Chất lượng gạo chưa cao là một trong những nguyên nhân chủ yếu hạn chế sự tiếp nhận lúa lai. Hiện nay, các cơ quan nghiên cứu ựã coi trọng việc cải tiến chất lượng cùng với việc nâng cao năng suất, tuy nhiên cần nỗ lực nhiều nữa ựể tạo ra các tổ hợp có ưu thế lai cao hơn hẳn về chất lượng [27].
Lúa lai có năng suất cao nhờ sự khác biệt di truyền của các dòng bố mẹ. Các tắnh trạng hình thái, sinh trưởng phát triển và năng suất biểu hiện ưu thế lai cao vì hoàn toàn ựồng nhất ở thế hệ F1. Hạt thương phẩm ựể sử dụng thu trên cây F1 lại là F2 nên không còn ựồng ựều nữa mà ựã phân ly về mọi tắnh trạng ở mức ựa dạng nhất. Chắnh vì thế khi ăn gạo lai sẽ thấy không ngon ựem bán thì giá hạ, xay xát thì tỷ lệ gạo thấp... để khắc phục tình trạng trên cần cải tiến toàn diện các tắnh trạng chất lượng của các dòng bố mẹ tham gia tổ hợp lai [28]. Các tắnh trạng chất lượng trong một chừng mực có ảnh hưởng qua lại tương hỗ với nhau. Muốn cải tiến các tắnh trạng chất lượng cần nghiên cứu bản chất của các tắnh trạng chất lượng cơ bản, tìm hiểu ựặc ựiểm di truyền của chúng, trên cở sở ựó ựể có ựinh hướng chọn tạo [27]. Chương trình chọn giống lúa lai chất lượng cao trên thế giới hiện nay ựã ựạt nhiều thành công lớn. Nhờ quá trình cải tiến rất công phu, các nhà khoa học ựã thu ựược các dòng CMS có chất lượng cao là: D90A, D44A, D62A, II32A, XiaqinzaoA, Kim23A, Xiang2A, BoA, IR 58025A, PMS10A; Các dòng phục hồi có chất lượng cao là: Duohui 1, C166, Minhui63, CDR22, 6326, Ce64, Quế 99,938, M47Ầ (Nguyễn Trắ Hoàn, 2002) [23].