Ngoài những thành tựu đã đạt được, công ty vẫn còn những hạn chế cần khắc phục. - Nông sản xuất khẩu của công ty chủ yếu dưới dạng thô, chưa qua chế biến, đặc biệt hàng được thu gom từ nhiều nguồn, chất lượng không đồng đều nên chất lượng và giá cả xuất khẩu thấp hơn hẳn so với đối thủ cạnh tranh, nó sẽ làm giảm tính cạnh tranh trên thị trường thế giới nhất là các thị trường phát triển đòi hỏi chất lượng hàng ngày càng cao, có thể đánh mất cơ hội ký kết được những hợp đồng có giá trị lớn, đánh mất niềm tin với khách hàng. vì vậy trong những năm tới công ty cần có nhiều biện pháp nhằm nâng cao chất lượng nguồn hàng của mình.
- Doanh thu xuất khẩu nông sản không ổn định qua các năm: Mặt hàng nông sản phụ thuộc nhiều vào biến động của thị trường thế giới, nên thường xuyên có những biến động về giá cả khó lường, sản lượng xuất khẩu thì phụ thuộc nhiều vào mùa vụ, được mùa hay mất mùa nên cũng không ổn định, các mặt hàng như hành, lạc nhân có những năm không có hàng để xuất khẩu, điều này làm ảnh hưởng đến tổng doanh thu xuất khẩu của công ty. Vì vậy có thể thấy doanh thu xuất khẩu nông sản của công ty không ổn định qua các năm.
- Công tác nghiên cứu và dự báo thị trường chưa hiệu quả: Công tác nghiên cứu và dự báo thị trườnghết sứcquan trọng, hoạt động kinh doanh nói chung và kinh doanh xuất khẩu nói riêng chứa đựng nhiều rủi ro như rủi ro về kinh tế, pháp luật, thị trường…vì vậy công ty cần đặc biệt quan tâm đến công tác nghiên cứu và dự báo thị trường. Tuy nhiên hoạt động này ở công ty chưa có những hoạt động cụ thể, đối với hoạt động nghiên cứu thị trường chủ yếu thông qua hội chợ và triển lãm để tìm kiếm thị trường, điều này khiến công ty khó nắm bắt thông tin đầy đủ về đối tác nên dễ gặp khó khăn, rủi ro trong quá trình mở rộng sang thị trường mới. Mặc dù công ty đã cử các đoàn tham dự hội nghị hội thảo do các tổ chức xúc tiến thương mại trong và ngoài nước tổ chức nhưng vẫn còn hạn chế. Đối với công tác dự báo thì công ty còn dựa trên những dự báo chung chung như dự báo của các chuyên gia kinh tế thế giới, các tổ chức kinh tế trong và ngoài nước chứ công ty chưa đưa ra được những dự báo cụ thể dựa trên tình hình hoạt động thực tiễn của công ty mình. Với mục tiêu đa dạng hóa thị trường xuất khẩu thì trong thời gian tới công ty cần đầu tư mạnh mẽ cho hoạt động nghiên cứu và dự báo thị trường.
- Chất lượng nguồn nhân lực vẫn chưa đồng đều: Hoạt động xuất khẩu nông sản đòi hỏi đội ngũ cán bộ có chuyên môn cao về xuất nhập khẩu, có khả năng sử dụng thành thạo tiếng Anh trong giao dịch đàm phán, gửi thư điện tử cho khách hàng nước ngoài… Vì vậy kỹ năng tin học và ngoại ngữ của cán bộ rất cần thiết đối với công ty. Nguồn nhân lực của công ty nhìn chung có chất lượng cao, và có nhiều tiến bộ tuy nhiên vẫn còn một số ít cán bộ có kinh nghiệm nhưng hạn chế về tin học và ngoại ngữ.