Năm 1918 khi Nghị định của Toàn quyền Đông dương về tổ chức và quản lý lưu trữ được ban hành, các kho lưu trữ ở Huế và Sài gòn được thành lập để bảo quản tài liệu của chính quyền thực dân Pháp ở phía Nam (từ vĩ tuyến 17 trở vào). Nhưng sau năm 1954 khi hiệp định Giơnevơ có hiệu lực, công tác lưu trữ ở đây hầu như bị bỏ rơi. Đến năm 1959 chính quyền ngụy mới chấn chỉnh lại công tác lưu trữ bằng việc thiết lập Nha Văn Khố và Thư viện Quốc gia thuộc Bộ Giáo dục để quản lý tài liệu ở Sài Gòn và các chi nhánh Huế, Đà Lạt.
Năm 1976 khi Kho Lưu trữ Trung ương II được thành lập tại thành phố Hồ Chí Minh, ngành lưu trữ đã có một đơn vị chuyên trách việc bảo quản tài liệu lưu trữ ở phía Nam. Từ đây
tài liệu lưu trữ được tập trung về bảo quản tại Kho Lưu trữ Trung ương II tại thành phố Hồ Chí Minh. Trong những năm đầu mới thành lập kho này còn thiếu nhiều trang thiết bị bảo quản, nhà kho cũng chưa đủ điều kiện để đáp ứng yêu cầu kỹ thuật cho việc bảo quản an toàn tài liệu. Năm 1996, Trung tâm Lưu trữ Quốc gia II tiến hành xây dựng một nhà kho mới với 9 tầng kho và 1 tầng hầm có thể chứa được 30.000 mét tài liệu. Kho được xây dựng trên đường Lê Duẩn thuộc quận I là trung tâm của thành phố rất thuận tiện cho việc giao thông đi lại. Môi trường xung quanh kho tương đối trong lành, vì nó ở gần các cơ quan văn hóa, không có công trình nào phả khói độc hại hoặc thải các khí độc làm hại tài liệu. Về giải pháp kỹ thuật, kho bảo quản tài liệu giấy của Trung tâm Lưu trữ Quốc gia II áp dụng phương pháp thông thoáng tự nhiên. Nhiệt độ, độ ẩm trong kho được điều tiết bằng hệ thống cửa sổ nâng bố trí đối xứng để gió lùa. Sau khi đưa tài liệu vào bảo quản, thực tế cho thấy điều tiết nhiệt độ, độ ẩm bằng giải pháp thông thoáng tự nhiên là không phù hợp với điều kiện khí hậu nóng như ở thành phố Hồ Chí Minh. Tại đây nhiệt độ trung bình các tháng trong năm dao động từ 14 – 280C, nhưng vào mùa hè lúc thấp nhất nhiệt độ cũng là trên 220
C và lúc cao nhất nhiệt độ lên tới 380C. Như vậy việc mở cửa thông gió cũng không thể điều tiết được nhiệt độ tối ưu cho tài liệu và đây là một trong những lý do gây ra sự lão hóa của tài liệu mà thực trạng sẽ được đề cập cụ thể ở những phần sau.
Nhờ việc triển khai "Đề án cấp cứu tài liệu Mộc bản" và "Đề án Chống nguy cơ huỷ hoại, bảo quản an toàn và tổ chức sử dụng có hiệu quả một số khối và phông tài liệu hiện bảo quản tại các Trung tâm Lưu trữ Quốc gia", các trang thiết bị bảo quản như hộp, cặp, bìa hồ sơ tại Trung tâm Lưu trữ Quốc gia II trong những năm gần đây đã được trang bị tương đối đầy đủ và phù hợp với từng loại tài liệu để hạn chế tác hại của ánh sáng và bụi trong môi trường tới tài liệu lưu trữ.
Việc phòng chống nấm mốc và côn trùng hại tài liệu lưu trữ những năm trước đây hầu như không được thực hiện, một phần vì môi trường khí hậu ở thành phố Hồ Chí Minh tương đối khô, nấm mốc ít phát triển, nhưng cơ bản là ở đây chưa có cán bộ chuyên sâu về sinh hoá nên công tác này chưa được quan tâm đúng mức. Những năm gần đây trong khi xây dựng quy trình tu bổ tài liệu, vấn đề khử nấm mốc đã được thử nghiệm nhưng vẫn chưa áp dụng một cách phổ biến.
Công tác tu bổ phục chế trong những năm gần đây, đặc biệt là từ khi thực hiện "Đề án Chống nguy cơ huỷ hoại, bảo quản an toàn và tổ chức sử dụng có hiệu quả một số khối và
phông tài liệu hiện bảo quản tại các Trung tâm Lưu trữ Quốc gia" đã được triển khai và thu được những kết quả tương đối khả quan. Những tài liệu bị hư hỏng đã được tu bổ sửa chữa bằng nhiều biện pháp khác nhau: Tài liệu hành chính phần lớn được bồi nền 1 mặt, bồi nền 2 mặt hoặc dán vá bằng phương pháp thủ công; tài liệu bản đồ và tài liệu khoa học kỹ thuật được làm bao bảo vệ bằng giấy polyester có chất lượng cao.