Cơ sở hạ tầng mới (hoạt động từ năm 2009) của Bệnh viện đáp ứng đầy đủ nhu cầu cấp nƣớc sử dụng cho các hoạt động trong Bệnh viện, đồng thời hệ thống thoát nƣớc luôn làm việc hiệu quả, cả hệ thống thoát nƣớc thải sinh hoạt và hệ thống nƣớc thải y tế. Hệ thống này hoạt động từ năm 2009 cho đến nay và không gây ngập úng cũng nhƣ tràn nƣớc ra khu vực xung quanh. Nƣớc thải sinh hoạt và nƣớc mƣa đƣợc thu gom và đƣa đi xử lý riêng, Bệnh viện chỉ có trách nhiệm xử lý nƣớc thải y tế phát sinh. Nghĩa là Bệnh viện vừa tự xử lý nƣớc thải y tế, vừa đóng phí xả thải cho nƣớc thải sinh hoạt. Hiện Bệnh viện không có hệ thống thu gom để tái sử dụng nƣớc mƣa mà sử dụng hoàn toàn nƣớc sạch từ hệ thống cấp nƣớc của thành phố.
Hệ thống xử lý nƣớc thải này hoạt động từ năm 2009, trong thời gian đầu, hiệu quả xử lý chƣa cao, vẫn còn một số chỉ tiêu vƣợt mức cho phép và có tình trạng bị nhiễm khuẩn, vẫn đƣợc xả thải ra môi trƣờng. Qua từng năm, hệ thống đã từng bƣớc đi vào ổn định, dần đạt các tiêu chuẩn quy định, đảm bảo an toàn nƣớc thải ra môi trƣờng. Tuy nhiên, Bệnh viện cần xem xét và cải tạo lại hệ thống xử lý nƣớc thải y tế của mình đạt mức tiêu chuẩn cho phép quy định hiện hành. Thêm vào đó, Bệnh viện cần giải thích rõ cho những hộ dân xung quanh, tránh gây hiểu lầm cho ngƣời dân về việc nƣớc thải y tế tràn ra khu vực xung quanh khi có trời mƣa. Đồng thời, Bệnh viện cần nhanh chóng hoàn thiện hồ sơ đăng ký chủ nguồn thải đúng quy định.
Hiện tại, cho đến thời điểm này, Bệnh viện vẫn chƣa có phƣơng thức xử lý lƣợng bùn thải này nếu có nạo vét, thu gom trong thời gian tới. Do đó, cần sớm đƣa ra
phƣơng thức xử lý lƣợng bùn thải này trƣớc, chứ không nên để thực hiện thu gom rồi mới nghĩ cách xử lý, nhƣ thế sẽ tại thêm một mối nguy hiểm cho môi trƣờng.