Thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng theo luật thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi, được quốc hội thông qua ngày 17/06/2003 và có hiệu lực thi
hành từ 01/01/2004. Thời gian qua đã có hàng loạt cơ chế, chính sách thuế nhằm phát triển khu công nghiệp, khu chế xuất áp dụng cho cả nước tạo nên môi trường đầu tư thông thoáng, hấp dẫn nhà đầu tư. Ngày 22/12/2003 Nghị định 164/CP/2003 ra đời và có hiệu lực ngày 01/01/2004 quy định chi tiết thi hành luật thuế thu nhập doanh nghiệp. Theo đó các doanh nghiệp trong nước và nước ngoài đều chịu mức thuế 28% không phân biệt trong hay ngoài khu công nghiệp. Những dự án đầu tư nước ngoài đặc biệt khuyến khích đầu tư được áp dụng thuế suất 20% trong 10 năm đầu, trường hợp có thêm điều kiện sử dụng nhiều lao động, địa bàn ưu đãi đầu tư sẽ được hưởng thuế suất 10% với thời hạn áp dụng là 15 năm. Những doanh nghiệp đầu tư nước ngoài thuộc lĩnh vực sản xuất trong khu công nghiệp được hưởng thuế suất 20% trong vòng 10 năm đầu, trường hợp có thêm điều kiện đầu tư vào các địa bàn kinh tế - xã hội khó khăn được hưởng thuế suất 15% với thời hạn 12 năm (khu chế xuất là 5 năm)
Nghị định 158/CP/2003 ban hành ngày 10/12/2003 và có hiệu lực từ ngày 01/01/2004 quy định chi tiết thi hành luật thuế giá trị gia tăng. Theo đó, đối với 9 loại hình hàng hoá và dịch vụ bán cho doanh nghiệp trong khu công nghiệp, khu chế xuất như: Ngân hàng, bảo hiểm, bưu chính viễn thông, kế toán kiểm toán, cho thuê nhà, kho bãi, v.v… áp dụng thuế suất 10%.
Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao sửa đổi ngày 24/03/2004 quy định công dân Việt Nam và người nước ngoài có chung một khung thuế suất từ 0 - 40%. Mức khởi điểm chịu thuế thu nhập cá nhân của công dân Việt Nam từ 5 triệu trở lên và người nước ngoài là 8 triệu trở lên.
Ngày 31/03/2004, Bộ tài chính đã ban hành thông tư số 26/2004/TT- BTC hướng dẫn thực hiện quy định về thuế chuyển lợi nhuận ra nước ngoài và việc hoàn thuế lợi tức do tái đầu tư đối với nhà đầu tư nước ngoài. Từ
01/01/2004, các khoản thu nhập hợp pháp mà các tổ chức kinh tế hoặc cá nhân người nước ngoài thu được do tham gia đầu tư vốn dưới bất kỳ hình thức nào theo quy định của luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam khi chuyển ra khỏi lãnh thổ Việt Nam không phải nộp thuế chuyển lợi nhuận ra nước ngoài.
Ngoài những mặt tích cực thì luật thuế hiện hành còn gây bức xúc cho các nhà đầu tư. Theo họ, thông thường luật thuế sau ban hành phải thông thoáng, hấp dẫn, nhiều ưu đãi hơn luật thuế trước. Tuy nhiên, với sự ra đời của Nghị định 164/CP/2003 để thay thế Nghị định 27/2003/NĐ-CP chỉ sau một năm nghị định này được ban hành thì những ưu đãi đối với nhà đầu tư nước ngoài bị dỡ bỏ. Theo những quy định mới này, môi trường đầu tư ở khu công nghiệp, khu chế xuất không còn lợi thế gì hấp dẫn ngoài cơ chế một cửa đang áp dụng tại ban quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất. Mặt khác, theo quy định trước đây, những dự án đầu tư nước ngoài đặc biệt khuyến khích đầu tư sẽ được hưởng thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian dự án thay vì 20% trong 10 năm đầu như hiện nay.
Thuế giá trị gia tăng áp dụng với 9 loại hàng hoá, dịch vụ đang là 0% theo khoản 2 điều 8 luật thuế giá trị gia tăng ban hành 1997 thì nay là 10%.
Thuế thu nhập vẫn có sự phân biệt giữa người ngoài nước và người trong nước.
Sự thay đổi chính sách thuế làm tăng chi phí của nhà đầu tư, sức cạnh tranh của hàng hoá xuất khẩu giảm và làm nhiều nhà đầu tư dù đã có ý định đầu tư vào các khu công nghiệp, khu chế xuất ở Việt Nam vẫn chuyển hướng sang các nước lân cận.