Hiện nay trên thế giới ngƣời ta đã và đang áp dụng rất nhiều phƣơng pháp trong việc xử lý CTYT.
+ Phƣơng pháp thiêu đốt rác thải y tế ở nhiệt độ cao. Ƣu điểm của phƣơng pháp này là có thể xử lý đƣợc mọi loại rác, chất thải ở dạng vụn đặc biệt là các chất thải không thể xử lý đƣợc bằng phƣơng pháp khác (trừ trƣờng hợp đó là chất thải phóng xạ), nó giảm đƣợc khối lƣợng lớn và trọng lƣợng của rác sau quá trình đốt, có thể sử dụng lại nhiệt độ sinh ra trong quá trình đốt rác. Nhƣng nhƣợc điểm của phƣơng pháp này có thể tạo ra nhiều khí thải độc hại nhƣ Dioxin và Furan mà nếu không có biện pháp xử lý thì hậu quả để lại sẽ rất lớn bởi chúng gây bệnh ung thƣ và nguy hiểm hơn đó là những biến đổi về gen làm xuất hiện “quái thai, dị dạng” ở thế hệ sau. Ngoài ra quá trình đốt rác còn tạo ra nhiều hơi chứa một số kim loại nặng nhƣ chì, thủy ngân, cadium vì thế đây là nguyên nhân gây ra ô nhiễm môi trƣờng và các bệnh về đƣờng hô hấp. Tại Hồng Công, gần 60% tƣơng đƣơng với khoảng 3000 tấn CTYT đƣợc xử lý đặc biệt bằng phƣơng pháp thiêu đốt, 40% lƣợng chất thải còn lại là không lây nhiễm đƣợc chôn lấp hợp vệ sinh. Trên phạm vi cả nƣớc mới chỉ có 4 bệnh viện có cơ sở thiêu đốt chất thải lây nhiễm. Đối với những bệnh viện chƣa có lò đốt thì toàn bộ chất
thải lây nhiễm của cơ sở đó sẽ đƣợc vận chuyển đến nơi thiêu đốt tập trung CTYT. Vào năm 2001 Chính phủ đã cho xây dựng một cơ sở thiêu đốt tập trung chất thải lây nhiễm với kinh phí đầu tƣ là 50 triệu USD.
+ Phƣơng pháp xử lý bằng hóa chất. Ƣu điểm của phƣơng pháp này là có ít các sản phẩm phụ độc hại sinh ra sau quá trình hấp so với phƣơng pháp thiêu đốt. Nhƣng phƣơng pháp này có nhƣợc điểm là hình dạng rác vẫn giữ nguyên không thay đổi về khối lƣợng, tạo ra luồng khí thải và hơi nóng có thể không đến hoặc không đủ sức diệt khuẩn hoàn toàn các loại rác thải y tế. Trong quá trình xử lý bằng phƣơng pháp này nếu mở bao rác thì giảm đƣợc thể tích bao rác và tăng khả năng diệt khuẩn nhƣng làm nhƣ vậy công nhân có thể bị tổn thƣơng do các vật sắc nhọn.
+ Công nghệ khử khuẩn. Mục đích của phƣơng pháp này là biến chất thải nguy hại thành chất thải không nguy hại tƣơng tự nhƣ các chất thải sinh hoạt thông thƣờng. CTYT sau khi đƣợc khử khuẩn sẽ đƣa đi tiêu hủy cuối cùng tại những nơi xử lý. Trong công nghệ khử khuẩn lại đƣợc chia ra thành nhiều loại khác nhau. Thứ nhất đó là khử khuẩn bằng các phản ứng hóa học. Phƣơng pháp này chỉ dùng trong các trƣờng hợp đặc biệt vì nó có thể tạo ra ô nhiễm ở dạng thứ cấp nguy hiểm và độc hại hơn nhiều. Thứ hai là khử khuẩn bằng nhiệt khô, nhiệt ƣớt và bằng vi sóng. Trong đó khử khuẩn bằng nhiệt khô đòi hỏi phải bảo trì các bộ phận và theo dõi sát sao khi vận hành. Khử khuẩn bằng nhiệt ẩm tức là làm ẩm rác trƣớc khi khử khuẩn. Khử khuẩn bằng vi sóng đòi hỏi có sự kiểm soát rất chặt chẽ nó không thể áp dụng cho các chất thải phóng xạ và một số hóa chất trong y tế khác. Tại Pháp mô hình xử lý CTRYT nguy hại là sự phối hợp giữa thiêu đốt tại chỗ và thiêu đốt tập trung ngoài bệnh viện (5 cơ sở), đốt chung với chất thải CTR sinh hoạt (22 cơ sở), khử khuẩn (33 cơ sỏ).
Hiện nay các nhà khoa học đang áp dụng phƣơng pháp nghiền nát chất thải, xử lý dƣới nhiệt độ và áp suất cao để tránh việc phóng thích khí thải trong khi xử lý. Theo phƣơng pháp này rác thải bệnh viện sẽ cho qua một máy nghiền rồi chuyển qua một phòng hơi có nhiệt độ 138 độ C và áp suất 3.8 bar (1 bar tƣơng đƣơng với 1atmosphere). Phế thải sau khi đƣợc xử lý sẽ đƣợc chở đến bãi rác thông thƣờng vì đã
đạt tiêu chuẩn tiệt trùng. Phƣơng pháp này có nhiều ƣu điểm đó là giảm đƣợc khối lƣợng chất thải, giảm chi phí và không tạo ra các khí thải vào không khí.
Đối với công nghệ xử lý nƣớc thải bệnh viện chƣa đƣợc chú trọng nhiều so với việc xƣ lý CTRYT. Việc xử lý nƣớc thải thƣờng có các cấp bậc sau. Thứ nhất là xử lý bậc I ở đây nƣớc thải bệnh viện đƣợc xử lý sơ bộ, xử lý cơ học trong các bể lắng. Tiếp đó là tiến hành xử lý bậc II tức là xử lý sinh học trong các bể biofil, areoten, biota. Cuối cùng là xử lý sinh học trong các bể areton, bể lọc sinh học với các đệm xử lý vi sinh.