Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đã nộp được quy định như sau:
Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế hàng quý nếu số thuế đầu vào được khấu trừ cuả các tháng trong quý thường xuyên lớn hơn số thuế đầu ra phát sinh các tháng trong quý. Những cơ sở kinh doanh xuất khẩu mặt hàng theo thời vụ hoặc theo từng kỳ với số lượng hàng lớn, nếu phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào cuả hàng hoá xuất khẩu lớn thì được xét hoàn thuế giá trị gia tăng từng kỳ.
Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế, có đầu tư, mua sắm tài sản cố định, nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định được khấu trừ lớn thì được xét giải quyết hoàn thuế đầu vào cuả tài sản cố định như sau:
· Ðối với cơ sở sản xuất kinh doanh đầu tư mới, đã đăng ký nộp thuế với cơ quan thuế nhưng chưa phát sinh thuế đầu ra, nuế thời gian đầu tư từ một năm trở lên được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm. Trường hợp cơ sở có số thuế giá trị gia tăng đầu vào cuả tài sản đầu tư được hoàn lớn thì được xét hoàn thuế từng quý. · Ðối với cơ sở kinh doanh đầu tư mở rộng, đầu tư chiều sâu nếu số thuế đầu vào cuả tài sản đầu tư đã tính khấu trừ sau ba tháng mà số thuế chưa được khấu trừ vẫn còn lớn hơn số thuế đã được khấu trừ thì được xét hoàn lại số thuế chưa được khấu trừ. Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản có số thuế nộp thừa.
Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế cuả cơ quan có thẩm quyền theo quy định cuả pháp luật.
Ðể giải quyết hoàn thuế, cơ sở kinh doanh phải gửi đơn đề nghị kèm theo hồ sơ xin hoàn thuế tới cơ quan quản lý thu thuế cơ sở. Cơ quan thuế có trách nhiệm
kiểm tra xác định số thuế hoàn trả và thực hiện hoàn trả thuế hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền hoàn trả thuế cho cơ sở theo thẩm quyền quy định.