a. Thủy văn
Hệ thống sụng ngũi
+ Sụng Vọp bắt nguồn từ cửa Ba Lạt theo hướng Đụng Nam ra biển, dài khoảng 10 km, rộng khoảng 200 m. Sụng Vọp mang phự sa bồi đắp cho bậc thềm biển tại 3 xó Giao Lạc, Giao Xuõn, Giao Hải. Lượng phự sa tại cửa Ba Lạt đạt bỡnh quõn khoảng 1,8 gam/lớt.
+ Hạ lưu sụng Trà: Chảy từ cửa Ba Lạt xuống phớa Nam ra biển gặp sụng Vọp ở khu vực xó Giao Xuõn, sụng dài khoảng 12 km, là ranh giới ngăn cỏch giữa cồn Lu và cồn Ngạn. Là nơi phõn phối phự sa cho thềm biển thuộc địa phận VQG và vựng đệm sụng Vọp. Sụng Trà vận chuyển phự sa nước ngọt hoà với nước biển tạo ra mụi trường nước lợ rất thớch hợp cho RNM và thuỷ sản phỏt triển.
+ Ngoài ra cũn những lạch triều, lạch sụng ăn sõu vào bói trong, bói ngoài tạo ra sự cõn bằng nguồn nước của Cồn Ngạn.
Hệ thống thuỷ nụng nội đồng
Hệ thống thuỷ nụng nội đồng của cỏc xó vựng đệm về cơ bản đó hoàn chỉnh tưới và tiờu, hệ thống kờnh tưới, tiờu cấp 1, 2, 3 đảm bảo chủ động cho chế độ nước đối với cõy lỳa nước 2 vụ. Nhưng hiện cỏc cống đầu mối chưa được điện khớ hoỏ, vẫn phải đúng mở thủ cụng, gõy nhiều hạn chế cho tiờu, thoỏt nước.
b. Thuỷ triều
Thuỷ triều vựng đệm VQG Xuõn Thuỷ thuộc chế độ nhật triều với chu kỳ khoảng 25 giờ. Biờn độ trong một ngày trung bỡnh 150 - 180 cm. Triều lớn nhất đạt 330cm và triều nhỏ nhất đạt 25cm. Do cú thuỷ triều mà RNM và cỏc HST được duy trỡ và phỏt triển. Chớnh nhờ cú thuỷ văn, thuỷ triều đó nõng cốt đất và mở mang lónh thổ, làm tăng quỹ đất cho vựng đệm và VQG.