Bố trí cán bộ đúng người đúng việc sao cho đạt hiệu quả cao nhất. Việc sắp xếp bộ máy và cán bộ phải đảm bảo công khai, phát huy dân chủ,có sự bàn bạc trong tập thể lãnh đạo và lắng nghe ý kiến đóng góp của dân chúng.
Sắp xếp bộ máy và cán bộ phải xuất phát chủ yếu từ lợi ích công việc, đảm bảo được sự đoàn kết nội bộ, không gây bè phái, chia rẽ cục bộ. Phương pháp tổ chức lại phải thực sự đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính, thu hẹp cả về số lượng và quy mô các tổ chức không cần thiết. Nhất là các tổ chức mang tính phục vụ nội bộ ngành như hành chính, quản trị tài vụ…, ưu tiên bố trí các tổ thanh tra, dịch vụ hỗ trợ đối tượng nộp thuế, quản lý thu, tin học hoá phải đủ mạnh, đủ sức quản lý thuế tốt trong những năm tới theo định hướng: đối tượng nộp thuế tự tính, tự khai,
tự nộp và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật. Về điều này chúng ta phải học tập Nhật Bản, trong giai đoạn đầu áp dụng chế độ tự kê khai tự tính thuế, số thuế thu được chỉ đạt 11,4% tổng số thuế được tính toán. Nhưng sau khi thành lập Tổng cục thuế quốc gia (NTA) vào năm 1949, NTA đã thay đổi mẫu tờ khai đơn giản hơn, áp dụng hình thức kiểm tra chéo và công khai thu nhập của các đối tượng có thu nhập cao, mở rộng hình thức tư vvấn thuế vụ giúp đối tượng nộp thuế thực hiện cơ chế tự kê khai tự tính thuế. NTA còn đưa ra 2 loại tờ khai là tờ khai mầu trắng và tờ khai mầu xanh, nếu thực hiện tốt sổ sách kế toán thì được khai sổ khai mầu xanh và được hưởng nguyên tắc không phải sửa chữa lại hay sửa theo tính toán của nhà chức trách, trừ khi kiểm tra họ có kê khai sai sót. Với việc sử dụng tờ khai mầu xanh, Nhật Bản đã rất thành công trong việc thu thuế thu nhập cá nhân những năm 50. Và cho đến nay Nhật Bản là một trong những nước có tỷ trọng thuế thu nhập cá nhân trên tổng số thuế cao nhất thế giới, năm 2003 có trên 52 triệu người nộp thuế.
• Bộ máy quản lý thu
Cần tăng cường sự phối hợp giữa các phòng ban trong nội bộ, giữa cục thuế các chi cục thuế các tỉnh, giữa cơ quan thuế với các cơ quan chức năng khác nhằm thắt chặt công tác quản lý. Tổ chức bộ máy ngành thuế bên cạnh việc tiếp tục phát huy các ưu điểm của bộ máy quản lý thuế hiện hành:
+ Hệ thống thu thuế Nhà nước chịu trách nhiệm quản lý thống nhất các loại thuế, phí, lệ phí.
+ Hệ thống thu thuế Nhà nước trực thuộc Bộ tài chính được tổ chức theo ngành dọc từ trung ương đến địa phương.
+ Kết hợp một cách hợp lý giữa tổ chức bộ máy quản lý theo đối tượng, theo chức năng và theo sắc thuế.
• Quy trình quản lý thu
Cần cải tiến quy trình quản lý hiện nay theo hướng từ quản lý trực tiếp sang quản lý gián tiếp nâng cao tinh thần tự tính, tự khai, tự nộp của đối tượng nộp thuế. Cần có
quy trình quản lý thuế thu nhập cá nhân riêng để trước mắt phù hợp với đặc thù của loại thuế này. Việc xây dựng một quy trình quản lý thu thuế riêng sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động quản lý thu thuế TNCN vì khi đó các cơ quan, bộ phận sẽ được phân công chức năng, nhiệm vụ cụ thể rõ ràng, không chồng chéo, thuận lợi cho công tác báo cáo. Tiếp tục đẩy mạnh hình thức khấu trừ tại nguồn nhằm gọn nhẹ công tác quản lý.