Trung tâm Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm đƣợc ra đời từ ngày 10/4/1967 với tên gọi ban đầu là Phòng Nghiên cứu và thực nghiệm thực phẩm trực thuộc Cục Công nghiệp tiêu dùng và thực phẩm (theo Quyết định số 820/QĐ-TCCQ, của Uỷ ban hành chính Hà Nội).
Đến nay đã trải qua 47 năm phát triển với nhiều lần đổi tên, đổi trụ sở, bổ sung thêm chức năng và nhiệm vụ nhƣ sau:
Khi mới thành lập, năm 1967, đơn vị có tên là phòng Nghiên cứu và Thực nghiệm thực phẩm nhƣng ngay sau 10 ngày lại đƣợc đổi thành Xƣởng nghiên cứu và thực nghiệm thực phẩm Hà Nội trực thuộc Cục Công nghiệp tiêu dùng và thực phẩm (theo Quyết định số 936/UB/KH của Uỷ ban hành chính Hà Nội, ngày 21/4/1967), với chức năng nhiệm vụ nghiên cứu và thực nghiệm các sản phẩm trong lĩnh vực thực phẩm.
Từ đó đến năm 1988, đơn vị đƣợc đổi tên thành Trung tâm Nghiên cứu thực nghiệm thực phẩm vi sinh trực thuộc Liên hiệp thực phẩm vi sinh Hà Nội, và có trụ sở riêng tại địa chỉ 13B ngõ Bà Triệu, quận Hai Bà Trƣng, Hà Nội; với chức năng, nhiệm vụ chính là nghiên cứu và triển khai ứng dụng và chuyển giao công nghệ về lĩnh vực Công nghệ thực phẩm, đặc biệt là các sản phẩm lên men.
Năm 1999, Trung tâm có sự thay đổi về đơn vị quản lý nhà nƣớc trực tiếp, từ thuộc quyền quản lý của Liên hiệp thực phẩm Vi sinh Hà Nội chuyển sang cho Sở Khoa học – Công nghệ và môi trƣờng Hà Nội (theo Quyết định số 1818/QĐ-UB ngày 29/4/1999 của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội).
Đến năm 2005, đơn vị lần nữa đổi tên thành Trung tâm Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm Hà Nội; với nhiệm vụ bổ sung là nghiên cứu, triển khai ứng dụng và chuyển giao công nghệ về lĩnh vực Công nghệ sinh học (theo Quyết định số 4404/QĐ-UB ngày 23/6/2005 của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội).
Từ năm 2009, Trung tâm Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm chuyển trụ sở từ 13B ngõ Bà Triệu, Hai Bà Trƣng, Hà Nội về toà nhà A4, khu đô thị Đền Lừ II, Hoàng mai, Hà Nội (theo Quyết định số 1173/QĐ-UBND ngày 09/10/2008 của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội).
Hiện tại, Trung tâm Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm Hà Nội vẫn thực hiện các chức năng nhiệm vụ của một đơn vị Nghiên cứu, triển khai ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong hai lĩnh vực Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm.