Bên cạnh những kết quả đạt được đã nêu ở trên, hoạt động huy động vốn của chi nhánh vẫn còn một số hạn chế như sau:
Thứ nhất, tốc độ tăng trưởng của tổng nguồn vốn tuy ổn định, nhưng tốc độ
tăng trưởng chưa cao, còn bộc lộ nhiều điểm yếu. Nếu không có biện pháp để điều chỉnh, cân bằng các nguồn vốn từ khách hàng cá nhân, điều này về lâu dài sẽ dẫn đến hiện tượng mất cân đối về cơ cấu nguồn vốn huy động, từ đó dẫn đến những rủi ro khó lường trước được. Đa phần các nguồn vốn huy động đều là ngắn hạn, huy động vốn dài hạn chưa thể hiện sự tang trưởng bền vững.
Thứ hai, cơ cấu nguồn vốn vẫn còn điểm bất hợp lý. Có thể thấy tỷ trọng
tiền gửi thanh toán và tiền gửi kỳ hạn ngắn vẫn là chủ yếu. Mặc dù chi phí huy động hai nguồn này rẻ hơn, song lại gây khó khăn cho hoạt động sử dụng vốn của ngân hàng, bởi hai nguồn vốn này có tính ổn định không cao. Thêm vào đó,cơ cấu nguồn vốn huy động được chưa tương thích với cơ cấu cho vay. Khi mà tỷ trọng cho vay trung và dài hạn ngày một tăng lên thì tỷ trọng nguồn vốn huy động trung và dài hạn có xu hướng giảm đi. Nếu không có cách phân bổ nguồn vốn hợp lý thì ngân hàng sẽ phải đối mặt với nhiều rủi ro.
Thứ ba, tỷ trọng nguồn tiền gửi dân cư dưới dạng chứng chỉ tiền gửi còn
thấp, chứng tỏ việc khuyển khích sử dụng các công cụ vốn thay tiền mặt còn chưa được tận dụng
Thứ tư, tỷ lệ cho vay/tổng dư nợ vẫn còn khá thấp. Trong khi quy định của
NHNN tỷ lệ an toàn là 80%, thì con số cao nhất của chi nhánh trong 3 năm qua trong khoảng 50-60%. Tuy tỷ lệ cho vay/tổng dư nợ thấp sẽ đảm bảo an toàn nhưng cũng đưa tới khả năng ứ đọng vốn, ảnh hưởng tới khả năng sinh lời của đồng vốn huy động, từ đó ảnh hưởng đến lợi nhuận của Ngân hàng.