Bên cạnh những thành tựu đạt được thì hoạt động thẩm định của chi nhánh vẫn còn có những hạn chế cần được khắc phục:
+ Thứ nhất, quy trình thẩm định tín dụng nói chung và quy trình thẩm định tài chính dự án đầu tư nói riêng tại chi nhánh đều được áp dụng theo sổ tay tín dụng và một số quyết định ban hành kèm theo. Tuy nhiên trong những hướng dẫn, quy trình vẫn còn có những hạn chế và nếu cán bộ tín dụng mà áp dụng nó một cách máy móc không linh hoạt thì nó sẽ ảnh hưởng đến chất lượng thẩm định
+ Thứ hai, nguồn thông tin mà chi nhánh sử dụng để thẩm định tài chính dự án đầu tư gồm có: Bảng cân đối kế toán, báo cáo kết quả hoạt động… Các nguồn thông tin này đều do doanh nghiệp lập và gửi cho các ngân hàng vì vậy nó còn mang tính chủ quan của doanh nghiệp.
Một thiếu sót của nhiều ngân hàng không riêng chi nhánh trong vấn đề số liệu sử dụng thẩm định đó là ngân hàng chưa xem xét đến báo cáo lưu chuyển tiền tệ, thuyết minh báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Vì trong nhiều trường hợp DN hoạt động kinh doanh hiệu quả có lãi nhưng vào thời điểm trả nợ ngân hàng thì lại không khớp với chu kỳ luân chuyển tiền tệ, do vậy không có tiền để trả nợ cho ngân hàng.
Ngoài ra nguồn thông tin mà chi nhánh sử dụng từ bên ngoài mới chỉ có từ CIC và từ tổ chức tín dụng mà doanh nghiệp có quan hệ trước đây mà chưa thu thập thông tin số liệu từ cơ quan thuế, cơ quan kiểm toán. Vì các doanh nghiệp muốn vay vốn từ ngân hàng nên họ sẽ làm đẹp hình ảnh của mình trước các nhà tài trợ, họ thường khai tăng các khoản lợi nhuận của mình lên để ngân hàng thấy được hiệu quả kinh doanh tốt, khả năng trả nợ cao. Còn trước các cơ quan thuế họ lại thường giảm bớt lợi nhuận nhằm làm giảm nghĩa vụ với nhà nước, do vậy việc đối chiếu số liệu với cơ quan này là cần thiết, nhằm đảm bảo tính trung thực khách quan của
thông tin thẩm định.
+Thứ ba là khi thẩm định chỉ tiêu tổng nguồn vốn đầu tư cho dự án thì ngân hàng không xem xét đến nguồn vốn dự phòng cho DAĐT. Nguồn vốn dự phòng được dùng để sẵn sàng ứng phó với những bất trắc có thể xảy ra trong quá trình thực hiện đầu tư và nó thường được tính bằng 5 – 10% trên tổng vốn cố định và vốn lưu động. Đây là một việc làm cần thiết. Ngoài ra trong bước phân tích rủi ro của dự án thì cán bộ thẩm định mới chỉ sử dụng phương pháp phân tích độ nhạy mà chưa sử dụng phương pháp phân tích tình huống để đánh giá một cách toàn diện những rủi ro mà dự án gặp phải.
+ Thứ tư là khi phân tích tình hình tài chính của doanh nghiệp thì ngân hàng đã tính và so sánh một số chỉ tiêu như khả năng thanh toán, khả năng tạo ra lợi nhuận của doanh nghiệp qua các năm để từ đó thấy được xu hướng thay đổi của nó là theo chiều hướng tích cực hay tiêu cực. Tuy nhiên ngân hàng chưa đem các chỉ tiêu đó so sánh với các doanh nghiệp trong cùng ngành, để thấy được mức độ phát triển của doanh nghiệp trong ngành.
+ Thứ năm đó là về đội ngũ cán bộ thẩm định, tuy đội ngũ cán bộ thẩm định nhiệt tình, năng động tuy nhiên đội ngũ này trẻ, kinh nghiệm chưa nhiều, tính chuyên nghiệp chưa cao dễ gặp phải những khó khăn trong quá trình thẩm định.
+ Thứ sáu đó là công tác kiểm tra giám sát dự án sau khi giải ngân còn chưa được quan tâm đúng mức.
+ Điểm hạn chế cuối cùng của ngân hàng đó là về mặt cơ sở vật chất của chi nhánh. Chi nhánh có một vị thế thuận tiện, tuy nhiên các phòng ban còn khá là nhỏ, chi nhánh cũng được trang bị hệ thống khá hiện đại với những máy tính nối mạng toàn hệ thống tuy nhiên hiệu quả sử dụng chưa cao, khả năng khai thác thông tin còn hạn chế.