Các hợp chất đối kháng là các chất hóa học được tiết ra từ vi khuẩn. Các hợp chất này là những độc tố hoặc những chất ức chế sự phát triển của những vi sinh vật khác. Các chất ức chế bao gồm các chất như kháng sinh, acid hữu cơ, hydro peroxide, carbon dioxide, siderophores và bacteriocin được tạo ra từ các loài vi khuẩn khác nhau [147].
Những loài vi khuẩn khác nhau có thể tiết ra một số hợp chất hóa học có khả
năng tiêu diệt hoặc ức chế các quần thể vi khuẩn khác nhau để đấu tranh giành lấy năng lượng hay các chất hóa học. Nhiều nghiên cứu in vitro đã chứng minh một số
chủng vi khuẩn bổ sung vào môi trường nuôi ấu trùng có khả năng ức chế vi khuẩn gây bệnh [65]. Tuy nhiên những hợp chất ức chế hay đối kháng với các vi khuẩn khác trong các nghiên cứu in vitro không đảm bảo rằng những chủng probiotic có tiềm năng này vẫn còn có hiệu quả trong các nghiên cứu in vivo trong cùng một
điều kiện ứng dụng [72]. Vì vậy, hầu hết các nghiên cứu trên ấu trùng của giáp xác và nhuyễn thể đã được công nhận hiệu quả ức chế vi khuẩn gây bệnh của một số
Maeda và Liao (1992b) đã thử nghiệm hiệu quả một số chủng vi khuẩn được phân lập từ môi trường nuôi tôm sú lên sự phát triển của ấu trùng tôm. Trong số bảy chủng được thử nghiệm, chủng PM-4, được bổ sung cùng với tảo khuê đã cho tỉ lệ
sống và tỉ lệ lột xác của ấu trùng cao so với những lô thí nghiệm đối chứng chỉđược bổ sung tảo khuê. Trong một thí nghiệm kiểm soát sinh học, Maeda (1994) sau đó
đã chứng minh rằng chủng PM-4 có khả năng ức chế sự phát triển của Vibrio spp. Bằng cách tạo ra các hợp chất có đặc tính kháng khuẩn. Riquelme và ctv. (1997) cũng đã lựa chọn các chủng vi khuẩn có lợi xuất hiện ở điều kiện tự nhiên có khả
năng làm tăng tỉ lệ tăng trưởng và tỉ lệ sống của ấu trùng Điệp Chi Lê (Argopecten purpuratus). Mười một trong số 506 chủng vi khuẩn đã tạo ra hợp chất có khả năng
ức chế Vibrio anguillarum bảo vệ ấu trùng của con Điệp Chi Lê chống lại mầm bệnh từ VAR (vibrio anguillarum related) sau khi gây nhiễm. Tương tự, chủng
Roseobacter sp. (BS107) cũng tiết ra hợp chất kháng khuẩn chống lại Vibrio anguillarum. Hoạt tính kháng khuẩn hoạt động cao nhất sau khi nuôi cấy chủng
V.anguillarum 48 giờ trong dịch nổi của BS107. Trong thực nghiệm, dịch nổi sau li tâm của chủng BS107 thúc đẩy đặc hiệu tỉ lệ sống của ấu trùng Điệp Chi Lê [118]. Chủng Aeromonas media A199 đã bảo vệ ấu trùng con Hầu Thái Bình Dương (Crassostrea gigas) khi chúng được cảm nhiễm với Vibrio tubiashii. Hơn nữa, A199 còn thể hiện phổ hoạt tính đối kháng rộng chống lại các vi khuẩn gây bệnh trên cá, nhóm giáp xác và nhuyễn thể trong nghiên cứu in vitro [70]. Sau đó, trong một nghiên cứu in vitro, Lategan và ctv (2006) đã tìm thấy sự tạo ra một hợp chất ngoại bào có khả năng ức chế và có đặc tính tương tự như các chất được tiết ra từ
chủng A199. Hợp chất ức chế này được xác định là indole 2, 3-benzopyrrole có hoạt tính kháng khuẩn và kháng nấm rộng. Lactobacillus brevis (108 CFU/ml) được sử dụng để kiểm soát sự phát triển của Vibrio alginolyticus trong môi trường nuôi tự
nhiên. Trong một nghiên cứu in vitro khác, các sản phẩm ngoại bào được tiết ra từ
Lactobacillus brevís cũng có thểức chế sự phát triển của Vibro alginolyticus [145].