Theo Nghị định 281 – HĐBT ngày 0708/1990 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ: hệ thống thu thuế Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính, quản lý thống nhất trong cả nước về công tác thu thuế và các khoản thu khác của Ngân sách Nhà nước. Các cơ quan của ngành thuế được tổ chức theo các cấp từ cao xuống thấp: Tổng Cục Thuế, các Cục Thuế và các Chi Cục Thuế
Tổng Cục Thuế là bộ máy cao nhất trong hệ thống thu thuế Nhà nước, có nhiệm vụ và quyền hạn cụ thể:
Giúp Bộ Tài chính nghiên cứu soạn thảo các văn bản về thuế để Bộ Tài chính trình Chính phủ; Chỉ đạo hệ thống thuế Nhà nước quản lý công tác thu thuế và thu khác thống nhất trong cả nước theo đúng các quy đinh tại các văn bản về thuế và thu của Nhà nước; tổ chức thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định về thuế và thu khác của Nhà nước trong bộ máy thuế, xử lý các vi phạm chính sách, chế độ thuế trong nội bộ ngành; quản lý về tổ chức, biên chế, cán bộ, kinh phí chi tiêu và ấn chỉ của toàn bộ
hệ thống thu thuế theo đúng các quy định của Nhà nước và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Tài chính; ra lệnh thu các khoản phải thu, phạt tiền nếu các đối tượng nộp thuế chưa nộp, nộp chậm hoặc nộp thiếu hoặc vi phạm các điều khoản của Luật, pháp lện và các văn bản khác về thuế.
Cơ cấu bộ máy của Tổng Cục Thuế gồm có các Phó Tổng Cục trưởng và các ban nghiệp vụ, chức năng để giúp Tổng cục trưởng Tổng Cục Thuế chỉ đạo, điều hành bộ máy thu thuế trong cả nước. Tổng Cục Thuế là tổ chức thuộc bộ máy hành chính Nhà nước có tư cách pháp nhân công quyền, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước.
Cục Thuế là cơ quan chuyên môn thuộc Tổng Cục Thuế, đặt tại tất cả các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, đồng thời chịu sự chỉ đạo của Uỷ ban nhân dân cùng cấp. Cục thuế có quyền hạn và nhiệm vụ cụ thể:
+ Tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn và triển khai thực hiện thống nhất các văn bản quy phạm pháp luật về thuế, quy trình nghiệp vụ quản lý thuế trên địa bàn
+ Phân tích, đánh giá công tác quản lý thuế, tham mưu với cấp uỷ, chính quyền địa phương về lập dự toán thu Ngân sách Nhà nước, công tác thuế trên địa bàn; phối hợp chặt chẽ với các ngành, cơ quan, đơn vị liên quan để thực hiện nhiệm vụ được giao. Thực hiện quản lý thu thuế theo quy định của pháp luật; hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra các Chi cục Thuế trong việc tổ chức quản lý thu thuế. Tổ chức thực hiện tuyên truyền và cung cấp các hoạt động hỗ trợ cho các tổ chức, cá nhân nộp thuế.
+ Thực hiện các biện pháp nghiệp vụ thu thuế theo quy định của pháp luật và các quy đinh của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế: lập sổ thuế, kiểm tra việc tính thuế, phát hành thông báo thuế, các lệnh thu thuế... đôn đốc các tổ chức và cá nhân nộp thuế thực hiện nộp đầy đủ, kịp thời tiền thuế vào kho bạc Nhà nước.
+ Thanh tra, kiểm tra, kiểm soát việc kê khai thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế, nộp thuế, quyết toán thuế và chấp hành chính sách, pháp luật thuế đối với tổ chức và cá nhân nộp thuế; tổ chức và cá nhân quản lý thu thuế; tổ chức được uỷ nhiệm thu thuế.
Quyết định xử lý vi phạm pháp luật, giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế theo quy định của pháp luật; lập hồ sơ đề nghị cơ quan có thẩm quyền khởi tố các tổ chức, cá nhân vi phạm pháp luật thuế.
+ Tổ chức tiếp nhận và ứng dụng tiến bộ khoa học, công nghệ thông tin và phương pháp quản lý hiện đại vào các hoạt động của Cục thuế
+ Tổ chức thực hiện thống kê, kế toán thuế, quản lý ấn chỉ; lập báo cáo về tình hình kết quả thu thuế và báo cáo khác phục vụ cho việc chỉ đạo, điều hành của cơ quan cấp trên, Uỷ ban nhân dân đồng cấp và các cơ quan có liên quan; tổng kết, đánh giá tình hình và kết quả công tác của Cục thuế.
+ Kiến nghị với Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế những vấn đề vướng mắc cần sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật về thuế, các quy định của Tổng cục thuế về chuyên môn nghiệp vụ và quản lý nội bộ; kịp thời báo cáo với Tổng cục Thuế về những vướng mắc phát sinh, những vấn đề vượt quá thẩm quyền giải quyết của Cục thuế
+ Được quyền yêu cầu các tổ chức và cá nhân nộp thuế, các cơ quan Nhà nước, các tổ chức, cá nhân có liên quan cung cấp kịp thời các thông tin cần thiết cho việc quản lý thu thuế; đề nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý các tổ chức, cá nhân không thực hiện trách nhiệm trong việc phối hợp với cơ quan thuế để thu thuế vào Ngân sách Nhà nước.
+ Được quyền ấn định số thuế phải nộp, thực hiện các biện pháp cưỡng chế thi hành pháp luật thuế theo quy định của pháp luật; được quyền thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng đối với các tổ chức và cá nhân nộp thuế vi phạm pháp luật thuế.
+ Cục trưởng Cục Thuế được ký các văn bản chỉ đạo, hướng dẫn, giải thích các vấn đề thuộc phạm vi quản lý của Cục thuế theo quy định của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế
+ Quản lý tổ chức bộ máy, biên chế, cán bộ, công chức, viên chức, lao động trong Cục Thuế; tổ chức đào tạo, bồi dưỡng, sử dụng và quản lý đội ngũ công chức Cục Thuế theo quy định của Nhà nước.
Chi cục Thuế là bộ máy chuyên môn nghiệp vụ thuộc Cục Thuế đồng thời chịu sự chỉ đạo của Uỷ ban nhân dân cùng cấp. Chi Cục Thuế có các quyền hạn và nhiệm vụ sau:
+ Lập kế hoạch thu thuế hàng năm, quý, tháng trên địa bàn quận, huyện
+ Tham gia cùng các cơ quan chức năng xét duyệt đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế, trực tiếp quản lý hồ sơ đăng ký kinh doanh của các đối tượng nộp thuế do Chi cục quản lý thu thuế.
+ Tổ chức thực hiện các biện pháp thu thuế đối với các tổ chức, cá nhân do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý: tính thuế, lập sổ thuế, thông báo thuế, phát hành các lệnh thu thuế và thu khác theo quy định của pháp luật thuế; đôn đốc các tổ chức, cá nhân nộp thuế đầy đủ, kịp thời vào ngân sách Nhà nước...
+ Tổ chức công tác kiểm tra, chống khai man lậu thuế, kiểm tra và xử lý các vi phạm chính sách, chế độ thuế, vi phạm kỷ luật trong nội bộ ngành, giải quyết các đơn khiếu nại theo thẩm quyền được Luật thuế quy định và theo sự uỷ quyền của cơ quan cấp trên.