Ngoài việc tính bài toán chi phí - lợi nhuận mang lại khi mở các chi nhánh, phòng giao dịch, ngân hàng phải tính đến việc luân chuyển các dòng vốn giữa chi nhánh, phòng giao dịch với hội sở chính nhƣ thế nào để đảm bảo tính thanh khoản của cả hệ thống với chi phí thấp nhất. Muốn làm đƣợc điều này, Ngân hàng nên xây dựng cơ chế điều chuyển vốn nội bộ phù hợp nhƣ triển khai Cơ chế quản lý vốn tập trung. Mô hình quản lý phân tán và bán tập trung hiện tại cho phép vốn đƣợc quản lý tại mỗi chi nhánh, chi nhánh hoạt động và điều vốn tại đơn vị mình tƣơng đối độc lập, chủ động quyết định huy động vốn và cho vay trong phạm vi giới hạn đƣợc phép.
Cơ chế Cơ chế quản lý vốn tập trung hay gọi là cơ chế FTP (Fund Transfer Pricing), là cơ chế quản lý vốn từ Trung tâm vốn đặt tại Hội sở chính. Các Đơn vị kinh doanh, thực hiện mua bán vốn với Hội sở chính (thông qua Trung tâm vốn). Hội sở chính sẽ mua toàn bộ tài sản Nợ của ĐVKD và bán vốn để ĐVKD sử dụng cho tài sản Có. Từ đó, thu nhập/chi phí của từng ĐVKD đƣợc xác định thông qua chênh lệch mua bán vốn với Hội sở.
Việc áp dụng cơ chế quản lý vốn tập trung đƣợc xem là xu thế tất yếu để tiến tới hình thành tập đoàn Tài chính – Ngân hàng với quy mô lớn và có những mặt tích cực sau: i) việc kiểm soát rủi ro đƣợc chuyển về hội sở chính, chi nhánh không quan tâm đến rủi ro thanh khoản, rủi ro lãi suất, tập trung mọi nguồn lực để đáp ứng kịp thời các nhu cầu của khách hàng; ii) giải quyết tình trạng thừa/thiếu thanh khoản
của các chi nhánh trong cùng hệ thống: sự dƣ thừa thanh khoản ở chi nhánh này sẽ bù đắp sự thiếu hụt thanh khoản tại chi nhánh bạn trong cùng hệ thống; iii) hiện đại hóa bộ máy tổ chức, hình thành một bộ máy gọn nhẹ, linh động, loại bỏ đƣợc một số công tác, báo cáo thủ công.
Cơ chế chuyển vốn nội bộ còn phải tính đến sự khác biệt về điều kiện kinh tế - xã hội ở địa bàn mà chi nhánh, phòng giao dịch hoạt động. Một chính sách giống nhau đối với mọi điểm giao dịch có thể dẫn đến việc mất thị phần không đáng có; chẳng hạn, lãi suất huy động tiền gửi ở các địa bàn đều giống nhau có thể làm giảm lƣợng tiền gửi ở một số địa bàn có mức độ cạnh tranh cao hoặc có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. Một chính sách phân biệt hoá phù hợp sẽ góp phần nâng cao hiệu quả kinh tế nhờ lợi thế quy mô.