Năm 1988, Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam được thành lập
theo Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/3/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về việc thành lập các ngân hàng chuyên doanh, trong đó có Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.
Ngày 30/7/1994 tại Quyết định số 160/QĐ-NHN9, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước chấp thuận mô hình đổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam, trên cơ sở đó, Tổng giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam cụ thể hóa bằng văn bản số 927/TCCB/Ngân hàng Nông nghiệp ngày 16/08/1994 xác định: Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam có 2 cấp: Cấp tham mưu và Cấp trực
tiếp kinh doanh. Đây thực sự là bước ngoặt về tổ chức bộ máy của Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam và cũng là nền tảng cho hoạt động kinh doanh của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam sau này.
Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn hoạt động theo mô hình Tổng công ty 90, là doanh nghiệp Nhà nước hạng đặc biệt, hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Với tên gọi mới, ngoài chức năng của một Ngân hàng, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn được xác định thêm nhiệm vụ đầu tư phát triển đối với khu vực nông thôn thông qua việc mở rộng đầu tư vốn trung, dài hạn để xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho sản xuất nông, lâm nghiệp, thủy hải sản góp phần thực hiện thành công sự nghiệp công nghiệp hóa - hiện đại hóa nông nghiệp nông thôn.
PGD Quang Trung địa chỉ 83 Trần Quang Diệu, Đống Đa – Hà Nội. Bước đầu khi mới hoạt động, Ngân hàng NN&PTNN Hà Nội – PGD Quang Trung đã gặp không ít khó khăn với tổng tài sản nhỏ bé, lực lượng cán bộ mỏng, đồng thời đóng trên địa bàn quận Đống Đa - nơi có nhiều tổ chức tín dụng trong nước hoạt động lâu năm. PGD đã không ngừng phấn đấu, tìm tòi sáng tạo phát triển theo định hướng mới: tập trung phục vụ khối khách hàng cá nhân, doanh nghiệp vừa và nhỏ, doanh nghiệp tư nhân, cung ứng dịch vụ ngân hàng bán lẻ cho các tầng lớp dân cư trên địa bàn. Hoạt động của Ngân hàng NN&PTNN Hà Nội – PGD Quang Trung đã có bước phát triển vượt bậc, từng bước phát triển về quy mô, địa bàn hoạt động trải rộng, đa dạng sản phẩm dịch vụ ngân hàng với chất lượng cao, kinh doanh có hiệu quả.