Chính sách xuất nhập khẩu còn thiếu tính ổn định ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh của các khách hàng xuất nhập khẩu. Chính sách xuất nhập khẩu thường xuyên thay đổi làm cho các điều kiện và điều khoản trong L/C thay đổi gây khó khăn cho việc thanh toán hoặc khách hàng phải xin tu sửa L/C mất rất nhiều thời gian.
Thị trường ngoại hối còn khá phiến diện khiến cho ngân hàng rất khó khăn trong việc chủ động nguồn ngoại tệ phục vụ cho hoạt động thanh toán quốc tế và các hoạt động gắn liền khác.
Môi trường pháp lý cho hoạt động thanh toán quốc tế chưa đồng bộ và thiếu hoàn thiện. Chưa có một bộ luật hay văn bản dưới luật nào quy định về quy trình nghiệp vụ thanh toán quốc tế.
Sự cạnh tranh của các ngân hàng thương mại khác cũng là nhân tố ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động thanh toán quốc tế tại ngân hàng nông nghiệp. Sự đa dạng hóa về sản phẩm và chất lượng dịch vụ, sự tận tình chu đáo của nhân viên tốt hơn khiến cho thị trường chiếm lĩnh của các ngân hàng rộng hơn.
Những biến động về kinh tế chính trị trong khu vực và trên thế giới tác động rất mạnh mẽ đến hoạt động xuất nhập khẩu làm phát sinh những rủi ro liên quan đến hoạt động thanh toán đặc biệt là hình thức thanh toán tín dụng chứng từ.
Trình độ kỹ thuật nghiệp vụ ngoại thương hạn chế của khách hàng cũng làm ảnh hưởng đến sự mở rộng và hoàn thiện nghiệp vụ thanh toán quốc tế của chi nhánh. Nếu khách hàng hiểu và thực hiện tốt các quy trình nghiệp vụ thì việc lập hồ sơ thanh toán được kịp thời và nhanh chóng. Ngược lại sẽ gây chậm trễ , ảnh hưởng đến hoạt động của khách hàng và cả của chi nhánh