Khi tham gia vào quan hệ góp vốn, các bên đều mong muốn thực hiện và kết thúc công việc góp vốn một cách thành công, tuy nhiên do nhiều nguyên nhân, cả chủ quan và khách quan mang lại mà đôi khi hợp đồng góp vốn bằng
quyền sử dụng đất giữa hai bên không được hoàn thành theo đúng mong muốn, việc góp vốn bị chấm dứt và nảy sinh vấn đề xử lý quyền sử dụng đất đã góp vốn. Theo quy định hiện hành, việc xử lý vốn góp bằng quyền sử dụng đất được thực hiện như sau:
- Khi thời hạn góp vốn bằng quyền sử dụng đất đã hết, theo đề nghị của một bên hoặc các bên thì bên góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất được tiếp tục sử dụng đất đó trong thời hạn sử dụng đất còn lại. Khi thời hạn sử dụng đất đã hết, thì Nhà nước thu hồi đất theo quy định của pháp luật đất đai; nếu người sử dụng đất còn có nhu cầu tiếp tục sử dụng đất đó thi được Nhà nước xem xét cho sử dụng theo quy định của pháp luật.
- Trường hợp chấm dứt góp vốn theo quyết định của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thì Nhà nước thu hồi đất đó.
- Trường hợp doanh nghiệp liên doanh bị phá sản thì quyền sử dụng đất đã đem góp vốn được xử lý theo quyết định tuyên bố phá sản doanh nghiệp của Toà án. Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam sửa đổi, bổ sung xác định rõ : “Trong trường hợp bên Việt Nam tham gia doanh nghiệp liên doanh góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất, mà doanh nghiệp bị giải thể hay phá sản thì giá trị còn lại của quyền sử dụng đất đã góp vốn thuộc tài sản thanh lý của doanh nghiệp” (Điều 53 Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam”. Quy định này không những tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, cũng như các cơ quan quản lý Nhà nước có thâm quyền trong việc thực hiện các thủ tục thanh lý, phá sản doanh nghiệp, mà còn bảo vệ lợi ích chính đáng của các chủ nợ và nhà đầu tư.