Tế bào được thu lại bằng ly tâm ở 5000 vòng/phút trong 5 phút. Tủa tế bào được hòa tan trong đệm Tris 10 mM, EDTA 10 mM, sau đó được chia vào các ống Falconn 50 ml để giữ trong -800C. Các ống này sau khi ủ qua đêm ở nhiệt độ -800C được đưa ra ngoài và làm tan ở nhiệt độ phòng. Sau khoảng 2 giờ đồng hồ, dịch tế bào chuyển sang dạng dung dịch và lập tức được đưa vào hộp xốp đựng nước đá +40C. Dịch tế bào được bổ sung PMSF (chất ức chế các protease) để bảo vệ các polypeptide khỏi sự phân cắt của các protease nội bào được giải phóng do quá trình phá vỡ thành tế bào. Dịch tế bào trong các ống Falcon được siêu âm trong điều kiện lạnh trong khoảng 30 phút. Điều kiện chu kỳ siêu âm được xác định là siêu âm 30 giây sau đó nghỉ 20 giây và liên tục trong khoảng 30 phút. Quá trình siêu âm kết thúc khi dịch phá tế bào trở nên trong suốt có thể quan sát bằng mắt thường. Thông thường khi kết thúc quá trình này, các protein ngoại lai đã được giải phóng ra ngoài môi trường. Vì vậy cần phải lưu ý làm việc tuyệt đối trong điều kiện lạnh để hạn chế các protease hoạt động.
Dịch phá tế bào sau đó được ly tâm ở 13000 vòng/phút trong 30 phút để loại bỏ dịch nổi là các protein tan. Phần còn lại được thu lại để tiến hành làm tan và khử hoàn toàn các polypeptide trong dung dịch Tris-Gnd 7 M có bổ sung 20 mM Mecapthoethanol trong điều kiện lạnh từ 8-12 giờ.
Các phương pháp sinh học phân tử được tham khảo từ các phương pháp của Sambrook and Russell, 2001.
26