Bên cạnh những thành tựu đã đạt đợc thì công tác trả lơng tại công ty vẫn còn tồn tại một số khó khăn và hạn chế nh:
Việc xác định hệ số lơng cho cán bộ công nhân viên trong công ty chủ yếu căn cứ vào trình độ chuyên môn nghiệp vụ ghi trên bằng cấp của ngời lao động và phụ thuộc vào kinh nghiệm chủ quan của ban lãnh đạo. Chính vì vậy trong nhiều trờng hợp hệ số lơng không phản ánh chính xác năng lực thực tế của ngời
lao động dẫn đến tình trạng tiền lơng mà ngời lao động nhận đợc không tơng xứng với công sức mà họ đã cống hiến. Mặt khác việc quy định cứ 3 năm tiến hành tăng lơng một lần đối với những ngời tốt nghiệp đại học và 2 năm một lần đối với những ngời tốt nghiệp trung cấp và cao đẳng mà không căn cứ vào mức độ đóng góp cho công ty của ngời lao động là cha thoả đáng và không góp phần khuyến khích ngời lao động nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ. Ngoài ra, do tiền lơng của những nhân viên này còn phụ thuộc vào số ngày công nên nhiều khi xảy ra tình trạng ngời lao động chỉ đến để điểm danh gây lãng phí thời gian và các chi phí khác.
Đối với công nhân may: thời gian hao phí để thực hiện một công đoạn may nào đó đợc xác định theo phơng pháp bấm giờ nên mức độ chính xác là không cao. Do đó đơn giá tiền lơng áp dụng cho mỗi công đoạn chỉ mang tính t- ơng đối và tất nhiên vì thế mà tiền lơng mà ngời lao động nhận đợc trong nhiều trờng hợp cũng không tơng xứng với hao phí lao động mà họ đã bỏ ra. Ngoài ra việc bố trí, sắp xếp công nhân vào các vị trí trên dây chuyền sản xuất chủ yếu do tổ trởng và tổ phó thực hiện nên nhiều khi việc bố trí, sắp xếp cha đợc hợp lý gây lãng phí nguồn nhân lực và sử dụng quỹ lơng của doanh nghiệp không hiệu quả.
Đối với công nhân cắt: việc áp dụng hình thức trả lơng sản phẩm gián tiếp nh vậy là cha thoả đáng. Khối lợng công việc nhiều nhng tiền lơng lại không phụ thuộc vào năng lực và thành tích của bản thân mà lại phụ thuộc vào tổng lơng sản phẩm toàn chi nhánh nên làm cho tiền lơng sản phẩm mà công nhân cắt nhận đợc không tơng xứng với kết quả lao động của họ.