Salmonellosis thường gây nên viêm ruột và đơi khi gây nên hiện tượng mang trùng cấp tính và lan sang các cơ quan, tổ chức khác trong cơ thể. Sẩy thai và viêm não là hai biểu hiện ít thấy.
Bệnh lý Salmonella gây viêm ruột thường chia làm 3 giai đoạn: Xâm nhập vào ruột - Xâm nhiễm vào tế bào biểu mơ - Kích thích tiết dịch.
a- Xâm nhập vào ruột: vi khuẩn xâm nhập vào đoạn giữa của ruột non. Đây là bước đầu cần thiết cho sinh bệnh viêm ruột ở Salmonellosis. Các vi khuẩn hình thoi cĩ sẵn trong biểu mơ ruột già thường xuyên tiết ra các loại axit hữu cơ bay hơi kiềm hãm sự phát triển của Salmonella (Hentges and Maier,
1970)[58]. Các yếu tố làm phá vỡ khu hệ vi khuẩn đường ruột như: kháng sinh dùng trong thức ăn và điều trị, sự mất nước; làm tăng tính mẫn cảm của cơ thể đối với bệnh thể viêm ruột và nhiễm trùng huyết (Nelson, 1974)[64]; Tamnock and Smith, 1972)[72]; Timoney và cs., 1978)[73]; Timoney và cs., 1988)[74]. Gia súc bị stress do vận chuyển sẽ làm tăng nhanh sự xâm nhiễm của Salmonella (Williams, Newell, 1968) [79].
b- Sự xâm nhiễm vào tế bào biểu mơ ruột: Sự xâm nhiễm xảy ra ở nhung mao hồi tràng và kết tràng. Riềm bàn chải là nơi vi khuẩn xâm nhập vào tế bào, nhưng chưa phá huỷ tế bào, chưa làm tế bào thay đổi hình dạng đến khi bệnh xuất hiện. Vi khuẩn nhân lên và lan sang các tế bào xung quanh. Ở đây vi khuẩn tiếp tục nhân lên và bị thực bào trong các hạch lâm ba.
c- Kích thích tiết dịch: Cĩ những dấu hiệu của sự viêm hạch với sự tích nước, các ion HCO3- và Cl- (Grainello và cs., 1975)[53]. Biểu hiện viêm hạch cĩ thể là hệ quả của sự đáp ứng sự xâm nhiễm của Salmonella. Tuy nhiên, một vài dịng của Salmonella typhimurium sinh ra nội độc tố (Sedlock và cs.,
1978)[68]. Viêm ruột phát triển nhanh ở hồi tràng và kết tràng. Tế bào bị hoại tử bong ra; sự cĩ mặt của chúng trong phân cĩ giá trị chẩn đốn. Giai đoạn nhiễm
độc huyết trong Salmonellosis xuất hiện cĩ liên quan đến sự giải phĩng nội độc tố từ tế bào vi khuẩn. Nội độc tố tác động gây sốt, xuất huyết niêm mạc, tụ máu ở gan và giảm glycogen, sự phân huỷ glycogen kéo dài dẫn đến con vật bị sốc. Cuối cùng là con vật chết.