Muckaden M.A., and Laskar S (2007), Isolated non-hodgkin’s lymphoma of the Pancreas: Case report and review of riterature, J Cancer Res Ther, (4), pp 236–239 DOI: 10.4103/0973-1482.39000 [84] Beullens K., Eding E.H., Gilson P., Ollevier F., Komen J., and Richter C.J.J (1997), Gonadal differentiation, intersexuality and sex ratios of European eel (Anguilla anguilla L.) maintained in captivity, Aquaculture, 153, pp 135-150 [85] Biswas S.P (1993), Manual of method in fish biology, South Asian Publishers Pvt Ltd New Delhi India [86] Bond C E (1996), Biology of Fishes, 2nd ed., Saunders, pp 283–290 [87] Botstein D., White R.L., Skolnick M., and Davis R.W (1980), Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms, The American Journal of Human Genetics, 32, pp 314 - 331 [88] Callejas C., and Ochando M.D (2002), Phylogenetic relationships among Spanish barbus species (Pisces, Cyprinidae) shown by RAPD markers, Heredity, 89 (1), pp 36-43 [89] Céline H., Martyn C.L., Gordon O., Colleen T.D., and Sandi W.M (2020), African freshwater eel species (Anguilla spp.) identification through DNA barcoding Marine and Freshwater Research 71, pp.1543-1548 https://doi.org/10.1071/MF19390 [90] Chai I.J., and Arai T (2018), Ages at maturation of tropical freshwater eels, Anguilla bicolor bicolor and A bengalensis bengalensis, Journal of Applied Animal Research, 46 (1), pp 1108-1113, DOI: 10.1080/09712119.2018.1470090 [91] Chambers G.K., and MacAvoy E.S (2000), Microsatellites: consensus and controversy, Comp Biochem Physiol Biochem Mol Biol., 126(4), pp 455-476 [92] Chang Y., Sun Y., and Liang A (2003), Study on cold tolerant traits for common carp Cyprinus carpio, Journal of Shanghi Fisheries University, 12, pp 102–105 [93] Chauhan T., and Rajiv K (2010), Molecular markers and their applications in fisheries and aquaculture, Advances in Bioscience and Biotechnology, 1, pp 281–91 https://doi.org/10.4236/abb.2010.14037 [94] Cheng C.C., Leander N.J., Shen K.N and Tzeng W.N (2012), Spatial and temporal population genetic structure of the giant mottled eel Anguilla marmorata in the Northwestern Pacific, J Fish Soc Taiwan, 39 (4), pp 269–82 135 [95] Chino N., and Arai T (2009), Relative contribution of migratory type on the reproduction of migrating silver eels, Anguilla japonica, collected off Shikoku Island, Japan, Mar Biol 156, pp 661–668 https://doi.org/10.1007/s00227-008-1116-7 [96] Chow S., Kurogi H., Mochioka N., Kaji S., Okazaki M., and Tsukamoto K (2009), Discovery of mature freshwater eels in the open ocean, Fisheries Science, 75 (1), pp 257-259 [97] Chow S., Kurogi H., Yamamoto T., Tomoda T., Mochioka N., Shirotori F., Yoshinaga T., Ambe D., Okazaki M., Nagai S., and Yanagimoto T (2017), Reproductive isolation between sympatric Anguilla japonica and Anguilla marmorata: genetic isolation between freshwater eels, Journal of Fish Biology, 91 (5), pp 1517 – 1525 https://doi.org/10.1111/jfb.13483 [98] Dekker W (2004), What caused the decline of the Lake IJsselmeer Eel stock after 1960, ICES J Mar Sci., 61, pp 394–404 [99] Delgado S.F (2013), Eel population genetics and conservation: an evolutionary perspective on declining stocks, Ecole Pratique des Hautes Etudes [100] Donovan S., Pezold F., Chen Y., and Lynch B (2012), Phylogeography of Anguilla marmorata (Teleostei: Anguilliformes) from the Eastern Caroline islands, The Ichthyological Society of Japan, 59, pp 70–76 https://doi.org/10.1007/s10228-0110245-z [101] Doukakis P., Birstein V.J., Ruban G.I., and Desalle R (1999), Molecular genetic analysis among subspecies of two Eurasian sturgeon species, Acipenser baerii and A stellatus, Molecular Ecology, (12), pp 117-127 [102] Ege V, (1939), A revision of the genus Anguilla Shaw, a systematic, phylogenetic and geographical study, Dana Rep 16, pp 1-256 [103] El-Nabi S.E.H., El-Desoky M.S., and Khaled Mohammed-Geba (2017), Genetic population diversity of European eel Anguilla anguilla elvers in two Egyptian water bodies, Rosetta (Rachid) estuary and Burullus lake, Genes Genom., 39, pp 1035– 1045 https://doi.org/10.1007/s13258-017-0572-1 [104] Fahmi M.R., Solihin D.D., Soewwardi K., Pouyaud I., and Berrebi P (2015), Molecular phylogeny and genetic diversity of freshwater Anguilla eels in Indonesian waters based on mitochondrial sequences, Life and Environment, 65 (3), pp 139-150 [105] Felsenstein J (1995), Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap, Evolution, 39, pp 783791 DOI: 10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x [106] Froese R., Thorson J., and Reyes R (2014), A Bayesian approach for estimating length-weight relationship in fishes, Journal of Applied Ichthyology, 30, pp 78–85 https://doi.org/10.1111/jai.12299 [107] Gagnaire P.A., Minegishi Y., Aoyama J., Réveillac E., Robinet T., Bosc P., 136 Tsukamoto K., Feunteun E., and Berrebi P (2009), Ocean currents drive secondary contact between Anguilla marmorata populations in the Indian ocean, Marine Ecology Progress Series, 379, pp 267–278 https://doi.org/10.3354/meps07895 [108] Gagnaire P.A., Minegishi Y., Zenboudji S., Valade P., Aoyama J., and Berrebi P (2011), Withinpopulation structure highlighted by differential introgression across semipermeable barriers to gene flow in Anguilla marmorata, Evolution, 65, pp 3413–3427 [109] García-Robledo C., Erickson D.L., Staines C.L., Erwin T.L., and Kress W.J (2013), Tropical plant–herbivore networks: Reconstructing species interactions using DNA barcodes, PLoS ONE, 8(1), pp e52967 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052967 [110] Goncalves L.S., Rodrigues R., Junior A.T., and Karasawa M (2009), Heirloom tomato gene bank: assessing genetic divergence based on morphological, agronomic and molecular data Using a Ward-modified location model Genet Mol Res 8, pp 364-374 [111] Gong X., Wang D., Bao B., Zhang Q., Jiang X., and Liu L (2017), Gonadal development and silvering of the Japanese eel (Anguilla japonica) in the Yangtze river during downstream migration, Aquaculture and Fisheries, (2), pp 173–178 [112] Griffiths N.P, Bolland D.J, Wright R.M, Murphy L.A, Donnelly R.K, Watson H.V., and Hänfling B (2020), Environmental DNA metabarcoding provides enhanced detection of the European eel Anguilla anguilla and fish community structure in pumped river catchments Journal of Fish Biology, https://doi.org/10.1101/2020.07.22.216523 [113] Guo H Y., Wei K., Xie Z L., Tang W Q., Shen L H., and Gu S.X (2011), Analysis of morphological index system and discrimination of male and female silver eels (Anguilla japonica) Collected at the Yangtze river estuary, Journal of Fisheries of China, 35, pp 1–9 [114] Hagihara S., Aoyama J., Limbong D., and Tsukamoto K (2012), Morphological and physiological changes of female tropical eels, Anguilla celebesensis and Anguilla marmorata, in relation to downstream migration, Journal of fish biology, 81, pp 408-26 10.1111/j.1095-8649.2012.03332.x [115] Hagihara S., Aoyama J., Limbong D., and Tsukamoto K (2018), Interspecific and sexual differences in riverine distribution of tropical eels Anguilla spp., J Fish Biol, 93, pp 21–29 https://doi.org/10.1111/jfb.13666 [116] Hagihara S., Aoyama J., Limbong D., and Tsukamoto K (2020), Morphological, ecological and physiological characteristics of downstream migrating and non‐ migrating Pacific bicolor eels Anguilla bicolor pacifica, Journal of Fish Biology 97 DOI: 10.1111/jfb.14528 137 [117] Hall T.A (1999), BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT In Nucleic acids symposium series, vol 41, no 41, pp 95-98 [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000 [118] Han Y.S., Liao I.C., Huang Y.S., He J.T., Chang C.W., and Tzeng W.N (2003), Synchronous changes of morphology and gonadal development of silvering Japanese eel Anguilla japonica, Aquaculture, 219, pp 783-796 [119] Han Y.S., Yambot A.V., Zhang H., and Hung C.L (2012), Sympatric spawning but allopatric distribution of Anguilla japonica and Anguilla marmorata: temperatureand oceanic current-dependent sieving, PLoS One, 7(6), pp 374 - 384 [120] Hashimoto D.T., Mendonca F.F., and Senhorini J.A (2010), Identification of Hybrids between Neotropical Fish Leporinus macrocephalus and Leporinus elongatus by PCR-RFLP and Multiplex-PCR: Tools for genetic monitoring in aquaculture, Aquaculture, 298, pp 346–49 [121] Hebert P.D.N., Cywinska A., Ball S.L., and deWaard J.R (2003a), Biological identifications through DNA Barcodes, Proc R Soc Lond B Biol Sci., 207, pp 313–21 https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218 [122] Hebert P.D.N., Sujeevan R., and de Waard Jeremy R (2003b), Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit divergences among closely related species, Proc R Soc Lond B., 270S96–S99 http://doi.org/10.1098/rsbl.2003.0025 [123] Hebert P.D.N., and Barrett R.D.H (2005), Reply to the comment by L prendini on ‘Identifying spiders through DNA barcodes’, Can J Zool., 83, pp 505–506 [124] Helfman G S., Facey D J., Hales L S., and Bozenam E L (1987), Reproductive ecology of the American eel, American Fisheries Society Symposium, 1, pp 42–56 [125] Hendry A.P., and Day T (2005), Population structure attributable to reproductive time: isolation by time and adaptation to time, Mol Ecol., 14, pp 901–916 https://doi.org/https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2005.02480.x [126] Hewavitharane C.A., Pickering T., Rico C., and Mochioka N (2017), Species identification and morphological differences of anguillid glass eels recruiting to Viti Levu island of Fiji in the western South Pacific, Aquaculture Science, 65, pp 357–366 [127] Hsu H.Y., Chen H.W., and Han Y.S (2019), Habitat partitioning and its possible genetic background between two sympatrically distributed eel species in Taiwan Zool Stud, 58 (27) doi: 10.6620/ZS.2019.58-27 [128] Hsu H.Y., Lin Y.T., Huang Y.C., and Han Y.S (2020), Skin coloration and habitat preference of the freshwater Anguilla eels Int J Aquac Fish Sci, 6(3), pp 096-101 138 DOI: https://dx.doi.org/10.17352/2455-8400.000063 [129] Ishikawa S., Tsukamoto K., and Nishida M (2004), Genetic evidence for multiple geographic populations of the giant mottled eel Anguilla marmorata in the Pacific and Indian oceans, Ichthyological research, 51, pp 343-353 https://doi.org/10.1007/s10228-004-0241-7 [130] Itakura H., and Wakiya R (2020a), Habitat preference, movements and growth of giant mottled eels, Anguilla marmorata, in a small subtropical Amami - Oshima Island river PeerJ 8:e10187 https://doi.org/10.7717/peerj.10187 [131] Itakura H., Wakiya R., Gollock M., and Kaifu K (2020b), Anguillid eels as a surrogate species for conservation of freshwater biodiversity in Japan Sci Rep 10, 8790 https://doi.org/10.1038/s41598-020-65883-4 [132] Itakura H., Wakiya R., Sakata M.K., Hsu H.Y., Chen S.C., Yang C.C., Huang Y.C., Han Y.S., Yamamoto S., and Minamoto T (2020c), Estimations of riverine distribution, abundance, and biomass of anguillid eels in Japan and Taiwan using environmental DNA analysis Zool Stud, 59 (17) doi:10.6620/ZS.2020.59-17 [133] Jacoby D., and Gollock M (2014), Anguilla marmorata, The IUCN Red List of Threatened Species 2014, http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK [134] Jellyman D.J (1991), Biology of the shortfinned eel Anguilla obscura in Lake Te Rotonui, Mitiaro, Cook Islands, Pac Sci 45 (4), pp.362 – 373 [135] Jellyman D.J., Chisnall B.L., Dijkstra L.H., and Boubée J.A.T (1996), First record of the Australian longfinned eel, Anguilla reinhardt., in New Zealand, Mar Freshw Res., 47, pp 1037–1040 https://www.publish.csiro.au/mf/MF9961037 [136] Jessop B.M (1987), Migrating American eels in Nova Scotia Trans Am Fish Soc 116, pp 161–170 [137] Jing Q.J., and Li Y.P (1999), Random amplified polymorphic DNA analysis of eel genome, Cell Research, 9, pp 217-223 [138] Johnson G.D., Ida H., Sakaue J., Sado T., Asahida T., and Miya M (2011), A ‘Living Fossil’ Eel (Anguilliformes: Protoanguillidae, Fam Nov.) from an Undersea Cave in Palau, Proc R Soc B., 279, pp 934–943 https://doi.org/10.1098/rspb.2011.1289 [139] Kita T., and Tachihara K (2020), Age, growth, and gonadal condition of the Giant mottled eel, Anguilla marmorata, in Okinawa-Jima Island, Japan Environ Biol Fish 103, pp 927–938 https://doi.org/10.1007/s10641-020-00994-5 [140] Kress W.J., Garcia-Robledo C., Uriarte M., and Erickson D.L (2015), DNA Barcodes for Ecology, Evolution, and Conservation, Trends in Ecology & Evolution, 30, pp 25–35 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.10.008 139 [141] Kumar R., Singh P.J., Nagpure N.S., Kushwaha B., Srivastava S.K., and Lakra W.S (2007) A Non-Invasive technique for rapid extraction of DNA from fish scales, Indian Journal of Experimental Biology, 45, pp 992-997 [142] Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K (2018), MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms, Molecular Biology and Evolution, 35, pp 1547 – 1549 https://doi.org/10.1093/molbev/msy096 [143] Kuroki M., Aoyama J., Miller M.J., Wouthuyzen S., Arai T., and Tsukamoto K (2006), Contrasting patterns of growth and migration of tropical Anguillid leptocephali in the western Pacific and Indonesian seas, Mar Ecol Progr Ser, 309, pp 233-246 [144] Kuroki M., Aoyama J., Miller M.J., Watanabe S., Shinoda A., Jellyman D.J., Feunteun E., and Tsukamoto K (2008), Distribution and early life history characteristics of Anguillid leptocephali in the western south Pacific, Marine and Freshwater Research, 59, pp 1035-1047 [145] Kuroki M., Aoyama J., Kim H., Miller M.J., Kimura S., and Tsukamoto K (2009), Migration scales of catadromous eels: Diversity and evolution of larval migration based on their distribution, morphology, and early life history, American Fisheries Society Symposium, 69, pp 887–89 [146] Kuroki M., Miller M.J., and Tsukamoto K (2014), Diversity of early life history traits in freshwater eels and the evolution of their oceanic migrations, Can J Zool, 92, pp 749–770 [147] Laporte M., Pavey S.A., Rougeux C., Pierron F., Lauzent M., Budzinski H., Labadie P., Geneste E., Couture P., Baudrimont M., and Bernatchez L (2016), RADSequencing reveals within-generation polygenic selection in Response to Anthropogenic organic and metal, Molecular Ecology, 25 (1), pp 219-237 https://doi.org/10.1111/mec.13466 [148] Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., and McWilliam H (2007), Version 2.0, Bioinformatics, 23, pp 2947-2948 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm404 [149] Le Q.D., Shirai K., Nguyen D.C., Miyazaki N., and Arai T (2009), Heavy metals in a tropical eel Anguilla marmorata from the central part of Vietnam, Water, Air and Soil Pollution, 204, pp 69–78 https://doi.org/10.1007/s11270-009-0027-7 [150] Leander N.J., Shen K.N., Chen R.T., and Tzeng W.N (2012), Species composition and seasonal occurrence of recruiting glass eels (Anguilla spp.) in the Hsiukuluan river, Eastern Taiwan, Zoological Studies, 51, pp 59-71 140 [151] Lee S.C., Tosi S.C.M., Cheng H.L., and Chang J.T (1997), Identification of Anguilla japonica and A marmorata Elvers by Allozyme Electrophoresis, Journal of Fish Biology, 51 (1), pp 208-210 [152] Lee S.K., Jung S.W., Son S.J., Hwang H.S., Kim C.H., Oh J.W., Hyun B.R., Kim D.H., Min H.K., Cho S.H., Kang J.H., Byun S.H., and Han J.H (2020), A Study of a Conservation and Management Plan for Natural Monument No 27 Jeju Anguilla marmorata via Landscape Analysis and Food Source Analysis, Journal of Korean Institute of Traditional Landscape Architecture, 18, pp 28-41 [153] Li L., Jia Y.H., Li P., Yin S.W., Zhang G.S., Wang X.L., Wang Y.Y., Wang X.J., Zang X., and Ding Y.D (2015), Molecular cloning, characterization, and expression of vacuolar-Type-H+-ATPase B1 (VHAB1) gene in the gill of Anguilla marmorata, Genetics and Molecular Research, 14 (3), pp 8008–8020 DOI: 10.4238/2015.july.17.9 [154] Librado P., and Rozas J (2009), DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data, Bioinformatics, 25 (11), pp 1451– 1452 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp187 [155] Lin Y.J., Jessop B.M., Weyl O.L.F., Iizuka Y., Lin S.H., Tzeng W.N., and Sun C.L (2012), Regional variation in otolith Sr:Ca ratios of African longfinned eel Anguilla mossambica and mottled eel Anguilla marmorata: A challenge to the classic tool for reconstructing migratory histories of fishes, Journal of Fish Biology, 81 (2), pp 427-441 [156] Lin Y.S., Poh Y.P., and Tzeng C.S (2001), A phylogeny of freshwater eels inferred from mitochondrial genomes, Mol Phylogenet Evol., 20, pp 252–261 [157] Liu L., Li Y., Li S., Hu N., He Y., Pong R., Lin D., Lu L., and Law M (2012),Comparison of Next-Generation Sequencing Systems Journal of Biomedicine and Biotechnology 2012, e251364 doi:10.1155/2012/251364 [158] Marini M., Pedrosa-Gerasmio I., Santos M., Shibuno T., Daryani A., Eguia M.R., and Wibowo A (2021) Genetic diversity, population structure and demographic history of the tropical eel Anguilla bicolor pacifica in Southeast Asia using mitochondrial DNA control region sequences Global Ecology and Conservation 26, e01493 DOI: 10.1016/j.gecco.2021.e01493 [159] McCosker J.E., Bustamante R.H., and Wellington G.M (2003), The freshwater eel, Anguilla marmorata, discovered at Galapagos, Noticias de Galapagos, 62, pp 2–6 [160] Minegishi Y., Aoyama J., Inoue J.G., Miya M., Nishida M., and Tsukamoto K (2005), Molecular phylogeny and evolution of the freshwater eels genus Anguilla based on the whole mitochondrial gen sequences, Mol Phyl Evol., 34, pp.134–146 141 [161] Minegishi Y., Aoyama J., and Tsukamoto K (2008), Multiple population structure of the giant mottled eel Anguilla marmorata, Molec Ecol., 17, pp 3109–3122 [162] Minegishi Y., Yoshinaga T., Aoyama J., and Tsukamoto K (2009), Species Identification of Anguilla japonica by Real-time PCR based on a sequence detection system: A practical application to eggs and larvae Journal of Marine Science, 66 (1), pp 1915–1918 https://doi.org/10.1093/icesjms/fsp158 [163] Minegishi Y., Gagnaire P.A., Aoyama J., Bosc P., Feunteun E., Tsukamoto K., and Berrebi P (2012), Present and past genetic connectivity of the Indo-Pacific tropical eel Anguilla bicolor, J Biogeogr., 39, pp 408–420 [164] Minegishi Y., Henkel C.V., Dirks R.P., and Guido E.E.J.M van den Thillart (2012), Genomics in eels-towards aquaculture and biology, Mar Biotechnol, 14, pp 583–590 https://doi.org/10.1007/s10126-012-9444-5 [165] Miyai T., Aoyama J., Sasai S., Inoue J.G., Miller M.J., and Tsukamoto K (2004), Ecological aspects of the downstream migration of introduced European eels in the Uono river, Japan, Environmental Biology of Fishes, 71(1), pp 105–114 [166] Moe K.T., Kwon S.W., and Park Y.J (2012), Trends in genomics and molecular marker systems for the development of some underutilized crops, Genes & Genomics, 34, pp 451- 466 [167] Mohammed-Geba K., El-Nabi S.H.E., and El-Desoky M.S (2016), Development of Cytochrome-c-Oxidase specific primers for genetic discrimination of the European eel Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758), Journal of Bioscience and Applied Research, (4), pp 258–262 [168] Muchlisin Z.A., Batubara A.S., Fadli N., Muhammadar A.A., Utami A.I., Farhana N., and Siti-Azizah M.N (2017), Assessing the species composition of tropical eels (Anguillidae) in Aceh waters, Indonesia, with DNA barcoding gene Cox1, F1000Research, 6, pp 258 [169] Munk P., Nielsen T G., Jaspers C., Daniel J., AyalaKam W., Lombard T.F., and Riemann L (2018), Vertical structure of plankton communities in areas of European eel larvae distribution in the Sargasso sea Vertical structure of plankton communities in areas of European eel larvae distribution in the Sargasso sea, Journal of Plankton Research, 40(4), pp 362–375 [170] Nafsiyah I., Nurilmala M., and Abdullah A (2019), Komposisi nutrisi ikan sidat Anguilla bicolor bicolor dan Anguilla marmorata/ Nutrient composition of eel Anguilla bicolor bicolor and Anguilla marmorata, Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 21(3), pp 504-512 142 [171] Na-Nakorn U., Kamonrat W., and Ngamsiri T (2004), Genetic diversity of Walking catfish, Clarias macrocephalus, in Thailand Ang evidence of genetic introgression from introduced farmed C-Gariepinus, Aquaculture, 240, pp 145-163 [172] Nei M., and Gojobori T (1986), Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions, Molecular Biology and Evolution, 3, pp 418–426 DOI:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040410 [173] Nei M., and Kumar S (2000), Molecular evolution and phylogenetics, Oxford University Press, New York [174] Nguyen A.T., Tsukamoto K., and Lokman P.M (2018), Composition and distribution of freshwater eels Anguilla spp in Vietnam, Fisheries Science, 84(8), pp 987–94 [175] Nikolsky G.V (1963), Ecology of fishes, Academic Press London, 352 pp [176] Norarfan A.F., Azreena Mokti S.S., Taha H., Amin M., Ali M., and Arai T (2021), DNA barcoding of a tropical anguillid eel, Anguilla bicolor (Actinopterygii: Anguilliformes), in Indo-Pacific region and notes on its population structure Zoologia 38, pp 1-7 https://doi.org/10.3897/zoologia.38.e59332 [177] Okamura A., Yamada Y., Yokouchi K., Horie N., Mikawa N., and Utoh T (2007), A silvering index for the Japanese eel Anguilla japonica, Environmental Biology of Fishes, 80, pp 77-89 [178] Palumbi S., Martin A., Romano S., and McMillan W (1991), The simple fool's guide to PCR, Version 2, Department of Zoology and Kewalo Marine Laboratory Honolulu [179] Pavey S.A., Gaudin J., Normandeau E., Dionne M., Castonguay M., Audet C., and Bernatchez L (2015), RAD sequencing highlights polygenic discrimination of habitat ecotypes in the panmictic American eel, Curr Biol., 25, pp.1666 – 1671 https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.04.062 [180] Pecnikar Z.F., and Buzan E.V (2014), 20 Years since the introduction of DNA barcoding: From theory to application, J Appl Genet., 55, pp 4–52 [181] Pike C., Crook V., Gollock M., and Jacoby D (2019), Anguilla marmorata (Errata Version Published in 2020) The IUCN Red List of Threatened Species 2019: E.T166189A167699312 [Downloaded on 08 May 2020] https://doi.org/https://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.20193.RLTS.T166189A167699312.en [182] Pompanon F., Deagle B.E., Symondson W.O.C., Brown D.S., Jarrman S.N., and Taberlet P (2012), Who is eating what: Diet assessment using next Generation 143 Sequencing, Mol Ecol., 21 (8), 1931–1950 https://doi.org/10.1111/j.1365294X.2011.05403.x [183] Prioli S.M.A.P, Prioli A.J., and Julio H.F.J (2002), Identification of Astyanax altiparanae (Teleostei, Characidae) in the Iguacu river, Brazil, Based on Mitochondrial DNA and RAPD markers, Genetics and Molecular Biology, 25 (4), pp 421-430 [184] Reed K.M., Dorschner M.O., Todd T.N., and Phillips R.B (1998), Sequence analysis of the Mitochondrial DNA control region of Ciscoes (Genus Coregonus): Taxonomic implications for the Great Lake species Flock, Molecular Ecology, (9), pp 1091-1096 [185] Réveillac E., Feunteun E., Gagnaire P.A., Berrebi P., Bosc P., Lecomte-Finiger R., and Robinet T (2008), Anguilla marmorata larval migration plasticity as revealed by otolith microstructural analysis, Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 65 (10), pp 2127–37 [186] Reyment R.A., and Joreskog K.H (1993), Applied factor analysis in thenatural sciences, Cambridge, England; New York, NY, USA:Cambridge University Press [187] Roberts T.R (2004), Fluvicide: An Independent Environmental Assessment of Nam Theun II Hydropower Project in Laos, with Particular Reference to Aquatic Biology and Fishes, World Bank, Bangkok [188] Robinet T., Guyet S., Marquet G., Mounaix B., Olivier J.M., Tsukamoto K., Valade P., and Feunteun E (2003), Elver invasion, population structure and growth of marbled eels Anguilla marmorata in a tropical river on Réunion island in the Indian ocean, Environmental Biology of Fishes, 68, pp 339-348 [189] Robinet T., Feunteun E., Keith P., Marquet G., Olivier J.M., Réveillac E., and Valade P (2007), Eel community structure, fluvial recruitment of Anguilla marmorata and indication for a weak local production of spawners from rivers of Réunion and Mauritius islands, Environmental Biology of Fishes, 78, pp 93-105 [190] Rozas J., Sánchez-Del Barrio J.C., Messeguer X., and Rozas R (2003), DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods, Bioinformatics, 19 (18), pp 2496– 2497 [191] Saitou N., and Nei M (1987), The Neighbor-Joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees, Molecular Biology and Evolution, 4, pp 406–25 [192] Salgueiro P., Carvalho G., Collares-Pereira M.J., and Coelho M.M (2003), Microsatellite analysis of genetic population structure of the Endangered Cyprinid 144 Anaecypris hispanica in Portugal: Implications for Conservation, Biological Conservation, 109 (1), pp 47-56 [193] Salini J.P., Milton D.A., Rahaman M.J., and Hussein M.G (2004), Allozyme and morphological variation throughout the geographic range of the tropical Shad, Hilsa Tenualosa Ilisha, Fisheries Research, 66 (1), pp 53-69 [194] Sambrook J., Fritsch E., and Maniatis T (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory, USA [195] Sanger F., Nicklen S., and Coulson A.R (1997), DNA sequencing with chainterminating inhibitors Proceedings of the National Academy of Sciences Dec 1977, 74 (12), pp 5463-5467 DOI: 10.1073/pnas.74.12.5463 [196] Semagn K., Bjornstad A., and Ndjiondjop M (2006), An overview of molecular marker methods for plants, African Journal of Biotechnology, [197] Sequeira A.S., Sijapati M., Lanteri A.A., and Albelo L.R (2008), Nuclear and mitochondrial sequences confirm complex colonization patterns and clear species boundaries for flightless Weevils in the Galápagos Archipelago Philos, Trans R Soc Lond B Biol Sci., 363, pp 3439–3451 [198] Shehzad W., Riaz T., Nawaz M.A., Miquel C., Poillot C., Shah S.A., Pompanon F., Coisac E., and Taberlet P (2012), Carnivore diet analysis based on Nextgeneration Sequencing: Application to the Leopard Cat (Prionailurus bengalensis) in Pakistan, Mol Ecol., 21 (8), pp 1951–1965 https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2011.05424.x [199] Shen K.N., and Tzeng W.N (2007), Genetic differentiation among populations of the shortfinned eel Anguilla australis from East Australia and New Zealand, J Fish Biol., 70, pp 177–190 [200] Shiao J.C., Iizuka Y., Chang C.W., and Tzeng W.N (2003), Disparities in habitat use and migratory behaviour between tropical eel Anguilla marmorata and temperate eel A japonica in four Taiwanese rivers, Marine Ecology Progress Series, 261, pp 233-242 www.int-res.com/articles/meps2003/261/m261p233.pdf [201] Shirota A (1970), Studies on the mouth size of fish larvae, Bull Jpn Soc Sci Fish, 36, pp 353–68 [202] Skelton P.H (2001), A complete guide to the freshwater fishes of Southern Africa, Struik Publishers, Cape Town, South Africa [203] Slatkin M (1985), Gene flow in natural populations, Annual review of ecology and systematics, 16, pp 393 – 430 https://doi.org/10.1146/annurev.es.16.110185.002141 145 [204] Sneath P.H.A., and Sokal R.R (1973), Numerical Taxonomy, Freeman, San Francisco https://www.cabdirect.org/cabdirect/abstract/19730310919 [205] Steendam C., Verhelst P., Wassenbergh S.V., and Meyer J.D (2020), Burrowing behaviour of the European eel (Anguilla anguilla): Effects of life stage, J Fish Biol, (2020) – 11 DOI: 10.1111/jfb.14481 [206] Sudo R., Okamura A., Fukuda N., Miller J.M., and Tsukamoto K (2017), Environment factors affecting the onset of spawning migrations of Japanese eels (Anguilla japonica) in Mikawa bay Japan, Enviornment Biology of Fish, 100, pp 237–249 [207] Sugeha H.Y., Aoyama J., and Tsukamoto K (2006), Downstream migration of tropical Anguillid silver eel from Lake Poso, central Sulawesi island, Indonesia, Limnotec, 8, pp 18-25 [208] Sugeha H.Y., and Suharti S.R (2008), Discrimination and distribution of two tropical short finned eel A bicolor bicolor and A bicolor pacifica in the Indonesian waters, The Nagia Westpac congress, pp 1–14 [209] Sugeha H.Y., and Arai T (2010), Contrasting morphology, genetic, and recruitment pattern of Anguilla marmorata glass eels from Western, Central, and Eastern Indonesian waters, J Mar Sci UNDIP, Spec Ed, 1, pp 1-19 [210] Taberlet P., Coissac E., Hajibabaei M., and Rieseberg L.H (2012), Environmental DNA, Mol Ecol., 21, pp 1789–1793 https://doi.org/10.1111/j.1365294X.2012.05542.x [211] Taberlet P., Eric C., Franỗois P., Ludovic G., Christian M., Alice V., Thierry V., Gérard C., Christian B., and Eske W (2007), Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding, Nucleic Acids Research, 35(3), pp 14 [212] Tabeta O., Takai T., and Matsui I (1976), Record of short finned eel from Nagata river, Shimonoseki, Japan, Bull Jap Soc Sci Fish., 42, pp.1333–1338 [213] Takagi M., and Taniguchi N (1995), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) for identification of three species of Anguilla, A japonica, A australis and A bicolor, Fisheries Science, 61, pp 884-885 [214] Tamura K., and Nei M (1993), Estimation of the mumber of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees, Molecular Biology and Evolution, 10, pp 512–526 https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023 [215] Teng H.Y., Lin Y.S., and Tzeng C.S (2009), A new Anguilla species and reanalysis 146 of the phylogeny of freshwater eels, Zool Stud., 48, pp 808–822 [216] Tesch F.W (2003), The Eel, 3rd Edn, Blackwell Science Ltd., Oxford, United Kingdom [217] Tseng M.C (2016), Overview and current trends in studies on the evolution and phylogeny of Anguilla In: Biology and ecology of Anguillid eels, CRC Press, Taylor & Francis Group, pp 21–35 [218] Tsukamoto K (2009), Oceanic migration and spawning of Anguillid eels, J Fish Biol., 74, pp 1833–1852 [219] Tsukamoto K., Chow S., Otake T., Kurogi H., Mochioka N., Miller M.J., Shinoda A Aoyama J., Kimura S., Watanabe S., Yoshinaga T., Nomura Kuroki M., Oya M., Watanabe T., Hata K., Ijiri S., Kazeto Y., and Tanaka H.K (2011), Oceanic spawning ecology of freshwater eels in the Western North Pacifica, Acific Nat Commun., 2, pp 179 [220] Tzeng W N., Lin H R., Wang C H., and Xu S N (2000), Differences in size and growth rates of male and female migrating Japanese eels in Pearl river, China, Journal of Fish Biology, 57, pp 1245–53 [221] Tzeng WN (1982), Newly record of the elver, Anguilla celebesensis Kaup, from Taiwan, Chin Biosci., 19, pp 57-66 [222] Usui A (1991), Eel culture, Published by Wiley-Blackwell, 148 pp [223] Utoh T., Mikawa N., Okamura A., Yamada Y., Tanaka S., Horie N., Akazawa A., and Oka H.P (2004), Ovarian morphology of the Japanese eel in Mikawa bay, Jounalist of fish biology, 64(2), pp 502–513 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.0022-1112.2004.00317.x [224] Valentini A., Miquel C., Nawaz M.A., Bellemain E., Coisac E., Pompanon F., Gielly L., Cruaud C., Nascetti G., Wincker P., Swenson J.E., and Tabarlet P (2009), New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and Parallel Pyrosequencing: The TrnL approach, Mol Ecol Resour., 9, pp 51– 60 https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02352.x [225] Valles-Jimenez R., Cruz P., and Pérez-Enríquez R (2004), Population genetic structure of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) from Mexico to Panama: Microsatellite DNA variation, Marine Biotechnology, (5), pp 475–484 https://doi.org/10.1007/s10126-004-3138-6 [226] Vijayan K., and Tsou C.H (2009), DNA barcoding in plants: Taxonomy in a new perspective, Current Science, 99, pp 1530–1540 147 [227] Volckaert F.A.M., Daemen E., Cross T., and Ollevier F (2000), The genetic structure of European eel revisited and implications for its conservation, ICES CM 2000/Mini:09 [228] Wang F.Y., Fu W.C., Wang I.L., Yan H.Y., and Wang T.Y (2014), The giant mottled eel, Anguilla marmorata, uses Blue-shifted rod photoreceptors during upstream migration, PLoS ONE, 9(8), pp 1–11 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0103953 [229] Ward J.H (1963), Hierarchical Grouping to Optimize an Objective Function, Journal of the American Statistical Association, 58, pp 236–244 [230] Wasserman R.J., Weyl O.L.F., and Strydom N.A (2011), The effects of instream barriers on the distribution of migratory marine-spawned fishes in the lower reaches of the Sundays river, South Africa, Water South Africa, 37 (4), 1-10 DOI: 10.4314/wsa.v37i4.7 [231] Watanabe S (2003), Taxonomy of the freshwater eels, genus Anguilla Schrank, 1798 In: K Aida, K Tsukamoto and K Yamauchi (Eds.) Eel biology, Springer, Tokyo, pp 13–18 https://doi.org/10.1007/978-4-431-65907-5_1 [232] Watanabe S., Aoyama J., and Tsukamoto K (2004a), Reexamination of Ege’s (1939) Use of taxonomic characters of the genus Anguilla, Bull Mar Sci., 74, pp 337–351 [234] Watanabe S., Minegishi Y., Yoshinaga T., Aoyama J., and Tsukamoto K (2004b), A quick method for species identification of Japanese eel (Anguilla japonica) Using Real-time PCR: An onboard application for use during sampling surveys, Mar Biotechnol., 6, pp 566–74 https://doi.org/0.1007/s10126-004-1000-5 [235] Watanabe S., Aoyama J., Nishida M., and Tsukamoto K (2005), A molecular genetic evaluation of the taxonomy of eels of the genus Anguilla (Pisces: Anguilliformes), Bull Mar Sci., 76, pp 675–690 [236] Watanabe S., Aoyama J., Miller M.J., Ishikawa S., Feunteun E., and Tsukamoto K (2008)a, Evidence of population structure in the giant mottled eel, Anguilla marmorata, using total number of vertebrae Copeia, 2008, pp 680–688 [237] Watanabe S., Aoyama J., and Tsukamoto K (2008)b, The use of morphological and molecular genetic variations to evaluate subspecies issues in the genus Anguilla, Coast Mar Sci., 32, pp 19–29 [238] Watanabe S., Miller M.J., Aoyama J., and Tsukamoto K (2009a), Morphological and meristic evaluation of the population structure of Anguilla marmorata across its 148 range, J Fish Biol, 74, pp 2069–2093 https://doi.org/10.1111/j.10958649.2009.02297.x [239] Watanabe S., Miller M.J., Aoyama J., and Tsukamoto K (2013)a, Evaluation of the population structure of Anguilla bicolor and A bengalensis using total number of vertebrae and consideration of the subspecies concept for the genus Anguilla, Ecology of Freshwater Fish, 10/7/2013 https://doi.org/10.1111/eff.12076 [240] Watanabe S., Aoyama J., Hagihara S., Ai B., Azanza V.A., and Tsukamoto K (2013b), Anguilla huangi Teng, Lin, and Tzeng, 2009, Is a junior synonym of Anguilla luzonensis Watanabe, Aoyama, and Tsukamoto, 2009, Fish Sci., 79, pp 375–383 [241] Weldon L., O’Leary C., Steer M., Newton L., Macdonald H., and Sargeant L.S (2020), A comparison of European eel Anguilla anguilla eDNA concentrations to fyke net catches in five Irish lakes, Environmental DNA, (4), pp 587600 https://doi.org/10.1002/edn3.91 [242] White T.J., Bruns T., Lee S., and Taylor J (1990), Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics In PCR protocols a guide to methods and applications, Academic Press, San Diego, pp 315–322 [243] Wouthuyzen S., Aoyama J., Sugeha Y.H., Miller M.J., Kuroki M., Minegishi Y., Suhartati S.R., and Tsukamoto K (2009), Seasonality of spawning by tropical Anguillid eels around Sulawesi island, Indonesia, Naturwissenshaften, 96, pp 153-158 [244] Wright S (1951), The genitival structure of populations, Ann Eugenics 15, pp 323-354 [245] Xu X., Wu X., and Yu Z (2011), Comparative studies of the complete Mitochondrial genomes of four paphia clams and reconsideration of Subgenus Neotapes (Bivalvia: Veneridae), Gene.2012, 494 (1), pp 17–23 [246] Yokouchi K., Aoyama J., Miller M.J., McCarthy T.K., and Tsukamoto K (2009), Depth distribution and biological characteristics of the European eel Anguilla anguilla in Lough Ennell, Ireland, Journal of Fish Biology, 74(4), pp 857–871 [247] Zan N.D., Sarbini A., Taha H., Tan I.V., Azri A., Kahar R., Metali F., Ahmad N., and Arai T (2020), Occurrence and ecological implication of a tropical anguillid eel, Anguilla marmorata, in Brunei Darussalam, Borneo Island Zoologia 37, pp 17 https://doi.org/10.3897/zoologia.37.e39468