Đây là giai đoạn " lạnh nhạt " và đầy khó khăn đã diễn ra trong quan hệ Việt Nam - Nhật Bản. Nguyên nhân chủ yếu vì vấn đề Campuchia. Do không đồng quan điểm với Việt Nam, phía Nhật Bản đã đơn phƣơng ngừng các mối quan hệ chính thức , đông kết các khoản viện trợ đã cam kết, đƣa ra yêu cầu Việt Nam phải rút quân khỏi Campuchia làm điều kiện để phía Nhật mở lại viện trợ. Mặt khác, Nhật Bản đã phối hợp với Mỹ và phƣơng Tây thực hiện bao vây cấm vận kinh tế Việt Nam, ngăn cản các tổ chức tài chính - tiền tệ quốc tế cho Việt Nam vay tiền... . Tuy nhiên, Nhật Bản khi này đã luôn mong muốn thực thi một
41
chính sách đối ngoại nhằm nâng cao vị thế chính trị nƣớc lớn trên thế giới, nhất là ở châu Á, đặc biệt là ở Đông Á, mà Việt Nam nhƣ đã biết là một quốc gia cộng sản có vị trí,vai trò quan trọng nhiều mặt lại vừa đánh thắng Mỹ... nên Nhật Bản không thể không muốn có quan hệ với Việt Nam. Bên cạnh đó, Nhật Bản và Việt Nam là hai nƣớc vốn đã các mối quan hệ giao lƣu từ lâu đời, nhất là trong lĩnh vực kinh tế thƣơng mại đã đem lại nhiều lợi ích lớn cho cả hai nƣớc, đặc biệt là cho phía Nhật do là nƣớc nghèo tài nguyên, vì thế Nhật Bản rất cần duy trì các quan hệ hợp tác phát triển với Việt Nam. Chính vì thế, mặc dù "lạnh nhạt và cứng rắn" với Việt Nam nhƣng suốt thời gian này, Nhật Bản vẫn tiếp tục "giữ cầu" quan hệ với Việt Nam nên cuối thâ ̣p niên 1980 vẫn có giao lƣu , hợp tác phát triển văn hóa nhƣ : Hỗ trợ tài chính của phía Nhật Bản dành cho Việt Nam để xây dựng các cơ sở hạ tầng và mua sắm trang thiết bị văn hoá thông tin. Đó là các dự án nhƣ: 24 triệu yên cho Bộ Văn hoá năm 1987; 10 triệu yên cho việc bảo dƣỡng và tôn tạo phố cổ Hội An thông qua Tổ chức UNESCO năm 1989; 23 triệu yên cho mua sắm trang thiết bị in ấn các chƣơng trình văn hoá giáo dục cho Đài Truyền hình Việt Nam năm 1990; 18 triệu yên cho việc xây dựng và mua sắm các trang thiết bị của nhà hữu nghị.
Cho đến khi Việt Nam thực thi công cuộc đổi mới theo đƣờng lối mở cửa từ cuối năm 1986 và từng bƣớc rút dần quân đội khỏi Campuchia thì giao lƣu hai nƣớc đã đƣợc nối lại ngay qua các chuyến thăm Nhật Bản của Bộ trƣởng Ngoại giao Nguyễn Cơ Thạch tháng 10/1990, Ngoại trƣởng Nhật Bản Nakayama thăm Việt Nam tháng 6/1991. Cùng thời gian này, Nhật Bản cũng đã nối lại viện trợ nhân đạo, y tế, văn hoá và giáo dục cho Việt Nam nhƣng còn ở quy mô nhỏ.