Do hoạt động của QTDND chủ yếu ở khu vực nông thôn nên quy mô hoạt động của QTDND nhỏ, huy động vốn tương đối khó khăn; mục tiêu hoạt động chủ yếu tương hỗ giữa các thành viên và không vì mục tiêu lợi nhuận nên tiềm lực tài chính hạn chế, khả năng tự bảo vệ của Quỹ tín dụng nhìn chung còn yếu; các khoản cho vay chủ yếu phục vụ khu vực nông nghiệp - nông thôn nên chứa đựng nhiều rủi ro do nguyên nhân bất khả kháng. Bởi vậy, đối với các QTDND, muốn đáp ứng yêu cầu thường xuyên có tiền mặt trả tiền gửi cho khách hàng mà quỹ khả dụng thấp, một giải pháp duy nhất là thực hiện sự liên kết với nhau hỗ trợ lẫn nhau tiền mặt qua tổ chức trung gian đó là QTDTW. Trong hoạt động của hệ thống quỹ tín dụng nhân dân, tại một Quỹ tín dụng nhân dân cơ sở có vốn tiền mặt tạm thời chưa sử dụng đem gửi vào QTDTW để tạo nguồn đáp ứng chi trả của quỹ tín dụng cơ sở khác theo cơ chế cho vay điều hòa vốn. Tại QTDTW, nhận tiền gửi của quỹ tín dụng này cho vay quỹ tín dụng khác, thực chất là tập trung tiền mặt ở các quỹ tín dụng tạm thời chưa sử dụng đem cho vay các quỹ tín dụng có nhu cầu chi trả trước cho khách hàng.
Để cho hoạt động của cả hệ thống QTDND hiệu quả và an toàn thì trước hết cần phải xác định rõ vai trò lãnh đạo, đầu mối của QTDTW. Hiện nay, số vốn do các QTDND cơ sở đóng góp vào QTDTW mới chỉ chiếm tỷ trọng 7,45% tổng số vốn điều lệ. Do đó, Nhà nước đã phải hỗ trợ 83 tỷ đồng, tương đương 72,8%. Còn lại là phần đóng góp của các ngân hàng thương mại nhà nước (khoảng gần 20%). Với cơ cấu vốn như trên, hiện nay QTDTW là một
tổ chức tín dụng chịu sự quản lý trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước và chuyển tải những định hướng hoạt động cho các QTDND cơ sở[25]
Do đó, QTDTW là một tổ chức hợp tác do các QTDND cơ sở xây dựng nên để tương trợ và tăng cường hiệu quả hoạt động của hệ thống QTDND. QTDTW là một đầu mối của hệ thống QTDND và giữ vai trò điều hòa vốn cho các QTDND cơ sở thành viên. Đến nay, trong cả nước có 25 chi nhánh QTDTW ở các tỉnh làm nhiệm vụ điều hòa vốn trong toàn hệ thống, thực hiện cho vay các QTDND cơ sở trên địa bàn, đồng thời, đảm bảo khả năng chi trả cho các QTDND gặp khó khăn. Tuy nhiên, với nguồn vốn của Quỹ tín dụng nhân dân trung ương hiện nay là chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế của các Quỹ tín dụng nhân dân cơ sở trên địa bàn.
Mặt khác QTD nhân dân cơ sở lại không thể trực tiếp huy động vốn từ Ngân hàng Nhà nước. Do đó khi cần thiết khả năng huy động vốn của QTD nhân dân là rất hạn chế.