Ngày 26 tháng 3 năm 1988, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ban hành Nghị định số 53/HĐBT thành lập các ngân hàng chuyên doanh, trong đĩ cĩ ngân hàng Phát triển Nơng nghiệp Việt Nam. Ngân hàng Phát triển Nơng nghiệp Việt Nam được thành lập trên cơ sở một số Cục, Vụ ngân hàng nhà nước, chi nhánh tỉnh, thành phố và tiếp nhận tồn bộ mạng lưới, con người, bộ máy, cơ sở vật chất … của các chi nhánh ngân hàng nhà nước huyện thị.
Tuy đã hình thành, nhưng tổ chức bộ máy và cơ chế hoạt động vẫn do ngân hàng nhà nước quản lý và điều hành. Hoạt động tín dụng vẫn nặng bao cấp, cho vay theo chỉ định, chủ yếu kinh tế quốc doanh và tập thể. Song bước đầu đã cĩ những giải pháp để chuyển hoạt động theo hướng ngân hàng thương mại tự chủ:
- Tập trung cho vay kinh doanh lương thực chủ yếu ở Đồng bằng sơng Cửu Long;
- Thí điểm cho vay trực tiếp hộ nơng dân tại một số chi nhánh An Giang, Vĩnh Phú, Hà Sơn Bình, …
- Thiết lập cơ chế tài chính nội bộ theo nguyên tắc cĩ thu, mới chi thay cho cấp phát. Tuy nhiên, vẫn phải thực hiện cơ chế lãi suất âm.
Ngày 14 tháng 11 năm 1990, chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) ký Quyết định số 400/CT thành lập ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam thay thế Ngân hàng Phát triển Nơng nghiệp Việt Nam. Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam là ngân hàng thương mại đa năng, hoạt động chủ yếu trên lĩnh vực nơng nghiệp, nơng thơn, và là một pháp nhân hạch tốn kinh tế độc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về hoạt động của mình trước pháp luật.
Ngày 22 tháng 12 năm 1992, Thống đốc ngân hàng nhà nước cĩ quyết định số 603/NH-QĐ về việc thành lập chi nhánh ngân hàng Nơng nghiệp các tỉnh thành phố trực thuộc ngân hàng Nơng nghiệp gồm cĩ 3 Sở giao dịch (Sở giao dịch I tại Hà Nội và Sở giao dịch II tại Văn phịng đại diện khu vực miền Nam và Sở giao
dịch 3 tại Văn phịng miền Trung) và 43 chi nhánh ngân hàng nơng nghiệp tỉnh, thành phố. Chi nhánh ngân hàng Nơng nghiệp quận, huyện, thị xã cĩ 475 chi nhánh. Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam bắt đầu áp dụng cơ chế lãi suất thực dương, cả đối với hộ nơng dân.
Năm 1993, ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam ban hành quy chế thi đua khen thưởng tạo ra những chuẩn mực cho các cá nhân và tập thể phấn đấu trên mọi cương vị và nhiệm vụ cơng tác. Tổ chức được hội nghị tổng kết tồn quốc cĩ các giám đốc chi nhánh huyện xuất sắc nhất của tỉnh thành phố. Từ cơ chế bao cấp chuyển sang hạch tốn kinh doanh phải giải quyết một loạt vấn đề lớn. Trước hết phải giảm biên chế vì trong lúc hoạt động khĩ khăn nhưng do phải tiếp nhận tồn bộ bộ máy cũ với trên 32.000 người nên chi phí quá cao. Đây là việc rất khĩ khăn nhưng chỉ trong vịng hơn một năm (1992-1993) đã giảm được trên 10.000 người. Nhờ vậy, từ năm 1993, bắt đầu kinh doanh cĩ lãi; mặc dù là Ngân hàng thương mại nhưng ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam rất quan tâm đến đầu tư cho hộ nghèo, đĩng gĩp tích cực vào sự nghiệp xĩa đĩi giảm nghèo.
Về tín dụng đã chuyển mạnh sang cho vay trực tiếp hộ nơng dân. Trên cơ sở đề xuất của ngân hàng Nơng nghiệp, chính phủ đã ban hành Chỉ thị 202/CT và Nghị định 14/CP, xác định cho vay hộ nơng dân là chính sách lớn của nhà nước; đồng thời ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam ban hành văn bản 499A/NHNo-TD, đặt dấu ấn quan trọng về biện pháp cho vay hộ nơng dân.
Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam mở ra hoạt động kinh doanh đối ngoại gồm cả cho vay ngoại tệ và thanh tốn quốc tế, đồng thời là ngân hàng thương mại đầu tiên thực hiện dự án của các tổ chức quốc tế.
Hệ thống cơ chế quản trị được xây dựng theo hướng kinh doanh thương mại:
- Kế hoạch: Ban hành cơ chế 495D/NHNo-KH. Theo đĩ, thực hiện nguyên tắc huy động vốn để cho vay, gồm 2 phần kế hoạch: tự cân đối của chi nhánh và điều hịa của Trụ sở chính;
- Tài chính: Ban hành cơ chế 946A/NHNo-KT. Thực hiện khốn tài chính đến đơn vị và người lao động. Thu nhập của cán bộ, viện chức phụ thuộc trực tiếp vào kết quả kinh doanh, thu nợ, thu lãi. Cĩ thể nĩi, đây là cơ chế rất sáng tạo, phù hợp với một ngân hàng cĩ mạng lưới lớn, đội ngũ nhân viên quá động, hoạt động trong các địa bàn cĩ mơi trường kinh doanh khác nhau.
Ngày 07 tháng 3 năm 1994 theo Quyết định số 90/TTg của Thủ tướng Chính phủ , Ngân hàng Nơng Nghiệp Việt Nam hoạt động heo mơ hình Tổng cơng ty Nhà nước với cơ cấu tổ chức bao gồm Hội đồng Quản trị, Tổng Giám đốc, bộ máy giúp việc bao gồm bộ máy kiểm sốt nội bộ, các đơn vị thành viên bao gồm các đơn vị hạch tốn phụ thuộc, hạch tốn độc lập, đơn vị sự nghiệp, phân biệt rõ chức năng quản lý và chức năng điều hành, Chủ tịch Hội đồng quản trị khơng kiêm Tổng Giám đốc.
Ngày 30 tháng 7 năm 1994 tại Quyết định số 160/QĐ-NHN9, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước chấp thuận mơ hình đổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng nơng nghiệp Việt Nam, trên cơ sở đĩ, Tổng giám đốc Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam cụ thể hĩa bằng văn bản số 927/TCCB/Ngân hàng Nơng nghiệp ngày 16/08/1994 xác định: Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam cĩ 2 cấp: Cấp tham mưu và Cấp trực tiếp kinh doanh. Đây thực sự là bước ngoặt về tổ chức bộ máy của Ngân hàng nơng nghiệp Việt Nam và cũng là nền tảng cho hoạt động kinh doanh của Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển nơng thơn Việt Nam sau này.
Trên cơ sở những kết quả tốt đẹp của Quỹ cho vay ưu đãi hộ nghèo, Ngân hàng Nơng nghiệp tiếp tục đề xuất kiến nghị lập Ngân hàng phục vụ người nghèo, được Chính phủ, Ngân hàng Nhà nước ủng hộ, dư luận rất hoan nghênh. Ngày 31/08/1995, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 525/TTg thành lập Ngân hàng phục vụ người nghèo.
Ngân hàng phục vụ người nghèo là một tổ chức tín dụng của Nhà nước hoạt động trong phạm vi cả nước, cĩ tư cách pháp nhân, cĩ vốn điều lệ, cĩ tài sản, bảng cân đối, cĩ con dấu, trụ sở chính đặt tại Thành phố Hà Nội. Vốn hoạt động ban
đầu là 400 tỷ đồng do Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam gĩp 200 tỷ đồng, Ngân hàng Ngoại thương 100 tỷ đồng và Ngân hàng Nhà nước 100 tỷ đồng. Hoạt động của Ngân hàng Phục vụ người nghèo vì mục tiêu xĩa đĩi giảm nghèo, khơng vì mục đích lợi nhuận, thực hiện bảo tồn vốn ban đầu, phát triển vốn, bù đắp chi phí. Ngân hàng Phục vụ Người nghèo - thực chất là bộ phận tác nghiệp của Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam tồn tại và phát triển mạnh. Tới tháng 09/2002, dư nợ đã lên tới 6.694 tỷ, cĩ uy tín cả trong và ngồi nước, được các Tổ chức quốc tế đánh giá cao và đặc biệt được mọi tầng lớn nhân dân ủng hộ, quý trọng. Chính vì những kết quả như vậy, ngày 04/10/2002, Thủ tướng chính phủ đã ban hành Quyết định số 131/2002/QĐ-TTg thành lập Ngân hàng Chính sách xã hội trên cơ sở Ngân hàng Phục vụ Người nghèo - Từ 01/01/2003 Ngân hàng Phục vụ Người nghèo đã chuyển thành NH Chính sách xã hội. Ngân hàng Nơng nghiệp chính là người đề xuất thành lập, thực hiện và bảo trợ Ngân hàng phục vụ người nghèo tiền thân của Ngân hàng chính sách xã hội - Đây là một niềm tự hào to lớn của Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn Việt Nam trong sự nghiệp phát triển kinh tế, xố đĩi giảm nghèo.
Ngày 15 tháng 11 năm 1996, được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ký Quyết định số 280/QĐ-NHNN đổi tên Ngân hàng Nơng nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển Nơng thơn Việt Nam.
Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn hoạt động theo mơ hình Tổng cơng ty 90, là doanh nghiệp Nhà nước hạng đặc biệt, hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Với tên gọi mới, ngồi chức năng của một ngân hàng thương mại, Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn được xác định thêm nhiệm vụ đầu tư phát triển đối với khu vực nơng thơn thơng qua việc mở rộng đầu tư vốn trung, dài hạn để xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho sản xuất nơng, lâm nghiệp, thủy hải sản gĩp phần thực hiện thành cơng sự nghiệp cơng nghiệp hĩa - hiện đại hĩa nơng nghiệp nơng thơn.
Năm 1998, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đã tập trung nâng cao chất lượng tín dụng, xử lý nợ tồn đọng cũ và quản lý chặt chẽ hơn cơng tác thẩm định, xét duyệt các khoản cho vay mới, tiến hành các biện pháp phù hợp để giảm nợ thấp quá hạn.
Năm 1999, chính phủ Việt Nam đặc biệt quan tâm và tập trung đầu tư phát triển nơng nghiệp nơng thơn. Luật Ngân hàng Nhà nước và Luật các tổ chức tín dụng cĩ hiệu lực thi hành, tạo hành lang pháp lý cho hoạt động ngân hàng. Đẩy mạnh huy động vốn trong và ngồi nước chú trọng tiếp nhận thực hiện tốt các dự an nước ngồi ủy thác, cho vay các chương tình dự án lớn cĩ hiệu quả đồng thời mở rộng cho vay hộ sản xuất hợp tac sản xuất được coi là những biện pháp chú trọng của Ngân hàng Nơng nghiêp kế hoạch tăng trưởng.
Tháng 2 năm 1999 Chủ tịch Hội đồng Quản trị ban hành Quyết định số 234/HĐQT-08 về qui định quản lý điều hành hoạt động kinh doanh ngoại hối trong hệ thống Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển nơng thơn Việt Nam. Tập trung thanh tốn quốc tế về Sở Giao dịch Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển nơng thơn Việt nam ( Sở giao dịch được thành lập thay thế Sở giao dịch kinh doanh hối đối, Sở giao dịch là đấu mối vốn cả nội và ngoại tệ của tồn hệ thống) Sở Giao dịch II khơng làm đầu mối thanh tốn quốc tế. Tài khoản NOSTRO tập trung về Sở giao dịch. Tất cả các chi nhánh đều nối mạng SWIFT trực tiếp với Sở giao dịch. Các chi nhánh tỉnh thành phố đều được thực hiện các nghiệp vụ kinh doanh đối ngoại.
Năm 2000 cùng với việc mở rộng kinh doanh trên thị trường trong nước, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam tích cực mở rộng quan hệ quốc tế và kinh doanh đối ngoại, nhân được sự tài trợ của các tố chức tài chính tín dụng quốc tế như WB, ADB, IFAD, ngân hàng tái thiết Đức… đổi mới cơng nghệ, đào tạo nhân viên. Tiếp nhận và triển khai cĩ hiệu quả cĩ hiệu quả 50 dự án nước ngồi với tổng số vốn trên 1.300 triệu USD chủ yếu đầu tư vào khu vực kinh tế nơng nghiệp và nơng thơn. Ngồi hệ thống thanh tốn quốc tế qua mang SWIFT, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đã thiết lập
được hệ thống thanh tốn chuyển tiền điện tử, máy rút tiền tự động ATM trong tồn hệ thống.
Tiến hành đổi mới tồn diện mơ hình tổ chức, mạng lưới kinh doanh theo hướng tinh giảm trung gian, tăng năng lực cho các đơn vị trực tiếp kinh doanh. Đổi mới cơng tác quản trị điều hành, quy trình nghiệp vụ theo hướng đơn giản hĩa các thủ tục tạo điều kiện thuận lợi cho khách hàng. Tập trung mọi nguồn lực đào tạo cán bộ nhân viên theo hướng chuyên mơn hĩa, tăng cường cơ sở vật chất kỹ thuật, hiện đại hĩa cơng nghệ.
Năm 2001 là năm đầu tiên ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam triển khai thực hiện đề án tái cơ cấu với các nội dung chính sách là cơ cấu lại nợ, lành mạnh hĩa tài chính, nâng cao chất lượng tài sản cĩ, chuyển đổi hệ thống kế tốn hiện hành theo chuẩn mực quốc tế đổi mới sắp xếp lại bộ máy tổ chức theo mơ hình NHTM hiện đại, tăng cường đào tạo và đào tạo lại cán bộ, tập trung đổi mới cơng nghệ ngân hàng, xây dựng hệ thống thơng tin quản lý hiện đại.
Năm 2002, bên cạnh mở rộng kinh doanh trên thị trường trong nước ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam tiếp tục tăng cường quan hệ hợp tác quốc tế. Đến cuối năm 2002 ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam là thành viên của APRACA, CICA và ABA. Trong đĩ, Tổng Giám đốc ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam là thành viên chính thức Ban điều hành của APRACA và CICA.
Năm 2003, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đã đẩy nhanh tiến độ thực hiện Đề án Tái cơ cấu nhằm đưa hoạt động của ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam phát triển với quy mơ lớn chất lượng hiệu quả cao. Với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong thời kỳ đổi mới, đĩng gĩp tích cực và rất cĩ hiệu quả vào sự nghiệp phát triển kinh tế xã hội của đất nước, sự nghiệp cơng nghiệp hĩa, hiện đại hĩa nơng nghiệp - nơng thơn. Chủ tịch nước đã ký quyết định số 226/2003/QD/CTN ngày 07/05/2003 phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới cho Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn Việt Nam.
Tính đến năm 2004, sau 4 năm triển khai thực hiện Đề án tái cơ cấu giai đoạn 2001-2010, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đã đạt được những kết quả đáng khích lệ. Tình hình tài chính đã được lành mạnh hơn qua việc cơ cấu lại nợ và tăng vốn điều lệ, xử lý trên 90% nợ tồn đọng. Mơ hình tổ chức từng bước được hồn thiện nhằm tăng cường năng lực quản trị điều hành. Bộ máy lãnh đạo từ trung ương đến chi nhánh được củng cố, hồn thiện, quyền tự chủ trong kinh doanh được mở rộng hơn.
Đến cuối năm 2005, vốn tự cĩ của ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đạt 7.702 tỷ VND, tổng tài sản cĩ trên 190 ngàn tỷ , hơn 2000 chi nhánh trên tồn quốc và 29.492 cán bộ nhân viên (chiếm 40% tổng số cán bộ cơng nhân viên tồn hệ thống ngân hàng Việt Nam), ứng dụng cơng nghệ hiện đại, cung cấp những sản phẩm, dịch vụ ngân hàng hồn hảo... Đến nay, tổng số dự án nước ngồi mà ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam tiếp nhận và triển khai là 68 dự án với tổng số vốn 2.486 triệu USD. Trong đĩ, giải ngân qua ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam là 1,5 tỷ USD. Hiện nay, ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam đã cĩ quan hệ đại lý với 932 ngân hàng đại lý tại 112 quốc gia và vùng lãnh thổ và là thành viên của nhiều tổ chức, hiệp hội tín dụng cĩ uy tín lớn.
Từ năm 2006 bằng những giải pháp mang tính đột phá và cách làm mới ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam thực sự khởi sắc. Đến cuối năm 2007, tổng tài sản đạt 325.802 tỷ đồng tương đương với 20 tỷ USD. Tổng dư nợ cho vay nền kinh tế đạt 242.102 tỷ đồng trong đĩ cho vay nơng nghiệp và nơng thơn chiếm trên 70% với trên 10 triệu hộ gia đình. Ngân hàng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa vay trên 36% với gần 30.000 doanh nghiệp dư nợ. Tổng nguồn vốn 295.048 tỷ đồng và gần như hồn tồn là vốn huy động.
Năm 2008 là năm ghi dấu chặng đường 20 năm xây dựng và trưởng thành của ngân hàng Nơng nghiệp và phát triển nơng thơn Việt Nam và cũng là năm cĩ