Hoạt động điều tra hàng nhập khẩu được trợ cấp và thiệt hại mà cỏc nhà sản xuất hàng tương tự trong nước phải gỏnh chịu do hành vi trợ cấp là rất phức tạp. Do vậy, việc tổ chức bộ mỏy thực thi hiệu quả một mặt phỏt huy được mục tiờu của cụng cụ bảo hộ này, một mặt trỏnh được cỏc tranh chấp quốc tế do việc ỏp dụng thuế chống trợ cấp khụng phự hợp với Hiệp định SCM. Đặc biệt là những tranh chấp này khụng ỡt trường hợp cú sắc thỏi chỡnh trị do hành vi trợ cấp là do cỏc chỡnh phủ thực hiện.
Hiện tại, mụ hớnh tổ chức bộ mỏy của Việt Nam khỏ đơn giản, tổ chức dưới hớnh thức một cơ quan điều tra đúng vai trũ làm đầu mối chung là Bộ Cụng thương. Cỏch tổ chức này phự hợp với cơ chế “một cửa” trong cải cỏch hành chỡnh thời gian gần đõy và hiện tại đang là mụ hớnh thỡch hợp đối với Việt Nam. Cỏch tổ chức như vậy sẽ tiết kiệm được đỏng kể chi phỡ, nguồn
nhõn lực và trỏnh cỏc khú khăn phỏt sinh trong điều phối. Hơn nữa, những đặc điểm về ỏp dụng thuế chống trợ cấp thời gian qua cho thấy thuế chống trợ cấp thường được ỏp dụng đối với những mặt hàng cú hàm lượng cụng nghệ khụng cao; trong khi kim ngạch nhập khẩu Việt Nam chủ yếu là mỏy múc, thiết bị và nguyờn liệu đầu vào thớ nhu cầu ỏp dụng thuế chống trợ cấp cũng chưa cao.
Tuy nhiờn, trong tương lai khi nhu cầu sử dụng cụng cụ bảo hộ này là tất yếu để bảo vệ ngành sản xuất trong nước thớ cú lẽ một mụ hớnh tổ chức bộ mỏy thực thi chuyờn mụn sõu hơn, khỏch quan hơn là cần thiết.
Bộ mỏy thực thi hiện tại từ giai đoạn nhận hồ sơ, điều tra, trớnh kết quả điều tra (Cục quản lý Cạnh tranh), giai đoạn xem xột, nghiờn cứu kết quả điều tra (Hội đồng xử lý vụ việc chống trợ cấp) cho đến ra quyết định ỏp dụng biện phỏp chống trợ cấp (Bộ trưởng Bộ Cụng Thương) đều thuộc một cơ quan duy nhất là Bộ Cụng Thương. Cỏch tổ chức này tuy đơn giản, nhỏ gọn, tiết kiệm ngõn sỏch nhưng khụng trỏnh khỏi thực thi phỏp luật chống trợ cấp một cỏch chủ quan, duy ý chỡ, thiếu tỡnh khỏch quan trong việc điều tra và ra quyết định cuối cựng trong khi do tỡnh đặc thự của cụng cụ thuế này, một khi quyết định đỏnh thuế được đưa ra thớ khụng những cú ảnh hưởng trực tiếp đến lợi ỡch của toàn xó hội mà cũn ảnh hưởng đến quan hệ đối ngoại với quốc gia bị đỏnh thuế, nặng nề hơn kộo theo đú là hành động trả đũa của quốc gia đú.
Thực tiễn nghiờn cứu ba nước thành viờn WTO: Hoa Kỳ, EU, Trung Quốc cho thấy cỏc cơ quan thực thi trong cỏc giai đoan tiến hành điều tra, xem xột kết quả điều tra và ra quyết định đỏnh thuế đều là cỏc cơ quan độc lập. Thậm chỡ, quỏ trớnh điều tra rất được coi trọng và được tổ chức hai cơ quan điều tra độc lập song hành. Hoa Kỳ tổ chức Bộ Thương mại (DOC) chịu trỏch nhiệm xỏc định hành vi trợ cấp cũn Uỷ ban Thương mại Quốc tế (ITC) - cơ quan độc lập cấp liờn bang, chịu trỏch nhiệm điều tra về thiệt hại, hoạt
động của hai cơ quan này là độc lập với nhau và đơn kiện phải gửi đến đồng thời cả hai; từ đú Bộ trưởng Bộ Thương mại mới cú căn cứ khỏch quan ra quyết định ỏp dụng thuế chống trợ cấp. Trung Quốc và EU tuy khụng tổ chức hai cơ quan điều tra độc lập điều tra riờng rẽ nhưng lại cơ cấu cơ quan điều tra và cơ quan ra quyết định ỏp dụng thuế chống trợ cấp hoàn toàn độc lập về mặt tổ chức. ở Trung Quốc, Bộ Thương mại (MOFCOM) chịu trỏch nhiệm điều tra và ra quyết định điều tra làm căn cứ cho Uỷ ban Chỡnh sỏch thuế thuộc Hội đồng nhà nước quyết định cú đỏnh thuế chống trợ cấp. Ở EU, Uỷ ban Chõu Âu (EC) cú nhiệm vụ tiến hành điều tra cũn quyền quyết định đỏnh thuế thuộc cơ quan lónh đạo tối cao EU là Hội đồng Bộ trưởng.
Như vậy, cú thể thấy cỏc cơ quan điều tra, tổ chức thực hiện, tham vấn và ra quyết định đều cú sự độc lập với nhau. Mụ hớnh này tuy tổ chức cồng kềnh nhưng ngược lại hiệu quả thực thi lại rất cao. Về lõu dài, Việt Nam cần nghiờn cứu cỏch tổ chức này để tổ chức lại bộ mỏy thực thi phỏp luật thuế chống trợ cấp một cỏch hiệu quả và tỡnh khỏch quan, chỡnh xỏc cao hơn.