để cải tiến những giống lúa thơm, kỹ thuật sinh học phân tử ựược coi là một giải pháp hiệu quả. Ahn et al. (1992)[53] ựã xác ựịnh bằng kỹ thuật RFLP marker RG28 nằm trên NST số 8 liên kết với tắnh trạng biểu hiện mùi thơm ở khoảng cách 4,5 cM. Tuy nhiên, phương pháp này khá ựắt tiền và phức tạp nên nhiều tác giả ựã nghiên cứu ựơn giản hóa phương pháp xác ựịnh gen thơm. Nguyen Thi Lang and Bui Chi Buu (2008) [87] ựã sử dụng 2 mồi RG28F-R và RM223 ựể xác ựịnh tắnh thơm trên OM4900 (cặp lai C53/Jasmine 85) và trên OM6161 (cặp lai C51/Jasmine 85) và cho là hai chỉ thị phân tử này sẽ giúp phát hiện ở quần thể phân ly F2 có chứa gen fgr trong các cá thể. Cũng ứng dụng các mồi này. Cũng theo tác giả này, ựã xác ựịnh 16 giống lúa ựịa phương và 49 giống lúa cải tiến ựều chứa gen thơm và có mùi thơm. Yi et al. (2009)[111] ựã lai giống lúa thơm Basmati 370 với giống Manawthukha (giống ựịa phương của Myanmar) ựể chuyển alen badh 2.1 vào giống mới. Sau ựó sử dụng PCR với mồi aromarker ựể xác ựịnh tắnh thơm.
Ứng dụng các mồi (ESP và IFAP) do Bradbury et al. (2005)[56] công bố, Trần Thị Xuân Mai và cs. (2008); đỗ Thị Thu Hương và cs. (2008) ựã cho biết việc sử dụng chung hai cặp mồi trong cùng một phản ứng PCR ựã cho phép nhận diện các cá thể thơm ựồng hợp tử, không thơm ựồng hợp tử và dị hợp tử trong một quần thể còn phân ly của lúa thơm, phương pháp này có thể áp dụng trong công tác chọn tạo giống lúa thơm phục vụ nhu cầu trong nước và xuất khẩu hiện nay. Phan Hữu Tôn và cs. (2010)[40] dùng cặp mồi ESP và IFAP ựể sàng lọc các giống lúa thơm ựã chọn ựược 2 dòng lúa T33 và T12.