Hệ thống quản lý chất thải y tế về mặt hành chính tại Bệnh viện đã đƣợc tổ chức một cách chặt chẽ và thực hiện đúng theo những quy định về quản lý chất thải y tế của Bộ Y Tế. Dƣới sự chỉ đạo, quan tâm từ trên xuống của từng cấp quản lý và sự phối hợp đồng bộ, liên tục giữa các phòng/khoa chức năng – chuyên môn trong Bệnh viện đã làm cho các công tác trong việc quản lý chất thải y tế tại đây đƣợc thực hiện dễ dàng và đúng quy định, từ những khâu phân loại, đến thu gom, vận chuyển và xử lý. Bên cạnh đó, việc tổ chức tập huấn và thƣờng xuyên hƣớng dẫn, nhắc nhở, kiểm tra, đôn đốc các nhân viên y tế và nhân viên vệ sinh thực hiện tốt các quy định về quản lý chất thải và an toàn vệ sinh Bệnh viện sẽ nâng cao ý thức chuyên môn và hiệu quả trong công tác quản lý chất thải tại đây. Thêm vào đó, việc thành lập Ban quản lý chất thải y tế tại Bệnh viện vào năm 2011 sẽ tăng cƣờng đƣợc hiệu quả cho công tác quản
lý chất thải y tế. Từ đó, xây dựng đƣợc một hệ thống chuyên trách cho công việc quản lý chất thải y tế tại Bệnh viện.
Hiện nay, Bệnh viện không để cho các hộ lý thực hiện việc thu gom, vận chuyển rác thải nữa, nhằm tạo điều kiện cho họ thực hiện tốt nhiệm vụ của mình trong việc chăm sóc bệnh nhân. Thay vòa đó, Bệnh viện hợp đồng với Công ty TNHH Hoàn Mỹ với các thiết bị chuyên dụng phụ trách việc làm vệ sinh và thực hiện luôn các công tác trên. Chi phí trong 1 tháng cho việc thuê Công ty này là 120.000.000đ. Riêng rác thải thông thƣờng, Bệnh viện không tự xử lý nhƣ rác thải y tế, mà cũng hợp đồng với Công ty môi trƣờng đô thị thực hiện thu gom và xử lý. Nhƣ vậy, sự phân tách từng bộ phận thực hiện từng nhiệm vụ riêng biệt sẽ làm cho các công tác quản lý chất thải y tế tại đây đƣợc thực hiện dễ dàng và nghiêm ngặt hơn, góp phần quan trọng trong công việc bảo vệ môi trƣờng và sức khỏe của ngƣời dân thành phố.
Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn chịu trách nhiện quản lý những nhân viên vệ sinh của Công ty Hoàn Mỹ. Khoa thƣờng xuyên tổ chức đào tạo, huấn luyện cho nhân viên y tế và nhân viên vệ sinh về các quy định trong công tác vệ sinh và quản lý chất thải tại Bệnh viện. Hằng ngày, nhân viên của Khoa sẽ đi kiểm tra, giám sát, nhắc nhở các nhân viên làm việc trong Bệnh viện thực hiện đúng các quy định đặt ra, thắt chặt hơn nữa vấn đề quản lý chất thải phát sinh hằng ngày, thể hiện đƣợc vai trò quan trọng của Khoa trong hệ thống quản lý chất thải tại Bệnh viện.
Hằng năm, Bệnh viện vẫn cho thực hiện Quan trắc môi trƣờng 2 lần/năm (bắt đầu từ năm 2010) do Viện Pasteur Nha Trang – trực thuộc Bộ Y Tế thực hiện và mời Trung tâm kỹ thuật quan trắc môi trƣờng Dung Quất thực hiện các kiểm tra về khí thải và chất thải rắn của lò đốt rác thải y tế, nhằm giám sát môi trƣờng của toàn Bệnh viện và kiểm tra các ô nhiễm có thể xảy ra.