Phân theo phạm vi phục vụ của các doanh nghiệp, hiện nay có các loại hình
chú yếu sau:
a) Công ty khai thác công trình thủy lợi quản lý, vận hành các hệ thống công trình thủy lợi lớn, kỹ thuật phức tạp, kênh trục chính phục vụ tưới tiêu, cấp nước có tính chất liên tỉnh (gọi tắt là công ty liên tỉnh). Các Công ty này do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trực tiếp quản lý (như Bắc Nam Hà, Bắc Hưng Hải, Dầu Tiếng) hoặc do địa phương có diện tích hưởng lợi lớn quản lý như Sông Nhuệ, Bắc Đuống.
b) Công ty khai thác công trình thủy lợi quản lý, vận hành các hệ thống thủy
lợi, kênh trục chính, kênh nhánh các cấp lớn phục vụ tưới tiêu, cấp nước trong phạm vi toàn tỉnh hoặc có tính chất liên huyện, như công ty của tỉnh Hòa Bình, Lai Châu, Lạng Sơn, Hải Dương, Thái Nguyên, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Quảng Ngiã, Bình Định, Ninh Thuận, Bình Thuận, Tiền Giang, Trà Vinh
c) Các công ty khai thác công trình thủy lợi quản lý, vận hành các hệ thống
công trình thủy lợi phục vụ tưới tiêu, cấp nước trong phạm vi huyện hoặc liên huyện như các công ty của tỉnh Bắc Giang, Bắc Ninh, Hà nam, Nam Định, Thái Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Khánh Hòa.
Phương thức hoạt động của các doanh nghiệp hiện nay được thực hiện theo quy định của Nghị định số 31/2005/NĐ-CP ngày 11/3/2005 của Chính phủ về sản xuất và cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích và theo quy định khác của pháp luật hướng dẫn phương này. Thực hiện Luật Doanh nghiệp năm 2005, đến nay, hầu hết các đơn vị chuyển đổi từ loại hình công ty Nhà nước hoạt động công ích trong quản lý khai thác công trình thủy lợi sang loại hình Công ty TNHH một thành viên.
Bên cạnh đó, một số nơi có hình thức Công ty cổ phần tham gia/được giao nhiệm vụ quản lý khai thác công trình thủy lợi như: Công ty Cổ phần Khai thác công trình thủy lợi Sơn La; Công ty CP khai thác thủy lợi Kon Tum; Công ty Cổ phần dịch vụ Thủy lợi Vĩnh Long (hiện đã không còn tham gia quản lý thủy nông); Công ty Cổ phần Thủy lợi Sóc Trăng. Tuy nhiên, việc thực hiện cổ phần ở các công
ty này chưa đúng bản chất của vấn đề cổ phần hóa nên hoạt động còn nhiều khó khăn. Tỉnh Sơn La đã đề xuất chuyển đổi công ty này sang loại hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên, 100% vốn thuộc sở hữu Nhà nước.
Đến nay, hầu hết, các doanh nghiệp khai thác công trình thủy lợi đã được chuyển đổi thành công ty TNHH một thành viên theo đúng lộ trình quy định của Luật doanh nghiệp năm 2005.